在伊兹米的扰乱下，让爱德与格利德的战斗出现了转机。没想到此时金‧布拉德雷突然率领国军冲入建筑物，打算歼灭格利德与他的同伙。格利德原本打算派部下抱着阿尔逃走，结果却遭到金‧布拉德雷的阻挡，并对人造人的格利德发动压倒性的猛攻。在这场战斗中，格利德从布拉德雷的眼中看到了让他无法置信的东西。

罗伊对人造人策划的作战，即将进入最后关键。巴利为了寻找自己的肉体而潜入第三研究所的地底，罗伊也与哈勃克、阿尔等人一起进入。哈勃克与罗伊分成两路前进，却在途中遇见打算来收拾他们的拉丝特，罗伊在此时才得知人造人的真实身份与秘密。罗伊虽然感到困惑，最后仍成把握一丝机会引发大爆炸，将拉丝特炸成碎片。但在贤者之石惊人力量的加持下，复活的拉丝特却在瞬间用自己的矛锐利地刺穿哈博克与罗伊的身体。

爱德被格拉托尼吞了进去，当他回过神来后才发现自己身处于一片无止尽血海的漆黑诡异空间。爱德虽然在这里遇见了麟，但两人仍找不到逃出去的方法，最后他们又遇到了被一起吞进来的恩维。恩维告诉他们这里是格拉托尼的肚子里，同时也是“父亲大人”做失败的真理之门，而且一旦进来就无法出去。

爱德为了归还跟霍克艾借的枪，因此来到霍克艾的住处找她，爱德也坦承自己在战斗中不敢开枪的事实。接着爱德又问了霍克艾是否曾感到枪很沉重，以及霍克艾奉命前往参加的伊修巴尔歼灭战所发生的事。就在同时，被关在中央司令部地底的马可，正打算将军部在伊修巴尔所干下的种种恐怖行为告诉斯卡。

古拉曼与罗伊在休斯的墓前密会，罗伊将过去发生的事全都告诉古拉曼，希望得到他的协助。另一方面，爱德一直找不到梅的行踪，此时阿姆斯特朗前来探访，并告知梅他们已经往北方去了。听到此事后，爱德打算马上出发去找他们。阿姆斯特朗给了爱德一封亲笔介绍信，并要他抵达北方后首先去找一名素有“布里克兹的北壁”之称号的布里克兹要塞驻守将军。此时，阿尔也遇到一名意外的人物。

马可等人躲在“阿斯别克”这个伊修瓦尔人的贫民窟，恩维从赞帕诺口中得知这个消息后也随即前往。虽然马可与杰尔索等人试图反击，但马可仍被巨大化的恩维抓住。恩维说出马可过去犯下的罪行，并慢慢地加以折磨。不仅如此，恩维还说出马可过去的部下，已经全被做成贤者之石之事。马可在得知此事之后。

在军方高层的指使下，人偶士兵终于被大量放了出来，这群不畏死亡的不死之身，甚至把理应听令遵从的军方高层人士也加以啃食，接着又袭击了爱德等人。另一方面，公然反叛军方高层的奥利维亚，遭到奉命前来铲除她的斯洛斯的攻击。此时，与被封闭在土堆中的阿尔一起留在卡纳马部落附近的海因凯尔，察觉到普莱德在土堆内不断敲着阿尔头部的行为其实另有意图。但为时已晚，金布利已出现在他背后。

因为海因凯尔的一番话，让阿尔决定使用贤者之石的力量。他利用被封闭在石头中的众多灵魂的力量，对普莱德与金布利两人展开激烈的战斗，丝毫不输给他们两人。另一方面，在阿姆斯特朗的参战后，让奥利维亚对斯洛斯出现了些微的胜机。没想到斯洛斯也随即停止怠惰，认真使出了全力。他的那股隐藏的力量究竟是什么。

巴卡尼亚等人率领的布里克兹军终于占领了中央司令部本部。此时，奥利维亚与阿姆斯特朗正率领着幸存的中央军士兵与大量的人偶士兵战斗，没想到原本被封住行动的斯洛斯又动了起来，并让他们受到濒死的重伤。即使如此，阿姆斯特朗仍不愿逃走，坚持要留下来替在场的士兵们战斗。没想到此时，他们得到了一名意外人物的帮助。

五个人柱终于聚集于父亲大人面前，但是爱德与阿尔等人仍未放弃，并试图与小梅等人赶在国土炼成阵发动前打倒父亲大人与普莱德。就在同时，布拉德雷与斯卡也在另一个地点展开决斗，虽然布拉德雷身负重伤，但他的动作仍胜于斯卡，并将斯卡逼到无路可走。就在此时，斯卡的左手发出炼成光，并从地面发出尖刺般的石柱将布拉德雷弹开。

赌上亚美斯多利斯命运的最后一战！