Clark découvre la Forteresse de Solitude. Jor-El lui explique qu'il doit débuter son apprentissage afin d'être prêt pour sauver cette planète... Lana est témoin du crash d'un vaisseau spatial. Plutôt agressif, le couple qui en sort recherche un certain Kal-El... Jonathan tente de retrouver son épouse dans les débris de leur maison... Dans les grottes, Lex reprend connaissance et s'interroge sur ce qu'il vient de se passer. Et où est Chloé ?...

Jor-El a retiré à Clark ses pouvoirs, le rendant humain. Ravi de finalement être "normal", Clark poursuit une relation avec Lana, en faisant table rase du passé. Cependant, trois patients de Belle Reve en fuite débarquent à la ferme et oblige Clark à s'introduire au niveau 3 de Luthorcorp pour se procurer le sérum dont ils ont besoin. Clark doit trouver une solution pour sauver sa famille sans ses supers-pouvoirs...

Insouciants, Clark et Lana ont savouré leur première nuit passé ensemble. Ils n'ont pas idée de ce que la journée leur réserve. S'apprêtant à rejoindre l'université de Métropolis, Chloe reçoit un étrange appel de Gabriel Duncan, un ami qui bossait avec elle à la Torche. Il lui conseille vivement de quitter Smallville car la ville sera rayée de la carte d'ici une heure. Le jeune homme s'apprête en effet à lâcher un missile sur Smallville. Inquiète, Chloe se rend chez les Kent...

A la plage avec ses amis, Lois, partie nager, se cogne la tête en plongeant dans le lac. Avant que Clark ait pu la sauver, un mystérieux nageur, Arthur Curry, vient à son secours. Frustré, Clark n'apprécie pas ce jeune homme qui nage plus vite que lui et tourne autour de Lois. Avec l'aide de Chloe, il cherche à en savoir plus sur A.C... Professeur d'Histoire à l'université de Metropolis, Milton Fine propose à Clark un poste d'assistant de recherche...

Inscrite au dernier moment, Lana a été acceptée à l'Université de Metropolis. Recherchant un logement, elle s'inscrit dans une fraternité qui a des coutumes quelques peu particulières... Chloé postule au Daily Planet pour un stage, mais la rédactrice en chef se révèle plus coriace que prévu... Lex n'apprécie pas que le professeur Fine fasse des recherches approfondies sur tout ce qui le concerne...

Alors qu'elle bosse tard au Daily Planet, Chloe reçoit un appel étrange d'une jeune femme, retrouvée morte quelques heures plus tard. La victime se révèle être une strip-teaseuse. Une photo compromettante montre le respectable sénateur Jake Jennings en compagnie de la dénommée Melissa. Jonathan est déçu de voir son vieil ami ainsi compromis dans une telle histoire. Mais Jennings nie connaître cette femme et préfère laisser les soupçons se porter vers Lex Luthor, qui fait campagne contre lui pour le prochain mandat de sénateur...

Clark quitte précipitamment Lana après d'être coupé avec un fragment d'une kryptonite inconnue, envoyée par Lex. Sur la route qui le mène à Smallville, le jeune homme est victime d'une tentative de meurtre... Jonathan hésite encore à se présenter en tant que candidat aux prochaines élections sénatoriales contre Lex Luthor. Martha s'inquiète des retombées que cette campagne pourrait avoir sur la santé de son mari... Agacée par les mensonges et le comportement ultra-protecteur de Lex, Lana exige la vérité...

Après avoir retrouvé sa mère inconsciente devant la maison, Clark est inquiet. Il n'a pas oublié l'accord de Jor-El : sa vie contre celle d'un proche ! Ses craintes semblent se confirmer lorsque le lendemain Martha a les premiers symptômes. La médecine n'ayant pas de réponse, Clark se tourne vers le Professeur Fine... Lionel Luthor pousse Chloe à enquêter du côté du Professeur Fine...

Alors qu'il s'apprête à donner le feu vert pour compromettre la campagne de Jonathan Kent, Lex est victime d'un homicide. Hospitalisé d'urgence, dans un état grave, il voit en rêve la vie qu'il pourrait avoir s'il décidait de s'éloigner de son père et de la LuthorCorp. Dans cette vie alternative, Lex est marié à Lana. Parents d'un petit garçon, le couple vit heureux depuis 7 ans...

Jonathan reçoit des appels anonymes menaçants pour l'inciter à abandonner sa campagne électorale... Quant à Lex, il met tous les moyens à sa disposition afin de remporter les élections. Il a notamment engagé quelqu'un pour trouver des infos compromettantes susceptibles de mettre son adversaire définitvement hors course. Lex reçoit quelques étudiants qui soutiennent activement sa campagne, dont Samantha Dunn, l'une de ses plus ferventes supportrices...

Deux officiers de police débarquent au manoir des Luthor et retiennent Lex en otage. Ils exigent de savoir où se trouve le vaisseau. L'officier Flynn a en effet été témoin de l'atterrissage du vaisseau spatial lors de la pluie de météorites. Il a aussi vu une équipe de Lex emporter l'engin... Lana déplore le comportement distant de Clark... Quant à Jonathan, il commence à se poser des questions sur les dépenses effectuées par Lois pour sa campagne...

Craignant de perdre Lana, Clark lui dévoile enfin son secret. Il emmène la jeune femme dans sa forteresse de solitude et la demande en mariage. Sous le choc de ces révélations successives, Lana ne sait quoi décider... Entretemps, Jonathan et Lex se préparent à découvrir les résultats des élections sénatoriales...

A Metropolis pour apporter les affaires de son défunt mari à des nécessiteux, Martha se fait agresser par des voyous. Une justicière masquée vole heureusement à son secours et lui sauve la vie. Clark, qui ne se remet pas de la mort de Jonathan, est déterminé à retrouver les voleurs et leur reprendre la montre qu'ils ont dérobé...

