Artie szerencsésen túléli a robbanást, miután MacPherson egy újabb rabot szöktet meg a 'Bronz Szektor'-ból, és Európába utazik, hogy folytassa terve megvalósítását. Pete és Myka felfedik a szökött fegyenc személyét, aki nem más, mint H. G. Wells. Mindeközben, Mrs. Frederic-nek sikerül beazonosítania az igazi árulót és Claudia egy rövid időre újra találkozik a bátyjával.

Myka szárnyai alá veszi a tinédzser Claudia-t, első teljes bevetésén, egy sportolók között terjengő spontán öngyulladás kivizsgálása során. Mindeközben, Helena visszatér, hogy tönkretegye a csapatot.

Artie múltja árulóként beállítva őt, kísértve tér vissza, mikor valaki ereklyéket használ fel gyilkossághoz és a fő gyanúsítottjuk a korábbi orosz partnere.

Pete és Myka ezúttal kénytelenek H.G. Wells időgépét használni. Történik ugyanis, hogy egy olyan ügy vár megoldásra, amely miatt 1961-be kell visszautazzanak.

Mikor Mrs. Frederic súlyos beteg lesz, az ügynökeinknek kell megtalálniuk a megfelelő gyógymódot, mielőtt túl késő lenne. Küldetésük Egyiptomig és a rég elveszett 2-es Raktár-ig viszi előre őket.

A csapat megpróbál lenyomozni egy gazfickót, és felkutatni egy ereklyét, mely kiszámíthatatlan erővel bír. Mindeközben, Pete-nek választania kell Kelly és a küldetésük között és Claudia elcsodálkozik a raktárral kapcsolatos jövőjén.

Miközben Artie és Claudia Jimi Hendrix megkergült gitárját hatástalanítja, a kilépett Myka helyére Artie új társat talál Steve Jinks ügynök személyében, aki mindig tudja, ha valaki hazudik. Első közös ügyükben az elveszett fóliáns oldalai ölik az embereket. Pete Myka segítségét kéri az ügyben, és megismerkednek Sally Stukowski FBI-ügynökkel. Mrs. Frederic a bebörtönzött, de holografikus képként megjelenő H. G. Wells ügynök segítségével ráveszi Mykát, hogy visszatérjen a 13-as raktárba

Sykes után nyomozva Myke és Pete Emily Lake-re bukkannak, vagyis H.G. Wellsre, aki a rektorok jóvoltából új életet, új emlékeket kapott. Marcus és Jinks elkapja Emilyt, megszerzik az érmét Pete-éktől, mely H.G. emlékeit rejti, közben fény derül rá, hogy Jinks valójában beépült közéjük, hogy kifürkéssze Sykes terveit. Miután Sykes megszerezte, amit akart, Jinkset megölik.

Steve Jinks utolsó hátrahagyott információiból arra a következtetésre jutnak, hogy Sykes rátalált a rektorok ősi szentélyére, ezért a csapat Hongkongba tart. A szentély helyett egy portálkapu vezet Hongkongból vissza a 13-as raktárba, melyet az emlékeit visszakapott H. G.-nek sikerül kinyitni. A raktárban Sykes-ot legyőzik, Claudia megbosszulja Marcuson Steve halálát, ám egy a Sykes tolószékébe rejtett nukleáris bomba elpusztítja az egész raktárat, és Mrs. Frederick is a robbanás áldozata lesz a fogadóban.

In the aftermath of the warehouse's destruction, the Warehouse team races against the clock to find a way to undo time itself and put right what went wrong. However, Artie finds himself facing a difficult decision when he is warned that saving the warehouse will unleash an even greater evil.

While Pete and Myka investigate a series of artifact-related growth spurts, Artie reluctantly takes Steve and Claudia with him to track down Brother Adrian before he can steal more artifacts from the warehouse.

While Pete and Myka travel to West Virginia to investigate a rust-like infection among steelworkers, Steven and Claudia go to Steven's home to find a way to break the metronome's hold on him. Meanwhile, Helena, Leena, and Mrs. Frederic confront Artie with their knowledge of what he has done.

H.G. has created a new life for herself in Wisconsin, but calls in the agents when she comes up against an unidentified artifact. Meanwhile, Abigail joins the others on the floor of the warehouse to track down the source of mysterious tremors that threaten to destroy the building.

A 13-as raktár korszaka úgy tűnik, lejár és új helyre költözik. Ennek következtében új ügynököket is választanak a további feladatokra. Artie, Claudia, Pete, Myka és Steve megkapják a lehetőséget, hogy nyomot hagyjanak a raktárban, amely során olyan új dolgokat tudnak meg egymásról és saját magukról is, melyekkel ez idáig nem voltak tisztában.