Sydney Bristowová poznává pravou tvář tajné organizace SD-6 a svého otce, který je dvojitým agentem vedeným CIA.

Sydney má za úkol v Moskvě překazit prodej kradených souborů týkající se sovětských a amerických zbraní. Zjistí, že kdesi v USA je ukryto jaderné zařízení. Poté co ho najde a předá SD-6, to ho obratem prodá egyptskému dealerovi zbraní Ineni Hassanovi. Sydney musí do Káhiry demontovat jadernou bombu...

Sydney spolu s Dixonem odlétá do Madridu vyzvednout kufřík obsahující skicu, která vypadá jako digitální kód, jenže nakreslenou vizionářem Milo Rambaldim v 15 století. Existují pouze dvě skici s tím, že tu první už SD-6 má a k rozluštění kódu potřebuje skicu z Madridu. O ní má zájem i konkurenční ruská agentura K-Direktoriát. Sydney se poprvé setkává, nikoliv naposled, s jejich agentkou Annou Espinosovou. Problém nastane v okamžiku, kdy SD-6 má kufřík, od něhož nemá klíč k otevření, který má zase K-Direktoriát. Sloan se dohodne s K-Direktoriátem na střetnutí jejich agentek v Berlíně ke společnému otevření kufříku...

Sydney s Annou otevřely kufřík, zapojila se však sekvence zničení jeho obsahu. Je to 500 let starý binární kód, který si musí Sydney před jeho zničením zapamatovat. Kód představuje zeměpisné souřadnice kostela v Malage ve Španělsku. V kostele se nachází zlatý okrouhlý krystal. Marshall provede jeho analýzu a zjistí, že se jedná o syntetický polymer, který vymyslel sám Rambaldi. Pokrokové vynálezy proroka z 15 století se najednou stávají součástí větší záhady...

Sydney a Dixon mají za úkol bezpečně dostat do USA Jeroena Schillera, který má informace o vakcíně proti biologické válce. Mezitím CIA připraví plán, aby do SD-6 dorazil jeho dvojník a Jeroen je exportován rovnou do CIA. Dixon o ničem samozřejmě na rozdíl od Sydney neví.

Sloan se však od Jeroenova dvojníka dozví místo v Německu, kde se nachází továrna na výrobu vakcíny. Sloan vyšle Sydney s Dixonem do Německa získat vakcínu a vyhodit továrnu do povětří. CIA o operací ví a demontuje Dixonem nastražené bomby, ale přesto nastane komplikace v okamžiku, kdy se Dixonovi nepodaří na poprvé odpálit bomby a použije záložní detonátor, o které zase pro změnu nevěděla Sydney.

Budova továrny vybuchuje i se všemi agenty CIA uvnitř...

Sydney je otřesena po tragédii v Německu. Chce svou pravou identitu říci Dixonovi, ale Vaughn ji přesvědčí, že by tím ohrozila jeho život. Mezitím se CIA nabourá do počítačového systému SD-6. Marshall na to však přijde a upozorní Sloana. Sloanovi je jasné, že má uvnitř SD-6 krtka.

Další mise Sydney a Dixona směřuje do Londýna. Musí získat jeden z FTL genetických zabezpečovacích zařízení - velmi důmyslnou součást kryptografického zařízení – od člověka jménem Smythe, který vlastní v Londýně galerii. Zařízení je však nastavené na jednu konkrétní DNA, a to od Garetha Parkashoffa. Ten je však mrtvý a místo jeho hrobu zná pouze jeho vrah, který je zavřený v ústavu v Bukurešti. Sydney pod maskou pacienta proniká do ústavu. Mise v Rumunsku je však složitější než se zdá, protože ředitelem ústavu je člen K-Direktoriátu...

Sydney je zavřená v ústavu v Bukurešti. Agent, který měl být její spojkou je nalezen s podřezaným hrdlem. Sydney je omráčena a probírá se v elektrošokové vaně. Vyslýchá jí agent K-Direktoriátu Dr. Kreshnik. Sydney ho přesvědčí, že jí musí nechat na živu, aby mohla získat polohu Parkashoffova těla. Kreshnik ji pustí, ale to byla chyba, protože Sydney přemůže jak jeho, tak i jeho gorily a utíká spolu se Shepardem do konspiračního domu CIA v Bukurešti.

FTL si hrála s pamětí Sheparda a jeho zrak je poškozený, vidí černobíle a nemůže si pořádně vzpomenout na místo, kde pohřbil Parkashoffa. Přesto se Sydney podaří z něj informaci dostat a najít jeho hrob. Pomocí jeho DNA se podaří v SD-6 dekódovat přístroj. Zjišťují, že další Rambaldiho artefakt se nachází v Oxfordu. Sydney tam jede, ale Dixon jí varuje, že by se tam mohla setkat s Annou Espinosovou...

Sydney jede do Oxfordu vyzvednout další Rambaldiho artefakt - staré hodiny. Anna je jí však v patách.

Další mise Sydney směřuje do Positanu v Itálii, aby dala hodiny opravit. Hodiny byly navrženy Rambaldim, ale sestaveny řemeslníkem jménem Giovanni Donato v roce 1503. Jeden z Donatových potomků sa stále věnuje rodinnému řemeslu a může artefakt opravit.

Donato vysvětlí Sydney, že symbol na hodinách <0> je znak Velkolepého Rambaldiho řádu. Když se Sydney zeptá na vyleptaný datum na hodinách, Donato odpoví, že Rambaldi mu nikdy neřekl, co to znamená!?! Co tím onen starý muž myslel? Není možné, aby byl současníkem Rambaldiho a žil několik století. Nebo snad ano? Navíc řekne ještě něco záhadnějšího a to, že Sydney očekával a to co se stane vzápětí je nevyhnutelné. Než může Sydney zjistit více, umírá Donato zasažen kulkou ostřelovače K-Direktoriátu, která však byla určena jí. Hodiny naštěstí stačí opravit.

Marshall přijde na to, že disk nalezený v kostele ve Španělsku zapadá do hodin a když jsou oba artefakty spolu ukazují mapu hvězdné oblohy. Jedná se o místo na hranicích Chile a Argentiny, pohoří Aconcaqua. Sydney s Dixonem odjíždí do míst, jejichž polohu ukázaly hodiny. Nachází tam jeskyni a v ní další Rambaldiho artefakt - knihu s jeho náčrty. Než jí však stačí Sydney vzít, objevuje se Anna a knihu jí bere. Při pronásledování padá Sydney do propasti...

Sydney se dostane z propasti ven. Před jeskyní najde zraněného Dixona v bezvědomí. Zavolá CIA a helikoptéra ho převeze do blízké nemocnice. Mezitím dostane Sloan zprávu, že oním krtkem v SD-6 má být Sydney. Nechce tomu však věřit, ale prověří si ji.

Sydneyina další mise směřuje do Toskánska ukrást informace od účetního Ineniho Hassana. Ten kdysi spolupracoval s SD-6, ale nyní se stal jejím nepřítelem a Sloan chce zmrazit jeho konta. Sydney nalezne pouze jméno specifické Švýcarské banky. Sydney a Russak cestují do Ženevy, aby získali čísla jeho kont. Veškeré údaje, které Sydney posílá do SD-6 se dostávají i do CIA.

Sloan vyšle přes nezabezpečený server informaci o chytaném atentátu na Sydney, aby vylákal agenty CIA a tím potvrdil, že Sydney je krtek. CIA však jeho past prohlédne a nezasáhne. Sloan uvěří, že Sydney je loajální.

Dixon se probírá z bezvědomí v nemocnici, ale naštěstí si nic nepamatuje...

Sydney směřuje do Keni. SD-6 se pokouší vystopovat Hassana a v Keni se nachází dealer zbraní, který měl Hassanovi vytvořit novou identitu. Sydney se dozví, že Hassan podstoupil plastickou operaci a nyní vystupuje pod jménem Nebseni Saad.

SD-6 zjistí, že Hassan/Saad se nachází na Kubě. Sloan vyšle Jacka, aby Hassana zabil. Jack však vymyslí spolu se CIA plán jak přesvědčit Hassana, aby spolupracoval se CIA a předal jim jeho seznam klientů.

