Mientras Matthew, Colleen y Brian están pasando tiempo con Olive, hermana de Loren, Michaela trata sin éxito de aprender a cocinar. Michaela se impacta cuando ella descubre que Olive le ha obsequiado un arma a Matthew. Sin embargo, el verdadero horror llega cuando una epidemia de influenza llega a Colorado Springs. La gente se cuestiona si Michaela de verdad puede tratar la enfermedad al ser una mujer doctor. Ella trata en lo posible de usar la Casa de Huéspedes de Charlotte como hospital, pero no tiene mucho éxito, pero finalmente lo consigue con ayuda de Sully. Cuando Michaela logra por fin curar a todos los enfermos sobrevivientes, ella se desmaya, resultando ser contagiada por la influenza. Sully en eso, envía a Matthew para que busque la ayuda de Danza de Nubes. Ambos regresan con hierbas medicinales para Michaela, las cuales tienen éxito. Sully le da un beso en la frente a Michaela mientras ella descansa.

Loren tiene una hernia, pero se niega a que lo ayuden. En eso, Jake le da un corsé y piensa que así Loren se mejorará de su hernia. Michaela le dice a Loren que él debe operarse de su hernia o sino él morirá. Entre todo esto, Loren descubre que todavía posee la escritura de propiedad sobre la casa de Michaela, en la que Sully solía vivir con su esposa Abagail, la hija de Loren, quien culpa a Sully por su muerte. Él insiste en que Sully y Michaela se vayan de sus tierras y luego de beber demasiado y tratar de pelear con Sully, Loren se desmaya ya que su hernia empeora. Michaela le pide permiso a Olive para que ella pueda operar a Loren. La operación hecha por Michaela tiene éxito, pese a una apuesta comenzada por Hank. Luego de la operación, Loren muestra aún más obstinación, lo que lo debilita y ya que con la incisión perdió mucha sangre, él necesita urgente una transfusión de sangre, la cual es ofrecida por Sully. Luego de ello, Loren admite que tenía mucho orgullo y le da a Sully la escritura de propiedad en un sobre. Entretanto, Michaela les dice a los niños que todos deben irse de la casa, ya que Loren así lo quiere al poseer la escritura de propiedad, pero mientras se preparan para irse al día siguiente, Sully les comunica que no se tendrán que ir, ya que Loren le dio la escritura de propiedad. Mientras tanto, Colleen no es invitada a la fiesta de cumpleaños de Alice, quien después la invita obligada por su tía Emily, lo cual molesta a Colleen al saberlo y decide no ir.

De camino a la Reservación India, Michaela va con Sully a ver a Ruby Johnson, pero descubren que ella está muerta y, con ello, a un niño llamado Zack, escondido en el armario. Ella se lleva al niño con él y enfrenta a los aldeanos, y ellos admiten renuentemente que ellos conocían a la madre del niño, Clarice, una de las meretrices de la Taberna de Hank, quien la amaba locamente. Cuando ella murió, enviaron a Zack a los cinco años con la Sra. Johnson ya que él era muy "simple. Mientras Sully, Matthew y Brian cargan la carreta con las posesiones de la Sra. Johnsson, Brian descubre un dibujo. Michaela trata de conseguirle ropa de escuela a Zack, pero Loren le dice que el niño no puede ir a la escuela porque es "un simplón". Luego, cuando va a hacer que le corten el cabello, Jake lo llama un "tonto". En la escuela, Olive ve el dibujo que Brian encontró y cree que él lo dibujó. Los niños en la escuela se burlan de Zack y lo llaman tonto, luego de lo cual Zack huye. Cuando Sully y Brian van a buscar a Zack, discubren los dibujos de Zack. Brian habla con Zack sobre llorar, luego de lo cual Zack rompe en llanto y Brian lo consuela. Mientras, Michaela no puede encontrar un diagnóstico médico para la condición de Zack ni curarla. Luego, Michaela descubre en su investigación que Hank es el padre de Zack, aunque él intenta evitar el asunto y le dice a Michaela que se ocupe de sus propios asuntos y siga siendo médico, pero ella le dice a Hank que también asuma sus responsabilidades. Mientras, se descubre el talento artístico de Zack, dibujando a Clarice, ante lo cual Hank llora en silencio. Al día siguiente, Hank le muestra a Michaela el dibujo de Clarice y le pregunta qué debe hacer. Entonces, él acepta enviarlo a una escuela de arte en Denver y antes de irse con Zack, acepta traer los dibujos de Zack a Brian cuando venga para Navidad.

