Clark salva Lana dalla tempesta, ma scopre che la sua astronave è stata scoperta. Nel frattempo Jonathan è rimasto sepolto sotto le rocce insieme al reporter che ha scoperto il segreto di Clark. Lex è preso dai sensi di colpa nei confronti di suo padre che è rimasto ceco durante la loro lite.

Clark scopre un nuovo potere: la capacità di emettere un raggio laser dagli occhi. Mentre cerca di imparare a controllarlo, riceve la notizia del matrimonio di Lex con la nuova insegnante del liceo, Desiree Atkins.

Pete trova l'astronave di Clark il quale è costretto a rivelare la sua vera identità. Il dottor Hamilton rimane contagiato da una forma di psicosi per via delle meteoriti e si scontra con Pete, contagiandolo. Nel frattempo Lana deve fare i conti con i progetti matrimoniali di sua zia che la porterebbero a trasferirsi lontano da Smallville. Lex, infine, cerca di abituarsi ai cambiamenti che suo padre sta apportando nella sua vita.

Clark scopre gli effetti di un nuovo tipo di meteorite: mentre quella solita, contenuta nei frammenti di meteorite, lo indebolisce e lo priva dei suoi poteri, i frammenti rossi alterano la sua personalità, riducendo a zero le inibizioni e la morale. Ovviamente Clark lo scopre nel modo peggiore, causando dei seri problemi finanziari alla sua famiglia e in generale comportandosi da irresponsabile. Nel frattempo il comportamento di Lionel comincia a dare sui nervi a Lex il quale decide di porre un limite ai cambiamenti che suo padre sta attuando nel castello.

Lana è perseguitata da un nuovo spasimante indesiderato, un ragazzo imprigionato nel seminterrato dai suoi genitori, che di notte evade per lasciare messaggi d'amore sulla tomba dei genitori di Lana. Nel frattempo Lionel assume Martha come sua assistente personale.

Il padre di Martha, William, arriva in città dopo molti anni di silenzio e la visita non è delle più piacevoli. Clark sta indagando insieme a Chloe su una serie di morti misteriose che rigaurdano i cittadini più anziani di Smallville. Il nuovo preside arriva al liceo e fa sentire sin da subito la sua presenza.

Una strana donna compare sulla porta dei Kent affermando di essere la madre biologica di Clark, inoltre dichiara che il vero padre di Clark altri non è che Lionel. Lana decide di fare la conoscenza del suo vero padre, ma l'incontro non va come previsto.

Ryan torna a Smallville e anche stavolta è nei guai. Clark deve salvarlo dalla Summerholt Research Facility, dove Ryan è in cura con il Dottor Garner, che in realtà sta eseguendo degli esperimenti su di lui. Nel frattempo Nell lascia Smallville, lasciando Lana a prendersi cura di se stessa, e Lex cerca di espandere e incrementare la fabbrica di fertilizzanti, ma viene ostacolato dal sindaco.

Uno studente di Smallville, Ian, ha l'abilità di creare cloni di se stesso e usa il suo potere per uscire contemporaneamente con Lana e Chloe. Lex ha uno scatto d'ira che lo porta davanti al giudice il quale lo obbliga a frequentare un corso di comportamento dove fa la conoscenza di una dottoressa che lavora all'ospedale di Smallville.

Clark fa la conoscenza di una ragazza Nativa-Americana e i due si rendono conto di essere fortemente attratti l'uno dall'altra. Kyla porta Clark a visitare le grotte sacre della sua tribù dove le pareti sono ricoperte di pittogrammi che raccontano la storia di un uomo caduto dalle stelle. Nel frattempo una creatura dalle sembianze animalesche sta attaccando gli operai della Luthor Corp e Martha e Lionel potrebbero essere le prossime vittime.

Whitney ritorna a Smallville, ansioso di riprendere la sua relazione con Lana, ma le cose non sono come sembrano. Lex comincia ad avere dei sospetti sulla dottoressa Bryce e la fa pedinare; alla fine scopre che Helen si è incontrata con Lionel a sua insaputa.

Lex assume delle persone per impiantare dei microfoni nell'ufficio di suo padre, ma la situazione gli sfugge di mano quando i tre uomini prendono Lionel e Martha in ostaggio. Clark si introduce nell'edificio e cerca un modo per salvarli senza farsi scoprire.

Lionel è colpito da un proiettile mentre si trova nella biblioteca del castello e i primi indizi identificano Jonathan come primo sospettato.

