机器现在完全自治，下落不明，恢复了向芬奇提供的 "无关紧要 "的遇险人员号码，其中包括一名在城里参加舰队周的美国海军军官。然而，由于这么多水手涌入纽约市的街道，及时找到这位军官对Reese和Shaw来说是一个更大的挑战。

机器提供了一个互联网大亨的号码。此人善于入侵并窃取他人的隐私，并将隐私当做赚钱的工具——现在他自己的隐私竟然被人窃取了，这令他如坐针毡。当他的生活开始失控时，Reese奋力保护他，而Finch呼叫Shaw、Carter和Fusco一起参与案件调查，希望找到那个攻击他的人。与此同时，降级为街头巡警的Carter被迫与菜鸟MikeLaskey搭档，这让她有些不高兴。

Reese和Finch关注的下一个可疑对象是变色龙般狡猾的花花公子——他要么是个专门残害女性的恶魔，要么是别人的猎物。为了引诱他上钩，Reese和Finch找来他们最熟悉的三个女人——Carter、Shaw和ZoeMorgan，把她们打扮得花枝招展地去当「诱饵」。与此同时，一个危险的敌人正在追踪Root，机器帮助她策划逃离精神病院的方案。

这支队伍必须弄清楚是一位知名律师策划了她丈夫的谋杀案，还是她被人陷害了；Carter被她的新搭档发现了与Reese在一起。

机器提供了一个10岁女孩的号码，Finch和Reese让Shaw寸步不离地保护她。在此期间，小女孩展现出令人惊讶的「监控技巧」，令Shaw十分佩服。Shaw很快意识到机器提供小女孩的号码或许正是这个原因。与此同时，Carter继续从事揭露犯罪组织HR的秘密任务，但某些事情的发生可能导致她的行动提前曝光。

从被关在精神病院中获释后，Root需要Shaw的帮助来处理机器发出的指令；Finch和Reese调查了一个性格温和的调查员。

Finch和Reese要调查的下一个可疑对象是一名催眠师，但他们很快发现此人并非单纯是一个能够掌控他人心灵的「精神大师」，而是有不为人知的一面。与此同时，Carter全力追踪一个与犯罪组织HR有关联的古董商人。

机器一下子给了Finch38个数字；关于Carter的过去的信息被披露出来。

对抗犯罪组织HR的战争达到新的高度，但是要想将这帮坏蛋绳之以法，POI团队就必须面对巨大的危险。与此同时，机器突然给出了Reese的号码，POI团队面临他们所遇到过的最大的威胁。

Carter遇害后，POI团队发誓要尽快找到凶手为她报仇，并且结束这场与HR组织旷日持久的战争，但Finch意识到他们当中的一人可能走得太远了——他不仅可能丢掉自己的性命，还会危及整个团队的安全。与此同时，机器提供了纽约警署警官、HR犯罪组织的关键成员PatrickSimmons的号码。这是一个三集故事的最后一部分。

本集的剧情将通过回忆的方式描述Finch青春年少时的故事——包括他创造机器的内幕。与此同时，机器提供的新号码指向一个已经死亡的人。与HR犯罪组织的战争重创Reese的心灵，他决定离开POI团队。

在POI小组保护一个濒临死亡的人时，多个敌人聚集在一起，而这个人的号码已经出现。他们努力压制敌人，但如果没有Reese，他在与人力资源部门的悲惨战争之后就把他们和他们的任务抛在脑后，少了一个人可能会对团队产生灾难性的影响。

为了彻底抛弃POI团队，忘掉自己的过去，Reese决定登上一架国际航班离开这个国家。然而他发现自己的旅行计划被人操纵了，这让他非常愤怒。

Reese在纽约与Finch会合，但当团队收到一个技艺高超的古董窃贼的号码时，一个令人惊讶的转折发现他们正在计划一场可能使他们所有人都入狱的抢劫。

Finch以卧底身份进入一家紧急呼叫中心保护一名911话务员，但他和POI团队很快意识到他们面临的威胁远远超出预期。

Finch征召Reese加入POI团队之前的秘密及他从事过的任务终于曝光——过去的秘密与现在发生的一系列事件之间存在惊人的联系。

机器指派Root寻找有神秘背景的看门人Cyrus（YulVasquez），但Root的出现导致此人面临生命危险。与此同时，Finch也收到了此人的号码，他与Root的冲突不可避免。ColinDennell扮演一名被转运的囚犯，他的世界与Root产生了交集，但他不知道原因。他后来成为Root的大计划中的「重要棋子」。

