在灼热的行星-荒漠之星上，有一位悬赏600万的麻烦制造者，法修・斯坦比特，绰号「人形台风」。记者罗伯特和梅丽鲁在追查「PLANT连续抢劫案」的途中，遇见了某个男人...！？

镇民们为了赏金开始追捕法修，他又陷入到危险之中。当法修试图离开小镇时，遇到了越狱的罪犯父子，他们现在正在竞相索取悬赏金。

法修，杰诺罗克镇和内布拉斯加决定休战，但他们短暂的和平被另一个袭击者打破，他似乎也是为了PLANT，但似乎有更邪恶的东西在发挥作用。

密利欧・奈布兹夺走PLANT，留下满目疮痍的城镇。威席为了寻找他，来到第三都市儒来。一行人在路上碰到自称是「葬仪社」的神秘男子。他背着用布层层包覆的巨大十字架，身穿在沙摸中特别突兀的黑色西装。那个男子自称是「尼古拉・D・伍夫伍德」。

尼古拉加入威席一行人，旅程忽然变得更热闹。众人继续追寻奈布兹，半路上经过矗立在红色沙漠的边境村庄「风车之村」。没有起风，风车发挥不了功能。本来以为是毫无人烟的废墟，殊不知有一股巨大杀气向威席袭来……

威席与尼古拉搭乘横渡砂之海的船舰──砂汽船，朝向第三都市儒来前进。两人正以为平安出航，一位新的刺客──利维欧突然现身。双方展开激烈枪战，此时尼古拉回想起自己的过往。

为了阻止丧失自我的刺客——利维欧继续失控，威席与尼古拉并肩作战。船上展开枪战，再加上败德少年团在这时袭来，战况越来越激烈。在一连串混乱当中，不知是谁修改了砂汽船的航道，本来朝向第三都市儒来航行，却突然失去控制，朝着尼古拉的故乡「希望岛」高速行进。

很久以前，四处寻找新行星的人类移民船碰上突发事故。少年威席与少年奈布兹在蕾萌的救助下，搭乘逃生艇，抵达荒漠之星。威席在无边无际的沙漠迷失方向，逐渐失去意识……

威席跟着露伊塔与布莱德一起生活；另一方面，奈布兹跟着从移民船团集体坠落事件「大坠落」生还的研究组织领导人──康纳德一同行动。就在某一天，在急于复兴的聚落设施，生物动力炉「PLANT」发生异常。在染上鲜红色的PLANT的光芒之下，分道扬镳的双胞胎在此重逢。

梅丽鲁与罗伯特被萨吉带至第三都市儒来。两人在此得知人类为何来到此地──荒漠之星。原为罪人的领导人，于「米迦勒之眼」反复进行人体改造的研究员康纳德也现身，一切即将水落石出。与此同时，威席与尼古拉终于来到奈布兹所在的儒来铁塔最上层。在没有终点的旅途的尽头，将迎来什么样的命运……

威席被奈布兹摆了一道，摔进了巨大水缸。水缸里都是连接PLANT的溶液，奈布兹强制进入了威席的记忆世界。即使遭到人类厌恶，威席依旧深爱并保护人类。支撑着他的珍贵回忆是……。另外，追在威席后面，沿路折返的梅丽鲁将看到不可置信的景象。