La foudre qui s'abat sur le Talon libère l'esprit d'une jeune fille. Un esprit que seule Chloé semble voir. Lois trouve sa cousine dans la salle de bains les veines coupées au niveau des poignets. Hospitalisée, Chloé ne comprend pas ce qui lui est arrivé. Le médecin pense qu'elle a fait une tentative de suicide. Clark s'inquiète pour son amie : serait-elle en train de devenir folle ?... comme sa mère... Martha étudie sérieusement la proposition qui lui a été faite de prendre la place de Jonathan au Sénat...

Compatissant, le Dr Hong libère un homme mi-humain mi-machine répondant au nom de Victor Stone. Retenu prisonnier, le jeune homme a fait l'objet d'expérimentations. Lors de son évasion, il est renversé par la voiture de Lana. Accompagnée à l'hôpital, celle-ci ne comprend pas comment il a pu s'en sortir sans une égratignure. Troublée, elle appelle Clark...

Sous l'emprise de Simone, qui utilise l'hypnose pour contrôler les autres, Clark lui révèle son secret et est envoyé pour tuer Lex. Pendant ce temps, ce dernier part à la recherche du Professeur Fine, réfugié au Honduras, pour lui demander des comptes.

Bouleversée par sa rupture avec Clark, Lana tombe sous l'influence d'un étudiant en médecine qui expérimente un dangereux sérum à base de kryptonite, permettant aux gens de voyager dans l'eau-delà et de communiquer avec les êtres chers. Lana est impatiente de le tester. Lorsque Clark rentre du Honduras pour l'aider, le docteur réussit à lui injecter le sérum et Clark parle avec son père... l'avertissant que Lionel connaît son secret. D'ailleurs, ce dernier continue de se rapprocher de Martha.

Clark se lie d'amitié avec une fillette ayant le pouvoir télékinésique de briser le verre et à qui il doit venir en aide lorsqu'elle est soupçonnée d'avoir tué sa mère, victime d'une violente agression. Pendant ce temps, Chloé est témoin de la complicité grandissante entre Lana et Lex.

Lionel est pris en otage par un vengeur masqué qui le force à jouer à de périlleux jeux de survie. Clark révèle à sa mère que Lionel connaît son secret et s'inquiète également de leur amitié naissante. Peu après, Martha est kidnappée et se retrouve aux côtés de Lionel à lutter pour rester en vie...

Graham, un jeune homme que Clark a sauvé in extremis d'un accident, décide de lui rendre la pareille en projetant de tuer Lex, de manière à réunir de nouveau Lana et Clark. Avant de se faire agresser, Lex prend contact avec Fine. Puis Chloe confond Graham avec un tueur à gage, surnommé

Au cimetière, le fantôme de Jonathan visite Clark et lui demande d'éliminer Lionel, alors que ce dernier désire collaborer avec son fils. Pendant ce temps, Fine, dont le virus est élaboré, fait tout ce qui est en son pouvoir pour obtenir le vaccin de Lex. Une réaction incroyable se produit lorsque Lex se voit injecter sa propre découverte scientifique...

Le professeur Milton Fine a libéré le virus capable de tuer des millions de personnes sur terre et provoque un chaos d'une ampleur mondiale. Il donnera l'antidote à Clark à condition que ce dernier libère Zod. Pour le stopper, Clark se tourne vers Lionel qui établit le contact avec Kal-El. Pendant ce temps, Lex confie le secret de ses pouvoirs à Lana et assiste à son propre avènement...

Envoyé dans la zone fantôme, une prison krypronienne créée par Jor-El, Clark se retrouve sans pouvoirs et entouré de criminels avides de revanche exilés par son père. Pendant ce temps, ayant pris possession du corps de Lex, Zod retient Lana captive en exigeant d'elle un héritier et entame ses projets pour transformer la Terre en une version de Krypton avec l'aide du disque dur du vaisseau spatial. Après que l'avion de Lois et Martha se soit écrasé près de la Forteresse de Solitude, Jor-El explique à Martha comment tuer Zod. De retour au Daily Planet, Chloe retrouve un ancien flirt, Jimmy Olsen...

Clark travaille dur pour réparer les dégats causés par Zod. Alors qu'il s'affaire à la grange, il découvre qu'il a attrapé son premier rhume. Lois, qui voit tomber du ciel la porte de la grange, se met en tête d'élucider ce mystère... L'école étant fermée pour cause de rénovation, Lana s'installe au manoir des Luthor où Lex lui a fait préparer une chambre. Celui-ci semble d'ailleurs très préoccupé. Il a le sentiment étrange, depuis quelques jours, d'être suivi...

Se sentant toujours coupable des dégâts qu'il a causé sous l'emprise de Zod, Lex organise une soirée de charité costumée pour la ville... Alors que Jimmy tente de se rapprocher de Chloé, une jeune femme est tuée dans les bois. Le garçon qui m'accompagnait reste introuvable. Chloé informe Clark des derniers événements... Martha espère obtenir un financement de la part d'Oliver Queen. Mais Lois éconduit par erreur le jeune homme...

Lors d'une soirée de bienfaisance, Lois est témoin du vol par Green Arrow d'un précieux collier porté par Martha Kent. Déterminée à trouver qui se cache derrière ce costume, la jeune femme demande l'aide de Chloé... Lionel confie à Lana qu'il sait que Lex est en possession d'une technologie extraterrestre susceptible de faire des ravages. Craignant que son fils en fasse un mauvais usage, il compte sur elle pour empêcher qu'un drame se produise...

La réunion d'anciens élèves de l'académie Excelsior, une école privée où sont allés Lex et Oliver Queen, tourne au drame. Les retrouvailles font remonter de mauvais souvenirs à la surface. A l'époque, Lex et son ami Duncan étaient les souffres-douleur d'Oliver et sa bande. Ceux-ci semblent frapper les uns après les autres par de tragiques accidents mortels. Une série de drames qui ressemble fort à une vengeance...

Grâce au satellite des Queen, Chloé localise le crash d'une des créatures échappées de la zone fantôme en Californie. Elle semble se rapprocher de Smallville... Clark reçoit la visite surprise de Raya. Il est heureux de la savoir en vie... Lana est contactée par le Dr Groll qui lui confie toutes les données sur ses travaux avant de prendre la fuite et disparaître loin des Luthor...

