1945年，Carter特工带领咆哮突击队攻陷九头蛇基地，缴获一大批不明物品，存档编号为084。现在，084被九头蛇抢走，新任局长Coulson带领新的特工小组，欲从九头蛇手中夺回084（即方尖碑）。 这一集，Coulson的团队遭遇到一名刀枪不入的杀手——Carl Creel，他在接触到某种物质之后身体都会瞬间变成同样的材质。几番恶战之后，方尖碑落入了Creel之手，将被交给九头蛇。

Coulson和他的团队到处遭到追杀，已经快没有立足之地，Coulson索性安排队员们深入火线来拯救所有人的性命。但是Talbot将军、九头蛇和Carl Creel仍穷追不舍，他们是否能逃过此劫？与此同时，一个神秘的医生（Kyle MacLachlan）隐藏了一些危险的秘密，可能彻底毁掉神盾局小组的一名核心成员。

Coulson和他的团队必须抢在九头蛇前面找到危险的超能人Donnie Gill——他拥有强大的冰冻能力。但是Simmons在双方的交火之中陷入困境。

Coulson决心进一步了解神秘的「墙壁符号」，但却给自己惹了麻烦。他唯一信任的人竟然向他发动攻击。是谁？Melinda May！与此同时，神盾局小组的其他成员困在一种极其危险的局势中，只有Fitz能救他们。但他能做到吗？更重要的，他愿意做吗。

Coulson和他的团队将迎接来自HYDRA组织安全主管Bobbi Morse的挑战——这个美丽、性感但极其可怕的女人就是Marvel漫画中的著名人物「百舌鸟」（Mocking Bird）。与此同时，Skye的父亲强迫Raina不惜一切代价让他们父女团聚。

HYDRA组织冒充神盾局攻击联合国，全世界都开始声讨神盾局这个“流氓组织”。与此同时，一个出人意料的敌人给神盾局小组带来了巨大的挑战，难道他们的末日真的到来了吗。

神盾局小组发现一些受害人身上存在奇怪的外星象形文字——和Coulson在墙壁上刻画的文字非常相似。Coulson所有的秘密和谎言都面临曝光的危险。

Coulson和他的团队为揭开一个古老的秘密与Hydra组织爆发激烈对峙。Ward绑架了哥哥Christian　　Ward参议员，两兄弟被迫回忆起不堪回首的往事。另一方面，Coulson带着他的团队前往夏威夷执行一项特定的、不同寻常的任务。

神盾局小组抢在Hydra组织之前发现了那座古代城市，但要发现终极秘密需要Coulson团队的一名成员做出重大牺牲。与此同时，May和Skye试图在Whitehall带走Raina之前营救她，这是一场与时间的较量。

Coulson的团队和Whitehall的爪牙爆发激烈战斗，每个人的命运都被彻底改变。与此同时，Skye终于见到了父亲，她发现自己的过去隐藏着令人震惊的秘密。

Coulson发现一座古代城市与他的复活有关，他和他的团队抢在Hydra组织获悉它的秘密之前将它摧毁。在此期间，邪恶的Whitehall也一同被除掉。但新的威胁开始出现，其中就包括Skye的父亲Cal，他憎恨Coulson毁掉了他向Whitehall复仇的　　机会，因此他发誓要与神盾局为敌。前神盾局特工Ward与33号特工建立起令人不安的联盟关系。

Sif再次来到地球执行一项秘密任务，但她在大战一个神秘战士之后失去了记忆。她已经不记得自己是个仙宫人，不记得自己是个战士（但她保留了超强的战斗力），也不记得自己和神盾局的关系，Coulson和他的神盾局小组必须帮助她想起事情的真相。那个神秘战士正在执行一项对神盾局有重要影响的特殊使命。与此同时，Bobbi和Mack继续向身边的每一个人隐瞒他们的真实任务。

Cal召集一个超级坏蛋团队来报复Coulson，意图彻底消灭神盾局。与此同时，一场危机可能导致神盾局小组四分五裂，May被迫请求著名医生Andrew Garner（Blair Underwood）前来相助--这位迷人的先生，就是她的前夫。

Triplett的死亡和Raina的转化使特工受到了影响。Coulson的领导承认他是名优秀的好特工，但是自从被注射某种物质之后行为变的无比异常，因此大家十分烦忧Coulson的安危。

Bobbi和Mack的身份引起了特工组织的怀疑，两人和特工组织成员发生正面交锋后成功逃脱。Bobbi在逃走的时候拿走了一个很重要的工具箱，特工组织成员为此展开了一场生死追逐。

Skye回到族人的聚集地，她受到族人Lincoln的救治和照料。在发现Skye被神秘人带走后，Coulson主动引来冈萨雷斯一伙人的抓捕。

Bobbi等人发现Coulson有一项代号希特协议的行动，May在调查时得知了更多秘密。七年前神盾局抓捕异能者，May孤身闯入大厦营救被劫持的女童，岂料真正拥有邪恶异能的人就是女童。May为了拯救被催眠的特工而杀死女童，从此得到“骑士”的称号。

Coulson为了抓住九头蛇的更高头目决定与Word做个交易，但是再计划实施的过程中，Word再次欺骗了Coulson，这样导致死亡战士身处险境。另一方面，Skye慢慢的尝试理解Cal作为父亲的心酸，但是Cal将要被像小狗一样遗弃，这让Skye担心和心疼。

戈登带回了Skye父女，蕾娜却预言Lincoln正身陷险境。Coulson主动和“真正的神盾局”合作，欲阻止九头蛇在异能人身上做邪恶实验。蕾娜预言Skye救出林肯，随后Skye回到了Coulson的队伍中。Coulson等人佯装坠机，潜入了九头蛇基地。

Coulson提出合并两个神盾局的建议，并由Gonzales等人监督他担任局长。Raina的预言异能让她得知一块可能摧毁异人族的外星石头，Gordon随后带着她潜入神盾局找到了这块石头。Skye和Lincoln回到异人族，她恳求Jiaying和神盾局谈判。Gonzales率队谈判，Jiaying却阴谋杀死Gonzales并试图掀起异人族和神盾局之间的战火。

库尔森得知异人族发生的事情后命所有人寻找冈萨雷斯，不料异人族的人却在暗中驾驶神盾局的飞机袭击异人族领地，斯凯误以为这是神盾局在向异人族宣战。菲兹发现卡娜骗走芭比一事，此时芭比正在被复仇心切的卡娜报复。雷纳用揭穿阴谋诱使贾盈杀死自己，斯凯看到这一幕才得知一切都是贾盈的阴谋。卡忽然变得性命垂危，西蒙斯给他注射了特殊药剂后让他产生异变欲大开杀戒。

异人族的异能者占领了神盾局基地，而贾盈则带来了能置人于死地的水晶。亨特营救芭比却掉入死亡陷阱，芭比为了救他舍身挡子弹。梅巧妙设下骗局，诱使沃德杀死了卡娜。库尔森率人营救被异人族俘虏的特工，双方展开了殊死搏斗。斯凯欲阻止使用水晶险些被贾盈杀死，关键时刻卡杀死贾盈救了斯凯。库尔森为了救人徒手接住水晶，最终为了保住性命不得不痛失左手。

乔伊像个巨大的熔化器，所有他周围的金属都会很快熔化。他身体出现的异能，不但让路人恐惧，也让他自己感到莫名其妙，并且害怕。这时，一辆车停在他面前，黑色行动队出现了，这些人用枪对准了他，并让他举起手来。还没等乔伊有进一步的反应，他们手里的枪已经开始熔化，乔伊趁机逃走，躲在小巷里。但很快乔伊又被黑色行动队的人发现了，正惊惶失措，黑色行动队的人突然像被狂风吹跑了，原来是神盾特工队赶到了，他们及时救下他来，神盾特工队的黛西，就是斯凯，她现在改名叫黛西。她说服了乔伊跟他们走，并让他进了一间封闭房，这间房突然腾空而起，将他带到了神盾局的空中飞行器中。随后，黛西向乔伊解释了发生在他身上的怪事，因为她也曾经历过同样的事，也拥有着异能。菲尔在拍下黑色行动队幕后神秘女人后，也赶了回来。他跟黛西庆幸着总算救下了第一个异能者。因为前面五个都被黑色行动队劫走了。　芭比为乔伊安排了新房间，并且告诉他这儿的人不会伤害他，他也伤害不了这儿的人。菲尔和同事们研究着那神秘女人的来历。黛西和迈克来到乔伊的房间。黛西进一步向乔伊解释了出现在他身上的特异现象，因为他身上已拥有了部分外星人的基因并被泰瑞根激活，黛西说，欢迎加入我们异人族。乔伊不敢置信地笑了起来。但当黛西说他不能再回到以前的生活中了，乔伊发怒了，迈克手里的金属板熔化烫了他的手，黛西只能出手先将乔伊击晕。菲尔让芭比打电话叫菲兹回来。菲兹却不肯马上回来，他正在摩洛哥查线索。他失去了爱着的女人西蒙斯，所以想查清巨石的属性，听说那块石头被埋在了尤卡坦，石头旁的卷轴盒里有张羊皮纸，解释了这块石头的属性。但被约瑟夫的黑社会组织抢劫带走了，所以，他要找到他来交换，他被绑着见到了约瑟夫，不顾付出生命的代价，抢走了羊皮纸逃掉。菲尔按芭比提供的线索找到了那神秘女人，不料她早有防备，并反过来抓捕了他。她说自己叫罗莎琳。罗莎琳去接电话了，菲尔才有机会逃脱。黛西和迈克去找林肯帮忙。林肯也是异人族，但他不想回来。正争执时，突然出现了一个杀异人族的怪物，三人合力才将怪物击退。但林肯的正常生活也毁了，有同事看到了他的异能，打了报警电话。因为正常社会对异人族也是追剿的。他依旧不肯黛西迈克回去，独自狂奔而去。菲兹回来了，他满怀希望地打开羊皮纸，却发现只用希伯来文写着一个词死亡。菲尔劝解他要跟过去道别，他嘴上答应了。但后来却独自打开了一直封闭着的巨石，冲着它绝望地大吼。

