フィッツを追ってナロ・アツィアに到着したシモンズたち。入国審査官にフィッツのことを聞いた途端、マラカイというクロニコムに襲われる。一方、フィッツとイノックは惑星キットソンに到着するが、商人のボイルたちにすべてを奪われてしまう。引き換えにもらったカジノのチップ１枚で、一獲千金を狙うフィッツ。イノックの計算能力を駆使してもうけていくが……。

サージに捕らえられたメイ。サージを見るとどうしてもコールソンと過ごした日々を思い出してしまうが、現実に立ち返り攻撃を仕掛ける。一方、イノックはフィッツをさらわれ自己嫌悪に陥っていた。シモンズたちが彼をさらったハンターの行方を捜していたところ、彼らの乗る宇宙船が船団に包囲される。乗り込んできたクロニコムのアタラは、自分たちの星が滅ぼされてしまったと言い……。

アタラに連行されたフィッツとシモンズは、クロニコム星が滅びたことを聞かされ、過去にさかのぼって問題を解決すべくタイムトラベルの方法を解明せよと命じられる。2人はマインド・プリズンに閉じ込められ、お互いの潜在意識や過去の記憶を目の当たりにする。抑圧していた別人格も現われる中で長く話し合い、あらためてお互いの愛を確認した2人は、タイムトラベルの危険性を説き、終身刑も覚悟でアタラの依頼を断わり……。

アイゼルの思惑も知らず、クルーとして宇宙船レイジー・コメットに乗り込んだフィッツとシモンズは、地球を目指す。一方、メイとデイジーとディークを連れたサージは、アイゼルを迎え撃つため、宿主たちが巨大タワーを作るランデブー地点へ向かう。ゼファーを移動本部としたマックは、サージがタワーを破壊するための爆弾をトラックに積んでいることを告げられ……。

エレナとマックを乗せたゼファーは、クローク機能を使い、シールド本部から行方が分からなくなる。ゼファー機内では、ベンソン博士の存在がアイゼルに知られてしまう。連れてこられた博士は、命に代えても話すまいとするが、死なせてしまった恋人の幻を見せると脅され、モノリスが見つかった寺院の場所をアイゼルに明かしてしまう。一方デイジーは、アイゼルに乗り移られない対策を練るようフィッツたちに命じ……。

メイが襲われたことを知ったデイジー、マック、エレナは愕然とする。そのころ、ライトハウスではマラカイたちクロニコム軍団が乗り込み、次々とエージェントを襲っていた。軍団はフィッツとシモンズの頭脳をハッキングし、シールドのすべてを熟知しているため逃げ場がない。フィッツとシモンズはフレームワークのデータを守るため自爆を覚悟するが、イザイアに化けたイノックが現われて2人を救い、ある解決策を提案し……。