停戦から3年。帝国は戦争の負の遺産に苦しんでいた。「狼」と名乗る中尉に率いられた一団「灰色の狼」も、戦車を武器に野盗化し山麓の村を恐怖に陥れている。陸軍情報部第3課に配属されたアリスは、少尉としてこの無法者たちを排除するため、村に出動した。が、実戦経験を積む敵は容易に降参しそうになく、ひとまず様子をうかがうことにする。立ち寄った村の食堂には、放浪の旅を続けるオーランドの姿もあった。

先のダム占拠事件解決に於ける功績が認められて、陸軍情報部第3課に迎えられたオーランド。治安悪化を進言する差出人不明の嘆願書の真偽を確かめるため、ウォルキンスの領地に向かう。暗く沈んだ街で一行は、領民を標的にして戦車砲を撃つというウォルキンス子爵の蛮行を知る。貴族という身分に守られ、ゆがんだ欲望を満たす暴君に、同じ貴族階級にあるアリスは子爵の居城へ直談判に押しかける。

恵まれた貴族の立場に甘んじたくないと、生活の見直しを始めたアリス。そんな彼女に崩落したトンネルの復旧任務が下る。　さっそく陸情3課小隊は地元住民に工事を発注する。だが、かつて同様の作業でタダ働きをさせられた村人たちは仕事を拒否。やむなくアリスは自らツルハシを振るい、少しでも作業を進めようとするが、意地を張ったために倒れてしまう。

先に解決したウォルキンス伯爵の一件。彼の戦車には研究段階にある高度な軍事技術が施されていた。そこで陸情3課小隊は戦車開発の偉人コルトゥ博士を訪ね、真相を探り出そうとする。だが、博士は何ら助言を与えてはくれなかった。手がかりが掴めぬまま、技術班による戦車解体が始まろうとしたとき、新型装甲車の銃口が突然火を噴く。仲間の危機に、オーランドはランタンを灯し、単身装甲車に立ち向かう!

負傷したオーランドは現在入院中。見舞いに来た3課の面々を見た相部屋の患者ワンツは、仲間同士のやりとりを微笑ましく眺めていた。一方、危機一髪のところをオーランドの捨て身の行動で救ってもらったマーチスは、存在しないはずの部隊「不可視の9番」が気になり始める。資料を当たる彼に、オレルドも色男独自の援護射撃。二人は人事課の極秘ファイルから、ついに「カウプラン機関」の名を割り出すのだった。

負傷したオーランドは現在入院中。見舞いに来た3課の面々を見た相部屋の患者ワンツは、仲間同士のやりとりを微笑ましく眺めていた。一方、危機一髪のところをオーランドの捨て身の行動で救ってもらったマーチスは、存在しないはずの部隊「不可視の9番」が気になり始める。資料を当たる彼に、オレルドも色男独自の援護射撃。二人は人事課の極秘ファイルから、ついに「カウプラン機関」の名を割り出すのだった。

局舎前の路上に捨てられていた生後間もない赤ん坊を3課に連れてきたオーランド。不意の珍客に右往左往する3課の面々。ハンクスは養育施設への引き渡しを命じようとするが、アリスは親探しを買って出る。ハンクスも「戦災復興」の一環として、これを許可。乳飲み子をおぶったオーランドを残し、一同は喧噪の闇市へと向かう。

雪山を越える輸送任務の最中、 陸情3課小隊の乗った雪上車を山賊団が襲う。タイヤを破壊された車輌は崖の下へと呑み込まれていった……。何とか命拾いしたものの、移動手段を失った隊員たち。吹雪に見舞われ山小屋に避難するが、山賊の追跡を逃れるために火を使えず、寒さを堪え忍ぶしかない。だが、やがて負傷したマーチスが発熱。アリスは意を決し、暖炉に火を入れる。

