Il gruppo si sposta a casa di Raj per seguire Leonard ed il suo rapporto con Priya, così Sheldon cerca di formare un nuovo gruppo di amici di cui può essere il fulcro.

Wolowitz è alle prese con il trasloco dalla casa di sua madre a quella che ha preso con sua moglie Bernadette: ad aiutarlo ci saranno Leonard e Raj. Wil Wheaton ritorna nel ruolo di se stesso, quando Sheldon lo invita ad uno speciale di Sheldon Cooper Presents: Fun With Flags (lo show che Sheldon e Amy diffondono su YouTube per insegnare vessilologia, lo studio delle bandiere) dedicato a Star Trek. Il personaggio di Jim Parsons si ritroverà però intrappolato in una discussione tra il suo amico/nemico e la sua fidanzata Amy, che non si piacciono e non fanno nulla per nasconderlo.

Leonard, Howard e Raj si occupano di svuotare l'ufficio del defunto professor Abbott e, tra tutti gli appunti, trovano una bottiglia di champagne che la madre gli regalò per celebrare la sua prima scoperta; trovandola ancora chiusa dopo cinquant'anni, i tre cominciano a esaminare le ricerche per trovarne una degna di essere celebrata, ma parlando col vecchio collega di Abbott, il professor Sharpe, capiscono che egli non ha mai scoperto nulla di importante: decidono allora di usare la bottiglia per la prima grande scoperta di uno di loro. Sheldon ed Amy girano l'ultimo episodio di "Divertiamoci con le bandiere", cosa che rende il ragazzo molto triste; dopo aver pubblicato il video e aver ricevuto un commento positivo, tuttavia, il fisico decide di continuare con la serie e stappa la bottiglia di champagne solo per sentire il rumore. Penny, durante una cena organizzata dalla casa farmaceutica, rivela a Bernadette che in molti nell'azienda la temono per via del suo carattere talvolta aggressivo; la ragazza si scusa quindi con Dan e, per mantenere i benefici derivanti dalla paura instillata nei colleghi, comincia a fare le sue richieste piangendo.