トーマス、ナック、ミリウス、ミーナ、エレン……巨人の前に次々に斃れていく34班の仲間たち。一人生き残ったアルミンは救助に訪れたコニーに声をかけられるが、あまりの出来事に現実を受け入れられないでいた。エレンとは別の部隊で巨人と戦っていたミカサは、エレンと出会ったときのことを回想する。

“巨人殺し”のプロフェッショナルであるリヴァイ班の背後に迫る女型の巨人。しかし、リヴァイ班の面々は女型の巨人を足止めするべく、立ち向かう兵士にあえて増援することなく、ただひたすらに馬を走らせていた。エレンは問う「見殺しにする理由がわからない！　それを説明しない理由もわからない！」と。その問いにリヴァイは、ある選択を投げかける。

エレンの父・グリシャが残した本には、彼の記憶が綴られていた。まだ幼い少年であったグリシャは、ある日突然に、この世の真実と向かい合うことになる……。