År siden, da de farligste fanger Alcatraz på mystisk vis forsvandt, de dukke op igen i dag som en del af en større sammensværgelse, efterlader en kriminalbetjent, en ekspert på Alcatraz og en FBI-agent til at spore dem ned.

Den næste returnering Alcatraz indsatte er Ernest Cobb, en crack-shot, der skød serie af krager og mennesker i forskellige byer over hele han USA, før at blive arresteret. Han bevidst skudt en vagt i benet, der skal flyttes til Alcatraz, fast besluttet på en stille, privat celle. Warden Edwin James sadistisk holdes nægte ham isolation, hvilket fører til mere inde forbrydelser. Diego 'Doc' Soto viden viser sig uvurderlig for at fange Cobb før han gør sin tredje ofre partier før du flytter til en anden gang, men stress og fare for jagten gøre ham tvivler hvis han er fit som SFPD partner. ...

Den tredje monster vender tilbage fra Alcatraz er den mest foragtede endnu: tredoblet dømt barn morder Kit Nelson kidnappet ung Dylan Callahan fra sin seng, frygtindgydende lillebror Liam til tavshed. Diego 'Doc' Soto realiserer sin MO er at tilbringe weekenden sammen med ham og returnere liget hjem og bryder følelsesmæssigt når Emerson Hauser hjerteløst opstiller en fælde der, men finder dem selv, selv om det ikke går godt enten. I 1960 Warden Edwin James dynget hans grusomhed oven på sædvanlige misbrug medfanger og fængsel læge Milton Beauregard.

Den næste mand 'vender tilbage' fra 1963 og såre en Alcatraz ø ranger er ingen fange, men de fleste senior vagt Guy Hastings, der var ansvarlig for uddannelse rekrutter. En af dem, Ray Archer, tilsyneladende var det meningsløst skydeskive for straffefange Tommy Madsen, men faktisk en loyal slægtning. Dr. Diego Soto hjælper Rebecca træne hendes far-erstatningsmedier onkels større position. Imens Guy tager ham som gidsel for at lede efter sin undvigende arv, er overrasket over at se sin nu voksne datter Annie har børn og børnebørn og tillader Hauser at bringe ham ind i den hemmelige sektion.

Næste djævle til at vende tilbage, er kæmpe Pinky og smarte Herman Ames, tvillingebrødre, der hensynsløst monteret en sjælden, næsten vellykket flugt i 1963. Også tilbage er Alcatraz fangevogter Donovan, deres medskyldig da, der udgør som en ø Ranger at narre holdet. Doc, Hauser og Rebecca hver komme i fare, mens de arbejder på, at tre er efter en skat, borgerkrig guld, som vagten holdes indespærret.