Nachdem der Klingone Klaang auf den Weg in seine Heimatwelt Kronos von den Suliban angegriffen wurde, musste er auf der Erde notlanden. Auf der Flucht vor den Suliban wurde er durch einen Farmer ernsthaft verletzt und hat das Bewusstsein verloren. Captain Jonathan Archer erhält daraufhin von der Sternenflotte den Befehl, den Klingonen mit dem Raumschiff Enterprise in seine Heimatwelt zurückzubringen. Kurz danach wird jedoch auch die Enterprise von den Suliban anggriffen und Klaang entführt. Archer und seine Crew beschließen sich auf die Suche nach den Entführern zu machen.

Captain Archer und T'Pol werden entführt, als sie dem angeblich mit den Vulkaniern verbündeten Planeten Coridan einen Besuch abstatten wollen. Es stellt sich heraus, dass vor allem die Regierung des Planeten mit den Vulkaniern verbündet ist. Eine von Einheimischen organisierte Untergrundbewegung misstraut dagegen dem irdischen Schiff in ihrer Umlaufbahn. Als Trip einen Rettungsversuch unternimmt, trifft er unverhofft auf alte Bekannte.

Bei dem Besuch einer Bergbau-Kolonie kommt es zu einem folgenschweren Unfall, der die gesamte Siedlung zerstört und alle dort lebenden Menschen tötet. Auf der Rückkehr zur Erde wird der von Schuldgefühlen geplagte Archer plötzlich vom früheren Crewmitglied Daniels durch die Zeit entführt und erfährt, dass unbekannte Kräfte die Zeitlinie manipulieren und die Explosion nicht von der Crew der Enterprise verursacht wurde. Doch um herauszufinden, wer in der Zeitlinie herumpfuscht, muss die Enterprise ein technisch weit überlegenes Suliban-Schiff angreifen.

Um Archer und die Mission der Enterprise aufzuhalten, nehmen die Suliban die Crew als Geiseln, als sie entdecken, dass Archer verschwunden ist. Unterdessen sind Archer und Daniels im 31. Jahrhundert gestrandet und versuchen einen Weg zu finden, auf die Enterprise zurückzukehren. Daniels macht sich außerdem Vorwürfe, dass seine impulsive Aktion, Archer von der Enterprise zu holen, den Lauf der Geschichte für immer verändert hat und die zukünftige Existenz der Föderation bedroht.

Zwischen den Vulkaniern und Andorianern bricht ein militärischer Konflikt über einen kleinen terrageformten Planeten aus, den beide Seiten für sich beanspruchen. In der Mitte des Gefechts kündigen die Vulkanier an, einen Waffenstillstand auszuhandeln. Der Offizier der Imperialen Wache Shran glaubt, dass man nur einen Mann vertrauen kann, der diesen Waffenstillstand herbeiführen kann - Jonathan Archer. Deshalb werden der Captain und sein Schiff zur Vermittlung des Waffenstillstands gerufen.

Die Sonde einer unbekannten außerirdischen Spezies entfesselt einen verheerenden Angriff auf der Erde. Die Enterprise wird zurückgerufen und auf dem Weg nach Hause erhält Archer Informationen, dass die Angreifer aus einer Region des Weltraumes kommen, die als Delphic-Ausdehnung bekannt ist - ein Ort, an dem sehr bizarre Dinge geschehen und von dem nur wenige Schiffe zurückkamen.

Nachdem die Enterprise von einer schweren Anomalie getroffen wird verliert Captain Archer die Fähigkeiten sein Langzeitgedächtnis zu nutzen. So wacht er jeden morgen auf ohne zu wissen, was am Tag zuvor geschehen ist. Trotz den Bemühungen der Crew Archer in wichtige Entscheidungen zu involvieren wird nach einiger Zeit klar, dass er seiner Funktion nicht mehr nachkommen kann. So übernimmt Trip das Kommando über das Schiff.

Die Crewmitglieder der Enterprise werden bei Ihrer Rückkehr als Helden gefeiert. T'Pol unt Trip fliegen weiter nach Vulkan zu T'Les, der Mutter von T'Pol. Zurück im Hauptquartier der Sternenflotte versuchen die Vulkanier unterdessen Archer für den Verlust des vulkanischen Schiffes Seleya verantwortlich zu machen.

Die Botschaft der Erde auf Vulkan wird Opfer eines Bombenanschlags, bei dem auch Admiral Forrest ums leben kommt. Die Enterprise wird bei den Ermittlungen hinzugezogen. Archer und T'Pol begeben sich auf eine religiöse Reise durch die vulkanische Wüste um die "Syrranniten" zu treffen - eine Gruppe von Vulkaniern, die sich sehr an Surak's Lehren halten.

Archer und T'Pol sind bei den Syrranniten, die von der vulkanischen Regierung für den Bombenanschlag verantwortlich gemacht werden und deshalb bombardiert werden sollen. Botschafter Soval führt mit einem im Koma liegenden Opfer des Anschlags eine Geistesverschmelzung durch und enttarnt so den wahren Bombenleger. Währenddessen suchen Archer, T'Pol und T'Pau nach Kir'Shara einem Artefakt von Surak, dem Vater der vulkanischen Logik.

Archer, T'Pol und T'Pau versuchen Kir'Shara zur vulkanischen Hauptstadt zu bringen. Es soll die Original-Schriften von Surak beinhalten. Währenddessen gerät die Enterprise zwischen die Fronten von Vulkaniern und Andorianern. Zusammen mit T’Pol und T’Pau macht sich Archer auf den Weg, in die vulkanische Hauptstadt um mit Hilfe der Kir’Shara den Ausbruch eines Krieges zu verhindern.

Der Anführer von Terra Prime, Paxton verlangt, dass alle Nicht-Menschen die Erde verlassen. Ansonst will er das Sternenflotten-Hauptquartier in San-Francicso vernichten. T'Pol, Trip und Elisabeth - deren Tochter - sind in inzwischen Paxton's Gefangene. Gannet Brooks - eine alte Freundin von Travis ist als Reporterin auf die Enterprise gekommen, entpuppt sich jedoch als Spionin.