Ein geheimnisvoller Toter wird in einem Krater gefunden, sein Körper ist so zerquetscht, als wäre er aus dem Himmel gefallen.

Caroline teilt Brennan mit, dass ein Gerichtstermin für ihren Vater Max festgelegt worden ist. Max Kennan wird beschuldigt, FBI Deputy Director Robert Kirby ermordet zu haben, und bei einer Verurteilung droht ihm die Todesstrafe. Brennans Kollegen vom Jeffersonian und auch Booth müssen allesamt für die Anklage aussagen, während Brennan nochmals alle Beweise nach Hinweisen überprüft, die ihren Vater entlasten könnten. Aber ihr wird bald klar, dass es nur einen Weg gibt, Max noch zu retten, doch der ist riskant – und sie muss Booth überzeugen, ihr dabei zu helfen …

In einem Industrieteich werden durch Zufall die zerhackten Einzelteile eines jungen Mannes gefunden. Die Identifikation erweist sich als schwierig, da der Kopf des Opfers fehlt.

Brennan und Booth werden zu einer Leiche gerufen, die am elektrischen Zaun eines Kraftwerks entdeckt wurde. Bei dem Opfer handelt es sich aber um eine ägyptische Mumie.

Auf einer Baustelle wird ein Skelett im Beton entdeckt. Aber Angela und Hodgins können dank neuester technischer Möglichkeiten das Skelett rekonstruieren.

Brennan und Booth untersuchen die Überreste eines Tornado-Jägers, der offenbar starb, als er einem Wirbelsturm gefolgt ist.

Auf einem Müllplatz fallen plötzlich tote Vögel und menschliche Überreste vom Himmel, die zudem bläulich eingefärbt sind.

Brennan und Booth untersuchen den Tod von James Sutton, einem bekannten Autor auf dem Gebiet der Grenzwissenschaften und Verschwörungstheorien.

Booth und Brennan untersuchen den Mord an der TV-Produzentin Rebecca Pearce, deren Leiche in einem alten Fabrikgebäude entdeckt wurde. Während das Team im Jeffersonian nach der genauen Todesursache sucht, befragen Booth und Bones die Kollegen der Toten.

In ihrem neusten Fall haben die Ermittler des FBI und die Wissenschaftler des Jeffersonian den Mord an einer Zauberin aufzuklären. Bei der Toten handelt es sich um Klarissa Mott, eine junge aufstrebende Magierin, die wöchentlich auf der Kleinkunstbühne Magic Palace ihr Können zur Schau gestellt hat. Ein Besuch auf dem Arbeitsplatz der Toten ist allerdings nicht sehr hilfreich. Sowohl der Chef als auch die Kollegen versichern dem FBI, dass Klarissa weder Feinde noch übereifrige Konkurrenten hatte, lediglich dass sie von dem Besitzer des Magic Palace, Mr. Jay, bevorzugt behandelt wurde. Klarissas Überreste zeigen Anzeichen einer Reaktion auf eine Pilzallergie. Die Todesursache rückt damit den Freund der Mitbewohnerin des Opfers in den Mittelpunkt des Kreises der Verdächtigen. Er betreibt ein kleines Cateringunternehmen und setzt dort hochwertiges Trüffelöl ein, welches die allergische Reaktion ausgelöst haben könnte. Außerdem soll er eine Affäre mit dem Opfer gehabt haben. Doch obwohl sich die Indizien gegen ihn verdichten, gelingt es den Ermittlern nicht, ihm die Tat nachzuweisen …