尸魂界灭绝战争由“看不见的帝国”发起。在瀞霊廷内，许多巨大的灵子火柱升起。護廷十三队允许敌对势力星十字骑士团入侵廷内，情况迅速恶化，造成了巨大的牺牲。队长级别的死神加入前线，但攻击无法击中敌人，战况并未好转。朽木白哉和其他队长们决定为了改变局面而使用卍解……

当死神们听到一护正在赶来救援的消息时，他们感到安心。但是，在黑腔中，一护被基尔格·奥皮的能力所困。与技术开发局的通信似乎也中断了，这时，死神们的声音传来。在充满愤怒、悲鸣和绝望的声音中，一护听到了……另一方面，朽木白哉面对夺走他卍解的埃斯·诺特，接受了先手，并命令阿散井恋次从战斗中判断敌人的能力。

经过千年的时间，山本元柳斎重国和尤哈巴赫相遇。纳纳纳·纳贾库普、埃斯·诺特、巴兹比也聚集在一起准备参战，但被元柳斎一击击飞。尽管部下在眼前被击退，但尤哈巴赫的态度不仅没有动摇，反而蔑视地认为他们愚蠢。元柳斎断言他和过去一样没有改变。尤哈巴赫满怀信心地拔出刀，面对元柳斎……然后，死神们察觉到了瀞霊廷发生的异变。

站在山本元柳斋重国面前的尤哈巴赫是假的。真正的尤哈巴赫出现后，一击就将元柳斋两断。京乐春水和浮竹十四郎察觉到了情况，感到无与伦比的战栗。尤哈巴赫讲述了護廷十三队和元柳斋如何改变。尸魂界被星十字骑士团彻底蹂躙。瀞霊廷被摧毁，崩塌。在绝望充满的情况下，在瀞霊廷上空，一股强大的灵压奔腾。

在瀞霊廷各处，星十字骑士团消失后，人们正在努力救治伤员。一护去看望接受治疗的恋次和露琪亚，被涅·玛丽莉召唤，接受了关于卍解被摧毁的解释。听到这个消息后，一护感到震惊，玛丽莉带着他去了一个地方。護廷十三队的队长们聚集在一起等待从上空的灵王宮来的“零番队”。

一护被零番队带到了灵王宮。在麒麟殿，他接受了麒麟寺天示郎以意想不到的方式进行的治疗。效果非常好，一护的身体伤口愈合了，他和恋次一起前往臥豚殿，曳舟桐生那里。那里又有意想不到的“招待”在等着他们两个……与此同时，在瀞霊廷，被任命为新总队长和第一队队长的京乐，在中央四十六室前提出了一个计划。