同事们发现菲兹闯进了巨石封闭室，急忙赶去，将他及时拉出来，又封闭了巨石。这时，菲兹发现自己手上有砂，这砂看起来很寻常，但却比地球上的早十亿年。神盾特工队的人一起猜测，这巨石应该就是个传送门，通往宇宙的另一星球，而西蒙斯应该是被带到了那里，她还有活着的希望。新的发现让特工队的同伴们迅速行动起来了。

亨特一直记着要抓回沃德的事，他打算潜入九头蛇，伺机复仇。正是因为沃德那一枪，为了保护自己，女友芭比被轰掉了半个肺，差点送了命。芭比也想去，但她还没有伤愈，亨特不想女友再冒生命危险卷入这件事。亨特设法找到了梅，她也同样对沃德怀有仇恨。亨特请她为他弄个假身份，然后打入九头蛇内部。沃德正在设法夺取九头蛇的权力，他带人抓住了九头蛇前领袖的儿子沃纳，用各种方式逼迫他妥协。没想到沃纳并不像他想的那样孬种，始终不肯妥协。两人选择了合作，重建九头蛇组织，并使其发扬光大。菲尔和队友们，请来了兰道夫教授加入。果然，兰道夫从羊皮纸上发现了端倪，带着他们，一起前往英国查探巨石情况。他们赶到了那所城堡，找到了那处刻字的所在，紧接着，暗藏的通道被他们发现了，他们顺着通道走了很久，借着手里的手电筒光线发现，他们像是来到了一所奇怪的地堡，最终，他们发现了深坑，大家猜到了这个深坑是用来放巨石的。黛西也请了加纳博士帮忙，想让乔伊加入神盾局。加纳发现了黛西身上的领袖特质。她作为异人族，很想找更多的异人族，利用他们与众不同的能力，跟神盾局的人合作。黛西和迈克也赶到了地堡，和菲尔他们会合。大家启动了地堡中的设备，深坑忽然有了反应，发出巨大的脉冲声，将黛西震晕了过去。其它人却都没什么感觉。而菲兹从中发现了办法，黛西用自己的超能力打开了传送门，菲兹跳了进去，在另一端找到了西蒙斯，并成功地救回。

林肯施展异能，总算逃脱了黑色行动队的追捕。但黑色行动队所属的ATCU组织将他的照片和信息全国发布，称他是外星杀人犯。黛西打电话给林肯，想帮助他。可林肯马上挂断电话，并摔碎手机，去掉了身上被神盾局埋下的联络跟踪器。亨特和梅去找能帮他们联系到九头蛇组织的斯巴德，探听到了有用的信息。西蒙斯重返之后，由于长期呆在了另一个星球，身体机能发生了一系列变化。为了帮她恢复，菲兹带她去实验室转转，结果当她看到曾用来做传送门的巨石，现在虽已经碎裂成一堆石头，还是产生了反应，她曾经最爱的实验室也让她感觉不适。大家知道她有很多事没有说出来，比如，她是如何独自在另一个星球活下来的。但大家尊重爱护她，决定等待，到她自己想说的时候再听。林肯躲到了一个朋友家，但当朋友从电视上得知他就是那个外星杀人犯，于是打了热线电话。林肯逃跑时他因受到了惊吓而死，林肯感到十分内疚。林肯打电话给黛西，诉说了自己的心境。菲尔约了罗莎琳见面，她就是政府的秘密组织ATCU的总负责人，她所领导的黑色行动队总是在异能人出现的时间赶到，并将他们带走。神盾局的人怀疑他们将这些异能人杀害并研究，美其名曰为了给国民以安全感。这次见面，菲尔想劝她同意神盾局将林肯带走，但罗莎琳还是拒绝了。菲尔还想请求她一件事，不要透露出黛西的信息，他知道罗莎琳手里有张医院的照片，如果她将之公布，黛西的安全也将受到威胁。黛西和迈克赶到去营救林肯，黑色行动队的人也到了。黛西想说服他不要再陷入对朋友之死的内疚，跟着她走。她表达了一直以来对他的爱情，当黛西成功说服林肯，准备带他撤离时，迈克进来告诉她计划有变，菲尔让把林肯交给黑色行动队。林肯再次使用异能逃脱。当黑色行动队又准备对付黛西时，菲尔选择了以后跟他们一起合作做为条件，才保全了黛西。菲兹带西蒙斯去吃他精心准备的浪漫晚餐。西蒙斯突然哭了，菲兹搂住她安慰着。她离开得太久，有很多事需要重新适应。亨特和梅经过一轮轮血腥残酷的杀戮，亨特最后被带到了总部，他将被安排与沃德见面，这正是他们此行的目的。

阿丽莎告诉异能人朋友西恩和罗莉夫妻，说泰瑞根泄露了，正说着，那个攻击过林肯的怪物来了，又攻击了阿丽莎的朋友并杀死了他们。阿丽莎也受到了攻击负伤，但身负异能的她，瞬间回到了神盾局，她的异状引起了菲尔的注意，菲尔急忙询问阿丽莎怎么了，得知了情况。赶紧派了黛西迈克赶去追踪怪物，结果两人最后跟罗莎琳的ATCU黑色行动队遭遇了，菲尔也在，双方不快地同时放下了枪。菲兹和芭比在查死亡的那对夫妻的现场，并找到了线索。黛西分析后发现，原来那个怪物是靠电邮定位袭击对象的。菲尔让他们将这个情报分享给ATCU，以期能互换情报。加纳劝告菲尔不要让阿丽莎出外勤，他认为这些异能人情况不明，可能有些还是有问题的，比如阿丽莎，但菲尔没听。两人正在谈话时，梅找来了，加纳跟梅曾是恋人关系，气氛顿时有点尴尬。梅是请菲尔劝亨特的，亨特找沃德复仇心切，听不进梅的劝告，情报计划并不周密，就想独闯九头蛇找沃德复仇。被救回来的西蒙斯现在表现得很古怪。她独自研究着巨石和异人资料，被菲兹发现后她生气地抢了回去。神盾局特工和ATCU黑色行动队一起，找到了弗莱，他就是发送病毒的异能人，然后怪物鞭笞就会赶过去杀掉那些追踪到的异能人。黛西和迈克跟着黑色行动队，想看他们会怎么样对付抓到了的弗莱。路上，怪物鞭笞出现，跳到车上带走弗莱并杀死了他。黛西感觉鞭笞跟原来想的不一样，他也可能会变回人，甚至任何人。亨特总算被带到了沃德面前，双方展开了激战。梅也及时赶来增援，但沃德却用加纳的生命来威胁梅，说如果三十秒内梅不放下枪，加纳就会死。梅正在犹豫，正要妥协，亨特急于报仇，对她说了句对不起冲了出去，他击中了沃德的身体，却还是被他逃掉了。超市里，沃纳和其它同伙走近了加纳，他们击晕了加纳，倒上汽油，将打火机扔到地上，然后跑了出来。超市在沃纳的身后发生了爆炸。

西蒙斯开始回忆当时发生的一切：半年前菲兹与西蒙斯约好一起吃晚饭后，西蒙斯带着略喜悦的心情去检查巨石，发现巨石门锁被打开了，然后被巨石吞入丢进了一个陌生古老的沙漠星球，在起初的惊慌和错愕过后，她发现这是个长年不见太阳，周遭也没有明显动植物活动迹象的沙漠星球，西蒙斯开始尝试以乐观和自己的科研态度去缓解自己的紧张情绪，并以手机开始语音报告周围的状况，但几天过后，随着时间的流逝，西蒙斯开始怀疑是否能够得救，并开始出现激动，压抑，崩溃的状态，她离开了投放进入的位置，开始去寻找水源和食物，并在经历了沙暴后找到了一个寄生着触手般植物的水源，通过冒险捕猎暂时解决了饮食的问题。过了一段时间，西蒙斯偶尔间竟掉入了一个地底的人造陷阱里，她发现在这个地底下居然有一个男人的存在，那个男人与西蒙斯在彼此试探了几次后得到了彼此的信任，西蒙斯惊讶地得知他是NASA以前派来巨石星球探索唯一的幸存者威尔，更惊讶地得知对方竟已经在这里活了十四年，威尔告诉西蒙斯这个星球如同一个邪恶而且闹脾气的生命，在这里有着一个身份不明并能影响他人心智的可怕捕猎者，就是它把当初的探索队逼疯自杀和互相残杀，西蒙斯却不相信，并希望可以去周遭的禁区探索回家的方法，又过了一段时间，外出觅食的西蒙斯竟在万人坑的沙暴中遇到了那个一身黑色斗篷的捕猎者，她赶紧回到了安全地带，威尔警告她不得再去那里，西蒙斯却在万人坑里找到了从星图对应到巨石通道位置的方法，并决定牺牲自己唯一的手机提供能源，两人冒险到达了巨石通道的地点，却在最后投放信息的时候失败了，失望与压力相互激荡的西蒙斯在地洞里与威尔相拥在一起，星球上唯一的一男一女开始了激吻。两人在一起后，西蒙斯算出了这个星球十八年一次的日出，威尔找来了一瓶古老的红酒，两人在庆祝时西蒙斯却发现了菲兹投来的信号弹，两人正打算赶往通道时捕猎者却又和沙暴一起出现，西蒙斯悚然发现它居然真的可以幻化成宇航员等各种虚假的形象来猎杀，最终威尔让西蒙斯一人赶往通道，自己却留下了抵抗捕猎者。回到地球的西蒙斯不知威尔是死是活，她央求菲兹帮她回到巨石星球解救威尔，却不料菲兹早已分析完了巨石通道的各种原理和恢复方法，并承诺会救回威尔，西蒙斯不禁大受感动……而另一方面，威尔在十八年一次的日出阳光下，站在西蒙斯离开的地方，丧气地将没有子弹的手枪丢开，在日落的夜幕下离开。