Sydney se dozvídá, že její otec Jack byl Hassanem na Kubě zadržen. Jede ho zachránit. Sama je však také zadržena a přivedena před Hassana, zrovna v okamžiku kdy se Jack snaží Hassana přesvědčit ke spolupráci se CIA. Jack má potvrdit svou loajálnost tím, že zastřelí chycenou agentku - svou dceru Sydney...

Sydney musí řešit, zda udá svého otce řediteli CIA. Podle jasných důkazů byl agentem KGB a před 25 lety na jejich rozkaz zabil mnoho agentů CIA. Pravda je však ještě krutější.

Sydney chce odejít z SD-6. Jack ji varuje, že je to sebevražda a ohrozí tím všechny, které zná. Než Sydney stačí něco udělat, přepadne SD-6 skupina neznámých vetřelců v čele s bývalým agentem McKenasem Colem a drží všechny jako rukojmí. Jack a Sydney jsou jediní, kteří jim v tom mohou zabránit...

Drama v SD-6 pokračuje. Cole mučí personál SD-6, aby získal přístup k Sloanovu trezoru. Dixon odešle tajný kód Vaughnovi do CIA. Agenti v naprostém utajení pomohou a získají z trezoru lahvičku s neznámou tekutinou. Sydney ještě popřemýšlí o svém záměru opustit SD-6...

Sydney s Dixonem musí získat informace o místě a času tajné schůzky mezi K-direktorátem a tajemnou skupinou Prvního. Jejich cesta proto vede přes Las Vegas do Ruska.

SD-6 vysílá Sydney do Tuniska, kde má získat Rambaldiho rukopis, ještě než ho K-Direktoriát předá zástupci záhadné organizace panu Sarkovi. To se jí skutečně podaří. Celou knihu ofotografuje pro CIA a předá SD-6. Ukáže se, že stránka 47 je prázdná a že v dosud probádaném Rambaldiho díle měla právě tato stránka velkou důležitost. Když se kniha na jednu noc dostane do Sloaneova osobního trezoru, Sydney dostává od Vaughna za úkol kritickou stránku vyměnit. Úkol při večeři u Sloaneových splní, ale Sloane zřejmě pojme podezření. Technikům CIA se podaří oživit tajný inkoust stránky 47. Když ji Vaughn ukazuje Sydney, ta s hrůzou zjistí, že je na ní její portrét...

SD-6 odhalila totožnost Prvního, ale Aliance s ním chce vyjednávat. Sloane by chtěl radikální řešení. Sydney musí podstoupit řadu testů, aby se zjistilo, zda odpovídá proroctví z Rambaldiho rukopisu. Vše se shoduje a Sydney je zatčena...

Sydney je zadržována a vyšetřována FBI, protože kvůli Rambaldiho proroctví o její ničivé síle, je nebezpečné, že je dvojitá agentka. Proroctví však obsahuje jednu poznámku, že ona nebezpečná žena, jíž se týká, nikdy neuvidí oblohu u hory Subasio v Itálii, kde se Rambaldi narodil. CIA ví, že každým dnem zadržení roste možnost odhalení Sydney jako dvojité agentky ze strany SD-6, proto ji unese a hodlá ji odvézt do Itálie k hoře Subasio, aby vyvrátila podezření FBI tím, že Sydney horu uvidí. (V FBI panuje nesmírná důvěra k Rambaldiho proroctvím, protože ze sedmačtyřiceti se jich už sedmačtyřicet naplnilo). Cestou na letiště je Sydney pronásledována policií a sjede do moře. Unikne tak, že deset minut dýchá vzduch z pneumatik, než se vynoří...

Jackovi a Vaughnovi se povedlo dostat Sydney ze spárů FBI díky odvedení pozornosti. Ona a Dixon se ale musí vypravit do Vídně a získat data na ruské ambasádě, aby znovu vystopovali muže známého jako Kasinov. Sydney se však na misi setkává se starou láskou. Vydá se s ním znovu na Sibiř, aby získala zařízení, které může poskytnout vodítka, které je dostanou blíže k úhlavnímu nepříteli SD-6.

CIA zjišťuje, že K-direktorát si najal muže jménem Sněhulák, aby zabil Kazinova. Zatímco Vaughn jede do Kolumbie pro získání informací o Sněhulákovi, Sydney a Noah jedou do Kapského Města získat údaje o některých ilegálních bankovních převodech. Noah chce začít nový život a chce, aby Sydney utekla s ním. Sloane Noahovi už nevěří, ale nechá ho odjet na další misi do Baku.

Sydney je v depresi. Vaughn jí zvedne náladu ukázkou, jak se jim i s její pomocí daří pomalu ničit SD-6. To ji přivede k plánu, jak vylákat Kazinova. Aby bylo možné chytit Kazinova, musí najít jeho matku. Mezitím Sydney a Vaughn zinscenují tajné transakce s Rambaldiho artefaktem se zástupcem Kazinova, panem Sarkem. Ale krytí Sydney může být ohroženo, protože SD-6 posílá agenta, aby zmařil prodej. Tím není nikdo jiný než Dixon...

Týmu CIA se v Denpasaru podaří Sarkovi ukrást ampulku s roztokem, který má zviditelnit Rambaldiho inkoust, ale Sarka nechávají na místě. Časem se podaří dostat Sarka SD-6 a Sloane chce, aby je dovedl ke Kasinovovi. Proto posílá do Paříže Sydney s Dixonem, kteří se mají vetřít do Kasinovova klubu a vyměnit z jeho trezoru jednu stránku Rambaldiho rukopisu za padělek. Do Paříže jede shodou okolností i Will, kterého tam pozve na schůzku jeho kontakt, tajemný muž s hlubokým hrdelním hlasem. Will se připlete (nebo je vmanipulován) do Kasinovova klubu, odkud ho musí zachraňovat Sydney...

Sloane musí přijmout těžké rozhodnutí, aby se dostal do Rady Aliance. Poté, co je zajat Will Tippin Sarkem, je mučen tchajvanským rádoby zubařem, aby z něj dostali utajované informace. Sydney je zdrcená z únosu Willa a hodlá ho na vlastní pěst zachránit. Musí si však dávat pozor na kolegu Dixona. Otec Jack jí pomáhá. Přidá se i Vaughn, jehož život je vážně ohrožen. Na konci je čeká nemilé překvapení...

Sydney je konfrontována se svou matkou, která ji postřelí. Sydney se však podaří utéct. Do Tchaj-peje je vyslán pátrací tým, který má najít zmizelého Vaughna, ale po tom se slehla zem. Ukáže se, že se dokázal zachránit před utopením, ale vzápětí byl Kasinovem zajat a odvezen do Francie. Tam však shodou okolností míří také Sydney při plnění dalšího úkolu. Objevuje Vaughna a podaří se jí ho osvobodit. Pro záchranu Willa vymýšlí Jack složitý plán. Will je přistižen v narkomanském doupěti pod vlivem drog. Před novináři prohlásí, že má s drogami problémy už tři roky a že všechno, co za tu dobu napsal, včetně článku, kde se zmínil o SD-6, si vymyslel. Sloanea to upokojí a přestane mu usilovat o život.

Sloane se stal právoplatným členem Aliance. A dozvěděl se o existenci disku, na kterém jsou informace, které zmizelá Irina používala k vydírání. Sydney musí disk získat.

SD-6 dostala informaci, že Sark chce ze Srí Lanky vypustit satelit vybavený terahertzovou kamerou, která vidí až sto metrů pod povrch země. Sloane chce vědět, co Sark hledá a vidět to, co uvidí Sark, a proto vyšle na Srí Lanku Sydney s Dixonem, aby do počítačového systému satelitu nainstalovali zařízení, které by předávalo signál kamery i SD-6. CIA chce po Sydney totéž. Sydney úkol úspěšně splní. SD-6 i CIA mají záznam terahertzové kamery, který ukazuje nějaký kovový předmět v hlubinách ledových jeskyní na Sibiři. Ten předmět je Rambaldiova hrací skřínka, která hraje melodii, v níž je zakódováno Rambaldiovo tajemství. Ale skřínku je možno spustit taky jen kódem a ten má Sark...

Sloana se snaží někdo přesvědčit, že jeho žena Emily nezemřela. Sydney se stále více sbližuje s matkou Irinou. Jack to nese velmi těžce a udělá vše pro to, aby dceru z jejího vlivu dostal.

