Un rude poliziotto sale su una ruota panoramica con un informatore; quest'ultimo urla e viene trovato subito accoltellato. L'uomo si dichiara innocente, ma il problema è che se risulterà colpevole, si vanificherà la sua testimonianza contro un criminale.

Monk entra nella vecchia casa di Trudy con lo scopo di preparare una cena per festeggiare l'anniversario del loro primo incontro: per osservazioni, viene internato per 48 ore in un istituto nel quale quattro anni prima è avvenuto un omicidio.

L'insegnante d'inglese Beth Landow cade dalla torre dell'orologio. Un apparente suicidio, ma Monk sospetta che sia una messinscena, e sia stato un omicidio compiuto dall'amante, Derek Philby, professore di scienze.

Un acrobatico killer irrompe spettacolarmente in un bar e uccide un avventore, presentatore in un circo. Monk sostiene che l'assassino sia l'ex moglie Natasha Lovara, trapezista nota come "La regina del cielo" che però ha una caviglia distrutta in seguito ad un incidente avvenuto due settimane prima dell'omicidio.

Il fratello di Adrian, Ambrose, lo chiama perché crede che il suo vicino di casa abbia ucciso la moglie.

L'ex-moglie di una famosa star di un popolare show poliziesco viene uccisa a coltellate in casa sua, mentre lui era in giardino a parlare con dei giornalisti e dei paparazzi. Monk indaga e crede che sia stato proprio lui a commettere il delitto.

Monk e i suoi amici si recano a Manhattan per rintracciare una persona che potrebbe avere delle informazioni importanti sulla morte di Trudy. Mentre si trova a New York, però, il Detective viene coinvolto in un altro caso di omicidio.

Il signor Monk va a Los Angeles per aiutare suo suocero a risolvere un intricato omicidio che ruota intorno ad un gioco a premi. Il proprietario del gioco scopre che un suo amico imbroglia nel suo gioco è Monk scopre come: quando il conduttore fa le domande suggerisce al suo amico le risposte e Monk fa lo stesso imbroglio vincendo il gioco.

Il signor Monk prende una nuova medicina che attenua i sintomi delle sue manie ossessivo-compulsive, ma gli fa perdere gran parte della sua abilità nel risolvere i casi.

Monk deve trovarsi una nuova assistente, al posto di Sharona Fleming (Bitty Schram) che si è trasferita e ha risposato l'ex marito. Assumerà Natalie Teeger (Traylor Howard), che si è rivolta a lui dopo aver ucciso un ladro per legittima difesa.

Monk va a Las Vegas perché il Capitano Stottlemeyer gli telefona sospettando che la morte della moglie di un ricco proprietario di casinò non sia un incidente. Il capitano è ubriaco e il giorno dopo non ricorda più niente; così Monk deve indagare per conto suo.

Un autista che viaggiava armato muore, colpito più volte dai proiettili sparati dalla sua stessa arma nel giorno di Halloween. Monk riceve inoltre la chiamata di suo fratello Ambrose che lo invita a trascorrere la serata insieme. Sulla scena del crimine, il capitano Stottelmayer trova un piccione che sta mangiando delle briciole di una barretta di nome "NEPTUNE". Monk va a casa di suo fratello il quale informa Adrian che a cena arriverà il loro padre.

Proprio quando sembra che Monk stia finalmente meglio e il Capitano Stottlemeyer si è quasi deciso a reintegrare nella Polizia il detective, Natalie origlia una conversazione tra un signore e un'altra che sembra proprio la moglie di Monk.

Una vecchia compagna di classe di Monk arriva a chiedere il suo aiuto. Un tentativo di irruzione nella sua abitazione è infatti finito nel peggiore dei modi, visto che la sua donna delle pulizie è rimasta uccisa

Monk finisce per aiutare il suo negoziante di fiducia presso cui acquista le sue camicie, dal momento che suo figlio è finito in prigione per un crimine che giura di non aver commesso. La pista seguita dal detective lo porterà ad una sfilata di moda.

Monk è a corto di soldi e, per racimolare qualche dollaro in più del solito, si mette ad indagare su un furto di gioielli per riuscire ad ottenere la ricca ricompensa. Dovrà però vedersela con la concorrenza di un altro investigatore.

Monk è alle prese con un caso quasi impossibile, l'omicidio di una scrittrice che stava per pubblicare una biografia che avrebbe rivelato tutti i particolari della vita di un celebre astronauta, che ora è il primo sospettato, ma ha un alibi di ferro: mentre veniva commesso il delitto, lui si trovava intorno alla Terra, in una navicella spaziale!

Mentre sta lavorando per risolvere un caso di duplice omicidio, Monk scopre che un meticoloso attore è stato scelto per interpretare niente meno che Adrian Monk in un lungometraggio per il cinema. L'attore sarà però un intralcio per le sue indagini.

Monk si reca ad un concerto rock per riuscire a rintracciare il figlio del Capitano Stottlemeyer. Arrivato sul posto, tuttavia, si deve anche occupare delle indagini di un omicidio avvenuto proprio a poca distanza dal palco.