Matthew, Colleen y Brian están en el establo, convocando a fantasmas para hablarles, entre los cuales, Brian convoca a su madre, mientras Sully y Michaela hablan de lo que creen los Cheyennes sobre los espíritus. Cuando se besan, una fotografía cae al suelo. Al día siguiente, Sully se ofrece a hacer remodelaciones a la casa, pero Michaela se opone, ya que ella piensa que está bien tal cual está. Por la noche, Michaela oye a un bebé llorando en el establo y cuando llega allá, ve un caballo mecedor que aún no estaba terminado y cuando se voltea a ver al fantasma de Abagail, la difunta esposa de Sully, ella desaparece. Al día siguiente, Michaela se sigue oponiendo a que Sully remodele la casa ya que no la considera suya, sino de Abagail. Por la noche, Abagail vuelve a aparecerse a Michaela para decirle que se vaya de la casa. Al día siguiente, ella le da el caballo mecedor a Sully para que lo complete, pero él lo tira al fuego. Por tercera vez, Abagail se aparece a Michaela y ambas discuten sobre Sully, ya que Michaela piensa que Abagail está siendo muy egoísta y Abagail piensa lo mismo de ella. Entonces, Sully completa el caballo mecedor y se lo pasa a Michaela, quien a su vez se lo pasa a Abagail y le dice que a lo mejor no habrían sido buenas amigas, pero ella la habría entendido, pero Abagail llora diciendo que ella y Michaela sí hubiesen sido amigas. Finalmente, Michaela accede a que Sully remodele la casa. Mientras, en la escuela, cuando los niños discuten sobre brujas, Brian empieza a pensar que Dorothy es una bruja. Y en el pueblo aparece tres veces un hombre que parece estar muerto, primero en la taberna de Hank, luego en la barbería de Jake y después en el Café de Grace. Aquellas tres veces, Michaela se enoja cuando el hombre desaparece misteriosamente, ya que piensa que los aldeanos le están jugando una broma muy pesada. Sin embargo, él se aparece durante la Noche de Brujas y luego se desmaya. Michaela al examinarlo, lo diagnostica de catalepsia.

Con un baile aproximándose, las chicas jóvenes se ponen nerviosas y agitadas. Entre todo esto, Colleen decide no ser más amiga de Alice por ser muy mandona. En ello, Colleen le pide a Robert E. que le haga unos collares de mejores amigas. Becky, la mejor amiga de Colleen, le pide que hable con Richard, ya que Becky está enamorada de él, pero no se atreve a decírselo. Cuando Colleen va a hablar con él, Richard acepta gustoso encontrarse bajo el llamado "árbol del beso". Sin embargo, al día siguiente, Becky no puede ir, debido a que le duele el estómago y le pide a Colleen que le diga a Richard que no podría ir a la cita, pero cuando Colleen va, Richard le da un beso a ella, ya que piensa que ella es quien está enamorada de él. Colleen disfruta el beso, pero se niega a hablarle de Becky, así como tampoco puede decirle a Becky lo del beso. Sin embargo, Becky sorprende a Richard besando a Colleen, por lo cual Becky se enoja. Luego, en la escuela todos comienzan a decir que Colleen es muy "fácil", luego de lo cual ella rechaza a Richard cuando le pide que vayan al baile juntos. En el baile, Richard besa a Alice, ante lo cual Becky piensa que Richard no vale nada, por lo cual se reconcilia con Colleen. Mientras, Dorothy comienza a sentirse mareada y según el examen que le aplica Michaela, Dorothy estaría embarazada. Sin embargo, con una examinación más profunda, se arroja que en verdad Dorothy tiene menopausia. Cuando ella comienza a sangrar mucho, Michaela dice que se necesitaría extirparle el útero, ya que podría tratarse de un tumor en el útero. Entretanto, Michaela trata sin éxito de enseñarle a Sully a bailar, pero ella primero ve a Sully entrar al almacén de Loren, recibido por Dorothy y luego los ve salir juntos. Sin embargo, Dorothy se desmaya y Michaela la opera, pero no requirió que le extirpara el útero. Sin embargo, Michaela está enojada con Sully por pasarla tan bien con Dorothy, lo que son claros signos de que está celosa. Sin embargo, para la noche del baile, Sully aparece para bailar con Michaela, bailando muy bien, admitiendo que una "amiga" le enseñó a bailar (esa amiga es Dorothy). Luego de bailar, Sully y Michaela se dan un beso.