Ve Vídni byl zavražděn Niels Heider, příslušník Triády, který prodával informace SD-6. Ve své poslední zprávě SD-6 uvedl, že Triáda vyvíjí a zkouší v Budapešti 16 zbraní nové generace. Sloane posílá do Budapešti Sydney a Dixona, aby zjistili o jaký druh zbraní se jedná, vyfotografovali je a okopírovali jejich plány.

Sydney v Budapešti zjišťuje, že 16 zbraní nové generace je 16 dětí ve věku šesti až sedmi let, které jsou tajně vycvičovány ke špionážní práci. Po skončení výcviku jim lektoři vymažou paměť a nic netušící děti mají být kontaktovány a nasazeny teprve až dospějí. Výcvik dětí vede bývalý psycholog z KGB Valerij Cholokov, který má s touto prací zkušenosti z dřívějška. Manolo, který na Jackův případ nastražil v minulé epizodě v domě na Madagaskaru výbušniny, je deportován do USA. V transferu ho navštíví Vaughn a dozví se od něj, že dostal úkol od Jacka...

SD-6 našla důkazy o existenci tří lidí, které Sark nakazil virem podobným ebole. Sydney a Jack se musí zmocnit jejich lékařských záznamů a krve.

U Vaughna se objevily první příznaky nemoci, kterou mu způsobila voda z Rambaldiho přístroje. Pokud nedostane protilék, do tří dnů zemře. Irina prozrazuje, že protilék, který při svých pokusech vyvinul Kasinov, je na bývalé estonské námořní základně, kam se pro něj vypravuje Sydney. Na základně se setkává se Sarkem, který ji zajme. Protilék jí vydá pod podmínkou, že mu předá Sloanea, kterého chce zabít. Sydney souhlasí a odlétá i se Sarkem do Tokia, kde má Sloane schůzku aliance. V převlečení za gejšu Sloanea omámí a předá Sarkovi, který ho nechá odvézt sanitkou.

Sydney získá protilék a zachrání Vaughna. Je však velice překvapená, když přijde do sídla SD-6 a uvidí tam Sarka i Sloanea...

SD-6 se zmocní tajných kódů, ale ani Jack neví, k čemu doopravdy slouží. CIA odhalí, že jsou to kódy k ovládání jaderných hlavic, které byly před půl rokem ukradeny.

Irině se podaří přemluvit Jacka, aby ji spolu se Sydney vzal na výpravu do Kašmíru za získáním šesti jaderných hlavic od Lidové revoluční fronty, na jejíž základně to Irina dobře zná. Společně odjíždějí do Indie, a i přes různé náznaky sbližování rodiny je Jack k Irině stále krajně nedůvěřivý. Přesto se v krajní nouzi uvolí dát jí určitou samostatnost, ale vypadá to, že Irina zradila jeho a Sydney a je stále spojenkyní vůdce povstalců Cuvéeho. Nakonec přímo na základně zjišťují, že jádra hlavic mají být použita k uskutečnění dávného Rambaldiho experimentu, který měl dokázat samoobnovu buněk a nesmrtelnost života. Mezitím však Indové v obavě z jaderného útoku Pákistánci podporovaných vzbouřenců na základnu zaútočí. Irina mezitím osvobozuje Jacka a Sydney a Vaughn je zachraňuje vrtulníkem z bombardované základny. Výsledkem jejich mise je nejen získání jader z šesti hlavic, ale i květiny jako výsledku experimentu.

Laboratorní testy po návratu domů ukáží, že květina je čtyři sta až šest set let stará...

Sark upadl v podezření, že není k SD-6 loajální. Aby se očistil, předává informace o existenci systému, který by SD-6 dal do ruky mocnou zbraň.

Hned tři různé organizace mají zájem o přístup na Echelon, ale jen CIA má čisté úmysly.

Když Sydney zjistí, že byl Marshall unesen, bojuje s bezcitným Sloanem o možnost přivést zpět Marshalla, který je mučen známým tchajwanským mučitelem Dr. Lee. Dr. Lee chce odhalit kód pro přístup k přísně tajnému bezpečnostnímu systému Echelon. Sydney a Dixon jsou místo toho posláni do Vietnamu, aby obnovili pevný disk pro Echelon.

Mezitím se Kendall a zbytek CIA horečně snaží, aby se zabránilo SD-6 v přístupu k Echelonu. Jack si uvědomuje, že jediný kdo jim může pomoci je Irina.

Ariana Kaneová podezřívá Jacka a také Sydney, o které si myslí, že je dvojitý agent. Už je téměř odhalí, ale nakonec se vše robrátí proti ní. Navíc se ukáže, že podezření o zabití Emily Sloanové Jackem je lež, protože Emily je naživu. Sloane si bere dovolenou a Jack je pověřen velením SD-6.

Vše se zdá jako obrácené vzhůru nohama, což začne tajemným zmizením Sloanea, které přivede Anthonyho Geigera, nového vedoucího SD-6. Jak se Jack Sydney snaží udržet se krok napřed před Geigerem, aby neodhalil jejich tajemství, Will a Francie učiní svůj vlastní šokující objev, když se Francie připravuje na otevření své nové restaurace.

Po výsadkové operaci k zajištění něčeho, zvaného Server 47, Sydney objeví klíčovou slabinu, která by mohla zničit celou Alianci. Ale aby dostala své plány do akce, musí říct Dixonovi pravdu o všem, když je Jack zajat, a Dixon se musí rozhodnout odhalit tajné kódy, což umožní CIA rozjet celosvětovou ofenzívu za účelem likvidace všech buněk SD a zničení celé Aliance navždy.

Vědec Markovič vymyslel technologii Helix, s jejíž pomocí se dá snadno měnit podoba člověka v jiného. To by byla mocná zbraň v rukou teroristů a jiných zločinců. CIA musí dvojníky i Helix najít a zničit.

S tím souvisí i vyšetřování, které řídí Sydney, kdy mladá agentka CIA zemře a okamžitě padá podezření na jejího kolegu a milence agenta Jima Lennoxe. Je Jim skutečný nebo jen jeho dvojník?

Sloane je opět na scéně a chce sestavit Rambaldiho artefakty v novou zbraň. Sám to nedokáže, a proto unese matematika Caplana, který jako jediný může pomoci.

Sydney má konečně možnost opustit CIA, jenže únos geniálního matematika, jí přivádí zpět do boje.

Když se Sloaneovi dostane do rukou děsivá Rimbaldiho zbraň, která způsobuje vnitřní samovznícení, musí se Sydney obrátit o pomoc na zrazeného Dixona. Ale když její ex-parťák odmítá jakoukoli pomoc, nemá jinou možnost než provést misi sama. Když je Sydney unesena, musí Vaughn přesvědčit Dixona, aby pomohl CIA při záchraně Sydney z tábora v Afghánistánu.

Ve výtahu je zabit ruský mafián Karpachev, bývalý kontakt Iriny Děrevkové, se svými bodyguardy. Karpachevova náprsní taška zmizela a CIA neví proč. Irina Děrevková tvrdí, že v ní nosil přístupovou kartu k sejfu, ve kterém ukrýval další Rambaldiův rukopis, studii o lidském srdci. Potom se zjistí, že rukopis od něj získal další Rus, Stuky, který žije v Bangkoku.

Šéf CIA, Kendall, posílá po dlouhém váhání do Bangkoku Irinu Děrevkovou společně s Jackem. Mají Rambaldiův rukopis získat a použít ho jako návnadu na Sloana. Ale rukopis už v Bangkoku není, Stuka ho prodal do Hong Kongu. Irina s Jackem odletí do Hong Kongu a rukopisu se zmocní.

Sydney je předvolána k výslechu. Kontrašpionážní oddělení se domnívá, že Vaughn pracuje pro nepřítele a analytik Yeager žádá Sydney, aby Vaughna špehovala a zkopírovala disk jeho notebooku. Sydney váhá, ale pak spolupráci odmítne.

CIA zoufale pátrá po zrádkyni Irině Derevkové. Stopy je zavedou do Stuttgertu a blíže též Sarkovi a Sloanovi. Irina se Sloanem chtějí získat výsledky výzkumu lidského genomu. Mohli by si vyrobit geneticky cílený virus. Události však přinutí Sloana, aby se všeho vzdal a zůstal s Emily. A Sydney dostane zprávu vysílanou Irininými náušnicemi, že pravda chce svůj čas.