亨特刺杀沃德失败，间接导致安德鲁被伪装成学生的九头蛇成员沃纳袭击，但是安德鲁却侥幸逃了回来，他告诉梅是寇森暗中派遣的手下救下了他，任务失败的亨特被命令不得再参与沃德的追杀任务，而芭比则经受了梅的突击测验，梅认为芭比已经恢复到了足够出任务的程度，两人组成队伍去追击沃纳的踪迹，而沃纳此时则躲入了父亲以前部下的庇护。另一方面，闲极无聊的亨特去调侃菲兹打算救回西蒙斯未婚夫的举措，却被菲兹拒绝了无聊的举措，并与黛西和麦克一同侦察鞭笞的身份，却不料追踪到了菲尔和ATCU首领的私下会面，并得知ATCU一直在追捕和医治异人。与此同时梅和芭比找到了沃纳的所在地，却不料沃纳遭到了出卖，九头蛇的人先一步找到并折磨了沃纳，恢复了身手的芭比击败了沃德的副手，而梅从沃纳口中得知了一个惊悚的事实：当时救了安德鲁的人并非是寇森的手下，而是安德鲁自己发生了可怕的变化——他竟然就是那个不断追杀异人族的异人猎杀者鞭笞。变身后的安德鲁干掉了当时沃纳以外的全部九头蛇成员，之后变成原来的样子用打火机引爆燃料，伪装成自己遭遇袭击侥幸逃命的样子。得知了真相的梅头一次露出了犹豫迟疑的神色。与此同时在神盾局里，黛西与林肯进行了一次秘密通话，林肯却不愿透露自己的位置，尚不知安德鲁身份的黛西告诉了安德鲁林肯的事，却没看到安德鲁的目光在转身后，逐渐变得阴沉了起来。

菲尔、黛比和加纳一起，讨论着ATCU将异人族冷冻起来的事。黛比表示反对，她希望异人们也能有机会选择做自己。加纳冷冷地跟在他们后面听着，然后插话说赞成菲尔，说不是所有的异人都像你一样学会了控制自己的力量。菲尔提到了下午要和总统有一个秘密会面，以ATCU成员的身份和罗莎琳一起，并说了会面地点。菲尔还提到如果黛西能说服罗莎琳，事情会好办些。加纳说他可以及时将乔伊的报告交过来作证明。因为乔伊发现了自己的的异能之后，非常担心伤害到别人。黛西带罗莎琳参观神盾局的飞行器，并告诉她，她觉得更好地对待异人的方法。不是冷冻他们，而是教化他们。罗莎琳并没有被她服。西蒙斯将她的手机交给了菲兹，她用它记录了在另一个星球发生的一切，现在它损毁了，想看看菲兹能不能帮它复原。菲兹成功地复原了手机的资料，看到西蒙斯跟威尔依偎在一起的照片时，很难受，但当他听到西蒙斯说只能看到星星和两个月亮，看不到太阳时，他赶紧听了下去。并从威尔袖臂的徽章找到了重新开启传送门的线索。梅暗中调查了加纳的行踪，心里对他就是怪物鞭笞的怀疑加深了。但她没有告诉别人，而是独自去找加纳。加纳正在给乔伊做评估，听到乔伊说对新具有的超能力感到高兴时，内心里充满了杀死乔伊的冲动，但还是管住了自己。他克制着对乔伊的敌意继续交谈，这时，梅闯了进来，让把乔伊带出去，只留下两人单独谈话。梅让加纳说出真相，加纳被逼问得紧了，竟拔枪击晕了梅，然后将她带到了他工作的大学锁了起来。梅醒来后，他告诉了她真相，原来就是那次两人在夏威夷，他调查黛西母亲嘉颖时，翻看的一本记录异人的书，有阵迷雾喷出，他就出现了异状，这种异状只有在他攻击异人后才能有所缓解，所以，他只能跟她分手。现在，他希望得到她的帮助。 林肯打电话给了迈克，迈克赶了过去。林肯告诉他，据他的调查，怪物鞭笞应该就在神盾局里。迈克带着他去找菲尔，告诉了他情况，菲尔觉得这不可思议，但同事们的话，让他不得不相信，他推迟了和总统的会面，一起赶去找加纳和梅。 加纳试图告诉菲尔，他所做的一切，跟菲尔目标一致，但对他充满敌意的林肯，率先发难，加纳马上变身鞭笞，狂性大发，甚至将罗莎琳扔下楼，幸亏黛西救了她。梅尔在鞭笞又要对林肯动手时，插到两人中间，她的出现让加纳已恢复了常态，这时，梅掏枪击中了他，并借机将他关进了隔离舱。

沃德和原九头蛇高层马利克一同进餐。马利克是活下来的唯一元老,他出卖了沃纳向沃德示好,但正因此事,沃德并不信任他的人品,认为是他控制了九头蛇的密室,那密室据说是九头蛇的力量源泉。席间,两人话里藏刀,马利克离开后,他的人袭击了沃德,但全被沃德制服。沃德要利用他俘获的人进入密室。然后他赶往了在德国普策科的密室。　　加纳也被冷落起来放入了罗莎琳的基地,梅心里并不好过,所有人都感受到了这一点。林肯倒是能安心地睡个觉了。黛西劝他尽管找好自己的位置,因为神盾局并不会留着一个到处闲逛的人。菲尔跟罗莎琳越走越近,这引起了迈克的忧虑。他找到菲尔询问两人的关系,菲尔却说这是他自己的私事,虽然他并不完全信任她,但他想一探究竟,看她是不是值得信任,他决定带她前来他们的秘密基地。　　其实,菲尔也想借机打入罗莎琳的ATCU组织,查一下他们的底细。他做了行动布署。芭比和亨特前往ATCU基地,成功地将电脑木马置入了ATCU的系统中。梅和林肯赶去ATCU执行下一步任务。黛西根据芭比传回的信息发现,ATCU组织不是在治愈异人,事实上他们是在更快地转化异人。菲兹和西蒙斯查到了威尔并不是宇航局派去完成科学任务的,而是跟一个邪恶组织有关。西蒙斯说,那组织将威尔当成了血祭发往了那个星球,但她却不想查下去了,她担心另有隐情,她希望威尔高大的形象留在心里,她爱威尔。当然,也爱穿过宇宙去救她的菲兹。菲兹说服了她继续查下去。　　马利克将恢复人形的加纳带到了密室谈话。他想从他嘴里套出神盾局的秘密。罗莎琳还想跟菲尔调情,菲尔却揭破了她组织的秘密,罗莎琳这时才发现,她是被马利克利用欺骗了。亨特和芭比受到ATCU组织中外星人的攻击,罗莎琳让班克斯带他们逃出来。

菲尔听到ATCU和九头蛇马利克的关系后，和罗莎琳进餐时，他担心起罗莎琳的安全。罗莎琳说ATCU是她的地盘，不会有什么问题。话未说完，一颗子弹穿透了玻璃，罗莎琳咽喉中弹倒地而亡。射中她的是沃德。菲尔接到了沃德的电话，他告诉菲尔，这是为了让他感受一下心爱的人死在面前的心情。而且因为神盾局总是派出最优秀的特工前来暗杀他，所以，他也派人前去杀他了。菲尔好容易突围出来，跳上了迈克迎接他的车。顾不上管罗莎琳了，菲尔心情沉重地返回了神盾局。他开始在神盾局内动员调查沃德，让他们说出记忆中关于沃德的一切。他甚至问到了梅和沃德上床时，沃德透露出的个人经历。沃德显然和神盾局的很多人都有很深的渊源。他救过西蒙斯，和菲兹相处得像兄弟，爱上过黛西。菲兹一一地了解着这些事。黛西告诉菲尔，沃德很容易被一个强有力的父亲似的人吸引，所以才被招进了九头蛇。他杀了不少人，不是因为没有感情，而是因为太有感情。但黛西并不会原谅沃德的行为，他为了伤害菲尔杀罗莎琳，当年因为爱她杀了也同样爱她的凯尼格。马利克向沃德展示了他珍藏的五块石头，它们都是从那块传送门的巨石上取下的。九头蛇存在的目的就在于此。马利克说菲尔的逃脱会威胁到计划。沃德说他会保证一切成功。菲尔见到亨特后，迁怒于他，说如果他当时杀掉了沃德，罗莎琳就不会死了。他也恨自己当年怎么把沃德招进了队里。亨特要求再给他一次杀沃德的机会。菲尔让迈克替他暂行神盾局局长的职责，他要率人找沃德复仇。班克斯带着西蒙斯、菲兹去远星机构查资料。谁料刚到地方，班克斯竟被无形的力量控制杀人然后自杀。西蒙斯和菲兹被绑了起来，去见了沃德和马利克。沃德让菲兹看对折磨西蒙斯的视频，逼菲兹说出西蒙斯重返地球的办法。这时，菲尔他们找到了沃德的亲弟弟托马斯，并通知了沃德。菲尔利用托马斯得知了沃德的位置，于是赶去那里。迈克决定派黛西率领异人林肯和乔伊出发前去支援菲尔。菲兹不忍心看到西蒙斯受折磨，于是答应了马利克和沃德，前去那个星球，带九头蛇的那个怪物回来。沃德本想找菲尔复仇，但马利克说服了他，带队跟菲兹一起前往另一个星球。菲兹暗暗地向西蒙斯保证，只会带威尔回来。