Clark découvre que Green Arrow s'est fait tiré dessus alors qu'il essayait de sauver un couple d'un carjacking, mais Oliver dément avoir été blessé. Il se porte même d'ailleurs mieux... Martha est décidée à préparer un vrai festin pour Thanksgiving et à y inviter quelques amis. Clark, n'a pas le coeur à fêter ce premier Thanksgiving sans son père...

Depuis qu'un intrus a pénétré le manoir des Luthor, Lex a mystérieusement disparu... Clark apprend que l'équipage entier d'un cargo a été massacré par une créature évadée de la zone fantôme. Il se rend à à Seattle où le bateau a été remorqué...

Clark découvre que le propriétaire de la ferme voisine, Jed McNally, exploite des travailleurs immigrés. Il les retient prisonniers et les force à travailler. Clark accueille chez lui Javier, un jeune immigré clandestin à la recherche de sa mère. Le jeune garçon est inquiet de la disparition de son ami Francisco alors qu'ils tentaient de fuir...

Une célébrité du baseball trouve mystérieusement la mort dans un petit bassin... Lana confie à Chloé qu'elle a des réserve sur la demande en mariage de Lex. Elle n'a apparemment pas encore définitivement tourner la page avec Clark. La confidence se retrouve aussitôt étalée le lendemain dans le Daily Planet... Lois tente de rassemble des infos pour découvrir la véritable identité de Green Arrow...

Clark et Chloé se démènent toujours pour en savoir plus sur les expériences effectuées au mystérieux niveau 33.1 de LutherCorp et son lien avec Belle-Rêve... Bart Allen réapparaît à Smallville. Il promet à Clark qu'il a changé et cessé de voler. En fait, Oliver Queen a fait appel à lui en renfort pour s'attaquer à LutherCorp...

Clark ne comprend pas ce qui lui arrive. Il se retrouve interné malgré lui dans un asile psychiatrique. Le Dr Hudson, qui se charge de son cas, lui explique qu'il est ici depuis 5 ans, à cause de ses élucubrations fantaisistes sur de pseudos super pouvoirs, une descendance alien et une identité secrète...

Lex et Lana organisent une réception à l'occasion de leurs fiançailles. Au Talon, une mystérieuse femme donne à Lois un rouge à lèvres contenant de la kryptonite rouge. Lois s'empresse de l'essayer et tombe éperdument amoureuse de Clark. Elle l'embrasse passionnément, ce qui réveille en Clark son côté sombre. Il révèle à son amie la véritable identité d'Oliver et la conduit au manoir des Luthor grâce à ses pouvoirs. Alors que Lex et Lana s'apprêtent à porter un toast, Clark intervient et enlève Lana. Il lui avoue ses sentiments et la demande en mariage. Pendant ce temps, Jimmy décide de rompre avec Chloe, persuadé qu'elle est amoureuse de Clark...

Un mystérieux inconnu épie les moindres faits et gestes de Lana et ne cesse de la harceler. Se sentant en danger, la jeune femme part se réfugier dans la ferme des Kent en attendant le retour de Lex, parti en voyage d'affaires. Chloe parvient à identifier l'individu et charge Clark et Jimmy de le surveiller, d'autant que Lana vient d'être menacée de mort...

Clark et Chloe découvrent que Tobias, un jeune homme aveugle depuis la pluie de météorite et qui a la capacité d'identifier les "monstres des météorites", est utilisé par Lex pour détecter les gens possédant des pouvoirs et que Lex utilise comme cobaye d'expériences. Lana découvre également le don de Tobias. Effrayée à l'idée qu'il nomme Clark comme infecté, elle met en place une transplantation de cornée en échange de son silence. Cependant, elle n'est pas préparée aux révélations de Tobias.

Le jour du mariage de Lex et Lana, Lex reçoit un appel du Docteur Langston qui le ménace de révéler à Lana la vérité à propos de son enfant. Lana hésite alors à se marier et Clark réalise qu'il ne peut pas laisser Lana épouser Lex, il décide de lui avouer son secret. Cependant, personne ne s'attend à ce qui va arriver lorsque Lionel Luthor intervient.

Clark et Chloé découvrent que Titan (Kane), un zonard, est la star d'un club secret où les combats à mort sont ensuite diffusés sur Internet. Lois renifle le scoop et décide d'enquêter de son côté, mais elle est capturée et forcée à participer au combat avec pour première adversaire, Athena. Clark utilises ses pouvoirs afin de combattre Titan, mais il est stupéfait lorsque arrive Lois sur le ring à sa place.

Après que Lex découvre que la mère de Chloe, Moira, a le pouvoir de contrôler les personnes infectées par les météorites, il développe une drogue pour sortir Moira de son état catatonique de l'asile, ensuite menace de tuer Chloe à moins qu'elle n'utilise son pouvoir pour l'aider. Clark aide Chloe a s'introduire à l'asile pour secourir Moira et ainsi rencontrer la mère de son amie.

Après que Jodi, une femme d'un soldat des Forces Spéciales, ait placé une bombe dans un des laboratoires secrets de Lex, Lionel est sérieusement blessé et Lex est retenu en hôtage par l'épouse enragée. Clamant que Lex a kidnappé son mari disparu, Jodi menace de détruire entièrement le laboratoire avec Lex à l'intérieur à moins qu'il ne lui dise où son mari est. Clark décide de sécourir Lex, mais tombe immédiatement par terre à cause de la kryptonite dans les murs. Lex et Clark réalisent alors que le seul moyen de s'en sortir est de s'entraider l'un l'autre.

Après un rendez-vous secret avec Lionel, Lana se fait tirer dessus au Daily Planet par un mystérieux tireur. Alors qu'il étudie les photographies de la scène du crime, Jimmy est assomé et se met à rêver d'une version de Smallville dans les années 40, dans laquelle Lana est une femme fatale qui a orchestré le meurtre de son magnat de mari, Lex, Clark travaille au Daily Planet comme reporter et Lois est une chanteuse travaillant dans un club appartenant à Lionel. Pendant ce temps, en 2007, Clark découvre pourquoi Lana a épousé Lex...