Gli studenti del liceo di Smallville si comportano in modo strano e la loro imprudenza si trasforma ben presto in una faccenda seria quando alcuni di loro sfiorano la morte. Chloe e Pete vengono "contagiati" e usano un pezzo di criptonite rossa per far "rilassare" Clark.

Lex incontra per la prima volta Lucas, il fratello che suo padre gli ha nascosto per tutta la vita. Usando Lucas a sua insaputa, Lex cerca di ottenere il controllo della compagnia del padre, ma in realtà Lucas ha ben altri piani e ben presto Lex si ritrova senza neanche più il becco di un quattrino. Chiede asilo ai Kent i quali lo ospitano volentieri, ma Jonathan decide di approfittare dell'occasione per insegnare un po' di umiltà a Lex. Alla fine sarà Jonathan stesso ad imparare qualcosa di nuovo sul giovane miliardario.

Martha respira delle spore contenenti kriptonite e cade in coma. Anche Clark insipira le spore e perde temporaneamente l'uso dei suoi poteri. Lex continua le sue ricerche su Clark all'insaputa di Helen e cerca di impossessarsi della fiala contenente il sangue di Clark.

Clark si reca a New York per incontrarsi con il Dottor Swann, uno brillante scienziato che ha un messaggio per Clark proveniente dal suo pianeta natio. Lana e Chloe litigano per via di Clark e Lana decide di andare a vivere da sola.

Uno studente a scuola afferma di essere un alieno e lo prova grazie al raggio laser che anche Clark possiede. Clark sospetta che possa essere un altro abitante di Krypton; nel frattempo Helen chiede spiegazioni a Lex in merito alla stanza segreta dove sono custoditi gli indizi che ha raccolto su Clark.

Lana viene aggredita da uno studente universitario e Clark interviene mandando il ragazzo all'ospedale. I suoi genitori denunciano Clark e la sua famiglia e purtroppo la richiesta dei danni è tale che i Kent potrebbero perdere la fattoria. Clark, con all'aiuto di Pete, cerca di trovare un modo per uscire da questa situazione. Helen riceve la visita del suo ex ragazzo il quale non riesce ad accettare la fine del loro rapporto. In un momento di rabbia, ferisce Helen con un coltello scatenando le ire di Lex.

Clark s'imbatte in una banda di ladri dotati di una forza sovrumana; durante le indagini, Clark trova degli indizi che collegano la banda di criminali alla LexCorp. Chloe riceve un'offerta allettante da parte di Lionel Luthor, ma prima di accettare valuta attentamente i rischi impliciti nell'essere alle dipendenze di un Luthor. Lana invece rivece la visita di Henry Small e i due cominciano a gettare le basi per costruire un rapporto.

Lana è perseguitata dal fantasma di una cara amica d'infanzia, Emily. Lo "spirito" però sembra avere degli strani legami con Lionel Luthor. Lionel inoltre, sta cercando di mettere le mani sulla caverna indiana e di intromettersi nei progetti matrimoniali di suoi figlio.

Il Dottor Walden esce finalmente dal coma, ma si è risvegliato con dei superpoteri e con l'ossessione di uccidere Clark Kent. Lionel è interessato a questo nuovo sviluppo e cerca di saperne di più. Nel frattempo Clark comincia a sentire una voce che proviene dalla navicella; Helen e Lex coninuano a organizzare il loro matrimonio.

Clark è preso dall'angoscia, cosa fare? rimanere con la sua famiglia e con Lana o smettere di combattere e compiere il suo destino di essere supremo? Lex decide di non voler più avere segreti con Helen e le confessa di aver rubato la fiala dal suo ufficio. Helen, scioccata dalla notizia, va via annullando le nozze. Jor- El continua a tormentare Clark e alla fine lo mette di fronte a un ultimatum minacciando le persone a lui care. Lex racconta a Clark quello che è successo con Helen, anche se non scende nei dettagli e gli chiede di non informare ancora nessuno dell'annullamento delle nozze. Lana si sente in colpa nei confronti di Chloe per via di Clark; lei e Clark hanno deciso di dire tutto all'amica, ma è troppo tardi, Chloe li vede baciarsi e nella rabbia del momento decide di accettare la proposta di Lionel e comincia a indagare seriamente su Clark. Helen ritorna sui suoi passi e il giorno del matrimonio si presenta all'altare, Martha e Jonathan rimangono coinvolti in un incidente causato dall'onda d'urto provocata dalla navicella. Lex e Helen convolano a nozze e partono per la luna di miele ma durante il volo Lex viene drogato e l'aereo precipita in mare.

