Cela fait maintenant deux semaines que J.D., Turk et Elliot sont internes à l'hôpital du Sacré-Cœur, et tout se passe plutôt bien. Bien que J.D. affirme le contraire, Turk est persuadé que celui-ci voudrait être plus qu'un simple collègue pour son amie Elliot. Cependant, Turk a lui aussi des vues sur un autre membre du staff hospitalier, Carla, l'infirmière...

Maintenant que J.D., Turk et Elliot ont pris leurs marques à l'hôpital, ils ont tendance à devenir un peu trop sûrs d'eux. Mais l'arrivée d'un rival, Nick Murdoch, un autre interne, aussi à l'aise qu'ils le sont, va leur apprendre qu'une trop grande assurance cache souvent un terrible manque de confiance en soi...

La tension est plus que jamais palpable à l'hôpital. Le Dr Cox a en effet décidé de ne plus voir aucun de ses patients décédés durant les dernières heures de sa garde de la journée...

Sans trop se faire d'illusions, J.D. propose un petit dîner en tête à tête à Alex. Quelle n'est pas sa surprise aussi quand la nouvelle interne accepte sa proposition...

L'ambition de Turk commence à énerver de plus en plus son colocataire, J.D. Surtout lorsqu'il commence à faire des plaisanteries douteuses sur les patients de J.D...

Le frère de Jordan est admis au Sacré-Cœur après s'être accidentellement blessé avec une arme. Heureux de retrouver son vieil ami, le Dr Cox invite Ben à boire un verre dès sa sortie. Convié à se joindre à eux, J.D. est des plus heureux. Mais lorsque la main de Ben se remet à saigner, ils décident de retourner à l'hôpital pour faire d'autres examens...

Ben prend la nouvelle de sa leucémie plutôt bien ; mieux en tout cas que sa sœur et J.D. Contre toute attente, c'est le Dr Cox qui s'avère être la voix de la raison...

Carla et Elliot se découvrent enfin des points communs en préparant une vielle dame à une implantation de prothèse mammaire. Le Dr Kelso, de son côté, lance une compétition au sein de l'hôpital : celui qui rédigera la meilleure étude de cas aura le privilège d'assister à une conférence à Reno. J.D. rédige une étude, sans en informer son mentor, le Dr Cox. Il s'agissait pourtant d'un de ses patients...

J.D. reçoit la visite de son frère aîné Dan. Si la tension est palpable entre eux, Elliot fait de son mieux pour les réconcilier, ce qui n'est pas chose facile. Turk, de son côté, se sent responsable du décès d'un de ses patients. Le Dr Cox tente de le convaincre de ne pas mettre trop de sentiments dans son travail...

Turk s'impatiente. Carla le fait languir, et elle répond à sa demande en mariage. Pendant ce temps, Elliot est abordée dans un bar par un homme très séduisant et finit par répondre à ses avances avant de se rendre compte qu'il est infirmier au Sacré-Cœur, ce qui semble lui poser problème...

Turk prend J.D. sous son aile dans le service de Chirurgie pendant une journée mais cette visite tourne rapidement en une vaste plaisanterie. Elliot tente de son côté de rompre avec Paul mais sa maladresse lui joue des tours...

Alors que J.D. roucoule avec sa jolie veuve, il se rend compte que leur romance n'est pas une histoire si facile. En effet, la nouvelle petite amie de J.D. n'aime pas particulièrement les histoires trop parfaites et ne lui facilite pas la vie...

J.D. et Turk reçoivent la visite d'un de leur camarade de lycée, Spence, qui désirait visiter l'hôpital. La venue de ce riche banquier fait prendre conscience à nos deux internes des efforts quotidiens qu'ils doivent fournir dans leur travail. Ont-ils fait le bon choix ?...

Sean est étonné d'apprendre la liaison qu'ont eu Elliott et JD. Son étonnement se transforme en colère lorsqu'il découvre que JD a toujours des sentiments pour Elliot...

JD fait la connaissance de la mystérieuse Danni dans un ascenseur. La jeune femme lui confie rapidement ses déboires amoureux et JD ne peut s'empêcher de lui parler de sa relation complexe avec Elliott. Marc, le frère de Carla, qui passe quelques jours avec sa sœur, n'a toujours pas pardonné à Turk de l'avoir pris pour un voiturier. Turk voudrait bien se faire pardonner mais Marc parle exclusivement espagnol.

Elliott éprouve des difficultés à utiliser des termes qu'un médecin doit pourtant dire plus d'une fois par jour...

Eprouvant des difficultés à former ses internes, JD fait appel à Elliot pour l'aider. De son côté, le Dr Cox trouve un pédiatre idéal pour son fils et qui lui ressemble en tous points : le Dr Norris...