Lex a secrètement essayé de transformer Wes Keenan, un militaire supposé être mort au combat en Afghanistan, en un "super soldat" en lui injectant de l'ADN prélevé sur différents sujets exposés aux météorites qu'il a capturé. Après qu'un sénateur corrompu menace de réveler le laboratoire secret, Lex ordonne à Wes de tuer le sénateur, mais Lois est témoin de l'attaque et devient ainsi la prochaine cible du super soldat. Dans le même temps, Clark essaye de convaincre Lana de quitter Lex.

Clark, découvrant que Lionel a menacé Lana de le tuer si elle n'épousait pas Lex, se précipite chez lui pour le réduire au silence une fois pour toute. Lana annonce à Lex qu'elle le quitte et Martian Manhunter revient pour aider Clark à arrêter Lex, qui essaye de trouver le dernier fantôme échappé afin d'utiliser son ADN pour activer son armée de supers soldats. Pendant ce temps Lois se rend au barrage Reeves pour en savoir plus sur le laboratoire secret de Lex, mais elle est brutalement poignardée par un garde. Enfin le pouvoir de Chloe est révélé.

Clark s'oppose à Bizarro, le dernier fantôme issu de la fantôme zone, et les conséquences du combat provoque la destruction du barrage, déversant un immense torrent d'eau sur les plaines. Lex, qui vient d'être arrêté pour le meurtre de Lana, se retrouve submergé dans une voiture de police mais est sauvé par une mystérieuse jeune femme. Lois arrive à mettre Chloé en sécurité mais sa cousine est prononcé morte à l'hôpital. La même femme qui a sauvé Lex réapparait à la ferme et se révèle être Kara Kent, Supergirl, la cousine kryptonienne de Clark.

Clark et Lois découvrent le vaisseau spatial de Kara mais avant qu'ils puissent l'ouvrir, Kara s'en prend à Lois. Clark est choqué d'apprendre de la bouche de Kara qu'elle est ici pour protéger un bébé : Kal-El. Malgré l'apparition de Kara, Clark est déprimé et prend une décision : Sans Lana, plus rien ne le retient à Smallville et se rend dans la Forteresse de Solitude pour débuter son entrainement de super-héros. Cependant, Jor-El lui dit quelque chose de troublant qui concerne Zor-El, le père de Kara. Ce dernier est le mal en personne et Kara est dangereuse, Clark décide alors de rester à Smallville pour découvrir la raison de sa venue sur Terre. Dans le même temps, Lex fait une découverte surprenante concernant Lana et le projet 33.1.

Kara veut à tout prix se faire des amis et s'intégrer sur Terre, mais Clark lui conseille de faire profil bas jusqu'à ce qu'elle puisse contrôler ses pouvoirs. En dépit de ses avertissements, quand l'occasion de se participer à l'élection de Miss Pop Corn se présente, Kara s'engage et rencontre ses concurrentes (Tyler (Eva Marcille), Carly (Elsa King) et Tempest (Christine Chatelain)), 3 krypto-monstres qui projettent d'utiliser leurs pouvoirs pour voler une carte au trésor cachée dans une capsule temporelle de Smallville. Après que Tyler ait vu Kara utiliser ses pouvoirs, les 3 filles prétendent être ses amies mais veulent en réalité l'utiliser...

Chloe apprend qu'un docteur, le docteur Curtis Knox, a réussi à traiter les personnes infectées par la kryptonite, leur retirant ainsi leur capacité. Prête à tout pour se séparer de ses pouvoirs, Chloe prend un rendez-vous avec le docteur, sans savoir que le docteur Knox possède un plan abominable pour tuer ses patients et récupérer leurs organes. Pendant ce temps, Kara séduit Jimmy pour qu'il l'aide à localiser son cristal, défiant l'ordre de Clark de rester à la ferme.

Les habitants de Smallville sont en ébullition lorsque "Warrior Angel", un film basé sur le comic-book, commence à être tourné en ville. Cependant, après que l'actrice principale, Rachel Davenport (Christina Milian), ne peut arrêter sa voiture car les freins ont été coupés, Clark doit intervenir pour stopper la voiture. Malheureusement, un fan obsédé est témoin de la scène héroique et décide que Clark est un vrai super-héros, dont la petite amie Lana doit être éliminée pour qu'il puisse accomplir sa destinée. Pendant ce temps, Lex découvre Lionel dans une cabane...

Clark apprend que Kara est à Washington pour rechercher son cristal. Après être rentrée par effraction dans un laboratoire, Kara est capturée et un sérum de vérité à base de kryptonite, lui est administré. Le sérum lui fait révéler un voyage passé jusqu'à la Terre lorsque elle suivait la mère de Clark, Lara, jusqu'à la ferme des Kent. Clark arrive à temps pour la sauver mais, après avoir passer la machine aux rayons thermiques, il tombe également victime du sérum et voit ce que Kara voit : sa mère.

Lana absorbe les pouvoirs de Clark durant une tempête ou la kryptonite et l'electricité se mélangent. Lana utilise ses nouveaux pouvoirs pour faire irruption dans le coffre-fort de Lex et vole des preuves contre Lex qu'elle livre alors à Lois et à Grant, exigeant qu'ils publient un article dévoilant les secrets de Lex. Après que Grant refuse d'utiliser des preuves volées, Lana décide de s'occuper de Lex d'elle-même. Clark essaye d'arrêter Lana qui veut tuer Lex et la bataille commence alors entre les deux.

Clark entend la voix de sa mère biologique, Lara, l'appeler à l'aide à travers le cristal de Kara et décide de la libérer, en dépit des avertissements de Jor-El. Lara et Clark sont alors réunis et elle lui donne la bague de Jor-El, contenant de la krypronite bleue. Alors que Clark la met, il réalise que Zor-El a en réalité tout manigancé et que la kryptonite bleue lui a retiré ses pouvoirs, permettant à Zor-El de prendre le controle de la Forteresse de Solitude. Dans le même temps, Chloé et Lex ont découvert que Lois et Grant commencent une relation et leur demandent d'y mettre un terme.