Clark, sconvolto da quello che è successo a sua madre, non riesce a sopportare il senso di colpa e indossa l'anello con la kriptonite rossa per dimenticare il suo dolore. Si reca a Metropolis dandosi alla bella vita, diventatno un criminale e facendo preoccupare la sua famiglia e i suoi amici. Lex si ritrova su un'isola deserta ed è costretto ad affrontare i suoi demoni personali; nel frattempo Lionel organizza un funerale per suo figlio credendolo morto. Jonathan Kent decide di prendere in mano la situazione e di riportare suo figlio a casa, ma il prezzo da pagare è molto alto.

Clark decide di togliersi l'anello piuttosto che uccidere suo padre e alla fine Jonathan riesce a convincerlo a tornare a casa. Anche Lex fa ritorno a Smallville e cerca di scoprire chi è che ha cercato di ucciderlo se la sua novella sposa o suo padre. Clark nel frattempo deve fare i conti con un boss della malavita, Morgan Edge, che lo ha seguito a Smallville da Metropolis.

Clark scopre che qualcuno sta dando la caccia a tutte le persone che sono state "cambiate" in qualche modo dalla Kryptonite e il prossimo obiettivo è Lex. Clark riesce a salvarlo, ma il killer lo coglie di sorpresa colpendolo con un proiettile fatto di kryptonite.

Clark viene pedinato da una ragazza dall'aria molto spaventata che gli chiede aiuto; dopo un po' Clark scopre che la ragazza è in realtà una vicina di casa che è in coma da anni. Clark chiede aiuto a Lana per saperene di più, cosa che mette Lana in grave pericolo. Nel frattempo Lionel esige che Lex si sottoponga a una valutazione psicologica prima di riassumerlo nella sua azienda.

Perry White, un promettente giornalista la cui carriera fu stroncata da Lionel Luthor, arriva a Smallville in cerca di storie sugli alieni da vendere alla rivista per la quale lavora. Perry sorprende Clark mentre usa la sua supervelocità, ma la sua testimonianza non è molto attendibile considerato il suo amore per la bottiglia. Ciononostante, Perry mette in atto un piano per svelare i poteri di Clark. Nel frattempo Lex scopre che Perry ha delle prove incriminanti sul passato di Lionel.

Clark scopre che 40 anni fa Jor-El ha visitato il pianeta Terra. Il prozio di Lana, che fu imprigionato con l'accusa di aver ucciso sua moglie, mostra a Lana una foto dell'uomo che lui sospetta essere il vero assassino. Lana rimane scioccata dalla foto che mostra un uomo identico a Clark. L'uomo altri non era che Jor-El e durante le sue indagini Clark trova un medaglione Kryptoniano che gli consente di vedere frammenti del passato.

Lana si comporta in modo bizzarro e viene perfino arrestata, Clark sospetta che ci sia qualcosa sotto e che la spiegazione abbia a che fare con Seth, il nuovo ragazzo che Lana sta frequentando. Seth ha la capacità di alterare i campi magnetici, muovere gli oggetti e influire sui comportamenti delle persone. Clark gli chiede delle spiegazioni e quando Seth cerca di "liberare" Lana, la ragazza non la prende bene e cerca di ucciderlo. Nel frattempo Lex scopre che Chloe ha indagato sul passato di Lionel e approftita dell'occasione per congiungere le forze.

Lex riesce a localizzare Morgan Edge e riesce a fargli ammettere che lui e Lionel hanno concluso molti affari insieme. Adesso che ne ha le prove, Lex vuole denunciare suo padre, ma prima che ci riesca, qualcuno tenta di ucciderlo. Salvo per miracolo, Lex scappa e chiede aiuto a Clark il quale si reca alla villa per cercare indizi. Mentre è sul posto non trova nessuna traccia che Lex sia stato aggredito, ma trova Lionel invece che lo avverte che Lex sta soffrendo di psicosi e che necessita di cure mediche.

Tre nemesi del passato convincono Lex a chiedere l'aiuto di Clark per farlo fuggire dall'ospedale psichiatrico dove suo padre l'ha rinchiuso e dove anche loro sono ricoverati per via delle loro azioni criminali. I tre ingannano Lex e usano la kryptonite per tendere una trappola a Clark e rubargli i poteri. Lana è in ospedale in seguito a un incidente alle scuderie e mentre sta facendo fisioterapia fa la conoscenza di Adam, un ragazzo un po' arrogante che però la sprona a dare il massimo per guarire.

