Un électricien inspecte des lignes électriques en rase campagne. En haut d'un poteau électrique, il est gêné par une abeille, qu'il écrase machinalement. Ce geste n'échappe pas au groupe d'enfants qui vient d'arriver sur les lieux ; cinq garçons, blonds, parfaitement identiques. L'électricien est soudain pris de vertiges. La chute lui est fatale. Avant de mourir, il est entouré par les garçons qui le regardent agoniser sans manifester la moindre émotion.

Au cours d'un trajet en avion, un homme d'affaires afro-américain est retrouvé mort, dépourvu de toute pigmentation : ses cheveux sont devenus blancs, ses yeux ont perdu toute couleur et reflètent une indicible terreur. L'autopsie d'une seconde victime révèle une graine de fleur tropicale originaire d'Afrique de l'Ouest. Lorsque Mulder rend visite à l'ambassadeur du Burkina Faso, celui-ci lui fait part du mythe de Teliko, un monstre légendaire qui viderait les hommes de leur pigmentation...

Mulder a reçu des informations d'un contact anonyme au sujet d'un probable attentat à Oklahoma. Mais pendant l'intervention du FBI, Mulder et Scully partent à la poursuite d'un camion transportant des explosifs et y retrouvent Alex Krycek, qui s'avère être le nouvel informateur. Celui-ci dirige les agents vers un diplomate, pour récupérer un fragment de météorite dont il est en possession. Mais alors que le Dr Sacks l'examine dans son laboratoire en le perçant, un liquide noirâtre jaillit et libère des vers qui envahissent aussitôt son corps et le paralysent...

Une foule importante est agglutinée aux alentours du Memorial des vétérans du Vietnam de Washington. Pour marquer le début de l'importante cérémonie commémorative, le général Benjamin Bloch monte sur le podium et entame son discours. Pendant ce temps, à quelques centaines de mètres de là, Mulder, Scully et d'autres agents du F.B.I. traquent fiévreusement un homme armé qui s'est glissé dans la foule...

Une femme est mortellement piquée par des abeilles alors qu'elle se rend aux lavabos dans un supermarché. La nuit suivante, quelqu'un efface toutes les preuves existantes. Le coupable n'est autre que Walter Skinner ! Venant récupérer ses preuves sous l'identité de l'agent Mulder, il rencontre, malencontreusement, un collègue qui avait lié connaissance, sur Internet, avec le vrai Mulder. Skinner l'éconduit. L'homme est retrouvé mort...

Au Kazakhstan, dans l'ex-Union Soviétique, deux adolescents voient passer un Ovni. Ils rebroussent chemin pour donner l'alerte. A quelques centaines de mètres de là, ils découvrent le chaos : une terrible explosion vient d'avoir lieu. L'un des jeunes témoins, Dmitri, est capturé par des soldats russes...

A Ruskin Dam, dans le sud de l'état de Pennsylvanie, la police et le FBI se rendent sur les lieux d'une catastrophe qui s'apparente à un suicide collectif. Cinquante corps ont été retrouvés entièrement calcinés. Un pilote d'hélicoptère vient de retrouver plusieurs dizaines de survivants qui erraient dans les bois, en état de choc...

Scully et Mulder s'introduisent dans leur ancien bureau afin d'en savoir plus sur la famille Spender. Ils découvrent que l'homme à la cigarette, que le fichier central connaît sous le nom de CGB Spender, n'est autre que le père de l'agent Spender et donc le mari de Cassandra. Mulder sait depuis des années que CGB est la tête des conspirateurs, ces humains qui ont choisi de s'allier avec les extraterrestres. Les aveux de Cassandra lui permettent désormais de prendre toute la mesure du complot qui menace l'existence de la population terrestre...

Sept ans après leur rencontre, Mulder et Scully repartent en Oregon, sur les lieux de leur première enquête, et mènent une investigation sur les disparitions étranges d'anciens abductés. Ils se mettent ainsi dans une situation peu confortable, refusant de plier aux avertissements de leur hiérarchie, qui menace de fermer le bureau des affaires non classées pour son activité trop onéreuse...

Mulder arrive en hélicoptère au Mount Weather Complex dans un bâtiment du gouvernement. Alors que tout le monde est guidé vers l'intérieur, Mulder parvient à s'échapper...