Après son passage à la Forteresse, Clark revient à Smallville et dit à Lana que Kara a disparu. Clark suggère également à la jeune femme de faire équipe ensemble pour faire tomber Lex, ce qu'elle accepte, en lui livrant toutes les informations qu'elle possède, y compris un rapport sur un homme nommé Adrian, qui a été infecté par une substance extraterrestre. Ce dernier menace secrètement la vie de Chloe avec une bombe et dit à Loïs que si elle ne force pas Lex à avouer la vérité sur les expériences réalisées dans le cadre du projet 33.1, il fera exploser la bombe. Chloe, croyant qu'elle est sur le point de mourir, avoue à Jimmy qu'elle est une krypto-monstre.

Alors que Clark est prisonnier des glaces dans la Forteresse de Solitude, Bizarro s'acapare sa vie aux côtés de Lana. Ne sachant pas qu'elle côtoie Bizarro, Lana profite du "nouveau Clark" et partage les informations qu'elle a rassemblé sur un tueur en série qui vide ses victimes de leurs éléments minéraux. Tous deux parviennent à la conclusion qu'il doit s'agir de Brainiac, et Bizarro se lance à sa recherche. Lex est surpris de la réaction de Lionel après que Grant lui ait révélé être un clone de Julian.

Alors qu'elle travaille secrètement pour Oliver, Chloe intercepte un des dossiers de projets de Lex, mais elle est attaquée par Black Canary, une femme mystérieuse dotée d'un cri strident. Dinah Lance, l'alter-ego de Black Canary, est la présentatrice d'un talk-show et travaille également au Daily Planet où elle est en conflit avec Loïs. Lex persuade Black Canary que Green Arrow et son équipe sont des terroristes, elle lance alors l'attaque sur Green Arrow et Clark. Dans le même temps, Loïs découvre le secret d'Oliver.

Loïs suit Lex jusqu'à Détroit et découvre qu'il a retrouvé Kara, qui souffre d'amnésie. Finley, un serveur obsédé par Kara, craint que Lex ne l'éloigne de lui, tire alors dessus et retient Kara et Loïs en otage. Après la découverte du corps inanimé de Lex, Chloe se propose de le guérir, mais Clark refuse de la laisser faire.

Kara et Jimmy suivent le concert de "One Republic" et l'un des machinistes s'avère être l'ancien résidant de Smallville : Pete Ross. Pete mâche inconsciemment un chewing-gum de kryptonite et développe de supers pouvoirs. Clark et Chloe sont ravis de revoir leur vieil ami mais l'avertissent contre l'utilisation de ses pouvoirs en public. Pendant ce temps, Lex découvre le pouvoir de Pete et le fait chanter pour ouvrir un lieu sécurité de Lionel. Lex menace Pete de révéler que Chloe est une "krypto-monstre".

Lionel s'arrange pour retenir Clark prisonnier dans une cellule de krypronite à Luthocorp. Après que Chloé et Lana aient trouvé une sonde militaire électrique à la ferme, elles vont interroger Lionel. Mais celui-ci rejette les suspicions sur Lex. Chloé et Lana emmènent Kara à la Forteresse et supplient alors Jor-El de lui redonner sa mémoire car elle est la seule personne capable de sauver Clark.

Afin de pouvoir lutter efficacement contre Brainiac, Kara décide d'apprendre à Clark comment voler. Jimmy et Lois enquêtent sur la mort mystérieuse de Patricia Swann. De son côté, Lex met tout en oeuvre pour percer le secret du cercle Veritas. Pour obliger Kara à le suivre, Brainiac capture Lana et la plonge dans une léthargie kryptonienne...

Lex s'empare du médaillon de Lionel, qui contient la deuxième clé permettant d'ouvrir le coffre situé à Zurich. A son grand désarroi, il constate que le précieux sésame ne se trouve pas à cet endroit. Il se rend alors au Daily Planet, où il espère découvrir la clé. Quant à Clark, il s'inquiète pour Lana, internée dans un asile...

Clark cherche désespérément Kara et Brainiac, puisque Brainiac est le seul à pouvoir inverser la situation de Lana. Clark demande à Chloé de vérifier une quelconque source de puissance dans les alentours, elle pirate alors les ordinateurs du gouvernement, déclenchant des alarmes. Jimmy est coincé entre le département de sécurité, qui le menace de le mettre en prison à moins qu'il ne les aide à capturer Chloé, et Lex qui lui offre de blanchir Chloé si Jimmy accepte de passer un accord avec lui.

Clark découvre que Kara a envoyé des messages de Krypton du passé qui indiquent que Brainiac veut tuer le Bébé Kal-El donc Clark n'existera pas dans le futur. Clark est déchiré parce qu'il croit que le monde serait meilleur s'il n'était jamais arrivé à Smallville. Jor-El prend des dispositions pour qu'il voit ce que la vie aurait été si Clark n'avait pas existé : Lex est le Président des États-Unis, Kara est élevée par les Luthors, Jonathan est vivant, Lana est une épouse heureuse et Chloe et Lois sont des as en tant que reporters.

Lex est attaqué par un inconnu qui grave un symbole kryptonien sur son buste : un message pour Clark. Chloé et Clark enquêtent et découvrent qu'un membre du clan Veritas a survécu et se cache dans une église. Clark et Lex se précipitent pour être le premier à trouver ce mystérieux membre de Veritas, qui détient la clé de la survie de Clark.

Kara dit à Lex qu'il est destiné à défier le voyageur et lui propose de l'emmener à la forteresse pour lui montrer comment le vaincre. Clark est stupéfait de l'attitude de Kara vis à vis de mais c'est en fait Brainiac qui a prit l'apparence de Kara tandis qu'elle est piégée dans la zone fantôme. Chloé est arrêtée par la sécurité nationale et Lana se réveille de son état de comat. Finalement, après de multiples rebondissements, Clark et Lex se retrouvent à la forteresse et Lex découvre le secret de Clark.