Sydney v poslední minutě zachrání Caplana před smrtí. Francie zneužila Willa k získání snímků ze satelitu, z nichž se Sloane dozví, že Dixon zastřelil Emily a postará se o to, aby zemřela i Dixonova žena.

Dixon se snaží vyrovnat se smrtí své ženy, ale do práce se vrací už za čtyři dny, odhodlaný vystopovat Arvina Sloana. Vaughn pochybuje o jeho schopnosti poradit si v terénu, ale Dixon na této práci trvá, což přiměje Vaughna zvážit možné ohrožení Sydneyho. CIA rozluští stránku v Rambaldiho knize, která obsahuje proroctví o soudném dni, který má přijít za tři dny. Začíná tak zoufalý boj o nalezení Rambaldiho přístroje dříve, než stihne naplnit svou předpověď.

CIA hledá ve vlastních řadách krtka, který se už dvakrát naboural do počítačového satelitního systému. Hlavním podezřelým je Will Tippin. Jack Bristow dá Willa zatknout a vyslýchat. Výslechy k ničemu nevedou, Will si nevzpomíná ani na běžné věci ze své minulosti a CIA začíná mít pochybnosti, jestli je Will skutečný Will, nebo jestli jde o nastrčeného dvojníka. Kendall požaduje, aby byl Will převezen k tvrdému výslechu do speciální věznice Camp Harris. Sydney a Will jsou proti. Kendall nakonec Willův převoz do Camp Harris prosadí. Sydney a Vaughn odlétají do Berlína pátrat po neznámé zdvojené osobě, kterou před časem vytvořil Markovič. Francie, respektive její kopie-dvojnice, dá Willa během převozu do Camp Harris unést. Will únoscům uteče s skrývá se. Agenti CIA i FBI mají rozkaz ho zabít. Sydney chce Willa zachránit tím, že dokáže jeho nevinu. Will jí dá telefonicky tip na počítačový server v Marseilles, v kterém mají být informace o identitě dosud neznámé zdvojené osoby. Sydney pronikne do střeženého serveru, ale tam ji už na ni čeká Irina, která všechny počítače vymazala, ale má kopii souborů, o které má Sydney zájem a je ochotná je Sydney za protislužbu předat...

Will Tippin je nakonec zproštěn všech obvinění. Irina pošle Sydney s Jackem do Zurichu s tím, že tam Sloane ukrývá Rambaldiho artefakty. Je to však past a Jack je Sloanem zajat. Mezitím Vaughn a Sydney letí do Stockholmu chytit Sarka. Will zjistí, že Francie je ve skutečnosti dvojník Allison a celou dobu ho jen využívala.

Sydney Bristowová zjišťuje, že má poslední dva roky života vymazané z paměti...

V Mnichově byli uneseni dva agenti CIA, kteří pracovali jako rezidenti v letecko-kosmonautické firmě. K jejich únosu se přihlásila nejmenovaná organizace. Vyzvala CIA, aby si seznam jejich požadavků vyzvedla v obskurním mnichovském kině. CIA se domnívá, že únos provedla dosud málo známá skupina ruských nacionalistů, zvaná Dohoda. Sydney odjíždí na vlastní žádost do Mnichova a na určeném místě najde krabici s hlavou jednoho z agentů a požadavky únosců. Dohoda chce vyměnit druhého agenta CIA Rottera za Sarka, který je už dlouho v americkém vězení. Lindsey odlétá provést výměnu do Mexika.

Sydney se poprvé pracovně setkává s Lauren - Michaelovou manželkou. Na brífinku, kde Dixon informuje o plánu Dohody na ukradení Medúzy, ruské zbraně k ničení amerických družic, se Sydney s Lauren pohádá. Sydney s Vaughnem a s Lauren jako zajištěním jsou vyslání do Mexico City, kde se má sejít bývalý ruský plukovník Oranskij se Sarkem, zástupcem Dohody. Sydney je snímá a odposlouchává, ale je odhalena a má co dělat, aby se z nebezpečné situace dostala. Oranskij uteče a tak nezbývá, než se vydat přímo do Moskvy, na ministerstvo pro vědu, a Medúzu odnést.

Skupina lupičů ukradne z laboratoře ve Francii viry Ebola. Jeden z nich se nakazí a před smrtí řekne Sydney, že se chystá další krádež. Sloane zjistí, že ukradené viry by samy o sobě nebyly k ničemu, je třeba k nim mít ještě patogen. Sydney je vyslána místo zemřelého lupiče do zlodějské skupiny. Její vůdce Simon Sydney zná, ale pod jménem Julia. Na zkoušku ji vyšle do hotelu ukrást náhrdelník a zavolá policii, chce vidět, jak si Sydney poradí. Ta uspěje a je přijata. Jeden z lupičů jí ale pořád nevěří a přinese fotku, na níž je Sydney s Vaughnem. Když se Simon dozví, že Sydney-Julia nebyla v Miláně, jak se dohodli, ale v USA, podrobí ji výslechu. Sydney mu řekne, že Vaughn je její dodavatel. Vaughn, který vše sleduje, nechá do databáze Interpolu vložit svůj spis, což Simona přesvědčí, že Sydney je spolehlivá. Krádež patogenu se podaří, ale pak se objeví část bandy a vede zbitého Vaughna. Všichni Sydney podezřívají, že je agentka, a tak raději Vaughna zabije.

Na pusté silnici ve Španělsku přiloží Javier Vaughnovi k čelu pistoli a chce vystřelit. Vedle něj stojící Sydney ho požádá o nůž, Vaughna bodne a odkopne ze silnice. Vzápětí Sydney uprchne a zavolá CIA, aby Vaughna zachránila. Vaughn je převezen do Států a leží v bezvědomí v nemocnici. Sydney vysvětluje Vaughnově ženě Lauren, s kterou teď spolupracuje, že Vaughna bodla, aby ho zachránila před jistou smrtí. Lauren a Sydney odjíždějí do Mexico City, kde se koná zdravotnická konference, které se účastní i Sloan. Lauren od něj chce informace o Khasari Bomanim, africkém obchodníkovi se zbraněmi, který uprchl z ruského vězení a měl by mít informace o tom, co se dělo se Sydney, když byla v bezvědomí. Jack se zase snaží navázat kontakt s jistým Simonem, a dostat z něj, proč si myslí, že Sydney je Julie Thornová. Bomani Sloana unese a chce ho zabít, ale propustí ho za informaci o inteligentním viru, který vyvinula japonská Jakuza. Stejnou informaci pak Sloan sdělí i CIA a zároveň CIA nabídne, že bude fungovat jako dvojitý agent.

Sloane pošle CIA informaci, že německý počítačový expert Lange vyrobil údajně na zakázku Ruského ministerstva obrany speciální hardware určený k odhalování bezpečnostních mezer ve velitelských a kontrolních systémech ruských atomových raket. Pomocí tohoto hardwaru je možno proniknout do jakéhokoliv ruského strategického zařízení a odpálit rakety. Hardwaru se chce zmocnit Dohoda. Lange si dal udělat plastiku obličeje a skrývá se. Podle Sloanových informací má v určitý den schůzku v milánském baru. Lindsay z NSC posílá Lauren do Moskvy na tajnou misi. Vaughn se Sydney odletí do Milána, vybaveni rentgenovou kamerou, s jejíž pomocí mají v nočním klubu identifikovat Langa, který má změněný obličej. Langa najdou, ale na scéně se objeví Allison, kterou Sydney považovala za mrtvou. Allison Langa zabije, vytrhne mu zub a uprchne. Podle rentgenových snímků, které Sydney v klubu vyfotografovala, CIA zjistí, že Lange měl v zubu identifikační čip, patrně klíč k sejfu, ve kterém má uschován svůj "univerzální klíč" k ruským raketovým silům. Sejf je v Bulharsku, kam odletí Sydney s Vaughnem...

Sloane sdělí CIA, že má pro Dohodu ukrást operační systém prototypu nové zbraně "maseru", jakési obdoby laseru, který byl vyvinut v Číně a je uchováván na čínském ministerstvu obrany v Pekingu. Sloan se nabídne, že operační systém zkopíruje pro CIA a pak prototyp poškodí a Dohodě předá poškozenou verzi systému. Se Sloanem odjede do Pekingu Sydney.

Lauren se vydá do Mexika, kde byl zadržen jistý Paréz, který nabízí CIA, výměnou za svobodu, informaci, že ruského diplomata Lazareje zavraždila Sydney pod jménem Julia Thornová v době, na kterou si nevzpomíná. S Lauren odjede do Mexika Vaughn. Paréze však najdou v policejní cele oběšeného...

