艾伦在阿尔敏的刺激下终于觉醒，继续执行任务用大石封住洞口。但在这期间，仍有巨人陆续入侵托洛斯特区。为避免艾伦遭受巨人攻击，精锐部队决定舍命保护艾伦，尽管任务最后终于成功但伤亡人数也不断攀升……。

又过去很多天后，艾伦又一次在地牢里醒来，自己依旧被锁在这里。这时法庭中已经在为艾伦准备“特别军事会议”，由三大兵团统帅达利思·扎克雷总统裁决。之后艾伦被两位分队长：韩吉·佐伊、米凯·撒迦利亚斯押送至法庭。审判中，宪兵团和宗教高层因自私自利而对艾伦和三笠加以指责，在艾伦快要失去理智时，利威尔兵长对其施以拳脚令其冷静，并称：这是我一贯的主张，我认为最有效的管教就是疼痛。实则是为了保护艾伦不会在失去理智时被宪兵团杀害。埃尔文团长借此机会将艾伦吸纳进调查兵团。庭审结束后艾伦被送出法庭，在休息室里，利威尔变相的对艾伦道歉了一番，而后分队长韩吉为艾伦检查被利威尔打伤的嘴时，却发现本应断掉的牙奇迹般的重新长出来了。

爱尔敏、莱纳和让逃脱了女巨人的追击，却丢了两匹马难以行进，在发射信号弹后，克丽斯塔牵了两匹马到来，骑上马的他们准备撤回却在看到埃尔文团长他们发射的绿色信号弹后无奈继续前进。而女巨人的目标似乎仍是艾伦，其他士兵们为了阻止其行进受创惨重。在团长的带领下，大批人马进入了曾被作为壁外观光圣地，而现今是躲避巨人袭击的长满高树的森林。特别作战班从正中进入了森林，更有人马从森林两侧迂回。此时却收到埃尔文团长的命令，要所有人上树，阻止巨人进入森林，待大家上树后，不久便有许多巨人到来围在树下，但士兵们并未与其交战。与此同时，女巨人进入森林，她极快的行进速度不久便赶上了特别作战班，看样子，她的确是冲着艾伦来的。作战班的成员们都呼喊兵长下令与她作战，兵长却毫无回应。直到最后，兵长举起枪，说：“捂上耳朵！”。

850年，利维、米凯、汉琪等随调查兵团展开第49次壁外调查。途中第二分队队长汉琪突发奇想，试图活捉一只巨人以彻底查明巨人的习性。她与团长埃尔温·史密斯据理力争，却被对方以伤亡太重为由制止。未过多久，调查兵团在森林中发现巨人的行踪，汉琪不顾劝说自顾自冲入森林，结果巨人表现出了奇怪的举止。原本的计划被打乱，关键时刻多亏利维等人及时赶到救助了她。好不容易消灭这只巨人，队员们无意中在一棵被巨人疯狂撞过的树洞里发现早已死去的调查队员伊泽尔·兰格纳的尸体，以及她用最后的生命所书写的调查笔记……

　　在结束了与女巨人的战斗后，调查兵团在墙壁中发现了巨人。面对众人的质疑，司祭自始至终保持沉默，不愿意回答。时间追溯到12小时前，在南区待命的调查兵团104期生收到了巨人来袭的消息，而巨人袭击的方向，正是康尼·斯普林格的故乡。康尼·斯普林格因此向巨人行进的方向进发，而此时，分队长采取了单独的行动。壁的秘密。

巨人被发现的5个小时之后，往北方森林前进的人们到达了萨莎的故乡。萨莎想起了与父亲之间的苦涩回忆。时隔3年，家乡已经不再是人类居住的土地，而是遍布了凄惨的景象。另一方面，艾伦同行的人中不见了尼克的身影，他希望能够用双眼亲自去确认墙壁的秘密。

康尼的家乡没有任何人影，只剩下一头仰面倒下的巨人。失意的康尼，耳朵听到似乎是那巨人发出的微弱声音……同时，黎各率领驻扎兵团的精锐部队在东防卫线与巨人交战，而汉内斯也在率领部队沿着墙壁一路侦察，但仍然没有遇到一个巨人。每个人各自心惊肉跳着，巨人出现的最初的夜晚即将到来。

尤弥尔拼命在厄特加尔城包围的巨人群浴血奋战着，之后被赶来的调查兵团主力部队击退了。受了重伤的尤弥尔为了治疗被送往托洛斯特区，剩下的调查兵团对墙壁的修复作战重新开始。然而，汉内斯传来的消息是“没有任何一个破洞的地方”。如果墙壁没有发现破损，那么巨人怎么会出现在墙内呢？抱着这样的疑问，艾伦一行的调查兵团返回托洛斯特区中待命。