Tess Mercer prend la direction des opérations à la tête de LuthorCorp, selon les instructions laissées par Lex. Celui-ci, ainsi que Clark, ont disparu depuis leur confrontation en Arctique. L'Archer vert, aidé de Black Canary et Aquaman, est également à la recherche de Clark... Lois, de son côté, tente d'en savoir plus sur la disparition de sa cousine. Le Département de la Sécurité Intérieure, qui avait arrêté la jeune femme, déclare n'avoir aucun dossier au nom de Chloé Sullivan...

Les premiers pas de Clark au Daily Planet sont mouvementés. Dès son premier jour, il vole au secours des victimes d'un attentat à la bombe. Chloé, arrivée rapidement sur les lieux, apporte également sa contribution avec l'aide de Davis, un jeune et charmant secouriste...

La Ligue de Justice, dirigée par Green Arrow, explore l'Arctique à la recherche de Clark, qui a disparu lorsque la Forteresse s'est effondrée. L'équipe se confronte rapidement avec le nouveau directeur de la Luthorcorp, Tess Mercer. Pendant ce temps, Chloé est détenue prisonnière par un groupe mystérieux qui a découvert qu'elle a un nouveau pouvoir, et les pouvoirs de Clark ont été retirés par Jor-El.

Tess et son équipe effectue des tests sur le cristal de Clark qu'elle a rapporté d'arctique, lançan une lumière intense dans l'univers. Ceci a pour conséquence l'arrivée de Maxima, une reine de la planète Almerac, recherchant son âme soeur qu'elle croit provenir du signal. Malheureusement, son pouvoir est trop fort pour les humains et chaque baiser qu'elle donne les tue. La séductrice Maxima arrive à Métropolis et commence ses recherches, en commençant par Jimmy.

Après qu'ils quittent leur fête de fiançailles, Chloe et Jimmy sont enlevés par un bijoutier psychotique qui a été marqué émotionnellement par l'infidélité de son épouse et maintenant enlève des couples et les soumet à un détecteur de mensonges avec l'aide d'une kryptonite améliorée qui les choque s'ils mentent. Le ravisseur demande alors à Chloe si elle aime quelqu'un d'autre. Entre-temps, dans l'effort de trouver Chloe et Jimmy, Clark et Lois posent comme un couple et sont eux-mêmes enlevés puis interrogés dans le but de savoir ce qu'ils ressentent l'un pour l'autre.

Clark se penche sur une récente attaque dans un théâtre, qui est peut-être l'oeuvre d'un tueur en série. Pensant qu'il pourrait s'agir de quelqu'un infecté par les météorites, il exige que Chloe lui fournisse le noms des personnes qui la consultent à la Fondation Isis, ce qui provoque un clash entre les deux amis. Davis craint que ses malaises ne signifient qu'il soit le tueur et il recueille les éléments de preuves qui pourraient l'impliquer. Craignant le pire, il confesse ses soupçons à Chloe.

Jimmy a pris une photo de Clark arrivant en super vitesse pour sauver Loïs d'un agresseur et parvient à identifier du rouge et du bleu qui sont flou sur la pellicule. Jimmy la montre à Tess, qui décide de la mettre en première page du Daily Planet. Clark craint que son identité soit découverte, et demande alors à Chloé de faire pression sur Jimmy, mais elle refuse.

Clark reçoit un paquet anonyme contenant le cristal que Tess a trouvé dans l'Arctique. Quand il prend le cristal, il l'active ce qui l'envoit lui et Loïs dans la zone Fantôme où ils retrouvent Kara. Kara ouvre un portail pour que Loïs reparte, mais la femme de Zod, Faora s'échappe avec elle et prend possession du corps de Loïs. Et c'est une Loïs possédée qui se déchaîne sur Metropolis.

Brainiac commence à supprimer les souvenirs de Chloé un par un jusqu'à ce que la seule personne dont elle se souvienne est Davis. Clark réalise que le seul moyen d'arrêter Brainiac de prendre le contrôle de Chloé est de reconstruire la forteresse et demande à Jor El de la soigner.

Chloé est emballée de se marier à Jimmy. Oliver dit à Clark qu'il pense qu'il a découvert où se cache Lex et prend son envol pour Cuba afin de vérifier. Mais, lorsque il arrive sur place, il est choqué de trouver Lana à la place. Clark et Lois se rapprochent mais le chaos intervient lorsque Doomsday provoque des dégâts à la cérémonie de mariage et tente d'enlever Chloé.

Clark est en état de choc après l'enlèvement de Chloe par Doomsday. Prêt à partir à sa recherche, il est attaqué par le «Persuader». Rokk, Imra et Garth, trois super-héros membres de la Légion, arrivent du futur pour aider Clark à vaincre ce nouvel ennemi. Brainiac, qui a pris le contrôle de Chloe, révèle à Davis qu'il est Doomsday et qu'il a été créé dans le but de détruire le monde...

Clark découvre que John Jones s'est fait tirer dessus alors qu'il enquêtait sur une affaire, Clark endosse alors l'uniforme de police pour découvrir le coupable. Pendant ce temps, Lana essaie de convaincre Tess que Lex n'est pas l'homme qu'elle croit. Les nouvelles consternantes de Lana forcent Tess à réévaluer sa position en tant que gérante de Luthorcorp.

Clark se rend à l'appartement de Lana et découvre qu'il a été saccagé. Tess arrive soudain, armée, et annonce à Clark qu'elle voulait avertir Lana qu'elle est en danger. Cette dernière a disparu et Tess pense que c'est Lex qui l'a enlevée. Elle révèle également à Clark qu'elle a obligé Lana à tourner la vidéo dans laquelle elle lui fait ses adieux. Lana aurait en effet enquêté sur les activités secrètes de Lex et fait une découverte surprenante dans les locaux de la LuthorCorp. Clark, aidé par Tess et Chloe, part à la recherche de la jeune femme...

Tout le Conseil d'administration de LuthorCorp est réuni au siège pour une réunion au cours de laquelle Oliver Queen informe les membres qu'avec l'aide de Tess, il a pris le contrôle de la société. La réunion est interrompue par l'explosion d'une bombe. Oliver est le seul rescapé de cette attaque. Clark mène l'enquête avec l'aide de Lana, dotée elle aussi désormais de super-pouvoirs...