Monk si trova coinvolto in un complotto per compiere un omicidio quando un milionario, che è affetto dalla lebbra, lo assume per fargli svolgere un determinato lavoro. Come spesso accade, i soldi sono una delle cause scatenanti di tutti i guai.

Monk è quasi sorpreso quando riesce a farsi un nuovo amico, un uomo semplice e alla mano che si chiama Hal. Natalie però non la pensa allo stesso modo e sospetta che il nuovo amico abbia in realtà qualcosa in mente.

Marci Maven è una fan accanita del detective Monk. La donna chiede l'aiuto del suo beniamino quando il suo cane (morto da una settimana) viene implicato nell'omicidio della sua vicina, nonostante il crimine fosse avvenuto molti giorni prima.

A Monk viene chiesto di indagare sull'omicidio di una donna. Questo però lo costringerà a recarsi in una spiaggia di nudisti e di scontrarsi con i suoi pregiudizi, che inibiscono anche parte delle sue abilità investigative

Monk (Tony Shalhoub) vede per strada una donna che non conosce, ma che lo colpisce, e da quel momento non riesce più a dormire: la donna gli torna sempre in mente. Gli viene suggerito di fare una passeggiata per conciliare il sonno, ma durante la passeggiata assiste ad un omicidio, o così pensa.

Sono passati dieci anni dalla morte di Trudy, e l'anniversario del suo decesso è sempre un momento molto delicato per il signor Monk, anche perché coincide con le festività natalizie. Mentre l'ex detective si reca dal dottor Kroger per la sua solita seduta, una pioggia di orsacchiotti inizia a cadere sul parabrezza della macchina di Natalie.

Durante le indagini a seguito di una rapina in un negozio di elettronica alcuni indizi, tra tutti le impronte digitali rinvenute su un biglietto di carta, riconducono allo stesso uomo sospettato di aver fatto saltare in aria con una bomba l'auto sulla quale era appena salita la moglie di Monk anni addietro, uccidendola.

Il capitano Stottlemeyer continua a fingere che Monk sia morto per coprirlo e nel frattempo cerca di raccogliere prove per dimostrare la sua innocenza. Quando però Natalie scopre la verità, rischia di rovinare tutto.

Dopo la morte del suo psichiatra, Monk è profondamente depresso e decide di acquistare una nuova abitazione, che spera sia proprio la casa dei suoi sogni, dove c'è un'indagine sulla morte di un anziano che appare molto sospetta.

Il detective Adrian Monk deve risolvere il suo centesimo caso di omicidio. Il conduttore televisivo James Novak, che ha seguito e ripreso l'indagine con il permesso della Polizia di San Francisco, dà un party in onore di Monk, per assistere alla messa in onda del suo programma 'In Focus', in una puntata dedicata alla vita del detective, e alla possibile soluzione del caso: quattro belle giovani donne strangolate da un serial killer...

Due importanti squadre di football stanno per disputare i playoff del campionato al Summit Stadium e Monk ha ricevuto due biglietti omaggio da un famoso giornalista sportivo. Stottlemeyer è al colmo della felicità poiché accompagnerà Monk alla partita.

Kevin, un vicino di casa di Monk un po' invadente, oltre a essere commercialista, fa il mago dilettante, e si occupa della contabilità del grande mago Karl Torini, a cui fa presente che le compagnie aeree, probabilmente, gli fanno pagare un sovraccarico durante le tournée all'estero.

Un feroce killer professionista muore in un incidente, mentre era in procinto di commettere l'ennesimo omicidio su commissione. Un agente dell'FBI chiede a Monk, che risulta essere il sosia perfetto del killer, di prendere il posto di questi per cercare di scoprire chi era la vittima designata, indagando sotto copertura, per riuscire a scongiurare un complesso piano che ha come obiettivo l'assassinio di quella persona.

Monk riceve la visita di Sharona, la sua ex-assistente che non vede da cinque anni. Sharona è a San Francisco perché il suo unico zio, Howie, è morto per un incidente avvenuto al country club e deve accordarsi con i proprietari sulla cifra del risarcimento. Monk, però, sente che c'è qualcosa che non quadra e che Howie potrebbe essere stato ucciso.

Monk ha un'udienza per discutere del suo reintegro nel corpo di polizia. La commissione purtroppo non è unanime e basta il voto sfavorevole del capitano Frank Willis a decidere che Monk non può tornare ad essere un poliziotto.

Il signor Monk scopre di essere stato avvelenato da un complice nell'omicidio della defunta moglie Trudy. Ha solo tre giorni di vita a causa di un avvelenamento, ordinato da il "Giudice", e il terzo giorno decide di aprire il regalo che Trudy gli aveva fatto 12 anni fa, ma per lui "impossibile" da aprire. Vi trova una videocassetta, dove Trudy rivela di avere un segreto che riguarda la sua vita molto prima di conoscere Monk.

Il segreto rivelato nella cassetta è il fatto che la moglie Trudy ha dato alla luce una bambina, nata dalla relazione con un professore universitario, ora giudice Rickover. Monk scopre che questo giudice ha ucciso la levatrice che aveva messo al mondo la figlia e fatto uccidere la moglie di Monk.