Komando NSC uneslo Sydney z Říma. Ředitel NSC Robert Lindsey ji dal převézt do tajného vězení na základně válečného námořnictva k výslechu. NSC obsadilo Dixonovo oddělení, Lindsay zbavil Dixona funkce a jeho pravomoci převzal sám. Jack s Vaughnem se obávají, že Lindsay dá Sydney třeba i násilím provést chirurgickou neurostimulaci, aby se dostal k jejím zasutým vzpomínkám. Operace by jí nenávratně poškodila mozek. Sydney je v tajném vězení mučena elektrošoky. Jack a Vaughn ji chtějí osvobodit. K účasti na akci přizvou i Sloana a najmou dalších pět mužů a vrtulník. Také Lauren nabídne Vaughnovi, že mu pomůže Sydney vysvobodit.

Sloane ví o vědci, který umí obnovit paměť. Sydney se k němu vydá, ale její vzpomínky jsou zmatené, Lauren se ji pokouší zabít, Sydney neví, co je pravda a co se jí jen zdálo. Jack s Vaugnem vyšlou Lauren k Lindseyovi a ta mu řekne, že Dohoda je ochotna Sydney vyměnit za Rambaldiho přístroj. Lindsey ale žádá Sloana, aby mu při výměně pomohl Sydney zabít.

Sydney se vydá za Willem Tippinem. Požádá ho o pomoc - najít Lazareye a sejít se s ním. Při schůzce Lazarey naznačí cosi o nějaké "věci", ukryté v Grazu. Pak Lazareye unese Sark.

Sydney s Wilem jedou do Grazu, ale Sark je na místě dřív a krabičku s neznámým obsahem vytáhne ze sejfu dřív než Sydney. Při souboji pak Sydney Sarka skolí a krabičku mu vezme. Will konečně dostal příležitost zabít Allison, Sloan hledá ostřelovače, který ji zabije. Když se výměna uskuteční, je zastřelen Lindsey a v bedně, kde se měl skrývat Rambaldiho přístoj, je staré železo.

Sydney se od Kendalla konečně dozvídá, proč a jak přišla o dva roky života a o paměť. Zmocnila se jí Dohoda, zmanipulovala DNA v těle Allison, aby byla Sydney považována za mrtvou, a snažila se jí vymýt mozek. Sydney si paměť raději nechala vymazat.

Teď pátrá po kostce se vzorkem Rambaldiho tkáně, kterou si odneslo oddělení zvláštního výzkumu CIA. Marshall na ni stačil umístit lokalizátor a Sydney s týmem pro kostku vyráží. Dixon, který o její minulosti ví vše, dovolí Sydney, aby ji zničila.

Sydney s Vaughnem letí do Severní Koreje pro vysokého činovníka Dohody, který chce přeběhnout. Dozví se o tom Dohoda a vyšle na místo Sarka. Ten otráví piloty a Sydney s Vaughnem musí s letadlem nouzově přistát.

Když se Jack dozví, co se stalo, hledá pomoc. Obrátí se na Irinu, a objeví se její sestra Káťa. Slíbí, že pomůže Sydney zachránit, ale na oplátku musí Jack zabít Sloana. Jack souhlasí, ale Káťa Sloana včas varuje. Jack neví, proč a Káťa mu odpoví velmi mlhavě.

Vysoko ve švýcarských Alpách je chata jednoho z kontaktů Dohody. Chata je vybavená nejmodernějším zabezpečením. Bývalá lupička Toni Cummingsová, která zařízení navrhovala, vybavila objekt několika okruhy smrtících pastí. V chatě Dohoda ukrývá tzv. Doleackou agendu - detailní operační plány, organizační rozdělení Dohody a jména všech vedoucích jednotlivých buněk. CIA se chce Doleacké agendy zmocnit a Dohodu zlikvidovat, a proto vyšle do Švýcarska Sydney a Vaughna. Ti proniknou všemi smrtícími pastmi a Doleackou agendu získají.

Cole dá Lauren a Sarkovi za úkol vést novou buňku Dohody v Severní Americe. Lauren má ale dál pracovat jako krtek v CIA.

Vaughn netuší, že jeho manželka Lauren zrazuje CIA a dodává informace Dohodě. Lauren je ambiciózní, touží po moci, má poměr se Sarkem a společně s ním i vraždí, ale navenek funguje jako schopná agentka a manželka. Vaughn se trápí, protože v skrytu duše stále miluje Sydney.

CIA zachytila zprávu, že filipínská teroristická organizace vyvinula nesmírně účinnou, tzv. plazmovou bombu a jeden kus poslala své pobočce v Evropě. CIA se snaží bombu za každou cenu zachytit, než se dostane do rukou teroristů nebo nepřátelských tajných služeb. Akcí je pověřena Sydney s Vaughnem. Po celou dobu je o krok před nimi konkurenční tým, Sark s Lauren. Obě dvojice se nakonec střetnou na nákladní lodi v Lisabonu.

Daniel Ryan bývalý pyrotechnik Královského námořnictva, nyní na volné noze, zdokonalil svoji nejničivější bombu a vybavil ji systémem, který znemožňuje její zneškodnění. Aby cena bomby na trhu stoupla, provedl Ryan zničující bombový útok na banku v Belfastu. Ryan chce přednostně prodat bombu Dohodě. Sydney, vydávající se za agentku Dohody, Ryana unese. CIA ho drží v místnosti, která je přesnou kopií jeho hotelového pokoje v Moskvě. Ryan taktizuje a prohlásí, že chce o prodeji bomby jednat jen se Sarkem. Ryan Sarka nikdy neviděl, a proto k němu CIA pošle Vaughna, který se za Sarka vydává. Další Ryanovou podmínkou je, že se Sark musí setkat s Ryanovým společníkem, který Sarka osobně zná, v letadle z Říma do Paříže.

CIA pošle fingovanou zprávu Sarkovi. Sark nastoupí do letadla a s ním i Vaughn. Ale během letu se žádný společník nepřihlásí a Sark i Vaughn pochopí, že celá akce je jen finta. Ryan chce zabít Sarka, který je zodpovědný za smrt Ryanova bratra. Vaughnovi a Sarkovi se s Marshallovou nápovědou po telefonu podaří bombu zajistit.

Sark je přepravován letecky z Francie do Spojených států. Čeká ho mučení a tvrdý výslech. Ale Sark do Států nedorazí. Cestou se za pomoci jednoho ze strážců zmocní letadla a vyskočí padákem nad Arizonou. Mezitím tým jeho spolupracovníků unese dvě děti ředitele Dixona. Sark žádá za jejich navrácení propuštění pěti vězněných členů Dohody. Dixon Sarkovi nevěří a rozhodne se děti osvobodit ráznou akcí. Marshall zjistí, že děti by se měly nacházet ve skladišti v Nogales. Dixon s týmem se tam vydá, ale zjistí, že tam děti nejsou a že je celý objekt plný časovaných bomb. Dixon je natolik otřesený únosem dětí, že odstoupí z ředitelské funkce a zastupuje ho Jack.

Sark pošle Dixonova syna Stevena k otci s tajným vzkazem. Celá akce s výměnou dětí za uvězněné agenty byl jen pláštík, ve skutečnosti má Dohoda s Dixonem jiné plány. Dixon má přístupové kódy k počítači tajného projektu Černá díra, který se zabývá zkoumáním Rambaldiho výtvorů. Dohoda chce, aby jim Dixon obstaral jistou Rambaldiho skříňku. Dixon skříňku získá, předá ji Sarkovi a ten mu vrátí jeho dceru.

Jack podezřívá Lauren, že zradila, a informuje o tom jejího otce, senátora Reeda. Sark donutí Lauren, aby svého otce zabila a odvedla tak od sebe pozornost - spolupráce s cizí mocí padne na mrtvého. Reeda však zabije její matka a ukáže se, že také ona se Sarkem spolupracuje.

Sydney s Vaughnem objeví klíče k Rambaldiho skříňce, ale vezme jim je Bomani. Vaughn se chce s Lauren rozejít a Sydney cítí naději, že se k ní Vaughn vrátí. Vaughn ale nedokáže opustit Lauren, která právě přišla o otce.

