El capitán Archer y Trip visitan un monasterio vulcaniano en el que descubren a una tropa de andorianos, una raza enfrentada a los primeros. Los andorianos afirman que el monasterio es en realidad una instalación militar vulcaniana utilizada contra su raza.

Los vulcanianos quieren llevarse a T'Pol del Enterprise acusando al capitán Archer de la destrucción del templo de P’Jem. La situación se complica cuando T'Pol y el capitán Archer son rescatados en una misión por unos inesperados aliados.

Con los andorianos y los vulcanianos envueltos en un conflicto por la ocupación de un pequeño planeta, al capitán Jonathan Archer le encargan que medie entre las dos partes. A pesar de tener éxito al principio, los progresos de Archer son frustrados por un oficial granuja de uno de los bandos.

Habiendo sufrido graves daños al atravesar la Expansión Délfica, la Enterprise recibe la ayuda de un inverosímil aliado: una nave andoriana al mando de Shran. Juntos, se dirigen hacia la súper arma xindi.

En un desesperado intento por interceptar la súper arma xindi y desmontarla desde dentro, Archer corre a contrarreloj para vencer los obstáculos interpuestos por los constructores de las esferas y los reptilianos.

El capitán Archer, T'Pol y T'Pau van en busca del Kir’Shara, el objeto que contine las escrituras sagradas de Surak. Cuando lo llevan de regreso a la capital de Vulcano se encuentran en medio de un conflicto entre naves militares vulcanianas y andorianas.

El Enterprise viaja a Babel con un embajador tellarita para hacer tratados de paz con los andorianos, cuando una llamada de auxilio de Shran es recibida por la nave de la Tierra.

El capitán Archer trata de unir a los andorianos, los tellaritas y los vulcanianos en un plan para capturar una nave romulana que está tratando de desestabilizar esa región.

El capitán Archer visita el mundo de Shran, Andoria, para encontrar una subespecie andoriana telépata llamada Aenar, con el fin de determinar su conexión con la nave que destruye naves en la región.

Seis años en el futuro, en 2161, un emotivo capitán Archer y la tripulación vuelven a la Tierra para entregar la Enterprise. Y en la holocubierta de la USS Enterprise (NCC-1701-D) del siglo XXIV, William T. Riker estudia la creación de la Federación Unida de Planetas creada en 2161 por humanos, vulcanianos, andorianos y tellaritas.