Das Gerücht geht um, Jesse habe den Mann umgebracht, der Skinny Pete über den Tisch gezogen hat. Walt nutzt das zu seinem Vorteil, um ihr Gebiet auszuweiten. Unterdessen wird Hank befördert und nach El Paso versetzt, doch der neue Job ist gefährlicher, als er erwartet hatte. Skyler will wieder arbeiten und wendet sich an ihren früheren Arbeitgeber.

Walts gesundheitliche Verfassung hat sich stark verbessert. Skyler will das mit einer Party feiern. Doch Walt betrinkt sich und fängt einen Streit mit Hank an, wodurch die Stimmung einen erheblichen Dämpfer erhält. Jesses Beziehung mit Jane wird ernst, und er will ihren Vater kennenlernen.

Walts und Jesses kleines Imperium beginnt, in sich zusammenzufallen. Saul schlägt vor, dass sie sich nach neuen Vertriebswegen umsehen, und macht Walt mit Gus bekannt, der eine große Menge Meth kaufen will. Jesse hat inzwischen angefangen, Heroin zu nehmen, und Skyler bemerkt, dass ihr Boss Steuern hinterzieht.

Walt und Skyler haben eine Tochter bekommen. Walt hat jedoch wegen seiner Drogengeschäfte die Geburt verpasst. Weil Jesse nun heroinabhängig ist, weigert sich Walt, Jesse sein Geld auszuzahlen, bis er clean ist. Saul hat die Idee, dass Walt anonym über die Website seines Sohnes Walter jr. Spenden an sich selbst überweist, um später die Herkunft des Geldes erklären zu können.

Walter versucht sich mit Skyler wieder zu versöhnen. Walter Jr. ist wütend auf seine Mutter. Jesse kauft seinen Eltern mit Sauls Hilfe das Haus seiner Tante ab. Saul lässt Skyler beobachten. Tucos Cousins werden davon abgehalten, Walter zu töten.

Walter zieht wieder Zuhause ein. Skyler will Walter aus dem Haus werfen lassen, möchte aber nicht, dass Walter Jr. ein schlechtes Bild von ihm bekommt. Gus schützt Walter vor Tucos Cousins. Skyler beginnt eine Affäre mit Ted, ohne es Walter zu verschweigen.

Walter will mit Ted abrechnen, wird aber von Saul aufgehalten. Jesse bezahlt mit blauem Meth und startet Geschäfte mit Gus, wobei Walter an Jesses Gewinn beteiligt wird. Hank soll wieder nach El Paso. Er schiebt das in Umlauf gebrachte Meth als Grund vor, um zu bleiben.

Walter unterschreibt die Scheidungspapiere, nachdem er von Gus überzeugt wurde, in einem Labor für ihn zu arbeiten. Skyler kommen derweil Zweifel an ihrer Affäre. Gomez fährt statt Hank nach El Paso. Hank, um den Marie besorgt ist, findet währenddessen eine neue Spur im Fall Heisenberg.

Walter bestätigt, ein Jahr lang für 15 Millionen Dollar bei Gus zu arbeiten. Jesse zweigt Meth ab und baut seinen eigenen Vertrieb auf. Hank braucht eine Therapie, die Kosten dafür soll Walter übernehmen, der das Geld laut Skyler beim Kartenzählen verdient hat.

Während Walt versucht, Hanks Untersuchung der Crystal-Meth-Szene in Albuquerque zu untergraben, zwingt eine tödliche Warnung Gus dazu, einen Deal mit dem Kartell in Erwägung zu ziehen. Unterdessen macht sich Skyler Sorgen über eine anstehende Steuerprüfung.

Jesse, Gus und Mike fliegen nach Mexiko, wo Jesse das blaue Meth für das Kartell herstellt. Unterdessen versäumt Walt nach seinem Streit mit Jesse den 16. Geburtstag seines Sohnes.

Hank bittet Walt, ihn zu der Wäscherei zu fahren, in der das Meth-Labor versteckt ist. Ted weigert sich weiterhin, seine Steuerschulden zu zahlen. Also bittet Skyler Saul um Hilfe, der seine Männer schickt. Gus und Jesse kehren aus Mexiko zurück, und Walt befürchtet, dass er Probleme mit Gus bekommt.

Nach Gus' Tod müssen Walt, Jesse und Mike versuchen, ihre Spuren zu verwischen. Skyler gerät in Panik, als Ted Beneke aufwacht.