在传送门最后关闭的瞬间，菲尔从空中飞过，直坠入传送门，也来到了异星球塔图因。但他沿着山坡滚动下来时，头磕到了一块石头上，晕了过去。清醒过来后，他给手枪装好了子弹。沃德率人和菲兹在异星球上边走边观察着，菲兹借机想将沃德的手枪抢过来，却被防范甚严的沃德识破。为了逼菲兹配合行动，沃德警告菲兹，如果六小时后他们不能完成任务，带那个怪物回到地球，那么西蒙斯就会被折磨致死。芭比黛西和迈克在商量在到底应该怎样行动，是先救菲尔，还是攻进九头蛇救出异人们，还是拿下传送门。新加入战队的异人乔伊倾听着他们如何商量。迈克最后做出了最终决定，众人开始依言悄悄采取行动。菲兹总算找到了威尔的洞穴，两人刚刚见面，沃德也跳了进来。菲兹解释说威尔可以做他们的向导。这才使沃德打消了杀掉威尔的想法。威尔的一条腿受了伤，是当时帮西蒙斯逃走时被怪物咬伤的。威尔和菲兹暗暗商量好了对策，菲尔此时也及时出现，他开枪打死了沃德带的士兵，当沃德说他打伤了菲兹，菲兹在流血，嗜血的怪物肯定不会让菲兹活着回去时，菲尔愤怒地击中他，这下沃德也在流血。菲尔用枪指着他，让他带路找到菲兹。神盾局的同事们拉掉了电闸，一直在设法逃脱的西蒙斯，借机趁黑离开囚禁她的地方，这时她发现了被关着的加纳博士。加纳请求她放他出来，他再次变身鞭笞才除掉了那些要抓西蒙斯的九头蛇士兵。逃掉了的西蒙斯成功地跟神盾局的同事们会合了。他们到巨石传送门室商量着下一步对策。加纳化身的鞭笞将九头蛇冷冻着的异人全杀了。菲兹和威尔边走边谈论着，菲兹为威尔包扎伤口时发现了破绽，原来，威尔在抵御怪物救西蒙斯已被杀掉，假“威尔”正要杀死菲兹时，也来到传送门附近的菲尔，举枪击中了他。沃德见状又攻击菲尔。菲兹在旁边开枪击了沃德，然后从菲尔的背包里找到了火焰枪，击中了假威尔，假威尔燃烧起来。传送门就要关闭了，菲兹催促菲尔赶紧离开，想到死去的罗莎琳，菲尔用机械手亲手弄死了沃德，然后将机械臂取下扔到他旁边，然后和菲兹一起离开。神盾局的同事们欢迎着他们。菲兹和西蒙斯拥抱时，正和梅拥抱着的菲尔，也看向他，目光冰冷而神秘。

马利克坐在汽车里，正心事重重，突然车前方出现一个人，司机紧急刹车，马利克借着灯光看去，沃德正站在车前，面容僵硬而诡异，眼睛闪着幽光，手里拿着菲尔当时抛在他尸身旁的机械手。马利克突然明白过来了，这是异星球的神祗，附身于沃德来到地球了，不由得面带笑意。菲尔答应了和总统见面。见面后，总统高度评价了菲尔，说罗莎琳曾经谈起过菲尔，并建议总统和神盾局合作。现在情势紧迫，各地纷纷出现骚乱，必须得有所行动了。但因为公众们还有着以前神盾局事故的记忆，所以不便公开神盾局的存在，神盾局可以私下里行动，名义上还以政府ATCU组织的名义，总统将给ATCU派一个新领导，这位新领导将听命于神盾局。菲尔告诉总统马利克就是九头蛇，是他下令刺杀了罗莎琳。总统说这件事他帮不了菲尔，因为马利克插手了许多国家的事务，他动不了他，对他无能为力。亨特和黛西来到警局，处理一起警员遭异能人士袭击事件。芭比和迈克也到达事故现场察看。他们谈论着只需要一个鱼肝油那么小的感染丸子，一个普通人就能拥有了特异能力，被感染的人越来越多了，简直成了新常态。迈克一个人低头正观察着地下的车痕时，发现了面前站着一个女人。他来不及拔枪，枪已到了女人手里。简直来不及做任何动作，那女人幻影移形间，迈克已被关进了车里。然后被女异能人带回到了她家里的洗手间里捆着。后来黛西亨特和芭比赶到，解救了迈克。并将女异人埃琳娜带回了局里密封舱。乔伊和她进行沟通，问她为什么要偷走武器。得知她偷走武器只是为了保护朋友不被伤害，黛西对她有了好感。与此同时，女异人的表弟正将偷来的武器往河里扔，芭比和亨特赶到后制止他，正要带走他，警察来了，芭比做了解释，但警察并未就此罢休，她自信满满地刚抽出武器，还未来得及动手，就被警察特殊的眼镜射出的光击晕了，亨特也被击晕，他们被带了回去。警察杀死了埃琳娜的表弟。埃琳娜得知情况后，决定加入到黛西他们的行动中，充分利用自己的天赋来做好事。他们一同赶往警局，营救亨特和芭比。埃琳娜和黛西一起，擒获了眼镜有异能的警察。菲尔请菲兹帮他读取沃纳冯斯特克的大脑，里面应该有关于马利克的信息。菲尔得到了信息后，前去寻找马利克，通过电话得到了他遍布全球的部分机构。但马利克不以为意，因为“沃德”神祗正在恢复。黛西他们押着那个异能警察正要回去，谁想从天而降的九头蛇的飞行器，将那个异能警察又截走了。苏醒了的埃琳娜还不想留在神盾局，她想回家。迈克担心着她的安全，他给了她一只特殊的表，希望她需要的时候尽管呼叫。西蒙斯总算放下了心结，找到菲兹重归于好。林肯也跟黛西相吻着。马利克还在搜集着异人。他有点失望地站在“沃德”面前，说他也许跟他想的不一样。可是“沃德”站了起来，说他很快就可以看到他的能力了。

菲尔打电话给新任ATCU长官格伦，可他既拒绝见面，也不想谈。菲尔只有跟踪他到机场见面，邀他一起去参加几国组织的异人研讨会，因为菲尔知道，马利克肯定对这样的会议不会袖手旁观，而且，也有必要了解到元首当中有没有储备异人的。格伦不承认菲尔是他的上司，也无意做搭档，他根本不想接总统交给他的这个差事。不快的气氛一直到菲尔提到了格伦的妻子卡尔拉和儿子乔治，才有所缓和。梅和林肯负责外围行动，保护菲尔的安全。克里尔是个轮胎异人，梅和林肯看见他出现在菲尔附近，急忙冲出去与他较量。克里尔的异能十分强大，梅和林肯联手才总算勉强将他制服，这时听到格伦说克里尔是保护他的。大家有点无法接受。因为克里尔曾是九头蛇的人，而且还杀过神盾局人员。可格伦说他已经变好了，外面有异能的人太多实在危险，他需要拥有一个自己的异能保护者。菲尔认为秘密会议克里尔还不适合出席，但格伦坚称，如果不让克里尔去，他也不去参加。菲尔同意了。他们飞赴台湾参加这次秘密会议。黛西因为是异人，菲尔宥于会议规则，没让她前往。他本人以医生的身份和格伦一起出席了会议。留在神盾局的克蒙斯发现了克里尔DNA的异常，他身体里有能阻止泰瑞根变异并化解的物质。黛西觉得政府如果知道有这种物质存在，肯定会对异人们注射。黛西十分珍惜自己变异后拥有的异能，觉得这种天赋可以使她帮助更多的好人。林肯却觉得异人们可以自己主动选择，决定拥有还是放弃异能。会议进行期间，梅、亨特、芭比扮成服务员进入各国政要房间探秘。一切貌似在按计划进行。可是，会议中格伦突然变脸，竟在各国政要面前，诬蔑菲尔是九头蛇的局长，马利克也走进了会议室，菲尔这才意识到，格伦竟然是马利克的内应。因为马利克抓了他的儿子来挟持。最终，格伦也被马利克关了起来。幸好克里尔赶到救出了他们。然后他们分头去追踪马利克，营救格伦的儿子。菲尔也找到了格伦的妻子。夫妻团聚使格伦对菲尔很感激，他对菲尔展示了友好的态度。异星球神祗正在了解着宿主沃德，真正的沃德已经死亡。马利克知道这个新沃德需要大量异人，于是将他们救回的眼睛有异能的警察押了过来。警察发现自己的异能对新沃德没用很是诧异。沃德展示自己的能力收服了他。沃德让手下为他抓了五个活人，然后生生地吸化了他们，五具炭化般的枯骨倒地，而沃德，则更为强大地站立起来。