Llega a Colorado Springs Tom Jennings, el hijo de Dorothy que es veterano de la guerra civil. Michaela lo trata de un dolor que supuestamente se atribuyó a lesiones que él obtuvo de una guerra hace cuatro años. Sin embargo, su verdadero problema es su adicción a la morfina, por lo cual se enoja cuando Michaela se niega a darle una dosis de morfina. Entre todo esto, también trata de robar de la tienda de Loren. Él va a la clínica y a la casa de Michaela cuando ve que ella tiene morfina en su bolso y le pide a Colleen que le dé, mientras todos están durmiendo. Tom saca un arma y le dispara a Matthew, ante lo cual Michaela le dispara en la pierna, sin darse cuenta de que era Tom. Con ello, Hank dice que está orgulloso de Micheala. Luego, ella duda de sus actos, pero Sully le dice que ella hizo lo correcto. En la escuela, Brian presume lo que hizo Michaela, lo que hace que Colleen se decepcione y salga corriendo. Sully encuentra a Colleen limpiando la sangre del piso y la lleva a donde está Michaela, pero Colleen no le cuenta la verdad. Dorothy y Michaela discuten sobre el bienestar de sus hijos cuando Tom grita de dolor en su dormitorio. Dorothy le pide a Michaela que haga algo, ante lo cual Michaela decide darle morfina y amutar su pierna. Luego de que Michaela amputa la pierna de Tom, Dorothy nuevamente le pide a Michaela que le dé mas morfina a Tom, a lo cual Michaela se niega. Ella luego habla con Sully, quien le sugiere que hable con Danza de Nubes. Luego de ello, en vez de darle morfina, Michaela decide usar en su lugar algún té de hierbas indias. Dorothy no está de acuerdo y quiere tomar la morfina para dársela ella misma a su hijo, pero Michaela entonces decide sacarla de ahí. Tom entonces juega con las emociones de Dorothy para que le dé más morfina, pero él se enoja cuando su madre se niega. Luego de verse una recuperación, Tom le dice a Dorothy que ya no quiere ver más a ningún soldado, ante lo cual Loren le da un trabajo. Entonces, Michaela insiste en que Colleen enfrente a Tom, quien se disculpa por su actitud, pero Colleen dice que no puede perdonarlo por ahora, pero tal vez pueda en un tiempo más. Una mañana, Loren ve que su dinero no está y Dorothy ve que Tom se ha ido, ante lo cual concluyen que Tom huyó con el dinero de Loren.

En una subasta, Robert E. compra una casa que se encuentra al centro del pueblo, lo cual nunca antes un hombre de color había hecho. El subastador es Jedediah Bancroft, quien trata de no darle la casa a Robert E. al descubrir que él es negro, pero él ya le cedió legalmente la casa. Jedediah lo amenaza diciendo que él nunca vivirá allí e invita a todos los hombres del pueblo para que se reúnan por la noche a un nuevo "club de hombres", que resulta ser una reunión del Ku Klux Klan. Con ello, Loren se niega a venderle clavos a Robert E., diciendo que no quedan. Matthew va al club de hombres, pero luego de que Robert E. es asaltado, él junto a Horace lo llevan a la clínica y le cuentan todo a Sully y Michaela, quienes defienden a Robert E., mientras que Jake y Hank vandalizan la casa y humillan a Robert E., arrojando pintura sobre él. Jedediah trata de hacer que Robert E. se vaya de la casa hablando con Michaela, pero Robert E. aun así se niega. Con ello, Jedediah trata de extorsionar a Michaela. En medio de un vandalismo, Robert E. le dispara a Loren, quien pertenece al "club de hombres", ante lo cual Dorothy escribe un artículo sobre ello. Michaela entonces le ofrece a Jedediah su oficina como respuesta a su extorsión. Mientras tanto, cuando Robert E. está cortando madera, el Ku Klux Klan le corta el cabello a Grace. Con ello, Michaela le revela a Robert E. que su padre es un abolicionista. Por la noche, el Ku Klux Klan amenaza a Michaela y su familia, poniendo fuego frente a la cabaña, pero Jedediah se quema su brazo, ante lo cual Michaela le ofrece ayuda y tratamiento, pero él se niega y amenaza a Brian, Colleen y Matthew, pero Sully le dice que él mismo lo matará si le pone un solo dedo. Entonces, Brian, Colleen y Matthew acuerdan con Michaela y Sully que ahora esta es su batalla. El Ku Klux Klan secuestra a Robert E. y quiere colgarlo, y Grace corre hacia Sully y Michaela para decirles y Matthew les dice del lugar en donde se reúne el Ku Klux Klan. Ahí Sully, Michaela y Grace llegan al lugar y salvan a Robert E. Michaela da un discurso, ante lo cual los aldeanos se avergüenzan y dejan el Ku Klux Klan. Entonces, Jake, Loren y Hank deciden ayudar a Grace y Robert E. con la casa.

