일상적인 괴수의 위협에 노출된 일본. 괴수를 토벌하는 「일본 방위대」 입대를 지망했던 히비노 카프카는 꿈을 포기하고 괴수 전문 청소업자로서 일하고 있었다. 방위대 제3부대의 대장으로서 활약하는 소꿉친구 아시로 미나와 나눴던 함께 괴수와 싸우자는 약속을 떠올리며 안타까움을 느끼는 나날을 보내던 중, 카프카는 방위 대원을 지망하는 후배 이치카와 레노를 만났는데.

수수께끼의 소형 괴수에게 기생당해 괴수로 변하고만 카프카는 방위대에게 토벌될까 우려하여 레노와 함께 병원에서 도주했다. 그리고 도주하던 도중, 괴수에게 습격당한 모녀를 발견한다. 위험을 무릅쓰고 괴수에게 맞선 카프카는 혼신의 힘을 담은 주먹을 휘둘렀는데.

사가미하라에 괴수 발생! 신입 대원들은 첫 임무로서 부대 후방에서의 여수 토벌 임무를 부여받았다. '3개월 이내에 활약하는 모습을 보이지 못하면 잘린다'라는 말을 들은 카프카는 부담도 느꼈지만 계속 꿈꿔왔던 일을 할 수 있게 된 흥분을 감추지 못했다. 그런 카프카에게 자극받아 긴장하는 레노. 그리고 드디어 토벌 작전이 시작되는데!