Sono passati due anni. Kirito ed Eugeo sono diventati cadetti dell'accademia di scherma e devono vedersela con alcuni problematici allievi anziani.

Senpai Liena avverte Kirito che la richiesta di duello da parte di Volo nasconde un secondo fine. Più tardi, Kirito scopre che i suoi fiori sono stati distrutti.

Asuna entra in Underworld usando il super account della dea della creazione Stacia. Grazie alla sua arte sacra che si manifesta con un'aurora colorata, riesce a dominare il terreno e sembra veramente la manifestazione di una dea.

Dopo aver ricevuto un account da Gabriel, un gran numero di giocatori americani entra in Underworld. Questi iniziano ad uccidere una dopo l'altra le fluctlight artificiali, senza fare distinzione tra esercito umano e forze oscure. Asuna capisce che vengono dal mondo reale e cerca disperatamente di fermarli.

Sinon effettua il log-in in Underworld con il super account della dea del sole Solus. Dopo aver aiutato Asuna, ormai circondata dall'esercito di giocatori americani, si getta all'inseguimento del dio oscuro Vecta, grazie alla sua abilità "Volo illimitato".

La talpa all'interno della Rath è Yanai, uno dei ricercatori. Dopo aver lavorato in passato per Nobuyuki Sugo, l'uomo si è introdotto alla Rath e ha trasmesso informazioni sensibili all'agenzia di sicurezza nazionale statunitense. Nel frattempo, in Underworld, Sinon si scontra con Gabriel, che dopo aver perso Vecta ha effettuato nuovamente il log-in.

Eiji, un tempo nemico di Kirito, combatte contro Vassago, ma viene sconfitto. Nel sud di Underworld Sinon ferisce Gabriel, ma crolla esausta. Leafa, allo stremo delle forze, perde i sensi dopo aver sterminato i giocatori americani.

Kirito riesce finalmente a sfuggire dall'incubo che lo teneva bloccato ad Aincrad. Con la Spada della Rosa Blu in una mano e la Spada del Cielo Notturno nell'altra affronta Vassago, armato di un enorme coltello capace di assorbire l'energia vitale dei giocatori morti.