Mulder离开了Scully和William，无影无踪。Scully发现William可以隔空移物！几个环保部门官员相继离奇死亡，他们的死都与一个神秘女人有关，这个女人神出鬼没刀抢不入还能在水下呼吸，并且跟踪着Scully；这个女人是谁？William身上发生了什么事？好戏才刚刚开始~！

承接上一集，神秘女人身份曝光！她的名字叫Shannon,是狗探在海军陆战队时候的战友，被改造成了超级战士，那几个环保部门的人是她杀的，但她声称那是因为要阻止超级战士的最新一步计划：通过饮用水将可以改变基因的物质传送到每一个家庭，从而制造超级战士！与此同时，在公海上进行着超级战士研发工作的试验船接到通知要马上终止一切研究，并毁灭证据！而Monica又发现Shannon的真实身份：受雇于司法部，专门完成血腥任务，她认为Shannon对他们撒了谎，但试验船倒是可能揭开William身世之谜的一个关键！三人过关斩将，从入试验船，就在即将找到真相的一刻……船爆炸了，三人幸运的得以逃脱，但真相又一次对他们关上了大门……

狗探与莫妮卡共同处理一单变态杀人狂的案件，乔装成住户的莫尼卡不幸被杀人狂割喉，而狗探也在即将把杀人狂击毙之际中弹！！奇怪的事情发生了：莫妮卡来到狗探的病床前，对于自己被割喉一事全无记忆，同时也奇怪于为何狗探中弹……原来二人在经历着一场空间互换之旅……

有人不远千里加害威廉，幸亏超级老妈Scully护驾，一枪将此人击毙，此人在生死边缘也不愿意透露沙威廉的原因。此地不宜久留，Scully选择了最信任的孤抢侠把威廉带到安全的地方，可正在这时，一个女人跟上了他们，而她的目标就是威廉！孤抢侠失算，威廉还是被女人虏走了，狗探还被她开车撞晕……究竟是凶多吉少还是吉人天相？！

承接上一集，小威廉被一女人虏走后，FBI动用了所有可能的人力去找，但Scully不再相信FBI了，她决心自己把儿子找回来，她让孤抢侠做了假口供，绕开FBI,一段惊险的寻儿之路开始了！虏走威廉的是一群UFO组织成员，他们迷恋飞碟，同时也是虔诚的宗教徒，他们相信威廉就是上帝的使者,当Scully向他们要儿子的时候，他们开出的交换条件居然是“Mulder的首级”！Scully究竟该如何是好？

Scully的一个学生，对于验尸有着特别的天分，他只要看着受害者的尸体便可以直接推断出凶手是谁，狗探想通过此人查清自己儿子死亡的真相！可过程却并不顺利，狗探经历了一场心灵战争。