Команда разделена миллионами световых лет ради решения двух основных задач: найти в космосе погруженного в анабиоз Фитца и понять, кто прорывается на Землю из другой реальности через таинственные порталы. Мак осваивается в новой роли директора, в то время как Йо-Йо решает не ставить крест на своей личной жизни.

Странные пришельцы приступают к осуществлению своей миссии на Земле, для чего им понадобятся таинственные кристаллы. Агенты Щ.И.Т. выслеживают преступников, и Мэй сталкивается с незнакомыми технологиями прежде чем вступить в рукопашную схватку.