Des androïdes dirigés par un ordinateur géant capturent le Jupiter 2 et forcent le Robot à opérer leur leader défectueux. Pendant ce temps, Smith joue avec un dispositif de contrôle du temps et se retrouve à l'état de petit garçon. John est tué par un rayon laser. Heureusement, nous apprenons que les androïdes peuvent contrôler le temps.

Alors qu'ils cherchent à boucher un volcan menaçant, Don et Smith sont capturés par des primitifs gouvernés par un ordinateur. Voués à une mort certaine, ils ont le choix d'être exécutés par la tribu ou bien d'être jetés dans le volcan.

Avant de quitter leur planète qui est balayée par une tempête spatiale, les Robinson découvrent et accueillent un petit garçon extra-terrestre nommé J-5. Ils découvrent un phare dans l'espace et s'arrêtent. Les pouvoirs mentaux du garçon et de son inhabituel animal domestique se déchaînent.

Une expérience qui tourne mal envoie John dans un monde d'anti-matière et renvoie son double maléfique à sa place. Will, Smith, et le Robot tentent de sauver John, qui est gardé par deux autres doubles, ceux de Don et du Robot. Le faux John est près à tuer tout le monde pour conserver sa nouvelle liberté hors du monde d'anti-matière.