El Reverendo Johnson contrata a una nueva maestra para la escuela del pueblo, Louise Chambers, de quien parece estar enamorado. Todo parece ir bien, ya que ella sólo parece ser una maestra estricta y Michaela y Louise parecen hacer buenas migas. Sin embargo, Michaela empieza a cuestionarse sobre sus métodos de disciplina cuando descubre que los niños han sido golpeados por Louise. Entretanto, el Reverendo le pide a Louise que sea su esposa, ante lo cual la defiende, sin querer creer que ella golpea a los niños. Michaela trata de hablar con Louise, quien se niega a cambiar sus métodos de disciplina. Entonces, Michaela siente que la gota rebasó el vaso cuando ve que ella golpeó a Brian y convoca a una reunión para discutir del asunto. En el pueblo, todos están a favor de que ella golpee a los niños para disciplinarlos. Ella golpea a Benjamin mientras lo disciplina, pero él termina golpéandola en defensa propia y huyendo. Mientras Michaela la tiene en la clínica, el Reverendo decide cancelar el compromiso cuando Louise se niega a tener hijos con él. Ante esto, Louise decide dejar el pueblo y cuando Brian no puede dormir por la noche, Michaela le hace prometer que él le dirá cuando alguien trate de hacerle daño. El episodio finaliza con ella cantándole una canción de cuna a Brian.

El pánico llega a Colorado Springs cuando Dorothy lee un artículo del New York Post, donde se predice que llegará un cometa que, al impactar contra la Tierra, desencadenará el fin del mundo. Michaela al principio no cree que esto pase, pero luego de que un meteorito impacta cerca del pueblo, el pánico llega. Hank y Loren piensa divertirse un poco para ganar dinero, sembrando el pánico. Según se predice, el agua se torna roja, a lo que Michaela piensa que hay minerales dentro del agua. Michaela decide enviar un telegrama a un astrónomo de Harvard, pero antes de esperar una respuesta, la línea del telégrafo "explota", por lo que no podrán recibir respuesta alguna. Mientras, Grace decide gastar todo su dinero en porcelana fina, cerrar su café y abrir un restaurante en su lugar, a la vez que Robert E. decide no hacer nada, luego de trabajar muchos años. También, Matthew e Ingrid deciden casarse lo más pronto posible, lo cual no es posible, ya que el Reverendo está ocupado con tratar de calmar a la gente. Además, Colleen decide pasar tiempo con sus amigos sin ir a la escuela antes de que el mundo se acabe y Brian quiere verlos hacer fuegos artificiales. Luego, Michaela sorprende a Hank y Loren pintando un caballo (según la señal del Apocalipsis que dice que los animales cambiarían de color) y además, descubre que ellos estuvieron detrás de lo del agua roja, pero todas las creencias de Michaela se ponen en duda cuando un geyser erupciona cerca del pueblo, lo cual provocó un movimiento telúrico antes de explotar. Luego de pasar tiempo con sus amigos, cuando Michaela está preocupada, Colleen le cuenta sus miedos, a lo que Michaela va a hablar con el Reverendo. Cerca de "la hora del final", Michaela trata el ataque cardiaco de Robert E. y luego trata a Horace por un dolor en el apéndice, evitándole así una peritonitis. En eso, estalla una tormenta eléctrica y Brian está en las praderas, pidiéndole perdón a Dios por tomar el meteorito, lo cual él cree que causó su ira y que decidiera adelantar el fin del mundo. Mientras Michaela se encamina a la iglesia, Hank se queda cuidando a Horace. Todos los aldeanos esperan el final, pero no pasa nada. Cuando Horace despierta, le dice a Hank que les pase un telegrama de respuesta del astrónomo que Michaela consultó, pero Hank se preocupa más por Horace y tira el telegrama, que decía que el cometa no existe. Cuando todo está en calma, Brian le da gracias a Dios.