Linda Lake revient à Metropolis et menace Clark de révéler son secret s'il ne lui fournit pas un scoop, qui lui permettrait de redevenir une journaliste vedette. Il essaie de la stopper mais celle-ci parvient à s'échapper. Refusant de se soumettre à ce chantage, Clark révèle son secret à Lois. Elle lui rit d'abord au nez mais Clark lui montre ses pouvoirs pour la convaincre. Elle croit être la première à connaître la vérité mais Clark lui révèle que Chloe et Lana sont aussi au courant. Il lui demande de rédiger et de publier son histoire dans le «Daily Planet»...

Tess invite Clark à une conférence de presse à Los Angeles, mais lorsqu'une explosion retentit dans l'avion privé qui les emmènent, Clark doit trouver une solution pour sauver tout le monde sans que Tess n'apprenne son secret. Sans qu'il le sache, Tess a organisée l'explosion pour forcer Clark à dévoiler ses pouvoirs. Dans le même temps, Davis découvre un moyen surprenant de contrôler le monstre en lui.

Lors de la fête d'anniversaire de Chloé, une mystérieuse magicienne prénommée Zatanna fait le souhait que Chloé ressemble plus à Loïs et échange le corps des deux jeunes femmes. Zatanna recherche le livre de sorts de son père afin de pouvoir invoquer son esprit, mais pas avant d'avoir exaucé le voeu le plus cher de Clark. Cassie demande de l'aide à Oliver, elle lui demande de voler un objet que Lex avait avant qu'il ne disparaisse. Elle propose d'assouvir le moindre désir du jeune homme s'il réussit. Un sort est lancé sur Clark, pour qu'il croit qu'il est un simple reporter avec des lunettes. Alors qu'elle est Lois, Chloé voit Clark lui révéler ses sentiments pour elle.

Tess tente de tuer Davis en faisant exploser son camion. Cependant, après qu'il se soit échappé, elle réalise qu'elle a besoin d'aide pour le détruire et se tourne vers Clark. Elle révèle alors à ce dernier les secrets d'enfance de Davis avec les Luthor et lui laisse entendre qu'elle connaît la véritable identité de Clark. Au même moment, Davis part trouver Chloé afin qu'elle puisse l'aider.

Loïs croit qu'elle a besoin d'un gros scoop pour conforter sa réputation de journaliste star mais le Flou Rouge et Bleu continuent de lui échapper. Cependant, alors que Chloé se fait agresser, Loïs intervient pour repousser un de ceux qui l'attaquent et se sert de cette occasion pour prétendre qu'il y a un nouveau super héros en ville, Stiletto. Clark est inquiet, Loïs pourrait se blesser en prétendant être une super héroïne, mais alors qu'il est capturé par des voyous avec de la kryptonite, Loïs intervient pour remettre les choses en ordre.

Lorsque Clark apprend que Davis est toujours en vie, il reproche vertement à Chloe de l'avoir protégé. Oliver découvre Jimmy en train de s'introduire par effraction dans l'appartement de Chloe. Alors que les deux hommes ont une explication, ils sont attaqués par Davis, qui était tapi dans l'ombre...

Chloe revient et supplie Clark de tuer Davis, affirmant qu'il ne peut plus garder la bête sous contrôle. Tess a assemblé une équipe de Krypto-monstres, dont Plastique, pour traquer Davis afin que Clark puisse le tuer. Toutefois, les choses échappent au contrôle de Tess lorsque l'équipe découvre qu'elle les a doublés.

Oliver dit à Clark qu'il faut tuer Davis car Doomsday est une menace sérieuse qui doit être arrêtée à tout prix. Cependant, Clark refuse de prendre une vie humaine, si bien que l'Archer Vert et son équipe décident de prendre les choses en mains. Loïs s'en prend à Tess mais la lutte prend une tournure inattendue. Pendant ce temps, Chloe se retrouve au milieu de la bataille que se livrent Oliver et Clark sur la mort de Davis.

Après trois semaines d'absence, Lois est de retour à Métropolis mais ne semble avoir aucun souvenir de sa disparition... Peu après, elle fait la rencontre de son nouveau collègue au Daily Planet. Tess, quant à elle, fait la connaissance de mystérieux militaires... De son côté, Clark doit dire adieu à Lois avant de commencer son entrainement avec Jor-El.

Après s'être fait renversé par un camion John Corben se réveille seul dans un appartement abandonné. Il a été transformé en machine avec un cœur de Kryptonite. Ce dernier découvre rapidement avoir la force de superman et prépare sa vengeance.

Un virus se répand sur Metropolis et transforme les habitants en zombies. Chloe and Dr. Hamilton apprennent que le sang de Clark peut y remédier. Pendant ce temps, Oliver montre son côté sombre et reconsidère l'avenir de l'Archer Vert. Tess localise Zod et ses soldats Kandorian.

Tess oblige Oliver à venir au gala de Queen Industries, afin de mettre le conseil à l'aise, mais les choses tournent mal quand le Toyman se pointe avec une bombe et un plan pour se venger de Oliver. Le Toyman dit à Olivier qu'il doit avouer le meurtre de Lex ou il fera sauter la baraque. Pendant ce temps, dans le cadre de sa formation, Jor-El donne à Clark la faculté d'entendre les pensées des autres.

Olivier se fait kidnapper par une femme qui s'appelle Victoria. Elle déclare à Olivier qu'il est impliqué dans un jeu dangereux et qu'il doit se battre pour sa vie. Après que Victoria soit retrouvée morte et qu'Olivier soit arrêté par la police, il va chercher de l'aide auprès de Chloé.

Mia, une jeune fille, est contrainte de ce prostituer pour régler un dette. Devenue la proie de dangereux proxénètes, Oliver essaie de lui venir en aide. De son côté, Lois demande à Clark de l'aider à passer un test pour présenter une émission matinale à la télévision. Contre toute attente, le duo plaît à la productrice et celle-ci décide de les embaucher tous les deux. Tess se retrouve piégée par Zod.