Finch和Reese获得的新号码来自一个前政府项目承包人，而此人正在秘密跟踪一个联合国外交官。Finch和Reese必须学会与国际政治圈中的人物打交道，但这里面的水太深了，他们有些难以招架。与此同时，一个敌人试图用卑鄙的手段在与Root的较量中占得上风。

为了监视一名新可疑对象，Reese和Shaw假扮某高中的毕业生参加校友聚会活动。与此同时，Finch和Fusco前往华盛顿特区调查“Vigilance”组织最近一次攻击行动的真实动机。

Reese假扮特勤处特工接近并保护最新的可疑对象——一名国会议员。要想阻止Decima将第二台机器上线运行，此人的作用举足轻重。

Decima组织利用Samaritan（Finch在麻省理工学院的同学ArthurClaypool发明的一种类似「机器」的东西）提供的信息及其网络来追踪Reese和Shaw。Greer利用Finch最大的弱点来引诱他现身：他对前未婚妻GraceHendricks永不消逝的爱。

一股来历不明的势力阻止机器洞察一件即将发生的灾难事件的全貌，机器同时吐出五个不同的号码，Finch的团队只能自行调查相关线索并解开这个谜团。与此同时，Root的黑客团队抵达纽约。

团队在比赛中采取了绝望的行动，以防止恶意的人工智能程序“Samaritan”上线，使他们成为其第一个目标。与此同时，与反监视恐怖组织 "警戒团 "长达数月的战斗得出了一个令人震惊的结论。

一转眼，六个星期过去了。感谢Root，所有人都有了一个假身份和一份固定的（正式的或非正式的）工作。Reese每天穿着西装去上班，Shaw当起了百货公司售货员，Fusco仍然可以安心地在纽约警署工作（并非Samaritan忽视他，而是它的触手暂时无法抵达纽约警署）。只有Finch无所事事，不是下棋就是遛狗。

大二女学生ClaireMahoney沉迷于网络论坛的神秘游戏中，解出鹦鹉螺图案中隐藏的信息后，铤而走险黑入私人雇佣军的网络盗取了机密文件，引来了雇佣军的追杀。同时，Finch和Reese发现幕后黑手竟是Samaritan。

AndreCooper，一名职业社交导师，因过去曾出庭作证昔日朋友的犯罪证据，遭到上门报复。

两小孩为了身在监狱的母亲，偷走了黑帮用来交易的50万美金。兄弟会不能容忍别人在他们头上动土。Dominic真身第一次出现，为了掩人耳目，他竟然扮成无名小喽喽。Elias觉察到Finch背后有大秘密，并开始向他发问。Finch最后会向Elias坦白吗？

Samaritan将触手延伸至州长选举，竞选数据分析师SIMONLEE察觉出其中存在舞弊现象，并一心想要调查并揭发事情真相，这也引来了Samaritan的注意，杀手们伺机而动，SIMONLEE能否逃过此劫呢？另一边，闪回到2001年，finch初次调试TM时遇到问题，TM越来越智能，逐渐失去控制，finch尝试束缚它却被TM反制险些丧生于机房。面对Samaritan的日渐壮大，FINCH对TM的极度不信任，一触即发的人机大战，逃脱四人组是否能最终力挽狂澜呢？

一名为人低调的办公室职员稀里糊涂地卷入了一起危险的阴谋，因为他喜欢在夜里假扮“侦探”。当Reese、Shaw和Fusco全力保护他时，Finch则前往香港参加学术活动。他不能冒险暴露自己的真实身份，所以他必须把假身份“坚持到底”。

一伙国际大盗的头目Thomas的号码跳了出来，小队决定让有着盗贼副业的Shaw卧底进入其中一探究竟。他们很快发现，Thomas的团伙偷出的货物远比他们想象的危险，甚至引来了Samaritan和政府ISA特工的关注。与此同时，Root和Finch挫败了Samaritan利用教育版平板电脑监视就学儿童的计划。

Reese从凶案组临时借调到警校担任战术教官，同时监视一名与众不同的女学员。Shaw和Fusco发现她的身份并不单纯，她卷入了警察和黑帮的无间道以及Elias和Brotherhood的帮派斗争中。同时，Samaritan发现了上一集中国际大盗留下的蛛丝马迹，并追查到了Shaw的头上。

