À la lumière des Accords de Sokovie, et avec l’HYDRA oblitérée, le S.H.I.E.L.D. est de nouveau légitime et n’a plus besoin d’opérer dans l’ombre. Depuis que Coulson est mort aux yeux du monde, l’organisation a besoin d’un nouveau Directeur pour lui servir de visage. Coulson se retrouve dans le rôle d’agent et fait équipe avec Mack, et ensemble, ils sont chargés de traquer et de confirmer la présence de personnes améliorées, alias les Inhumains. L'agent May est chargée d'entraîner des équipes d'intervention, tandis Fitz et Simmons ont franchi une étape supplémentaire dans leur relation.

Daisy a l'intention de combattre Ghost Rider, mais à un terrible prix. Tandis que l'audacieux programme du nouveau directeur du S.H.I.E.L.D. choque tout le monde.

En rendant visite à Eli Morrow en prison, Coulson et Mack croisent la route de Robbie Reyes. Réticent, Coulson décide de trouver un accord avec le Rider et de collaborer pour retrouver Lucy Bauer et les autres scientifiques transformés en fantômes. Au même moment, Daisy piège Simmons pour qu'elle la soigne et lui demander de l’aider à trouver qui a piraté les serveurs du SHIELD contenant la localisation des Inhumains pour les Watchdogs.

Les scientifiques spectraux s'attaquent à la prison où est détenu Eli Morrow. Coulson monte une équipe d'intervention d'urgence pour le récupérer avec Daisy, toujours rebelle à l'idée de retourner au SHIELD, et Robbie, dont le pouvoir incontrôlable risque de compromettre la mission. Simmons est retenue par le directeur Mace, alors qu'elle doit passer au détecteur de mensonges.

Le directeur Mace veut reprendre le contrôle des opérations menées par Coulson alors qu'il a Daisy et les frères Reyes à bord de son Quinjet. Cachés, Robbie finit par révéler toute la vérité sur le Ghost Rider et comment il a obtenu ses pouvoirs. Le moment est mal choisi car Lucy Bauer et Eli Morrow sont parvenus à rassembler les moyens qui leur permettront cette fois de mener à bout leur expérience sur le Darkhold.