芭比和亨特躲在机舱，一路跟踪马利克来到了天寒地冻的西伯利亚。从机舱里溜出来后，因为几个小时在密不透风的舱底躲藏，亨特的腿麻木得差点失了知觉。他俩成功地锁定了马利克的车队，抢了车尾随到了他们的秘密基地。按菲尔的命令，他们还得设法潜入，获取马利克来此的动机。正在观察着基地里正推出一个异能人时，两人被发现了。两人谎称采蘑菇时迷了路，还是没能蒙混过关，只得大打出手制服对手。黛西和迈克、梅坐飞行器也赶到了，芭比亨特告诉他们说，马利克和俄国几个内阁部长，要去看一个被用生物高科技控制的异人。大家决定潜入进去。芭比成功地潜入，并将现场信号传给了菲尔和梅他们。俄总理是反对建异能人庇护所的，他派了私人助理前来，结果被他的对立面，内阁部长派人给杀掉了。因为其中一位部长将军本身就是异能人。听到世界上居然有了第一位异能人政客，而且这个政客还能拿到核武器发射密码，神盾局的特工们议论纷纷。这时，马利克建议放出那个异能人部长，菲尔意识到马利克是想在俄国策划一起政变。那个芭比和亨特最开始看到的被控制的异能人放出来了，原来他就是那个异能部长。后方，神盾局里菲尔菲兹西蒙斯在忙碌着解析和向在俄国的行动组传递信息，黛西和迈克混进了俄国人的机控中心，监视着马利克等人，配合着芭比的行动，梅和亨特发现了总理助理的尸体。不明情况的俄国总理正在赶到基地，异能人刺客正在等候着他。菲尔下令梅和亨特要保护俄国总理，黛西迈克芭比去控制异能将军。内阁们还试图说服总理，总理问到了自己助理在哪儿，内阁部长们正要翻脸，神盾局特工们出动了，声东击西，梅和亨特救出了总理，但异能将军可不好对付，他可以控制自己的影子和密度，迈克被他击晕过去，芭比黛西联手也对他无可奈何，黛西后来还被他掷晕了过去。异能将军离体的影子，又迎面拦住了亨特和总理的去路，芭比闻讯赶去支援，她及时击毙了异能将军的原身，救了总理。但不幸的是，芭比和亨特被捕了。面对审讯，两人竭力回避他们的真正意图和任务，但俄国人显然了解他们是神盾局的人。但俄方得到了美国政府的通知，所以，也不敢随意处决两人，只得耐着性子审问他们，想熬到两人崩溃时问到真话一无所获，最后，俄国人利用了两人彼此的爱做为弱点。被救出的俄国总理并不领情，他对美国总统说必须有人对俄国政府内部有人被杀一事负责，菲尔也陪同在场，他提醒总理，死掉的三人中，有两人都是要杀总理的。总理依然不为所动。菲尔进入监牢，开启信号干扰监视后，交代两人潜逃，但芭比和亨特这时却不想贪生怕死，置神盾局和美国于俄国枪口之下，两人决定大义赴死。幸运的是，最后关头，俄国总理得知两人既不是神盾局特工，又不隶属于美国政府之后，大概念在两人救了他命的事实，最终无罪释放了两人，但他们再也不能做神盾局特工了。两人在酒吧里讨论着到哪里度假时，既看到了如影随形的情报局监视者，也看到了前同事们，西蒙斯、菲兹、迈克、黛西、梅、菲尔，他们暗暗地先后为两人点了酒，这是场间谍式告别，没有一言半语，唯有默默地注视，遥遥地举杯饮尽，落寞地一一离去。再见，亨特!保重，芭比!

度假的迈克和弟弟惬意地聊着天，收拾着心爱的摩托车。这时，电视上播放了一则新闻。这是几个号称“监察者”的蒙面分子袭击ATCU大楼的新闻。因为特工局现在人手很缺，菲尔打电话给迈克让他就近赶往现场，寻找线索。听到迈克说要离开几个小时，本来准备共进午餐的弟弟，不能理解迈克的借口有点沮丧。迈克一直对弟弟假称是在一家保险公司工作。菲尔还派了黛西和菲茨赶去和迈克会合。林肯很想参加这次行动，但菲尔看了他的有关评估报告后没有同意。菲茨在现场发现了硝化物，将这个消息汇报给菲尔后，他们都意识到了这是前神盾局某特工干的，他的名字叫布莱克。菲尔尽管对林肯的评估报告不满意，对林肯做特工的决心，服从任务的意识等方面存在着担心，还是决定亲自带林肯参加这次行动，并借机观察其反应。迈克的弟弟还不起贷款，欠了一大笔债。迈克不理解他，当听到弟弟的言论和那些监察者别无二致时，迈克警告他离那些人远点，没再看他们在网上的言论，可弟弟说，那些监察者理解他。黛西查明了那些袭击者将在伊斯特林农场集会，策划下一次暴行，于是电话通知迈克前去。迈克和黛西菲茨正蹲守在农场附近观察时，迈克的弟弟鲁本骑摩托车也来了，他看到迈克后大声地打起招呼，结果惊动了那些袭击者。迈克只好对发现他们的人开了枪，鲁本看到迈克这样做，大吃一惊，掉头骑摩托车而去。梅一直在查找安德鲁即鞭笞的下落，西蒙斯告诉她，她的查找方向错了，因为安德鲁跟其它异人不同，而且，西蒙斯还提出说安德鲁的转化尚未彻底完成，她跟菲茨研究中发现有疫苗可以中止继续转化。梅听了却说不想要希望，因为她担心希望破灭带来无法承受的失望，现在，她一心奉命找到他，并杀了他。菲尔接到黛西的报告说在农场集会处听到了布莱克的声音，正待目击确认，以为布莱克不在，结果搜查他的安全屋时，竟发现布莱克就在屋里。布莱克说他无处不在。菲尔从布莱克异乎寻常的长篇大论中发现了问题，于是让林肯动手，这才发现这个布莱克只不过是个全息像。黛西不想马上撤退，结果导致菲茨中弹，这是颗会爆炸的子弹。他们急忙返回神盾局，最终设法解决了问题。迈克一直追回家去向鲁本解释，鲁本并不相信，还在指责着迈克时，袭击者赶来，并且引爆了他们的摩托车。他们将迈克当成了异人，奉命赶来抓捕。兄弟俩联手打败了五个袭击者，但迈克也左臂受伤。黛西将迈克接回去，跟鲁本聊了会儿，鲁本总算理解了迈克的工作。

神盾局接到了自称埃德温的电话，他呼叫黛西，并且说九头蛇要来了，他就要死了。神盾局的人急忙赶去，黛西还在追问着商铺老板埃德温为什么说九头蛇要来了时，天空出现了九头蛇的飞行器，混乱的对抗中，埃德温被击毙了。黛西意识到躲在不远处的那个流浪汉查尔斯是异人时，九头蛇的飞行器已将流浪汉抓走。黛西只来得及抓了一下他的手。这时，黛西眼前也莫名地出现了神盾局同仁们惨烈一幕的惊人幻觉。看起来完全恢复的新沃德跟马利克会面。他追问马利克救他回来的原因，直言马利克是为了获得财富、权势之外的更强大的真正力量，并且将流浪汉带到了马利克面前。黛西告诉了同事们她看到的未来一幕。林肯满面是血，菲尔还拿枪对准了她。因为有前车之鉴，黛西说自己想改变未来。她要去救那个流浪汉查尔斯。菲尔却分析道，黛西身处这些幻像的中心，所以黛西应该留在基地。让梅代替黛西去救出查尔斯。黛西回忆着幻像中的细节。她描述了那个场景，并且说无论多么糟糕的事，感觉中这一切今晚就会出现。查尔斯的妻子来到了神盾局，她告诉了黛西，只要接触了查尔斯的手，就能看到未来必然发生的某个人的死亡。为此，查尔斯才不得不痛苦得抛弃了她和孩子，外出流浪。马利克带着新沃德，要收购制作智能假肢的一家公司，因为他们制作了菲尔的假肢。当公司老板拒绝时，他们让流浪汉摸了下老板的手，老板看到了恐怖血腥的景象，惊恐的他马上同意出售公司，但还是没逃脱厄运。梅为了确保完成使命，跟同事们一遍遍按黛西看到的影像演示，以便将来身处其境时，能抢占先机。菲兹却担心着会出现什么事，让梅无法前去。因为黛西看到的幻像中，毕竟没有梅。马利克穿上了新沃德让他穿的新式服装，以获得异人们拥有的那种力量。他使用了一下，感到满意，但新沃德让他亲手杀人，并讲到自己当时在异星球上，被菲尔扼杀时的情景，他一直保留并拿着当时菲尔留下的那个假肢。神盾局特工们正要出发前往那个幻像地大楼时，安德鲁走进了神盾局，他告诉梅鞭笞就要完全控制他了，他要进行最后一次变身，现在来是为了跟梅告别。黛西决定自己去，并且为了不出现那悲剧，让大家全部留在局里不要出来。梅陪着安德鲁，注射着可能会阻止他继续变身的疫苗，安德鲁说他回到神盾局，也许会对神盾局和梅有帮助，因为他模糊地感觉到自己好像是有着什么伟大目标。安德鲁感觉到即将变身时，冲进了金属舱，隔着玻璃和梅掌对掌，但转瞬间，他变成了怪物鞭笞。大家在管理器前看到了新沃德后，不由替黛西即将面对的复杂情况担忧。幸亏菲尔率人及时赶到相助。黛西赶到楼顶去救查尔斯，马利克将她击倒在地，一拳拳痛击着。林肯被撞得满脸是血。幻像当中的一切似乎正在一一发生。查尔斯为救黛西，抓住了马利克的肩膀，马利克瘫到一旁。查尔斯改变了未来，欣慰地死去。