Sydney a Jack řeknou Vaughnovi o svém podezření, že Lauren je v CIA špicl Dohody. Vaughn jim ale nechce věřit. Bomani a Sark se zmocní Rambaldiho stroje.

Sydney s Vaughnem jedou do Berlína, aby zjistili, jak zastavit počítačový virus, který po internetu prohledává lékařské databáze na celém světě. Bomani se domnívá, že Lauren je už k nepotřebě a pokusí se ji zabít. Zachrání ji ale Sark.

Vaughn pak najde důkazy o Laurenině zradě.

Sydney s Vaughnem hledají v Nepálu muže, který ví o Pasažérce. Toho ale unesl Sark a nakonec ho zabil. Stačí ještě říct Sydney, že Pasažérka je její sestra, dítě nevěry Jackovy ženy se Sloanem. Vaughn hledá rukopis, který pomůže v dalším pátrání po Dohodě.

Sloane je popraven, ale Jack jeho smrt finguje - on jediný totiž může z Rambaldiho přesýpacích hodin zjistit, kde Pasažérka je.

Vaughna chytí Sark a chce z něj mučením dostat informaci o tom, kde je Pasažérka.

Sloane získal záznam mozkových vln Pasažérky - své dcery a pomocí družicového encefalogramu ji najde ve věznici v Čečensku. Sydney Nadiu najde a vysvobodí, ale Sloan s ní uprchne a chce ji podrobit proceduře, kterou popsal Rambaldi.

Sloan drží v zajetí Nadiu, patrně svoji dceru, která je zřejmě Pasažérem. Sloan ji proti její vůli podává injekcí Rambaldiho tekutinu a Nadia v jakémsi transu píše Rambaldiho poselství. Nadia se brání a podaří se jí Sloanovy zásoby tekutiny zničit.

Další zásoby tekutiny jsou v Rusku v bunkru Novgorod 21. Sloan si tam pro tekutinu pošle tým. Zprávu o akci zachytí CIA a pošle na místo Vaughna a Sydney. Ti přijdou pozdě a před dopadením ruskými vojáky je zachrání plukovnice Katya Děrevková, sestra Sydneyiny matky Iriny, která s nimi z Ruska uprchne. CIA se snaží najít Sloana a s ním i Nadiu a Rambaldiho poselství.

Marshall dešifruje Rambaldiho rovnici, kterou Sydney s Vaughnem přinesli z Japonska. Když Marshall na chvíli odejde, vnikne do jeho kanceláře Lauren v podobě Sydney a stahuje rovnici z hlavního počítače. Marshall se vrátí a Lauren-Sydney ho beze slova střelí. Pak demoluje celou Rotundu a uprchne.

CIA zadrží Sarka. Vaughn ho tvrdě vyslýchá a dostane z něj, kde se skrývá Lauren. Vaughn řekne představeným, že Sark nemluvil a vydá se za Lauren. Chce ji zabít a rozpustit v kyselině. Lauren se ho snaží obměkčit a Vaughn si to na poslední chvíli rozmyslí. Ale to už má v zádech nůž. Sydney se rozhodne, že Lauren zabije sama.

Po zpackané operaci, při které zahynul jeden z agentů, stane tajná agentka Sydney před kárným výborem. Po hádce s ředitelkou tajné služby dává naoko výpověď. Následně je uvedena do nové funkce supertajného agenta v přísně tajné skupině, o které nemají ani běžní lidé v CIA povědomí. V ní Sydney společně se svým otcem a několika dalšími spadá pod vedení značně nespolehlivého muže jménem Sloan. Ředitelka po Sydney chce, aby tohoto muže hlídala.

Prvním úkolem skupiny je získat radioaktivní materiál. Sydney se jej snaží získat od zkorumpovaného ruského vědce. Poté, co ocelovou kapsli získá, musí se poprat se zločincem najatým skutečným zájemcem o toto "horké" zboží. Společně se svým kolegou útočníka přemůžou.

Po skončení tohoto úkolu je Sydney pověřena kontaktovat bývalou agentku, Sloanovu dceru, a získat ji zpět do služby.

Sydney odjíždí do Argentiny za agentkou Nadiou, která odešla ze služby. Nadia je Sloanova dcera a zároveň nevlastní sestra Sydney. Sydney ji ale nedokáže přesvědčit, aby se vrátila do služby. Získá tam však informaci, že zločinec Vadik je pravou rukou teroristy Tamazakiho, což potřebuje pro svou další akci.

Sloane předloží svůj plán jak Tamazakiho dostat. Agenti ukradnou z jednoho londýnského muzea samurajský meč, po kterém terorista již dlouhou dobu touží, a nabídnou mu ho ke koupi. Terorista zareaguje a Sydney se vydává na místo schůzky. Tomazaki však Sydney unese a mučí ji, aby z ní dostal patřičné informace.

Naštěstí Nadine Sydney zachrání. Pak dojde k souboji mezi Tomazakim a Sydney, v němž je Tomazaki probodnut samurajským mečem. Než však zemře, sdělí Sydney, že měl na přání Iriny Derevkové (matka Sydney a Nadine) Sydney zabít. Syd konečně pochopí, že když otec zabil její matku, udělal to proto, aby ji ochránil.

Sydney a Marshall odjedou na Bahamy, aby v jedné z bank zjistili spojení na muže, který ukradl velmi speciální počítač, který má předat jedné německé teroristické skupině. Na základě údajů, které Sydney a Marshall získali, odlétá celá skupina do Španělska, kde se zloděj i s počítačem nachází.

Skupina nastraží na muže past. Sydney si zahraje mladou dámu, která měla autonehodu. Terorista ji zachrání a pozve do svého sídla. Tam se Syd podaří zjistit, kde se ukradený počítač nachází. Na základě její informace přepadne skupina příslušný sklad. Terorista se o tom dozví a zajme Syd i jejího společníka, který akci zvenku zajišťoval. Naštěstí se Syd podaří v nestřežený okamžik dostat z pout. Zneškodní svou stráž a teroristu pronásleduje.

Skupina má informaci o nové biologické zbrani. Poté, co se ji pokouší na jednom orientálním trhu prodat, vidí agenti její účinek. Muž, který ampuli s látkou spolkl, zmrzl a doslova se rozsypal.

Stopa směřuje do jedné nemocnice v Černé Hoře. Syd tam nastoupí jako ošetřovatelka a Vaughn se vydává za kněze. Zločinec Fenton Keene tady právě tuto zbraň vyvinul a její účinky tam zkouší přímo na pacientech. Společně s ním v nemocnici pracuje jeho sestra. Vaughn ji vysvětlí, co její bratr vlastně dělá a snaží se ji získat na svou stranu. Fenton ale Vaughna zajme.

Rusky mluvící muž ukradne opancéřovaný kamion. V něm se nacházela nová elektromagnetická zbraň. Syd a Vaughn dostanou od svého šéfa za úkol vetřít se do organizace, kterou tento zloděj řídí, a zbraň získat zpět, nebo ji zničit. K tomu jim má pomoci nová identita. Budou se vydávat za čečenský pár.

Mezitím Němci, kteří skutečný čečenský pár zatkli, sdělí informaci, že své vězně transportují do jiné věznice. Tato informace prozradí zloději a teroristovi v jedné osobě, že Syd a Vaughn nejsou ti, za koho se vydávali...

Syd a Vaughn dostanou úkol najít odkud pochází droga, na jejíž následky tajná agentka spáchala v Amsterdamu sebevraždu. Agenti přijedou do města a v bytě mrtvé objeví tajnou chodbu. Když do ní Syd sestoupí, napadne ji šílený snoubenec mrtvé ženy. I on je pod účinky drogy. Jack ho zneškodní, ale Syd je sama touto neznámou látkou infikována.

Stopa vede do Bukurešti, kde agenti zatknou dodavatele drogy. Následně zjistí, že droga je vyráběna v Praze, a tak jedou do hlavního města ČR, aby tady získali účinnou protilátku.

Poté, co Vaughn získá informace, že Rusko vyvíjí novou výbušninu, vetřou se Syd a Nadia do pokoje muže, který zřejmě jako jediný má vzorek. Jedná se o ruského milionáře Tambora, z jehož jachty mají zmíněný vzorek ukrást. Jak zjistí, na jachtě je výbušniny velké množství...

