Booth si sveglia dal coma, nel quale ha vissuto una vita parallela in cui amava Brennan. Al risveglio non riesce a capire fino a che punto i suoi sentimenti siano reali.

Mentre la squadra indaga sui resti di un ragazzino trovato in una serra abbandonata, al Jeffersonian si presenta la sensitiva Avalon Harmonia (Guest star: Cindy Lauper), dicendo che la vittima, a cui anima sembra rimasta intrappolata nel mondo dei vivi, le ha chiesto di trovare il suo assassino. Durante l'indagine che sfiora il paranormale, i membri della squadra inizieranno ad interrogarsi su quello che è il loro concetto di vita dopo la morte.

Il team del Jeffersonian indaga sulla morte di Nancy Handelman, i cui resti sono stati ritrovati nel giorno delle nozze di Brennan e Booth; quando il caso si fa più serio, Cam ed Angela fanno tutto ciò che è in loro potere per tenere Brennan all’oscuro e fare in modo che la donna si concentri sul suo grande giorno. La tensione sale quando uno sfortunato evento interrompe il matrimonio e Max si presenta in città con una borsa piena di denaro.

Viene ritrovato un corpo all'interno di un tronco: la vittima era una sensitiva e, per questo motivo, Angela chiede aiuto alla sua amica Avalon per mettersi in contatto con lei. Avalon però ha difficoltà perché disturbata dalla presenza dello spirito di Sweets che, nel giorno del proprio compleanno, vuole fare a Booth e Bones un regalo.

Il team racconta nuovi inizi e vecchie ferite in questo penultimo episodio.