马利克没想到沃德通过女儿，召集了九头蛇的核心成员集会。马利克见到沃德强颜欢笑，内心的不快被女儿看了出来。女儿问他缘由，马利克说他的手接触到异人查尔斯的手时，看到了自己痛苦无比的死亡，而杀他的人，正是新沃德。女儿斯蒂芬妮震惊之外，告诉父亲不能这么束手待毙，应该让沃德记起来，马利克是他的恩人无比重要，是他将他带到了这个星球。当马利克跟九头蛇的核心成员们谈话时，沃德出现打断了他，告知大家他就是那个九头蛇的上帝，现在，他从异星球的流放地回来了。菲尔让实验室研究明明被他杀死、现在却出现了的沃德到底是个什么玩艺儿。大家基本上已还原了事实，知道这个沃德是被那个异星球生物附体了，并且还拥有着沃德的记忆。大家猜测着它来到这个星球的目的，并且分析到它有可能通过转基因生物、农药毁灭全球的食物供应，而且还有准军事行动参与进来。菲尔跟同事们寻找着对策。菲尔派黛西和林肯，一起前去寻找一个来世的异人詹姆斯，他有潜能，但还没得到异能。黛西刚迈进他的领地，就踩到了他安放的地雷。黛西使用异能才摆脱危险。最后，林肯带走了詹姆斯交出来的石头。马利克的保安主管吉耶拉身负异能，自从沃德出现后，他就对马利克阳奉阴违，对沃德唯命是从。他可以控制他视线内的一切东西。菲尔带人赶去被他们销毁掉的实验室查找线索。这时，吉耶拉回来了，菲尔将他引进了事先准备好的圈套，梅正在一间光秃秃的房间里候着，那里，吉耶拉的异能将无法发挥，因为无物可以控制。梅打昏了他，将他锁进了神盾局的密封舱。西蒙斯分析了这个异星球生物，其实是一个保留了他所劫持躯体记忆的寄生虫，只是一个个牺牲者的宿主。确实，当沃德以马利克的弟弟纳撒的身份，开口对马利克讲话时，马利克知道，他当年不敢做出牺牲，而让他的弟弟纳撒去了异星球血祭，沃德正在算这笔账。女儿听到后惊呆了，因为她一直相信着家族里这个至高无上的牺牲传统，而父亲只是在说谎是个骗子。沃德留着马利克还有用，所以，他吻了他的女儿，女儿当场死去。吉耶拉居然用异能逃出了密封舱，菲尔他们在他的异能面前，都丧失了还击之力，吉耶拉控制了神盾局的飞行器。紧要关头梅联系了黛西，话未说完已被吉耶拉打晕。

面对紧急情况，黛西召集了她一直秘密储备的战队。她和林肯率领乔伊和埃琳娜前往营救神盾局特工们。吉耶拉控制着神盾局的飞行器回到九头蛇的势力范围。梅身负重伤，失血很严重。队员们躲进一个舱里坚守，外面强敌环伺。这时，黛西她们赶来了，纷纷利用异能战胜九头蛇的敌人。林肯还抓到了马利克。不过，很快被那个眼镜异能警察卢西奥电晕，幸亏乔伊及时出手才扭转局面。特工们边设法抢救着梅，边尽力阻挡着敌人的进攻。黛西他们除掉了外舱门外的敌人，敲响了舱门。梅不顾重伤，驾驶飞行器返回神盾局。吉耶拉懊悔地向沃德说事情没有办好，沃德说飞行器里已经有他们的人混入了。黛西的战队们回忆着今天的胜利。菲尔审讯着马利克。马利克告诉了他沃德的真实面目，并提到他杀了自己的女儿。他还提到了菲尔不该对异人们过于信任，因为他曾犯了这样的错误，以前他那些异人部下现在全部效忠于沃德，因为他体内附着“蜂巢”，那个神，那个魔鬼，它能感染他们，为他所用。并告诫菲尔，这次派去营救的异人们，可能已被感染，原来信任的人最好别再信任了。林肯拿着关于未来的水晶球在看，黛西问他在干什么，并对他以前瞒着她做的一些事表示不解。埃琳娜和久未见面的迈克愉快地聊着天。卢西奥的尸体读数有些异常。菲尔心情沉重地走出审讯室，疑虑重重地审视着异人队员们，并让迈克封锁了基地。暗中观察着谁是那个感染者。马利克为了复仇，答应了和神盾局合作。西蒙斯解剖卢西奥的大脑时，发现了感染迹象。紧接着，又发现马利克被杀了。菲尔准备隔离检查异人队员时，遇到了反抗。尽管菲尔告诉了他们原因 ，他们还是冲动地聚集一处，并将门锁熔化堵死。黛西保护理智劝慰着秘密战队的队员们，很快异人们又彼此怀疑。为了不伤害神盾局的人，也不让异人们受伤，黛西假说带着他们从秘密电梯离开。迈克搜查队员物品时，明白了林肯是那个被感染者。这时，黛西他们也过来了。林肯被击晕隔离，菲尔也告诉黛西，只能先解散她的战队了，因为异人们会被感染，也不能接触沃德。黛西后来却找到林肯，说要带他离开，她是那个感染者，现在她觉得无比快乐。林肯拒绝跟她离开。黛西带走了水晶球并毁掉了神盾局飞行器。

神盾局乱作一团，菲尔的腿部也受了伤。测试结果出来了，黛西是唯一被感染的，其它异人暂时安全。迈克和梅担心地议论着，基地危险了，黛西随时可能带那个掌握了他们情况的蜂巢过来，临走前黛西还拿走了泰瑞根水晶和克里古人器物。菲尔正在抢修飞行器。他坚信黛西还是他们的一员，她只是被感染暂时成了人质。因为，他始终在心里将黛西当成女儿看待。黛西告诉新沃德，自己只要跟他呆在一起就很充实，她甚至请林肯也过去。听到新沃德说，如果大家全都目标一致，就不会有战争，这里会成为异人们幸福的星球时，黛西甚至依偎到了新沃德的肩头。神盾局的特工们不无苦恼地注意到了黛西跟从新沃德后很快乐。因为新沃德能刺激宿主大脑中的快乐中枢。大家商量着想要寻求除寄生虫的博士帮助，来救回黛西。菲尔知道新沃德正在组建异人军队，怕被蜂巢控制的黛西，会带着新沃德提前找到会分身的艾丽莎，于是决定先去找她。为了救回黛西，林肯不惜穿上自杀背心，要求和菲尔、梅一起出外勤。这是菲尔为了以免林肯也被沃德控制的险棋。他和菲尔、梅出发了，刚找到艾丽莎，林肯就发现了她的异常，显然她已经被黛西带着的沃德先找到，并被感染了。艾丽莎劝诱着林肯不必忠于人类，人类只是低级动物。林肯不为所动，和梅一起除掉了艾丽莎的两个分身。艾丽莎的本体感应到了，尽管痛苦，她却还是对着新沃德露出了笑容，并表示她乐意为他做出一切牺牲。黛西又带着沃德找到了半异人詹姆斯，逼着他交出克里古人器物，詹姆斯不肯，于是黛西逼着他变成了异人，并为沃德感染控制，丧失了自制力的詹姆斯交出了他一直藏着的克里古人器物的剩余部分，这个器物，是唯一能毁灭新沃德的东西。菲尔派西蒙斯、菲茨、迈克前去找博士。菲茨、西蒙斯进入了博士经常出入的高级会所。正当他们费尽周折见到博士，努力说服博士解救黛西时，新沃德和黛西、艾丽莎、詹姆斯赶到了，他们挟持了博士。黛西还警告菲茨说别再找她了，下次她一定会扭断他的脖子。而新沃德，以已死在异星球的威尔的语气说话，抚摸西蒙斯的脸颊，西蒙斯泪流满面，但依然清醒地知道，他不是他，他只是吞噬了威尔生命，偷了威尔记忆的蜂巢。她出其不意地开了枪，打中了新沃德的腹部，迅速逃离。三人最后总算安全地到了汇合地点。

