Il Generale Beers vuole usare Allie come esca per attirare gli alieni in una trappola.Presente - Dopo che Ray si arreso, Allie per salvare i suoi genitori e tutti gli ostaggi dal piano di Mary Crawford, li fa 'scomparire', dopodichè va con Mary ed il dottor Wakeman, ora Allie è parte di un operazione militare.

Lisa sente la paura della figlia. Mentre lei e Charlie si trovano nel suo appartamento, discutono di quello che Allie a fatto per Charlie, guarendolo dalla ferita di proiettile.

Allie si trova nella base militare in Nord Dakota dove è sottoposta ad alcuni test. Il Generale Beers vuole usare la bambina per attirare gli alieni in una trappola. Lisa sembra vedere attraverso gli occhi della figlia.

Intanto Charlie e Lisa cercano il modo per trovare Allie e portarla in salvo.

Mary vuole a tutti i costi che Allie legga le scritte su di un manufatto, quando Allie lo fa l'oggetto inizia ad emanare una strana luce e poco dopo il cielo si riempie di luci.

Nella confusione creata dall'astronave, Allie riesce a scappare, Charlie e Liza cercano di raggiungerla, l'astronave atterra e Mary non resiste al desiderio di guardare all'interno e riesce ad entrare, le porte dell'astronave si chiudono.

I genitori di Allie (Dakota Fanning) cospirano per salvare la loro figlia dalle grinfie dell'esercito, solo per scoprire quanto potere Allie possiede davvero.Presente - Inseguiti da Mary Crawford (Heather Donahue), che è sopravvisuta, e dal dottor Wakeman (Matt Frewer), Charlie, Lisa e la piccola Allie si rifugiano in un campeggio. Mentre Charlie sta facendo provviste in un minimarket, alla Tv viene trasmesso l'appello per loro scomparsa, sullo schermo appaiono le foto di Allie, Lisa e Charlie che lascia il negozio di corsa. Charlie corre a prendere Allie e Lisa e la famiglia riprende la sua fuga.

Lungo il tragitto, trovano una vecchia pompa di benzina abbandonata dove Charlie lascia Allie e Lisa intanto che cerca di trovare un'altra auto. Sentendo dei rumori, Lisa esce dal garage per controllare, mentre Allie è da sola, dietro una porta appare una luce e all'improvviso appare John (l'alieno soccorso da Sally nel '47), che è tornato per portare la piccola al sicuro.

Lisa vede la luce all'interno del garage e si precipita dentro, dove trova John vicino alla figlia e lo minaccia con un fucile, John allora gli mostra l'altra 'Stella Solitaria' donatagli anni prima da sua nonna Sally dicendogli di essere suo nonno. L'arrivo di una banda di teppisti costringe John ad uscire allo scoperto e nel tentativo di proteggere Allie e Lisa, viene gravemente ferito, Allie, a sua volta, per proteggere il trisnonno appena ritrovato, scatena i suoi straordinari poteri.