Sydney et Vaughn se réveillent dans les bras l'un de l'autre. Syd l'informe qu'elle souhaite quitter la CIA et changer de vie. Kendall, son supérieur hiérarchique, ne veut pas la laisser partir et l'informe que si elle décide de quitter l'agence elle ne pourrait plus voir sa mère. Sark kidnappe Caplan, un brillant mathématicien, pour le compte de Sloane, pour qu'il l'aide à décrypter un manuscrit de Rambaldi ...