新沃德对黛西和其它追随他的异人们，讲述了他当年被克里人捕获后做实验的经过。新沃德还说，克里人也改造了异人们的祖先。所以，这些人建立了九头蛇，迎接他的归来。现在，他要回报这些人的忠诚，在他们身上重现当时克里人的实验。菲兹研究出了能抗蜂巢毒素的物质，这是能救回黛西的唯一办法了。可是，克蒙斯又又担心使用过程中会造成黛西出现其它不好的症状。林肯听了，主动要求要自己身上先做实验。但菲尔得知如此做可能会摧毁被实验者免疫系统的风险后，命令菲兹另外寻找办法。他不想失去林肯这个神盾局新加入的特工。林肯见多说无益，为救黛西，他自己注射了抗毒素。菲尔和迈克居然通过神盾局的系统，寻找到了黛西踪迹。菲尔认为这是陷阱，而迈克却感情用事地以为也许黛西故意这样做，好让昔日的同事前去救她。菲尔尽管一直将黛西视作自己的女儿，但却认为迈克错了。有了线索，但不能掉以轻心，如果此次前往，务必将蜂巢一举消灭。博士为新沃德的设想所吸引，帮他们将泰瑞根水晶用于实验，将正常人转化成异人。但教授的实验失败了。他对新沃德说如果要成功，他需要一个活着的克里人的基因，新沃德差点杀掉教授，但最后还是放了他一马。神盾局的特工们全副武装地出发了，大家下定决心要救回黛西，摧毁蜂巢，尤其迈克，黛西是他的搭档，而他居然对黛西的变化一无所知，他内心对此感到内疚，一心要弥补。特工们赶到后，梅发现了詹姆斯，她假意套近乎，得知了新沃德抓走博士的真正目的，帮他将普通人改造成异人，然后建立异人军队。当得知了新沃德的确切所在地后，梅击晕了詹姆斯。为了得到活的克里人的血液。新沃德召唤来了克里猎杀者，然后让黛西去对付他们。艾丽莎很快死于猎杀者之手，这时，黛西出现了，一直躲在暗处观察的神盾局特工们执行着菲尔的命令，可迈克却想违令去帮黛西。猎杀者被黛西制服，教授抽到了足够的血液。这时，迈克出现要救回黛西，而黛西却将他击倒在地痛殴。另一个猎杀者最终被新沃德所杀，特工们的武器显然也伤不了新沃德，神盾局只得火速撤离。新沃德因黛西未能如约扯出迈克的心脏而对她的忠诚表示怀疑。黛西为了证明自己，告知他自己体内就有克里人的血液，有助于实验。

格伦代表总统来跟菲尔谈话。总统希望神盾局能走入公众视野，这就需要菲尔将神盾局信息透明公开，包括下辖的所有异能人士。这对异能人士来说是很危险的，因为公众对他们的仇恨不知何时便会点燃，这无异于将他们置于险地。菲尔决定说服他。他这次毫无保留地带他参观基地。但当格伦看到鞭笞时，却突然间愤怒起来。菲尔告诉他，鞭笞的存在是有用的，也许他就是为了杀蜂巢而出现的。菲尔还让西蒙斯告诉了格伦所有真相。格伦了解到了蜂巢正在行动，他已掌握了将人快速转化成异人的办法。博士抽取了黛西的血液，用于制造异人。黛西尽管失血过多，但她依然十分乐意，甚至不惜为此献出生命。这一次，博士没有让蜂巢失望，他将人转化成了异人，但因为某种因素没有控制好，新转化的异人极其丑陋，可蜂巢显然对此很满意。他告诉博士不必改进，就这样造出大批量的异人就行。因为异人们显然只是他利用的工具，他对之毫不在意。黛西不停地攻入神盾局的系统，她想掌握神盾局的每一个动向。林肯一直被关着感到很烦燥，但菲尔担心他失去黛西后将采取不理智措施，所以暂时不想还他自由。黛西攻入了神盾局系统，通过他房间的屏幕跟他交谈。在她的帮助下，林肯逃出了神盾局。正在参观的格伦得知了这个消息，正在怪罪神盾局的时候，梅揭开了真相。事实上，林肯没有逃，这只是神盾局安排好的反击，是鞭笞代替林肯，乘飞行器去了蜂巢所在小镇。鞭笞果然像是为毁灭蜂巢而存在的，别的异人在蜂巢面前只有乖乖就范的份儿，而鞭笞一出手即致蜂巢重伤。蜂巢倒地无还手之力。新转化的丑陋异人们袭击鞭笞，被鞭笞一一干掉。因抽血过多正休息的黛西看到情况，赶去帮蜂巢袭击鞭笞，只进行了一轮进攻就无力地躺倒在地上。鞭笞显然记得所有往事，他走过去不但没有难为黛西，反而帮她恢复了体力重获自由。他将她抱到飞行器上想带她离开，这时，詹姆斯突然从背后进攻，火鞭穿透了鞭笞的心脏，鞭笞倒地而亡，没来得及结果蜂巢。清醒了的黛西打退了詹姆斯的进攻，重新返回了神盾局。所有的老同事们欢迎着她的归来。

迈克埃琳娜和梅驾驶飞行器赶往太平洋地区美军发射井，他们想抢在蜂巢赶到之前。因为那儿的导弹发射装置，很可能被蜂巢用来高空散播病毒，感染正常人转化成被他控制的异人。但五小时前，发射井的工作基地人员就已经失联。情况紧急，格伦向国防部高官索要停止发射的代码，高官不同意，而要因循守旧地按程序来，如果真的那样做，得耗时两周。在他们视频谈话时，菲茨根据谈话内容，将代码存放地址通知了菲尔，并假扮高官通知下属将代码交给菲尔。迈克他们已在发射井降落，他们抱着不成功便成仁的决心。千钧一发之际，发射被及时中止。愤怒的蜂巢知道又是神盾局作梗，他一面让博士想办法解决发射问题，一面决定报复神盾局。林肯以身犯险，将蜂巢引到迈克所在的地方。迈克安装了专门对付蜂巢的装置。他们想用这装置烧坏蜂巢的大脑。趁蜂巢陷入混乱之时，他们赶去解救人质。博士也趁机脱困。甚至在蜂巢追出来的时候，他们还将蜂巢困在玻璃舱内凝胶块中带回了神盾局。格伦对此十分满意，感到事情有了巨大进展。但装满感染人类病原体的弹头被蜂巢藏起来还没找到。回来的黛西尽管提供了大量情报，对神盾局抓捕蜂巢十分有帮助，但她陷入对往事的自责和摆脱蜂巢的不适矛盾中，难以理性。迈克宽恕原谅让她感动。她及时控制了心中阴暗面的扩展。菲茨被原始异人袭击，幸亏西蒙斯及时打开门才得以逃脱。但那些原始异人将蜂巢救了出来。蜂巢从黛西那儿了解到了神盾局的一切，他很快发现，通过和风也照样能起到散播病毒的目的。这时，黛西来到他面前，慢慢跪下，求他再次接纳她。

黛西跪求蜂巢重新接纳自己，蜂巢先是狐疑但很快同意。他将手放到黛西脸颊，但马上又抽回了手。因为他发现黛西有了免疫力。黛西趁其不备，对他发动了攻击，但最终被营救蜂巢的詹姆斯等人擒获并带走。留在神盾局的原始异人们继续对神盾局的人进行攻击，埃琳娜为了保护迈克中弹倒下了。这些异人们唯一的缺陷是视力差，聪明的西蒙斯发现这点后，调高了温度，这些异人们于是变成了睁眼瞎。梅和菲茨进了和风，菲茨机智地击毙了吉耶拉，并救出了黛西。蜂巢让詹姆斯找到他们。菲尔也驾机追了过来，为了避免更多特工们受伤，他留下了迈克他们，独身前去配合梅和菲茨。但队员们显然不甘自己怕局长如此受伤，最终他们设下了更好的计谋。当菲尔出现在蜂巢面前时，蜂巢从新沃德的样子变回本相，因为他迫不及待地想占有菲尔的身体和记忆，从而以菲尔的面目出现，号令神盾局。谁知这一切早在预料中，他面前的菲尔只是个全息影像，用来分散他注意力的。神盾局的人已经登舱并和梅黛西他们会合了。黛西明了了自己的命运， 她决定将装有弹头的部分带入太空，然后引爆拯救地球上的人们。林肯发现了她的决定，利用手动装置，率先升入太空，选择了自我牺牲替黛西完成使命。黛西心痛欲碎，她觉得他是在为她曾犯下的错付出代价，菲尔安慰她说，是为所有人的错。太空中，林肯在为自己能同时拯救世界和自已所爱的女人而欣慰。林肯与蜂巢一同在太空中爆炸了。神盾局的特工们全都垂下了头。悲哀在所有人心中漫延。六个月后，迈克和菲尔按命令等待抓捕黛西，神盾局的人就要被分流了，两人对自己将来会被安排到什么地方也并不清晰。黛西不断地利用自己的异能在银行做案。她用这笔钱帮助了能预示未来的死去的异人的妻女，在菲尔和迈克抓到她之前，成功逃脱。

一位叫作伊诺克的不知名外星男子，带领私人军队抓走于餐厅里等候的考森一行人，唯独将费兹留下来，将他们一行人静止后、透过一座白色巨石传送至一个地点未知的太空站中。众人于传送过程中失散，不知他们身在何处，并还在所在房间里找到一大堆被吸干的死尸。