Díky tomu, že se podaří pomocí satelitu výzvědné služby zachytit informaci o schůzce teroristů, je Syd vyslána na místo zjistit, o co vlastně jde. Schůzky se má zúčastnit také žena, teroristka, o které byla služba přesvědčena, že je už mrtvá. Syd zjistí, že teroristka má za úkol zabít muže jménem Kargo. Pokud čin úspěšně vykoná, obdrží chemikálii, která se hodí do leteckých pum. Úkolem agentů je zjistit, kde se nachází skutečná základna teroristů.

Nadia byla postřelena a teroristce se podařilo zmocnit bomby s chemickou látkou. Syd začne vyjednávat s vedoucím teroristů. Ten je však po schůzce zabit. Teroristka osvobodí svého komplice, aby se spolu pokusili prodat zbraň na černém trhu. Syd se nakonec podaří transakci zabránit a teroristku zatknout.

Z ústředí CIA v Bosně je ukraden důležitý seznam politiků a světových podnikatelů. Seznam je ovšem vcelku bezcenný, pokud pachatel nezíská dekodér, pomocí kterého se dá rozluštit. Právě takový dekodér má pařížská policie. Syd dostane za úkol dekodér ukrást, aby na sebe nalákala pachatele loupeže seznamu.

Syd má za úkol získat v jedné pařížské restauraci čip nové ostřelovací zbraně. I když úkol splní, muže, který ji součástku dodal, vzápětí zastřelí najatý vrah. Syd se snaží vraha chytit, ten si ale před ní podřízne hrdlo. Stopa dále vede do Rakouska, Syd která právě tam z tohoto důvodu odjíždí, se zde seznámí s mužem, který ji pomůže k dalším důležitým informacím, bohužel Syd se dozvídá také, že muži, který ji pomohl, jde o život. Proto se ho rozhodne chránit. Zbrań nakonec získá v poněkud divoké přestřelce.

Sydneyna sestra Nadia žila jako mladá dívka se svým přítelem Martinésem na ulici a páchala různé kriminální činy. Díky její odvaze si ji vybral muž od tajné služby a společně s Martinésem ji vycvičili. Dnes oba stojí na různých stranách, oba mají získat novou optickou součástku do laserů. Kdesi v Bělorusku se proto zúčastní večírku, aniž by o sobě navzájem věděli. Setkávají se teprve při krádeži za značně dramatických okolností, kdy Martinés ohrožuje pistolí Syd.

Syd získá v Havaně informaci, že německá teroristická skupina chystá na jakési velké světové město útok. Přímo při setkání s informátorem ale oba chytí teroristé. Muže zastřelí a Syd omámí. Když procitne, zjišťuje, že je zaživa pohřbena i s mužovou mrtvolou. Naštěstí má mobil a podaří se jí zavolat pomoc.

Vaughn má konečně informace, které by mu mohly výrazně pomoci při pátrání po jeho otci. Stopa vede někam na Sibiř, do jakéhosi jaderného zařízení. Tam šílený vědec provádí za účasti pašeráka zbraní pokusy na lidech. Vaughn se v L. A. setkává s tajemným mužem, ten mu slibuje další informace o jeho otci výměnou za radioaktivní zářič. Právě této nabídky proto Vaughn využije při likvidaci pokusného zařízení na Sibiři a zářič po domluvě se Syd naoko ukradne.

Vaughn pokračuje ve své akci, chce vyměnit jaderný zářič za informace o svém otci. Proto se v Paříži setkává s podivnou skupinou lidí. Zapojí se do jejich akcí, zprvu ukradnou z místní nemocnice jakýsi laser. Dále mají ukrást vzácný rukopis. Vaughnovi dochází trpělivost a muže, který mu informace sliboval, zbije. Zjistí, že vše bylo na něj nastražené a že jeho otec je ve skutečnosti mrtvý.

Kdesi v Polsku unesl jadernou vědkyni muž, který se vydává za Sloana. Záležitosti se ujímá Jack, aby zjistil, zda je v tom jejich šéf nevinně. Rozjíždí se akce na odhalení podvodníka. Stopy vedou do Chile, kam tým odjíždí, aby se pokusil vědkyni osvobodit.

Sloane zaúkoluje tým chytit teroristu Kradice, který má společně se svou organizací na svědomí výbuch na indonéské ambasádě v Kodani. Výbuch zabil patnáct lidí a informátor, kterého má organizace mezi teroristy, tvrdí, že se mu nedalo zabránit. Kradic chce získat novou vodní zbraň tzv. Hydrosek, kterou právě vyvinula indonéská vláda. Zbraň může najednou zabít až půl milionu lidí. Protože tým má informaci, že se terorista chystá setkat s hackerem, jenž mu má pomoci zbraň získat, nahradí tohoto člověka agent Dixon. Akce na likvidaci teroristické organizace může pokračovat.

V klubu ve Vídni obsluhuje Syd Kradičovy lidi, mezi kterými je i Dixon. Teroristé tady čekají na předání vodní zbraně, Hydroseku. Ve chvíli, kdy se objeví lidé s kufříkem, jiná teroristická skupina se pokusí zbraň získat. Kradičovi se ale podaří uniknout i s kufříkem do potrubního vodovodního systému. Sledují ho Dixon a Vaughn. Podaří se jim zabránit tomu, aby Kradič zbraň použil. Při akci ho zastřelí a Hydrosek uloží na základně.

Ředitelka Sophia, která je spojena s druhou skupinou, vymyslí jiný plán, jak se Hydroseku zmocnit. Pozve Nadiu a Weisse k sobě na večeři, kde její pomocník nepozorovaně zkopíruje data z Nadiina laptopu. Poté, co to Nadia a Weiss zjistí, jedou na základnu. Ochranku najdou mrtvou a Hydrosek zmizel.

Podvodník vydávající se za Sloana ukradne z italského kláštera orchidej se zvláštní schopností – umocňuje všechny pocity. Při tom však vydráždí včely, které mnichy ubodají k smrti. Tým připraví na podvodníka past, která sklapne v Paříži. Marshall zjistí, že zajatec má naklonovaný mozek a sám se považuje za skutečného Sloana. Podle něj je jen jediný způsob, jak zjistit skutečnou totožnost zajatce – konfrontovat ho s nepříjemnou životní zkušeností skutečného Sloana. Tou byla smrt jeho dcery. Podvodník na krátkou chvíli vypadne ze své identity a přizná své skutečné jméno, pak opět upadne do svých bludů.

Ze skladu CIA jsou ukradeny Rambaldiho artefakty. V té době Sophia oznamuje, že se vrací do Lisabonu. Údajně je tam už pro ni bezpečno. Do centrály vtrhnou inspektoři a začnou na příkaz ředitelky Chaseové vyšetřovat únik informací. Stopy je přivedou až k Nadie a jejímu laptopu. Sloane a Jack teprve teď pochopí, že Sophia byla vlastně Elena Derevko, že to ona byla za Vaughnovým deníkem a za objevením podvodného Sloana. Je zřejmé, že teď se snaží získat všechny Rimbaldiho artefakty. To jí nesmějí dovolit. Stopa vede přes Mexiko do Prahy. Tam se však akce nezdaří tak, jak všichni předpokládají.

Sloane s Elenou uvedli do chodu Muellerův obří generátor a rozpoutali apokalypsu v jednom Ruském městečku. Sydney se dozvídá, že její údajně mrtvá matka Irina je naživu...

Jack, Irina, Nadia, Vaughn a Sydney přistávají v Sovogdě. Pokoušejí se zneškodnit Muellerův obří generátor.

Sydney se od Michaela dozvídá o jeho pravé identitě a o tajném projektu Prorok Pět...

Sydney se přes Ivana Curtise dostane na stopu organizace provádějící tajné pokusy s nuridiem.

Sydney se dostává na stopu Gordona Deana v Praze. Dean obchoduje s látkou zvanou Substance 33, která zabíjí pouze lidi, zvířatům neškodí...

Gordon Dean zjistil, že Rachel Gibsonová je naživu a chce jí dostat zpět. Arvin Sloan se zodpovídá před komisí ze svých zločinu...