JD tente de rompre avec Danni, mais elle le devance quand elle réalise qu'elle passera toujours après Elliott...

JD pense avoir trouvé un mentor en la personne du Dr Casey, un chirurgien obsessionnel compulsif, ce qui provoque la jalousie du Dr Cox...

Turk demande à JD d'être son témoin. Quoi de plus normal pour les deux meilleurs amis. Mais une malheureuse conversation téléphonique vient tout remettre en cause...

Le grand jour pour Turk et Carla est arrivé. C'est l'occasion pour JD de se réconcilier avec Elliot...

Molly travaille sur la résolution des conflits en milieu hospitalier et choisit le docteur Cox comme sujet d'étude. Pourvue de bonnes intentions, elle tente de réconcilier JD et Elliot, en compétition pour décrocher le poste de Chef des internes. Pendant ce temps, Cox, JD et le concierge essaient de résoudre le mystère de l'hôpital : comment extraire une ampoule du ventre d'un patient sans la briser ?

Briefant ses internes sur les risques d'erreur de prescription, JD prend soudain conscience qu'il pourrait un jour tuer un patient. Pour ne pas commettre l'erreur fatale, il évite de réaliser toute intervention délicate. Pendant ce temps, Elliot en veut terriblement à Molly. Puis, Carla culpabilise d'avoir perdu le chien empaillé de Turk et accepte l'aide du concierge pour le retrouver...

Après que Molly ait accepté un emploi dans une autre ville, elle et JD passent la nuit entière à s'embrasser et il tente par tous les moyens de faire l'amour avec elle avant son départ. Le Dr Cox, lui, embarque dans une ambulance de service avec une femme très agitée et perturbée qui vient de perdre son fils dans un accident.

Neena Broderick, dont la réputation d'avocate requin précède le personnage autoritaire et sexy, fait pression sur JD pour que son père, hospitalisé, bénéficie des meilleurs soins. Et pendant que Turk met tout en œuvre pour éviter un patient hypocondriaque, Elliott tente de trouver une nouvelle orientation professionnelle pour Doug...

Elliot commence à présenter J.D. comme le médecin le plus calme et le plus compétent. Pendant ce temps, une rencontre entre le concierge et Ted finit par un concours de chant a capella. Quant à Turk, il finit par prendre plus au sérieux son diabète lorsqu'il prend conscience des conséquences de sa maladie...

Le soir de leur premier rendez-vous, rien ne se passe comme prévu pour Kylie et JD, finissant leur soirée en quarantaine à l'hôpital. Malgré tout, pour impressionner sa nouvelle petite-amie, JD accumule les mensonges. La même soirée, Turk apprend que Carla a eu un rendez-vous avec le docteur Cox...

J.D. se tourne vers le docteur Clock à la suite du désintérêt de Kylie. De son côté, Carla enrage de voir Turk appeler si souvent une ancienne petite amie.

Les sentiments d'Elliot sont partagés entre la fuite et l'engagement envers Jake avec qui elle sort. Le docteur Cox apprend à Turk comment gérer et soigner son ego ; tandis que le docteur Kelso et le concierge se disputent l'usage d'une voiturette pour se déplacer dans les couloirs de l'hôpital...

En préparant son anniversaire, J.D. retrouve une liste de choses qu'il voulait faire avant ses trente ans. Il commence par s'inscrire à un triathlon. Pendant ce temps, Elliot découvre un nouvel aspect de Jake qui l'inquiète. Quant à Turk, il accepte d'opérer un patient hypnotisé plutôt qu'anesthésié dans le but d'impressionner ses supérieurs...

Paige, la sœur du docteur Cox, vient rendre visite à son neveu pour son baptême. De son côté, Turk découvre que faire un bébé n'est pas aussi excitant qu'il ne l'imaginait. Alors qu'Elliot aide Turk à comprendre Carla, J.D. et le concierge deviennent bons potes...

Comme dans le magicien d'Oz, J.D. tente de retourner chez lui et Turk est à la recherche d'un nouveau cœur pour un patient. Pendant ce temps, Carla a peur de ne pas avoir le courage de devenir mère, tandis qu'Elliot pense qu'elle n'a pas assez de cervelle pour mener une session de questions-réponses à l'hôpital. Le concierge, quant à lui, tente de rendre la circulation dans l'hôpital plus aisée

J.D., Turk et Carla sont interrogés à propos de la mort mystérieuse d'un patient. Ce jour-là, J.D. et Turk étaient à la poursuite d'un autre patient, Elliot était traumatisée par la découverte du fait que son petit-ami était marié, et Carla embrigadait des employés de l'hôpital dans l'achat groupé de billets de loterie...

