Buscando a la esquiva raza de los xindi, el capitán Jonathan Archer y su tripulación son ayudados por un capataz minero alienígena con un horrible trofeo. Mientras, Malcolm Reed choca con los nuevos oficiales militares que se encuentran a bordo de la Enterprise.

Buscando una nave xindi en un planeta selvático, el capitán Archer, Malcolm Reed y Hoshi Sato caen enfermos por culpa de un virus que les hace mutar en una forma primitiva de vida. La Enterprise es atacada por naves alienígenas que pretender erradicar el virus.

Al encontrar un nido de xindi-insectoides a bordo de una nave averiada, el capitán Archer intenta devolvérselos a los xindi a toda costa. Sin embargo, varios de los oficiales se oponen a la decisión del capitán.