Le retour de Starbuck à bord du Galactica divise la flotte tandis que les quatre premiers des Final Five continuent de se demander s'ils sont ou non une menace pour leurs camarades humains. Parallèlement, Gaius Baltar est accueilli au sein d'une secte qui le considère comme un nouveau messie.

Lassée de l'absence de son mari, Calliy décide de le confronter avant de découvrir qu'il entretient peut-être une relation extra conjugale. Starbuck mène une expédition destinée à retrouver le chemin de la Terre, mais les 22 jours de voyages infructueux commencent à faire douter l'équipage des véritable capacités du capitaine. Mis au pied du murs, les Cylons partisans de la lobotomie des Raiders reviennent sur leur décision.

En mission afin de retrouver le chemin de la Terre, l'équipage du Démetrius questionne de plus en plus les décisions et la santé mentale de son commandant Starbuck après une rencontre décisive avec une ancienne connaissance. Une relation bien particulière se noue entre Gaius et Tyrol, toujours sous le coup du suicide supposé de sa femme.

Après une tentative de mutinerie sur le Démetrius, Kara Thrace prend l'initiative de vérifier les dires de Loeben en organisant, cette fois avec une équipe réduite, un saut vers le vaisseau mère cylon à bord d'un Raptor. Roslin explore quand à elle sa relation avec la maladie dans l'infirmerie du vaisseau, et remet en cause ses croyances.

Le vaisseau mère cylon rejoint la flotte humaine avec une proposition alléchante. La présidente Roslin doit quant à elle faire face à des rumeurs délivrées par Baltar qui mettent en évidence le rêve qu'elle partage avec Sharon et numéro 6.

Le vaisseau mère cylon retrouve la trace de la flotte grâce à l'Amiral Adama. Commencent alors des négociations tendues afin que chaque camp y trouve son compte. Mais alors que les menaces succèdent aux tensions et que la situation escalade, les Cylons encore présents sur le Galactica tentent le tout pour le tout afin de résoudre le conflit.

L'équipe dépêchée pour explorer la Terre est dépitée ! Les premières recherches n'indiquent aucune trace de vie sur la planète. La Terre aurait subi une attaque atomique quelques 2000 ans plus tôt. Des ossements d'anciens modèles de Centurions révèlent que les Cylons étaient sur Terre auparavant. De retour au sein de la flotte, comment annoncer aux survivants que leurs derniers espoirs sont vain. Starbuck, de son côté, fait une découverte déconcertante...

La Présidente étant aux abonnés absents, l'Amiral Adama tente de reprendre les choses en mains, après la déconvenue sur la Terre. Le moral des troupes est au plus bas, mais l'espoir de trouver un nouveau foyer ne doit pas être abandonné. Pensant à leur survie sur le long terme, l'Amiral craint de n'avoir d'autre choix que de faire une alliance permanente avec les Cylons. Une proposition qui risque d'être très difficile à accepter pour beaucoup. Zarek, refusant d'envisager pareille alternative, invite les membres du Quorum à le rejoindre...

Orchestrée par Gaeta, la rébellion s'organise. Zarek est libéré pour prendre le contrôle du Quorum sur Colonial One, tandis que Gaeta mène ses troupes sur le Galactica. L'Amiral Adama semble pris au piège...

L'Amiral Adama et le colonel Tigh sont capturés par les hommes de Gaeta. Le Raptor, emmenant la Présidente Roslin en lieu sûr, échappe de peu à une attaque. Gaeta veut organiser un procès contre l'Amiral, et Zarek se charge du Quorum. Pendant ce temps, toujours à bord du Galactica, Starbuck et Apollo tentent de neutraliser l'ennemi...