Shaw的行踪暴露，与Samaritan特工Martina展开激战。Root及时现身救走了Shaw，Fusco也帮助两人引开了Martina的注意力。而最新的号码则来自小队的“老朋友”Elias，这标志着Brotherhood向Elias的黑帮全面开战。Reese和Finch竭尽全力保护Elias和他的伙伴们，但最终还是付出了惨痛的代价。一直隐忍的Elias决定向Brotherhood复仇。

Samaritan开始在纽约展示它的力量，先是抢走了“无关号码”的生意，又在两天内展现了太平无事和天下大乱两种城市的形态。为了平息事端，TM通过代理人Root和Samaritan的代理人进行了谈判，但以无果而终收场。

Samaritan的野心已不仅局限在纽约，它攻击了证券市场，试图通过制造新的金融危机来影响美国乃至世界。小队决定全员出动。Shaw去地铁站寻找一名拥有证交所关键密码的员工，其它三人和Fusco则潜入证交所地下中心机房植入稳定市场的程序。但他们很快被Samaritan的特工包围。为了救出小队成员，TM进行了多次实时模拟来选择逃生方案，并将每一个成员的性格描绘得栩栩如生。在TM的指导下，小队成员完成了稳定市场的任务，但在逃生电梯口前被Samaritan的特工压制，生存几率跌落谷底。此时Shaw的出现成为TM和Samaritan都未能料到的意外因素。为了帮受伤的众人争取逃生时机，Shaw做出了惊人的举动，并使自己陷入生死未卜的境地。

本集政府特工的领导Control大妈回归，借助Samaritan指挥ISA特工进行了一场追杀恐怖分子的行动。但在这过程中，她发现政府方面对于Decima公司和Samaritan似乎正在失去控制。TM小队方面，Reese和Root正在不顾一切地寻找失踪的Shaw，他们甚至为此绑架了一位重要人物。本集的结尾，根据一条渺茫的线索，伤痕累累的两人继续踏上寻Shaw之路。

Reese和Root跟着线索来到纽约郊区的一座小镇，他们很快发现小镇看似平静的表面下隐藏着重要的阴谋。与此同时，Fusco和第8集中的女警Slivia共同调查新的“无关号码”，一名和人口失踪有关的中年大叔。本集的结尾，救人心切的Root在行事方针上第一次和The Machine产生了分歧。

机器安排Finch以陪审团员的身份参与一宗谋杀案的庭审，Finch怀疑另一名陪审团员试图操纵整个诉讼过程。与此同时，Reese渐渐向部门内部的心理专家打开了话匣子。

一名软件程序员因某种神秘原因重获新生，Reese必须暗中保护她，但他并不清楚她所面临的威胁来自她生活中的哪个部分。与此同时，Finch试图保护年轻黑客Claire免遭Samaritan毒手，谁料到Claire竟主动向Finch求援。

Reese和Finch必须保护聪明绝顶的街头骗子Harper——这个女孩计划从一家医用大麻药店盗取现金，但她遇到了大麻烦。

一名心理学家试图用非正统的方式来帮助病人获得解脱，但这会让他付出高昂的代价，Reese与Finch决定对他进行保护。与此同时，回忆情节揭示了Finch最好的朋友当年被炸死之后Finch脆弱的精神状态。

Flint和Bridges合作的非常愉快，同时Harold约好Bridges在咖啡店见面叙旧。Irish和Riley相互寒暄彼此的近况并表示两个人一定要聊聊治疗会的事情，并且Riley意识到Irish一定有事情瞒着他。

Saul被指泄露公司机密而在电视上被曝光，Saul一夜之间声名狼藉。Saul为了给自己讨回声誉发起了绝地反击，而这一切计划都被监控着。

Reese一行在执行监视任务期间，John坦言自己在凶杀组经常和自己打交道的都是死人，John总结他们这些被监视人的特点就是谁都不知道有事儿找上门了。

机器同时收到了Elias和Dominic的号码，Reese和Fusco在警告 Elias的过程中也被brotherhood抓住。与此同时Finch和Root收到了Shaw的电话，他们继续开始寻找Shaw。

全国四分之一的电力供应被入侵，机器很快就会完全失去权限。Greer对此很是满意。“修正计划”即将实施。与此同时，Finch等人紧张地执行任务，努力寻找机器。而Harold在袭击来临之时也不忘保护他的机器。Greer却表示他要发动的并非袭击，而是忠诚测试，以一种胜利者的姿态展现在对手面前。