考森试图向迪克问出他们的所在地时，却从迪克的一系列奇怪说词中，才发现他们所有人其实靠巨石穿越时空。梅和洁玛开维吉尔的拖曳宇宙船环绕这座大型太空站，不久后才发现她们已经身在地球轨道上；而完整的地球已经裂解成为一片凄凉地狱。“无家可归”的他们因对这座深入地球地底的堡垒“灯塔”（The Lighthouse）一无所知便只好跟从迪克，由另一名女居民泰丝的带领走入灯塔居民聚集的跳蚤市场。

考森他们每人手中安装上生物表后日夜不停地为格里尔工作，虽然渐渐融入环境，但很快便对格里尔的粗暴态度难以忍受。而格里尔同样开始怀疑考森等人的到来，便派遣副手塞夫监视他们。考森决定借由即将执行的外星采收任务来前往维吉尔笔记本上注明的地球碎石“616号”，但由于塞夫跟着他们前去而使考森的计划最终暴露。

黛西被卡塞尔斯作为最高规格的异人斗士竞买，但她结识同是异人的读心男子班，其为了保护家人而选择服从克里人命令。卡塞尔斯急切想知道神盾局从过去穿越至此之预言是否属实，认为除了黛西和洁玛之外还有其他人，但所幸班用他隐瞒的灌输想法之异能，让黛西和洁玛的说词一致才让卡塞尔斯暂时相信她们。班同时探听到卡塞尔斯达到目的后将会遗弃人类、并摧毁地球的真正目的后，决定不再忍气吞声而和黛西合作扳倒克里人势力。

当考森一行人从餐厅“消失”后，单独留下的费兹很快就被军方逮捕至军方基地“蓝鸦岭”（Blue Raven Ridge），针对行刺塔伯特以及梅斯局长与霍登身亡等等案件进行盘问。关押的六个月期间，费兹得到特殊优待而试图协助军方找出考森等人的下落，但始终未果而将面临终身监禁，直到他所寄出的读者邮件引起老伙伴兰斯·杭特注意。

克里守望者准备对灯塔孩子们进行一次未安排的异人转换仪式，泰丝的好友佛林特成为其中一员。在泰瑞根迷雾中，只有佛林特一人转换成为异人，埃琳娜不想让他落入克里人之手，在他脱离石化过程的一瞬间将他迅速转移至工作室而消失。克里人开始翻遍所有居民楼层寻找他的下落，而泰丝因为被怀疑窝藏他而成为牺牲者之一，遗体还被挂起来示众。

Kasius和哥哥的矛盾日益激化，最终反目成仇；Flint自感愧疚前去找克里人复仇，反被抓，好在迅速被Daisy等人救援。Fitz告诉Mack自己把武器都暗藏在第三层（Roach横行的地方）；除了Mack和Yoyo一起和Flint暂且先留下寻找神盾局的武器外，其余人到达表面乘矿船离去。

考森、黛西、费兹、洁玛和迪克于拖曳船迫降幸存后，跑到和风一号上和梅会合，于飞机中遇见由多数幸存者组成的忠实信徒，当中有迪克父亲的老朋友山缪·沃斯，以及她们所信奉的先知萝𬞟。与此同时，在灯塔内部，卡塞尔斯为了逼出反抗者而决定靠杀鸡儆猴，通过引所有在第三层活动的蟑螂群通过电梯跑到下层居民区屠杀居民。

内哄结束后，考森等人遭遇持续恶化的重力风暴，将会把和风一号扯个粉碎，沃斯等其他信徒被疏散至地底洞穴躲避。梅供述佛林特能够利用其控石能力将白色巨石组合完成，让他们成功回到过去阻止世界毁灭，但黛西开始对自己将会造成的灭顶之灾感到恐惧。

考森等人返回灯塔内部，仅除伊诺克留在飞机上确保时间穿梭仪器能及时运用，众人合作将泰丝等所有人类居民救离至拖曳船上远离，包括被克里人看管的异人与其他囚犯。卡塞尔斯寻获瑟娜拉的尸体后勃然大怒，用一种能够给人提供短暂强悍能力的黑色液体“憎恶之液”（Odium）感染他的训练官泰伊，使他陷入疯狂而伏击考森和黛西。

主角一行人通过巨石穿越回还安好的地球，在灯塔里还有另一永生人等待着他们，他们发现了疑似前文提到的世界末日来临前的一束光，于是动身前往一探究竟并努力阻止末日来临。还有一个令人惊喜的人也出现在了地球上......

发射器爆炸，产生了“恐惧裂缝”，自知时日不多的寇森主动要求去修复裂缝，同时寇森安排迪克出去邀请神盾局旧友前来参加科学宝宝婚礼。

费兹表示急需更多重力𬭩来维持裂缝封闭，考森于是率队寻找“原则号”：一艘赛博科技企业名下的运输船，其在运送先前被伊恩·奎恩夺走的大型重力𬭩渡海途中于雷暴中神秘失踪。为了寻找前赛博科技职员，考森等人找上一向负责帮人建立新身份的东尼·凯恩，其曾经是麦克的神盾局学院室友，通过他提供的几个前职员，一直没问出船的所在地。

由于恐惧维度即将再次打开，加上无法将刚获取的重力𬭩放置入新仪器，费兹开始陷入焦躁、彻夜不眠地思考解决方案，而在框架世界中的的邪恶费兹则以恐惧化身的方式出现在他面前。两个费兹以这场危机的解决方案发生争论，而邪恶费兹则先下手为强，重启从原则号上带回来的机械士兵袭击医疗站的麦克和埃琳娜，并抓走独身在地下的黛西去做手术，打算取出她头部上的抑制器来恢复其异能，以此来解决面对的重力𬭩问题。

1990年，少女时期的海尔于蓝鸦岭基地的九头蛇秘密学院中以第一名成绩毕业，除了跟她同期毕业的贾斯伯·西德维尔和沃夫冈·冯·史特拉克被分派到各个地点服务以外，她被丹尼尔·怀特霍分配到美国空军卧底，同时被选中执行人工受精而怀上女儿露比作为九头蛇的未来领袖。如今，塔伯特虽然从昏迷中清醒，但因丧失情绪控制而导致其家人全部远离他。

海尔持续寻找粒子注入舱的过程中，意图用克瑞尔作为先行实验对象，对此不满的露比怀疑克瑞尔会霸占她梦想的一切，于是和沃纳密谋并寻找更多答案。当克瑞尔和重力𬭩短暂进行身体接触后，脑中开始浮现富兰克林·霍尔的记忆以及其对考森的憎恨，克瑞尔去找考森对峙时得知塔伯特也被拘禁于此后，才暂时跟考森合作解救出塔伯特。

露比为了让母亲改变对她的看法，独自通过转移仪器来到考森和塔伯特所在的雪山地区并追上他们，所幸黛西带人及时赶来将他们救走。黛西独自对抗梦想能击败她的露比，留下来支援她的迪克却因此中枪伤，让她们搭机撤回灯塔。伤势严重的迪克因为性命不保，麦克和派珀合作进行紧急治疗才使迪克稳定，而迪克在神志不清的情况下说出他其实喜欢黛西。

海尔从克瑞尔口中得知困于重力𬭩里的霍尔和奎恩，意识到女儿在玩火自焚。这时，黛西和梅刚好攻入她的基地，海尔带头对黛西和梅投降后，希望她们能协助自己去拯救露比。另一边，费兹和洁玛修零件时想尽办法拖延时间，但露比开始用严刑来强制他们修复完重要零件后，不听劝阻并迫不及待地进入注入舱，开始将重力𬭩注入她的身体里。

神盾局将剩余的重力𬭩和注入舱带回灯塔后，因为针对埃琳娜杀死露比的残忍举动而内杠四起，一心想改变未来的埃琳娜，始终认为她杀生是正确之举。但不久，、塔伯特受操纵时曾经用主电脑泄漏出灯塔所在方位，夸瓦斯驾驶大型外星舰船停在灯塔正上方准备发动围攻，考森跟随史托纳将军的影像指令，让整座灯塔启动预防核战争的长达十五年之全面封锁程序。

塔伯特协同著考森搭上联盟星舰，原本让夸瓦斯感到不满，但塔伯特展示他刚获得的强大重力操纵之能力并杀死一个士兵后，才让夸瓦斯带头跪地投降。在考森的提议下，塔伯特跟随夸瓦斯会见他在内的联盟六大领袖，由于没人肯让人类加入联盟，塔伯特杀死其中一位领袖后获得当中的克里人领袖塔瑞恩之尊敬，其身为卡塞尔斯的父亲。塔瑞恩告知说地球另一处正在遭受泰坦霸王萨诺斯等党羽的大举入侵，因此提议塔伯特去寻找并吸收藏于地表下的未开发之重力𬭩，增强力量而有能力和萨诺斯对抗。

黛西被以精神控制的方式在联盟会面地点跟塔瑞恩会谈，因为受头部抑制器影响而无法使用能力，黛西最后拒绝跟随塔瑞恩后突破抑制器并在现实清醒，救出考森、梅和独自前来营救的迪克。考森和梅互相表示爱意后兵分两路，黛西带考森回和风一号上撤离，梅带着接触过外星数字的迪克到驾驶室，改写星舰导弹系统将目标设为船体本身。

神盾局对于是否拯救考森性命再次引发争议，不惜一切想挽救考森的梅，自行摔碎攻克塔伯特所用的憎恶之液。迪克在灯塔里帮忙堆积若引发末日所需的物资时，建议黛西靠联合队伍来解决纷争。