配給品の分配を気ままに済ませたオレルドは夜の街へ。たまに足を運ぶ店で楽しくやっていると、そこに今まで気に留めていなかった存在が。霧がたなびく夜明けの街で見かけた女・ハンナだった。翌日も同じ店に通ったオレルドは、両親を失った彼女が17歳から辛い境遇で生きてきたこと、さらに、6年前戦場に駆り出された青年の帰りを待ち続けていることを知る。悲しい境遇を知り、オレルドは次第に彼女に肩入れし始めるが…。

最愛の妹を心配するエリスとソリスは、帰宅したアリスに外出禁止を言い渡す。姉二人は、どうやら軍に休暇届けを出すつもりらしい。大半のメンバーが出払ったオフィスでは、ステッキンが、オーランドを相手に3課の来歴を語っている。エリートコースを歩んでいたはずのマーチスの3課赴任。そこにも、彼なりの事情があったと言うのだ。 陸情3課の過去に起きた事件とは…!?。パンプキン・シザーズ結成秘話がここに語られる!

新聞記者ドルトンが陸情3課の取材にやって来た。政府の提灯記事とは知りながら、まんざら悪い気はしない隊員たち。アリスは例のごとく真剣に、復興にかける思いを熱く語るのだった。翌朝、自分たちの記事が掲載された新聞を満足げに眺める3課の面々。場末のカフェで働く女セシルは、記事に目を留め、ある決意を胸に秘めていた。一方ドルトンは、「不可視の9番」の秘密に興味を持ち、オーランドの謎に迫ろうとするが…。

誘拐されて消息を絶ったアリス。オレルドとオーランドは、拉致に使用された馬車を手がかりに、犯人の身元を割り出しつつあった。その頃、新聞記者ドルトンは陸情3課を再訪し、対戦車銃「ドアノッカー」の存在から零距離射撃を行う兵士、オーランドの来歴を探りにかかる。軍事機密を追う者の身には危険が及ぶ……ハンクスの忠告を無視したドルトン、そして秘密を知るセシルたちを、怪しい男がつけ狙っていた…!!

隣国ローデリアの姫セッティエームが、お忍びで帝国を訪れるという報せが入る。目的は陸情3課が捕らえたローデリア国籍の密輸業者の解放。姫に接した経験を持つアリスは、その明晰な頭脳が取る行動に警戒心を強めていた。一方、休暇中のマーチスは思わぬところでセッティエームと遭遇。しかし、自ら姫と名乗る彼女の発言を信用できず、強気な態度に困惑するばかり。二人はお気に入りのホットドッグ屋の屋台を探し始めるが…。

帝都の地下水道では陸情1課隊員が必死の抵抗を続けていた。襲い来る相手は「908HTT」の部隊章を付け、火焰放射器を手にした兵士ハンス。地下水道には帝都へ流れ着いた難民たちが多数存在していた。オレルドは水道管理局の職員が少女マリエルを恐喝する場に出くわし、彼女の窮地を救う。アリスは国営農場での仕事を斡旋するが、なぜかマリエルの父たちは、その劣悪な環境を離れようとしなかった。

陸情3課小隊の眼前に、火焰放射器を手にしたハンスが出現する。脱出を試みるが、燃えさかる炎の壁は徹底して退路を断つ。水道局員たちはハンスを味方と思い込むが、火焰放射器は容赦なく彼らを炎に包んだ。瀕死の局員を救出するアリス。さらに火を噴こうとする放射器に敢然とオーランドが立ちはだかった時、ハンスはオーランドのランタンを目にして彼を仲間と認識するのだった。

地下水道の難民たちに常習性薬物「ヒンメル」をばらまき続ける水道管理局の長ミヨン。その背後には「銀の車輪結社」の暗躍があった。薬物取引の現場を押さえに地下水道へやって来たアリスたち。だが、陸情1課の実動第1小隊「クレイモア・ワン」が先んじて装甲車で突入する。彼らは作戦に介入してきた陸情3課さえ敵視し、友軍でありながら両者に一触即発の緊張がみなぎるのだった。