J.D., qui n'a pas encore surmonté sa récente rupture, a une folle envie de tuer Keith, soudainement devenu l'interne parfait et donc parfaitement détestable. De plus, l'un des patients favoris de l'équipe est dans le coma. Alors que le concierge et le docteur Cox gèrent la nouvelle en allant boire au bar, Turk suggère à J.D. et à Elliot de se trouver des connaissances pour éviter les nuits solitaires...

J.D. propose aux médecins de faire des choses spéciales pour leurs patients, mais lui-même n'est plus sûr de pouvoir se raser la tête pour une personne qui est sous chimiothérapie après avoir rencontré une femme qui aime bien ses cheveux. De leur côté, Carla et Turk tentent d'être moins stressés pour avoir de meilleures chances de devenir parents, mais leur travail les en empêche...

Dan, le frère de J.D., vient faire une visite surprise à l'hôpital, et Elliot découvre que J.D. lui a dit qu'elle l'appréciait toujours. De leur côté, Carla et Turk paniquent lorsqu'ils commencent à évoquer des noms de bébés. Quant au docteur Cox, qui a insulté le fils du docteur Kelso, il est obligé d'aider Ted dans son travail d'avocat de l'hôpital...

J.D. prévoit de sortir un soir avec le docteur Kim Briggs, mais Elliot n'arrête pas de lui mettre des bâtons dans les roues. De leur côté, Perry et Jordan donnent toutes les anciennes affaires de Jack à Carla. Plus tard, quelqu'un annonce une grossesse totalement inattendue

Le grand chirurgien, le Dr Turner va être fixé sur son sort. Alors qu'il est sur la table d'opération, Elliot essaye de le convaincre que la médecine est une meilleure option puisque la chirurgie pourrait le tuer

Une patiente a un grave problème : elle entend les gens chanter. Tous vont se mettre alors à pousser la chansonette ! Carla chante son envie de reprendre le travail, J.D. et Turk chantent leur amitié...

Le Dr Kelso est impliqué dans une affaire de vol de vêtement. Par ailleurs, le Dr Cox tente de convaincre Elliot qu'un ancien drogué n'est pas net.

Turks fait tout pour éviter de lorgner sur la nouvelle nounou, très sexy, d'Isabella ! Elliot a fait rentrer en douce le chien d'une patiente dans l'enceinte de l'hôpital afin de lui remonter le moral.

Le décès de l'infirmière Laverne pousse les membres du personnel du Sacré-Cœur à réfléchir sur leur vie. Le Dr Cox décide de consacrer vingt minutes pour lui chaque jour. J.D. et Turk souhaitent être plus compatissants.

J.D. sort avec l'amie d'Elliot. Mais pour elle, il s'agit d'un simple flirt sans importance. Elliott et Carla n'arrivent pas à trouver ce qu'ont deux femmes âgées présentant les mêmes symptômes et qui n'ont pourtant aucun lien.

Elliott et J.D. se demandent s'ils ne font pas une erreur en ne vivant pas l'un avec l'autre.

Le Dr Kelso a inscrit l'hôpital à un site web qui permet aux patients d'évaluer leur praticien. Carla se demande comment Lady puisse être amoureuse du concierge. Elliott quant a elle, est face à un dilemme quand elle apprend que sa patiente a tenté de faire une overdose.

Depuis que Kelso lui a dit que tout le monde se fichait de ce qu'il pensait, le concierge décide de sortir un journal sur l'hôpital, avec l'aide de Todd, Ted et Doug. J.D, quant à lui, tient à être un modèle de virilité au yeux de son fils, et met accidentellement Turk K.O. Enfin, Elliot et Carla révèlent à un patient qu'il a un cancer du sein, mais celui-ci, offusqué, ne veut pas en faire part à ses proches.

Après le départ du Dr Kelso, c'est désormais le Dr Cox qui prend momentanément sa place de chef des médecins. De plus, le concierge conseille à Ted d'en profiter pour prendre un nouveau départ en agissant avec plus de fermeté. Carla souhaite avoir un autre bébé. Pendant ce temps, J.D et Elliot sont à la recherche d'un ancien patient.

Un journée au Sacré-Cœur racontée par le docteur Cox à son fils, sous forme d'un conte de fée : J.D est l'idiot du village, Elliot est une princesse, Turk et Carla sont une sorcière à deux têtes... Ensemble, ils tentent de guérir une servante souffrant d'un mal inconnu.

Invités à la dernière minute, les médecins de l'hôpital se rendent aux Bahamas pour le mariage du concierge et de Lady. Les couples de JD, Turk et Cox rencontrent chacun des difficultés.

Aux Bahamas, les couples tentent de se réconcilier. Turk reproche à Carla de n'être plus qu'une mère. Jordan en veut à Cox de lui avoir menti. Elliot demande à JD de lui exprimer ses sentiments pour elle. Le concierge et Lady quant à eux se marient.