Mientras Colleen debe lidiar con su miedo a montar un caballo, un trío de jóvenes bandoleros asalta la taberna de Hank. La joven de aquella banda, Belle Starr, recibe un disparo. Michaela se dispone no sólo a atenderla, sino también a reformarla y convertirla en una nueva chica, responsabilizándose de ella. La invita a su casa, donde Belle trata muy mal a Colleen, tratándola como basura y dándole muchas órdenes. A Colleen no le agrada esto y decide dormir en el establo hasta que Belle se vaya. En un momento, Colleen ve a Belle tratando de seducir a Matthew. Belle luego comienza a llevarse bien con Colleen, dejando de llamarla "Princesa". Por la noche, Michaela oye a Belle llorar porque extraña a su familia. Sin embargo, Horace le lleva a Michaela un telegrama de un juez, que es el padre de Belle, ordenando que sea condenada. Belle, al oír esto, trata de huir, pero Sully la lleva a la cárcel del pueblo hasta que el comisario llegue. Ambos hermanos buscan a Belle y toman a Brian como rehén para que Belle sea liberada. Al no poder salir de la cárcel, Belle manda a Colleen a darles un mensaje de lo que ella les hará si no liberan a Brian. A pesar del consejo de Michaela, Jake y Hank tratan de hacer que Belle les diga donde se esconden los hermanos, ya que se ofrece una gran recompensa por su captura. Belle promete llevarlos, pero mientras la suben a un caballo, ella escapa, siendo seguida por Michaela, Sully y Matthew. Mientras, Colleen llega al lugar y logra que Brian sea liberado. Luego, Belle llega a donde están los hermanos, junto a Michaela, Sully y Matthew. Michaela trata de convencer a Belle de que se entregue y así la sentencia será menor, pero Belle decide escapar para comenzar una nueva vida y reformarse. Sin embargo, a través de un telegrama, Michaela y su familia se enteran de que la banda robó una diligencia de 600 dólares. A pesar de haber creído en ella, ellos se concentran únicamente en lo positivo: hicieron lo posible por reformarla.

Debido a su dolor por la muela del juicio, el Reverendo Johnson se desmaya mientras imparte las clases. Debido a esto, Michaela toma su lugar, en donde ella habla de la teoría de Charles Darwin. Sin embargo, en el pueblo nadie quiere que Michaela vuelva a hablar de las teorías de Darwin y el Reverendo le dice que no vuelva a enseñarlas más. En ello, Brian conoce a Mary Ann Daggett, de quien se hace muy amigo, ya que ambos han perdido a sus madres. Brian le cuenta a Michaela que vio heridas en las piernas de Mary Ann y que su guardián la trata muy mal. Michaela intenta confrontarlo, pero él se niega a escuchar. Cuando Brian y Michaela van a la casa del Sr. Daggett, el trata de mentirle a Michaela para que no vean a Mary Ann, pero Brian la encuentra en el granero, inconsciente y con ratas lamiendo sus heridas. Luego de ello, Michaela se la lleva a la clínica, pero el Sr. Daggett intenta llevársela sin completar el tratamiento. Michaela intenta mandarle un telegrama al Comisario, pero él se niega a ir al pueblo. Sin embargo, en el juicio, a pesar de que no hay leyes de protección al menor, Michaela logra que Mary Ann se vaya de la casa del Sr. Daggett, influenciada por la teoría de Darwin de que los niños también son animales. Luego de ello, Mary Ann se va a vivir a la casa de los padres de Becky.

Mientras Michaela se ve totalmente absorta en su amor por Sully, Colleen se rebela y se une a sus compañeros de clase en escapadas peligrosas. Esto preocupa mucho a Michaela cuando se entera de ciertas acrobacias peligrosas. Brian, a su vez, se siente ignorado, por lo que Michaela y Sully deben aprender a balancear tanto su vida marital como sus responsabilidades paternales.

Con todas las exigencias de ser padres, Michaela y Sully tienen dificultades para tener tiempo y ganas de romance. Sully se siente dejado de lado por Michaela, quien pasa mucho tiempo con su hija, incluso restando importancia a sus propuestas románticas para responder a los llantos de Katie. Él le confía esto a Dorothy, y ella le aconseja cortejar a Michaela, tal como él lo hizo al principio para ganarse su corazón. Pensando en que no funcionaría, él duda, pero decide que peor es nada. Luego de exponer a Katie al sarampión, Michaela necesita un mejor lugar para cuidarla mientras ella trabaja, por lo que Sully le propone usar una de las habitaciones de recuperación como guardería para su hija. Molesta por la exposición que tendrá su hija estando en la clínica, ella considera dejar su práctica a Andrew, y decide recortar sus horas, pero una visita sorpresa a la casa la convence de volver. Colleen, viendo que su madre se esfuerza por encargarse de todo a la vez, expresa preocupación por ella, debido a que ella fue aceptada en la universidad. Michaela le asegura que estará bien y alienta a su hija a perseguir su futuro. Entre lágrimas, la familia le da la despedida a Colleen. Al final, Michaela y Sully por fin encuentran tiempo y entusiasmo para el romance, con Michaela asegurándole a su esposo que Katie entiende la necesidad de sus padres para estar tranquilos.