Bones et Booth ont leur première affaire en commun depuis la fin de la cavale de Bones : un avocat spécialisé dans les divorces de personnes riches a été retrouvé brûlé dans un tonneau. Le couple réuni a du mal à retrouver ses repères, et l'équipe de l'institut Jefferson la ressent.

Le corps d'une femme est retrouvé démembré dans un immeuble abandonné. Les blessures suggèrent une femme battue mais elle appartenait à une équipe de roller derby. Booth se montre très secret et Angela et Camille s'inquiètent de le voir passer autant de temps à l'hôpital.

L'équipe enquête sur la mort d'un strip-teaser retrouvé dans un bâtiment en démolition. De son côté, Booth retrouve sa mère après 24 ans d'absence, mais leurs retrouvailles ne sont pas aussi joyeuses qu'il l’espérait.

Les restes de Sweets permettent de retrouver son assassin, qui est mort également. Grâce à lui, les dernières pièces du puzzle de la conspiration se mettent en place.

Brennan a prouvé que le corps carbonisé était celui du frère de Booth. Aubrey poursuit l'enquête avec l'agent Grace Miller des affaires internes, dont le co-équipier a disparu avec un document contenant les noms d'une centaine d'agents du FBI infiltrés. Gravement blessé, Booth s'efforce de rester en vie aux côtés des partenaires de crime de son frère…

Fatigués de leurs nuits où ils doivent s'occuper de Christine qui fait des cauchemars, Booth et Brennan se retrouvent en plus face à une affaire étrange : les restes d'une femme ont été retrouvés dans un parc, mais le corps a subi plusieurs transformations et a été conservé durant des mois avant d'être découvert.

Après des années d'internement dans un hôpital psychiatrique, Zack Addy est relâché et en profite pour kidnapper Bones. Mais Booth, qui connaît bien son mode opératoire, finit par les retrouver. Zack clame son innocence, et il pourrait dire vrai. En effet, le corps sectionné d'une nouvelle victime âgée de 20 ans est retrouvé. Quant au «Marionnettiste», il est apparemment toujours dans la nature...

Brennan, Booth, Angela et Hodgins ont survécu à l'explosion du laboratoire mais sont coincés dans les décombres...