Coulson und sein Team versuchen, eine schockierende Enthüllung zu verdauen, doch das Team droht daran zu zerbrechen. Schon bald muss entschieden werden, was mit einem der Teammitglieder geschehen soll. Unterdessen erfährt Hunter von Bobbi und Mack, für wen sie tatsächlich arbeiten. Ward und Agent 33 sind derweil in eigener Mission unterwegs ...

Um gemeinsam gegen HYDRA vorgehen zu können, müssen Gonzales und Coulson ihre Differenzen überwinden und sich mit einer Person verbünden, die nicht ihr Vertrauen genießt.

Raina kommt besser mit ihren Visionen klar, kann sie aber nicht immer einordnen. Skye ist hin- und hergerissen zwischen ihrer Loyalität zu S.H.I.E.L.D und den Inhumans.

Durch eine Vision erfährt Raina, dass S.H.I.E.L.D. im Besitz einer Waffe ist, die die Macht hat, die Inhumans zu zerstören. Skye versucht, zwischen den Inhumans und S.H.I.E.L.D. Frieden auszuhandeln.

S.H.I.E.L.D. muss alles aufs Spiel setzen, um diesen Krieg zu überstehen. Es wird immer schwerer Freunde und Feinde voneinander zu unterscheiden. Coulson und sein Team sind gezwungen große Opfer zu bringen. Entscheidungen müssen getroffen werden, die das Leben der einzelnen Teammitglieder und die Beziehungen innerhalb des Teams langfristig beeinflussen werden.