Monk est à la maison et se plaint à Natalie du morceau de piano que joue inlassablement sa voisine. Il traverse une mauvaise période, n’arrive pas à dormir et, pire encore, ne peut plus compter sur la sagesse du Docteur Kroger, récemment décédé. Désespéré, Monk se rend à la police pour qu’on lui remette le dossier d’une enquête, n’importe laquelle, pourvu que cette pénible musique ne lui trotte plus dans la tête.

Après une journée harassante passée à annoncer les numéros gagnants au loto, Marissa Kessler, présentatrice télé, quitte le studio lorsque surgit brusquement un homme qui la prend en chasse. L’ombre de l’assaillant la poursuit à travers le parking sombre. Elle essaie de s’enfuir mais en vain, l’agresseur la rattrape et la tue.

Monk apprend qu’il doit passer un test de forme physique s’il souhaite continuer à travailler comme consultant pour la police de San Francisco. Monk et Natalie se rendent alors sur une piste d’entraînement où il s’avère que Monk n’est pas au meilleur de sa forme. Mais leur séance d’entraînement est interrompue par un appel, une explosion a eu lieu dans un club de boxe local et Stottlemeyer a besoin de l’aide de Monk.

Monk est chez Natalie lorsqu’on frappe à la porte. Il s’agit du Lieutenant Steven Albright de la Marine américaine. Albright est un vieil ami de Mitch Teeger et a besoin de l’aide de Monk. L’un des amis d’Albright, Jason Pierce, vient de se suicider mais Albright penche plutôt pour la thèse du crime et demande à Monk de mener l’enquête. Monk accepte mais lorsqu’il arrive sur la scène du présumé crime, il constate avec stupeur qu’il s’agit d’un sous-marin. Ce n’est qu’à contrec'ur qu’il monte à bord pour mener l’enquête.

Monk consulte un hypnotiseur qui le replonge en enfance. Retrouvera-t-il assez rapidement ses esprits pour mener l’enquête sur une célèbre actrice récemment kidnappée ?

C’est le matin, Monk est seul dans son appartement et prend son petit-déjeuner en regardant les informations. Passe alors un reportage sur un détenu qui s’est échappé d’un établissement correctionnel la nuit précédente en tuant une femme. Monk entend alors un bruit, quelqu’un s’est introduit dans son appartement ! Il affronte l’intrus qui s’avère finalement être le fugitif dont il vient d’être question à la télévision. Monk veut appeler la police mais le fugitif le supplie de n’en rien faire, en arguant être son demi-frère, Jack Monk Jr. Monk se déclare prêt à ne pas alerter les autorités avant d’avoir écouté son histoire.

Nous sommes dans le célèbre Guinness World Record Museum, en pleine nuit. Un agent de sécurité fait sa ronde et parcourt les différentes salles du musée remplies de pièces d’exposition diverses et variées. Il entend un grincement et pointe sa lampe de poche sur un intrus en train de pousser un chariot. Avant que le gardien ne puisse se saisir de son talkie-walkie, l’intrus se jette sur lui et le pousse violemment – il chute et s’empale sur un espadon géant exposé juste à côté.

Roderick Brody, un homme qui n’a eu cesse de martyriser Monk alors qu’ils étaient enfants, engage le détective pour qu’il suive sa femme qu’il soupçonne d’infidélité. Monk accepte volontiers en espérant que Marilyn le trompe effectivement. Ce qui lui donnerait le plaisir d’annoncer la mauvaise nouvelle à celui qui l’a tourmenté pendant toute son enfance.

C’est le jour de démolition pour un parking souterrain dans le centre-ville de San Francisco. La ville a prévu de construire une nouvelle aire de jeux sur le site, et tout le monde s’en réjouit, sauf Adrian Monk. En signe de protestation, il s’enchaîne à l’un des piliers du garage. Eileen Hill, une conseillère de la ville responsable de la démolition, s’approche de Monk qui lui explique que ce garage est sacré pour lui car sa femme y a été assassinée. Eileen accepte d’interrompre la démolition et d’organiser un nouveau vote, ce dont Monk se réjouit.

Les phobies de Monk risquent de compromettre une importante affaire de meurtre lorsqu’un avocat agressif prend les méthodes inhabituelles de l’inspecteur pour cible au tribunal.

Quand l’assureur de Monk refuse de continuer à rembourser ses séances de thérapie individuelles, Monk rejoint le groupe de thérapie de Dr. Bell, dans lequel les patients sont la cible d’un assassin.

Monk découvre que sa réintégration à la police est plus difficile qu’il ne s’y attendait lorsqu’il se retrouve en train d’enquêter l’affaire d’un tueur en série.

Monk doit se rendre sur la scène d’un crime au même endroit où il avait reçu la nouvelle de la mort de sa femme et se lance dans l’enquête la plus importante de sa vie.

Monk poursuit l’assassin de sa femme dans le dernier épisode de la série.