Anakin Skywalker, Ahsoka Tano, Plo Koon e mais alguns clones são enviados em uma missão para acabar com a nave Malevolência, que irá em breve atacar a base médica dos clones. Com sucesso, Anakin consegue destruir o canhão de ions, mas Grievous ainda está vivo e a nave Malevolência com alguns danos. Obi-Wan Kenobi comanda uma frota que irá destruir a nave Malevolência.

Nos laboratórios estéreis de Kamino, o soldado clone doente Tup e seu amigo o soldado ARC Fives são colocados em quarentena para exame após o assassinato chocante de um Mestre Jedi. Com a ajuda da droid médica AZI-3, Fives está determinado a chegar ao fundo da condição de Tup e descobre um segredo enterrado profundamente dentro do programa de clonagem da República.

O corpo do soldado clone Tup está agendado para o transporte para Coruscant, onde os próprios médicos do Chanceler Palpatine irão examiná-lo de perto. O soldado ARC Fives quebra o protocolo e desafia as ordens para desenterrar respostas, e descobre que há uma construção orgânica de propósito desconhecido escondido nos cérebros de todos os soldados clones

Maul is captured and the Siege of Mandalore is won. But evil lurks elsewhere, and the galaxy will never be the same.