全く同じ顔と背格好をした妊娠中絶の専門医が勤務する病院が放火され、医師が行方不明となる事件が3件続けて発生した。捜査を開始するモルダーにCIA局員が接触し、彼らはロシアのクローン人間だと告げる。捜査を続けるモルダーだが、父ビルに「緊急の用件」と呼び出され実家に戻ることに。そこには幼少の頃誘拐された妹サマンサの姿があった。一方、スカリーは殺された医師たちと同じ顔をした4人の男を保護する。しかしバウンティーハンターは、変身能力を巧みに利用して、留置場に保護されていた医師たちをも暗殺。彼の魔手はついにスカリーにまで伸びようとしていた。