Shinji a révélé à Shirou qu'il ne possédait pas de pouvoirs, qu'il était un maître relativement faible, et lui a proposé de s'associer. Ce que Emiya a refusé. Il lui a cependant doné une information de premier ordre : une sorcière très puissante s'est établie au temple Ryuudouji et collecte des âmes. Shirou en parle alors à Saber et Rin, qui décide qu'il vaut mieux attendre et se renseigner plutôt que se jeter dans la gueule du loup. En attendant, elle va vivre chez lui...

Saber s'est rendue seule au Temple Ryuudouji, où elle croise la route d'Assassin, de son vrai nom Kojiro Sasaki. Celui-ci est expert dans le maniement du katana et ne souhaite qu'une chose : que Saber lui montre ses réelles capacités qu'elle continue de cacher pour une obscure raison. A l'écart, Rider profite de ce combat pour s'introduire dans l'enceinte du temple et débusquer le Maître d'Assassin...

Shirou a décidé de rester à la maison pour s'entraîner avec Saber. Celle-ci, comme prévu, ne le ménage pas. La pause déjeuner arrivant, le jeune homme sort faire des courses et tombe sur Ilya. Celle-ci ne lui veut aucun mal, puisqu'il est interdit de se battre en journée. Au contraire, ils commencent à discuter comme des amis, se racontant leurs passés...

Saber, Rin et shirou se rendent au temple Ryuudouji où ils découvrent une entrée secrète les menant dans le sous-sol de la colline, où Caster a bâti une grande cité grâce à sa magie. Elle y retient Sakura, prête à exécuter le rituel d'invocation du Graal. Mais pour parvenir jusqu'à elle, les trois arrivants devront se défaire d'Assassin et de Kuzuki...

Shirou, Rin et Saber se retrouvent en très mauvaise posture face à Caster qui a l'avantage du terrain. Mais ils sont sauvés par l'intervention d'un étrange Servant vêtu d'or qui, après avoir défait Caster et Kuzuki sans effort, rappelle à Saber qu'il attend la réponse à sa demande depuis dix ans...

Shirou profite de l'accalmie pour sortir Saber et l'emmener en ville (ce qui amuse beaucoup Rin). La jeune femme découvre une monde qui lui est étranger, ce qui n'est pas pour lui déplaire. Mais la journée se termine moins bien, lorsque Shirou lui fait par de son envie de l'avoir près de lui au-delà de la guerre pour le Saint Graal et qu'il en profite pour lui faire la morale sur les sentiments réels qu'elle éprouve selon lui...