「銀の車輪結社」の命令に従い、水道局長ミヨンを守るハンス。部隊「908HTT」唯一の生存者である彼は、忌まわしい記憶に悩まされながら、ミヨンと地下水道を進んでいた。そしてアリスは血気にはやる陸情1課隊員たちを足止めするため、双剣メーネを振るい続ける。精鋭「クレイモア・ワン」を相手に孤軍奮闘するも、次第に疲労は蓄積していく。その頃、ハンクスは1課のコネリー少佐を訪ね、ある駆け引きに出ていた。

多くの命が奪われた地下水道での一件以来、陸情3課は重い空気に包まれていた。とりわけオーランドの表情は沈鬱なまま。そこでステッキンはダンスで皆の明るさを取り戻そうと、こっそりステップを踏んでみるが、これは予想以上に恥ずかしいものだった。それならばと、一緒にランチを取ることにする。彼女たちがテーブルに着くと、向かってくる男が一人。陸情1課所属の鼻持ちならない人物、ラーン准尉だった。

姉二人と舞踏会の会場へ到着したアリスは、招待客たちの好奇の眼差しを感じながら中を進んでいた。そこへ現れたのは、経済管理庁長官のパウロ侯爵。非礼な彼は、食べ物で汚れた手も気にせず、握手を求めてくる。やむなく応じようとするアリスを救ったのは、レオニール・テイラー……アリスの婚約者だった。

アリスはレオニールに誘われてダンスを踊るが、心はどこか虚ろだった。同じ頃、市民の一団が舞踏会突入を計画していた。オーランドはその動きを察知するが、尾行を気付かれて不意打ちを食らう。窮地をオレルドが救うが、その間にも襲撃の時間は刻一刻と迫っていた。負傷したオーランドとともに、マーチスとオレルドは会場へと急ぐが、主賓を迎えた舞踏会に武器を手にした一団が乱入する。

経済管理庁長官の立場を利用し、不正を働くパウロ侯爵。彼に鉄槌を下そうと、舞踏会場を平民の一群が襲撃した。陸情1課のコネリー少佐は予想される惨劇によって同課の権限拡大を狙い周囲を封鎖する。血気にはやる群衆を制するためパウロ侯爵に決闘を申し出たアリスは、護衛の精鋭二人を相手に不利な勝負に挑む。加勢しようと前へ進み出たオーランドに、冷酷なジャンの凶器が容赦なく振り下ろされた！

パウロ侯爵の護衛、アランとジャンと対決するアリスとオーランド。アリスが勝てばパウロ侯爵は当局へ出頭し、侵入した平民たちの罪は問わないとするレオニール・テイラーの提言は受け容れられたかに思えた。しかし、貴族への積年の怨みがその程度で消えるはずもない。アリスの死闘へ視線が集まる中、殺気立つ平民の一部がパウロ侯爵に襲いかかろうとする…。

窮地に陥っていたアリスは、オーランドの言葉から陸情3課少尉としての自信を取り戻す。アランの武器にひるまず、突き出される短剣。アリスは劣勢から互角の勝負へと、態勢を立て直していく。決闘を見つめる平民たちの間にも、変化は生じつつあった。憎むべき貴族に制裁を加えるべきか、それとも別の方法で真の正義を求めるべきか。その緊迫した状況下、舞踏会場の周辺では包囲網が厳重に敷かれつつあった。

死闘は決着した。しかし、舞踏会場に踏み込んだ一団の中には、目的が果たせなかった怒りの矛先をアリスに向けようとする者もいた。その衝突を制止したのは、混乱の元凶パウロ侯爵であった。彼は本来の決闘を行おうと主張し、疲弊したアリスに代理を立てることを認める。アリスが指名したのは、反乱の主導者カール。ここに貴族と平民の決闘が始まった。貧困から我が子を失ったカールは怨みの銃口をパウロに向けるが…!?