Jor-El, à la recherche de son fils Kal-El, débarque mystérieusement à la ferme des Kent où il rencontre Chloe. Convaincu que Red Blue Blur est en fait Jor-El, Zod demande de l'aide à Tess afin de le retrouver et le forcer à révéler le secret de ses pouvoirs. Quand Clark réalise que Jor-El est vivant et qu'il est sur la planète Terre, il se dépêche de partir à sa recherche, car il doit le retrouver avant Zod.

Zan et Jayna, les super jumeaux, viennent à Métropolis pour aider The Blur à combattre le crime. Mais ils font capoter les sauvetages et mettent Clark en difficulté avec la police. Clark décide de révéler l'identité du Blur pour protéger sa réputation....

Tess enlève Lois pour savoir ce qu'elle a fait pendant les semaines où tous la croyaient disparue. Elle se connecte à ses souvenirs et découvre un avenir apocalyptique : Metropolis en ruine est tombée sous le contrôle de Zod. Clark n'a plus aucun pouvoir et Chloé et Oliver ont rejoint un groupe de résistance. Lorsque Clark découvre ces informations, il prend une décision déterminante au sujet de Zod.

Le passé d'Oliver revient le hanter sous la forme du Dark Archer, son ancien professeur, qui cherche à se venger de son ancien élève en prenant Lois et Chloé pour cible. Oliver affronte le Dark Archer après que son ancien mentor ait kidnappé Mia alias “Speedy” mais il est poussé dans ses derniers retranchements et Clark entame une course contre la montre pour l'empêcher de faire une autre erreur fatale.

Un homme nommé Sylvester Pemberton traque Chloé et lui dit qu'il est courant pour son équipe de supers-héros et qu'il a besoin de leur aide. Cependant, avant de pouvoir expliquer qui il est, il est attaqué et tué par Icicle. Les recherches de Clark et Chloé conduisent Clark à l'ancier quartier général de la Societé des Justiciers d'Amérique où il rencontre Nelson alias Dr Fate, Carter Hall alias Hawkman et Courtney alias Star Gril. Courtney supplie Hawkman et Dr.Fate de l'aider à attraper le tueur qui a pris leur groupe pour cible mais ils sont peu enthousiastes à l'idée de reprendre leur activité de supers-héros. Clark, John Jones, l'Archer Vert et Chloé s'associe pour aider la JSA à stoppper Icicle avant qu'il ne tue un autre membre du groupe. Pendant ce temps, Lois reçoit un paquet d'une mystérieuse organisation nommée Checkmate, dirigée par Amanda Waller.

Une bande dessinée, ensorcelée par le père de Zatanna, a été volée par un certain Stephen. Ce dernier développe alors de superpouvoirs. Il se transforme en Warrior Angel et sauve Chloe d'un accident. Zatanna fait appel à Clark pour qu'il l'aide à retrouver le précieux ouvrage et que Stephen redevienne un simple humain. Très vite, Lois devient jalouse du rapprochement qui s'opère entre Clark et Zatanna.

C'est la Saint Valentin. Pendant que Clark est à un rendez-vous avec Lois, il est accidentellement infecté par de la kryptonite qui a la particularité d'accomplir des vœux. Clark dit à Lois qu'il souhaite une relation plus traditionnelle, donc Lois quitte le journal, emménage avec lui et prépare leur mariage...

Pour connaître la source de leurs pouvoirs, les kandoriens font des expériences sur des humains. Bernard Chisholm, un de leur cobaye s'échappe et décide de prouver la présence des extraterrestres. Pour ce faire, il enlève Loïs et l'oblige à écrire un article sur le sujet. Zod et Clark se lancent chacun de leur côté à la recherche de Bernard.

Clark et Lois partent en tête en tête romantique hors de la ville quand leurs plans sont compromis par une rencontre avec Chloe et Oliver au Bed and Breakfast Inn. Ils sont tous interrompus par l'arrivée de Silver Banshee qui visent Clark et Oliver. Pendant ce temps, Tess affronte Zod...

Tess met en place un plan complexe afin de kidnapper Green Arrow et le livre à Amanda Waller qui lui annonce que le gouvernement le recrute pour servir son pays. Cependant il réussit à s’échapper avant que son identité ne soit révélée. Oliver fait part de son aventure à Clark et Chloe et, ensemble, se mettent à faire des recherches. Mais Clark est surpris de trouver sur son chemin John Jones enquêtant lui aussi sur l'enlèvement d'Oliver. Clark pense que John garde certaines informations pour lui. Waller menace de tuer Chloe à moins que Clark ne lui donne les noms et les emplacements du reste des membres de la Ligue de Justice.

Zod suggère à Lois d'enquêter dans l'un des laboratoires secrets de Tess. Une explosion détruit entièrement les lieux et Lois ne doit la vie qu'à l'intervention de John Corben. Alors qu'il enquête sur la déflagration, Clark est exposé à la kryptonite rouge. Chloe sait ce que cela signifie pour son ami...

Lois enquête sur la sortie de prison précoce de l'ancien procureur Raymond Sacks. L'homme se montre particulièrement agressif avec la journaliste. Heureusement, l'intervention inattendue de Red-Blue Blur la sauve des griffes du truand. De son côté, Chloe découvre enfin l'identité secrète de Zod...

En entrant dans la Tour de guet, Tess déclenche le système de sécurité programmé par Chloe et les deux jeunes femmes se retrouvent alors enfermées. Chloe découvre que les Kandoriens partagent une information à partir du serveur de la Tour de guet. Clark apprend que Zod a retrouvé ses superpouvoirs

A la grande surprise de Clark, Martha Kent revient à Smallville avec son nouveau petit ami, Perry White. Lois et Perry, qui réalisent qu'ils travaillent sur le même histoire concernant la Reine Rouge, décident de faire équipe et se retrouvent dans une situation dangereuse. Chloe aide Clark à trouver le Livre De Rao, dans lequel ils espèrent apprendre comment vaincre Zod et son armée.

Zod lâche ses troupe sur le monde, ce qui force Chloé à appeler du renfort. Pendant ce temps, il raconte à Lois qu'il est le Flou et lui demande de voler le Livre de Rao à Clark. Partagée, elle demande à Clark d'être honnête avec elle sur tout, mais il refuse...