ウォードはプエルトリコからホワイトホールの部下になっていたエージェント33と逃走、過去に“けじめ”をつけるためにタルボットが居る空軍への潜入を図る。彼らの狙いは？そのころ、ハンターは同僚のエージェント、マックに拘束されて、ある組織を訪れていた。そしてその組織には同僚のボビーの姿もあった……。一方、コールソンはスカイをシールドのメンバーから遠ざけ、ある安全な場所に避難させる決断をする。

ゴンザレスが率いる組織は、コールソン率いるシールドの行動に疑問を持ち、さらにコールソンとスカイをも警戒していた。そしてゴンザレスはとうとうシールドへの強硬手段を決断する。事の発端は“シールド崩壊の日”にさかのぼる。彼らの置かれていた状況とは……。そのころ、スカイが身を隠しているところに、ゴードンという特殊能力者が現われる。彼はスカイが霧を浴び、彼女に変化が訪れていることを知っていた……。

シールドを辞めたフィッツは、追っ手を逃れコールソンたちと合流していた。彼らは特殊能力者の研究を続けているヒドラの幹部ストラッカーとリスト博士に接触するために、ウォードとエージェント33に取引を持ち掛ける。一方カルはスカイとミルウォーキーを訪れていた。そこにはかつて彼のオフィスがあり、スカイを案内しながら思い出に浸っていた。しかしそこにはリスト博士が送ったヒドラの兵士たちが向かっていた。

スカイと同様に安全な場所で過ごしていたレイナにも、謎の霧を浴びた後、ある特殊能力が備わっていた。彼女はヒドラに連れ去られたリンカーンに命の危険が迫る夢を見たという。スカイはリンカーンを助けるためにある場所に向かうことを決心する。一方ヒドラに拘束されたマイクを救うためにコールソンは自らマックとモースに連行されることを選ぶ。本部に戻ったコールソンは、ゴンザレスにヒドラの実験を止めるべく協力を要請する。

ソコヴィアの大惨事の後、ジャーインは巨大な石のことを聞かされ、ゴードンとレイナを捜索に行かせる。シールド本部ではスカイが救出されたリンカーンを看護していた。目覚めたリンカーンはスカイに仲間が危険だと告げる。またシールドのメンバーも特殊能力者であるリンカーンたちを脅威と感じていた。コールソンは彼らのリーダーと会談を設けるべく、スカイに仲介を依頼する。