“铠之巨人”和“超大型巨人”在艾伦面前出现。激昂的艾伦随即巨人化，与铠之巨人进行战斗。另一方面，超大巨人将调查兵团待命的墙壁破坏，把昏迷状态的尤弥尔抓住，扔入口中。调查兵团在韩吉的号令下，一齐去袭击超大巨人，但超大型巨人全身喷出了蒸汽，无法接近。这时候，铠之巨人面对陷入苦战的艾伦是……？

离日落还有一个小时，调查兵团的精锐终于到达了巨树森林。目的不是为了战斗，而是找出并夺回艾伦。但是，这仍然是一个险危险的作战。在这种情况下，克里斯塔心里萌生出绝对要救出尤弥尔而产生焦虑。尤弥尔想起年幼的自己以前在贫民街中生活的时候，遭受着不幸的命运，然后直到与克里斯塔的相遇。到底，尤弥尔会如何行动呢!?

埃尔文引来的大量巨人袭击了铠之巨人。如同地狱般的景象中，调查兵团展开的艾伦夺回战总算是成功了。但是，面向撤离的士兵，铠之巨人把其他的巨人扔过来。而因为冲击落马的艾伦和三笠面前出现了5年前的那一天，吃掉了艾伦的母亲卡尔拉的巨人。因为这可憎的仇恨须得亲手了结，艾伦与其发生战斗……

艾伦等104期兵被编入利威尔班。为了达成夺回玛利亚之墙的目标，韩吉开始进行能让巨人化的艾伦的身体自由硬质化的实验。但是却传来了尼克神父被暗杀的消息。收到了韩吉断定尼克之死与中央宪兵有关的报告后，利威尔又到了艾尔文的信。写在信中的内容是......

载着艾伦和希斯特利亚的马车被袭击，两人就这样被夺走了。阻挡在欲追的利威尔面前的神秘男子凯尼看来是过去和利威尔有关系的对象。两人之间赌上性命的战斗，不是巨人对人类，而是人类之间使用立体机动装置进行的死斗。知悉了这一切的104期兵们也被卷入了战斗中。

调查兵团在中央宪兵的设计诬陷下背负了杀害平民的罪行。利威尔班因此遭到王政府的通缉，奉命搜捕调查兵的宪兵马尔洛和希琪踏入了利威尔班躲藏着的森林。发现了打水的阿尔敏，但二人随后便被埋伏的利威尔等人控制。对宪兵团的做法抱有疑问的马尔洛提出了协助调查兵团的请求。利威尔把处理两名宪兵的任务交给了让……

不知过了多久，在礼拜堂的地下醒来的艾伦发现身体被锁链所拘束，眼前站着的是罗德和希斯特利亚。当二人的手触碰到后背时，艾伦的脑中浮现出了不祥的记忆。那是5年前的某个夜晚，雷斯家被袭击的真相：那个晚上杀死罗德全家人的，正是艾伦的父亲格里沙·耶格尔.....

希斯特利亚违背了罗德的意志，打算带着艾伦从礼堂逃出。舔舐了洒在地上的巨人脊髓液的罗德巨人化了。赶来的调查兵团的伙伴们将被巨人化形成的热浪击飞的希斯特利亚和被囚禁的艾伦救了出来。与此同时，罗德变成了比超大型巨人还要大上一倍的巨人。自己和伙伴们再次面临着危机，这一次，艾伦选择了相信自己......

虽然艾伦成功的保护了同伴，但与此同时，罗德巨人也来到了地面上。罗德巨人缓慢的前进着，因全身散发大量的热而导致沿途的树木都被烧毁。前方就是奥尔福德区，但艾尔文并没有下达避难指示，而是制定了迎击巨人的作战计划。为了防止灾害波及到墙内，调查兵团以奥尔福德区的居民为诱饵，展开了一场没有一人伤亡的艰难战斗......

调查兵团趁着夜色向玛利亚之墙行进。在大家经过沉睡的巨人身旁时，艾伦十分紧张。“万一夺回作战失败了呢?”“我能拯救人类吗?”阿尔敏和不安着的艾伦交谈，两人回顾了至今为止的事情……

受到调查兵团开发的新兵器雷枪的全力攻击，铠之巨人似乎失去了行动能力。当调查兵团放松警惕时，铠之巨人却突然再次行动，发出了一阵咆哮……

周围一片火海，调查兵团的战场以希甘希纳区内门为界被一分为二，一方面，艾尔文和利威尔遭受着兽之巨人的碎石投掷攻击；另一方面，104期兵面对超大型巨人就已是束手无策，更加绝望的是，本该倒下的铠之巨人，也再度向104期兵袭来......

阿尔敏的作战成功了，艾伦来到了阿尔敏面前。正在艾伦悲伤之时，两道身影出现在城墙上……