Tým zjistí, že bývalá agentka Renee Rienne odcizila z vojenského skladu v Německu chemikálii, která se používá k resuscitaci vážně zraněných. Jackovi dojde, že to byla také ona, kdo ukradl ze skladu výzvědné služby tělo zmraženého muže. Syd se nabízí, že se s ní spojí a dozví se, o co vlastně jde. Syd s Tomem se se ženou setkávají v Marseille. Oba zjišťují, že zmražený muž je už při vědomí. Renee prohlašuje, že je to její otec. Toho měl kdysi zmrazit Aldo Desantis kvůli jeho účasti na projektu Prophet Five. Reneein byt napadnou neznámí ozbrojenci a Renee se dozvídá nepříjemnou pravdu – muž, který se vydával za jejího otce, je neznámým teroristou.

Vynález maďarského inženýra Vaka, který je schopen přesměrovat vypálené taktické střely, vzbudí pozornost jak týmu, tak i Deana. Dean požaduje, aby ho Sloane upozornil, když se službě vědce podaří najít. Stopa k němu vede skrze osobu čínského generála, toho času pobývajícího na ambasádě své země v Indii. Tým, aby se dostal ke generálovým informacím, se zúčastní večírku na ambasádě, při kterém Syd požadovaná data za podpory Dixona získá. Ten tentokrát sehraje malou scénku zamilovaného muže, aby odvrátil pozornost. Když se Dean o uloupených datech dozví, doslova zuří.

Syd se s Renee vydá do Říma. Tam se na universitě snaží získat informace náležící k Deanovi. Syd provádí krytí akce a Renee se vloupá do univerzitního skladu, kde se musí utkat se zlodějem, který přišel pro to samé. Naštěstí vše získá ona. Poté, co se Sloane dozví od lékařů, že pro jeho dceru není žádná možná léčba, přizná se Jackovi ke spolupráci s Deanem. Jack pak s týmem vymyslí plán jak Deana chytit. Sloane ho kontaktuje s tím, že má pro něj požadovanou elektronickou přístupovou kartu. K předání dochází v Dubai i přes malé technické problémy se týmu podaří Deana zatknout. Při výslechu, který Marshall zpestří svým humánním mučením, Dean projeví ochotu ke spolupráci výměnou za ochranu a imunitu.

Šílený vědec odpálí ve vlaku kdesi na Sibiři speciální bombu. Výbuch zabije pouze lidi, věci však zůstanou nepoškozené. Marshall bombu identifikuje jako mikropulsní zbraň. Jackův tým o ní začíná shánět informace, a proto se Jack sejde se svým kontaktem, bývalou přítelkyní a nyní ženou francouzského ambasadora. Žena popírá, že by s tím špionážní služba její země měla něco společného, i když se v minulosti o získání takovéto zbraně snažila. Jack naznačuje, že by Francouzi mohli mít ve své organizaci dvojitého agenta.

Sydney se tentokrát dostane do skutečného zajetí. Ve chvíli, kdy se setkává v Madridu s Renee, aby se dozvěděla nějaké informace spojené s loupeží spisů, které obsahovaly informace o Vaughnových případech, ji neznámí lidé unesou. Renee sice dokáže zastavit druhé vozidlo a chytit Desantise, který v něm byl, muž ale ani při mučení nic neprozradí. Syd je zatím mučena pomocí neznámého přístroje a chemikálií. Ty ji uvrhnou do bezvědomí a vracejí ji vzpomínky na Vaughna. Neznámí vyšetřovatelé chtějí zjistit, co Vaughn před svou smrtí stihnl Syd prozradit. Syd sice nakonec požadovanou informaci prozradí, ale je pravá?

Jack s týmem rozjíždí pátrací akci k nalezení Sydney. Syd poslala nouzové volání, ale někdo ho vymazal. Zjistí, že stopy vedou do CIA v Langley. Někdo se infiltroval do Prophet 5 a ohrozil Sydneyin život.

Marshall, Dixon a Tom se snaží v centrále CIA odvést pozornost, zatímco Rachel vniká do serverovny kde vezme pevný disk, na kterém má být uloženo nouzové volání. Při zkoumání pevného disku zjistí Marshall, že osoba, která volání vymazala, má "Alfa Black" oprávnění. Jen sedm ředitelů má toto oprávnění. Také objeví číslo bezpečnostního mobilu, které umožnilo tomuto člověku přístup ke kódu. Majitelem mobilu je ředitel Davenport. Jack ho postřelí a donutí prozradit, kde je vězněna Sydney. Pro Dixona už poté není problém nalézt ji...

Syd informuje Jacka, který byl zatím očištěn, že při jejím výslechu lidmi z Prophet Five všichni chtěli znát informace o Leo 47 Norte. Dixon si vzpomene, že se v jedné z jejich kauz s takovým místem setkal a že toto místo se nachází v působnosti Francouzů. Rozjíždí se akce, kterou je pověřen Dixon. Jack také přikazuje Syd, aby se vrátila domů. Tam na ni však už čeká její matka Irena Derevko. V rozhovoru se Syd přizná, že i ona něco ví o Prophet Five. Na základě informací, jejichž část teď pochází i od Ireny, se Syd, Jack a Irena vypraví do Vancouvru, do jedné z místních bank, kde má být uložen balíček, který obsahuje skutečný artefakt Prophet Five.

Sloane se setkává s vedoucími Prophet Five v Minsku. Chtějí po něm, aby do příští mise nasadil Sydney. Peytonová, která nakonec přežila poslední zranění z Vancouvru, přivádí z vězení Annu Espinosu, ženu zabijáka. Ta napadne chráněného svědka Willa Tippina a unese ho. Syd je vyslána muže zachránit.

Agentům se podaří zjistit, že vražedkyně Anna využívá ke své komunikaci komunikační centrum v Indii. Sydney a Renee jsou pověřeny získat šifrovací klíče z tohoto centra. Akce se s menšími technickými problémy podaří. Sloane se od svého kontaktu na Prophet Five dozvídá, že prostředek, který pro Nadiu dostal, ji musí aplikovat třicet vteřin poté, co žena zemře. A tak skutečně svou dceru nejdříve udusí, aby jí potom aplikoval prostředek, po kterém se probudí uzdravena.

Marshall oznámí týmu, že při pitvě Renee byl v jejím těle nalezen mikročip s částí dat. Uvedená data se týkají André Michaeuxe, což bylo skutečné jméno Vaughna. Jack je přesvědčen, že díky tomu, že Vaughnův a Reneein otec spolu kdysi pracovali, je třeba Vaughna kontaktovat. Je rozhodnuto, že to bude právě Sydney, kdo se za Vaughnem vypraví. Tuto informaci se však dozví i Peytonová a společně se Sloanem začnou připravovat Annu na možné zabití Syd a Vaughna.

Tým začíná sledovat Syd skrze satelit a čip, který ona předala Peyton. Peyton však vzápětí čip zničí a tak Marshall musí urychleně improvizovat. Naštěstí se Vaughnovi podaří Syd doručit telefon, který má v sobě další sledovací vysílač. Sloane mezitím dokončí překlad stránky 47 Rimbaldiho rukopisu. Zjistí, že pro další úspěch potřebuje jakýsi předmět, který je uložen kdesi v Itálii v bývalém klášteře, v němž je dnes vězení. Syd a Sark se díky fingovanému přepadení do vězení dostanou a Syd se zde setká s tajemným starým mužem, který ji předá jakýsi přívěšek a mluví o něm jako o velkém daru i o velkém prokletí.

Týmu se podaří sehnat fotografie členů Prophet Five. Akce k jejich získání probíhá doslova po celém světě. Marshall začne připravovat plány na jejich pozatýkání. Sloane mezitím získá na svou stranu Peyton a Sarka. Unesou Marshalla a Rachel, ale díky pomoci Marshallovy manželky se týmu podaří oba unesené lokalizovat a zachránit. Sloane však opět uniká.

Vaughn najde Syd v bezvědomí zapadlou sněhem a zachrání ji. Sloane hodlá vydírat svět a kvůli tomu si opatřil dvě ukradené taktické střely. Mezitím se však týmu podaří dopadnout Peytona a zjistit, že Sloane má v úmyslu zamířit rakety na dvě města s vysokou koncentrací obyvatel. Podle posledních informací se Sloane právě teď nachází v Mongolsku. Tým udělá útok na jeskyni, ve které se právě Sloane nachází. Jenže při útoku vznikne patová situace. Syd drží zbraní v šachu Sloana, který zrovna prováděl nad Rimbaldiho hrobem rituál, jež mu má přinést nesmrtelnost. Sloane však postřelí Jacka a následně Syd vystřílí zásobník do Sloana.