Mentre sta cercando di evitare una rapina, Clark diventa temporaneamente cieco. Per compensare la perdita della vista, Clark sviluppa un superudito, ma come tutti gli altri superpoteri, anche questo ha bisogno di allenamento per riuscire a gestirlo senza esserne sopraffatto.

Clark e Lana cercano di uccidere Chloe senza alcun motivo apparente, dopo che ognuno dei due ha ricevuto una misteriosa e-mail dall'Istituto Summerholt. Clark scopre che Chloe sta scrivendo un articolo sugli esperimenti di controllo mentale che si effettuano all'Istituto ed è convinto che chiunque si nasconda dietro gli attentati sia coinvolto anche con gli esperimenti. Nel frattempo Lana decide di affittare l'appartamento che si trova nel Talon ad Adam, anche se è convinta che il ragazzo stia nascondendo qualcosa di pericoloso sul suo passato.

Clark scopre che un suo compagno di scuola, Jordan può vedere il futuro, ma scopre, con orrore, che Jordan ha visto la morte di Lana accadere nei prossimi giorni. Nel frattempo Chloe ha dei dubbi su Adam e cerca informazioni sul suo passato.

Clark scopre che Pete si è lasciato coinvolgere dal mondo delle corse clandestine in auto; minacciato da alcuni teppisti Pete si rivolge all'amico chiedendogli aiuto. Clark acconsente, ma è seccato dalla situazione considerato che Pete si è cacciato in questo guaio con le sue stesse mani. Nel frattempo Jonathan comincia a pagare le conseguenze del suo patto con Jor-El.

Clark è costretto a usare i suoi poteri di fronte a una nuova ragazza a scuola, ma scopre che anche Alicia ha dei poteri nascosti. Lieto di avere qualcuno che comprenda il suo fardello, Clark si confida con Alicia e i due diventano molto legati. Tuttavia, la ragazza comincia a essere ossessivamente gelosa di Clark, specie quando c'è Lana di mezzo. Lana invece si rivolge a Lex chiedendogli di indagare sul Adam.

Mentre Jonathan è ricoverato in ospedale in attesa dell'operazione, Clark fa amicizia con Garrett, un ragazzino il cui fratello, Vince, è appena deceduto per un problema al fegato. Scioccando tutti lo staff ospedaliero, Vince si fa vivo e sembra in ottime condizioni fisiche, almeno fino a quando il suo fegato non comincia a cedere di nuovo. In preda alla disperazione, Garrett si trasforma in una bomba umana, usando della kryptonite, e minaccia di farsi saltare in aria a meno che non effettuino un trapianto di fegato da Jonathan a Vince.

Clark riceve una chiamata isterica da Lana e un attimo prima che cada la linea Clark sente il rumore di un colpo di pistola. Clark corre al Talon ma trova Lana tranquilla e serena, che gli assicura di non aver telefonato affatto. Clark si rende conto che la chiamata è stata fatta dal futuro e che Lana è in pericolo per via di Adam.

Jonathan si comporta in modo strano e Clark sospetta che Jor-El sia implicato in qualche modo. Clark si reca alle caverne indiane per chiedere spiegazioni a Jor-El su cosa sta succedendo a suo padre, ma viene colto di sorpresa da Lionel il quale comincia a mettere insieme i pezzi del puzzle. Lionel si reca dal Dottor Swann e durante l'incontro scopriamo le vere intenzioni che si nascondono dietro l'ossessione di Lionel per Clark.

Chloe inala una sorta di kryptogas che funziona come siero della verità su chiunque le si avvicini. Approfittando di questo potere di coercizione, Chloe si reca alla fattoria dei Kent per socprire una volta e per tutte il segreto di Clark.

Lex è convinto che le informazioni per rivelare il passato di suo padre sono andate perdute quando la sua memoria è stata cancellata. Per cercare di recuperare il più possibile di quanto andato perso, Lex si affida dal dottor Garner, uno scienziato che sta compiendo degli esperimenti sulle manipolazioni sensoriali. Sapendo che recuperando la memoria Lex scoprirà anche il suo segreto, Clark cerca di fermarlo, ma viene catturato da Lionel e dal dottore che tentano di sottoporlo allo stesso trattamento per scoprire la sua vera identità.

Jeremiah Holdsclaw, un giovane nativo americano della tribù dei Kiwatche, ruba un coltello rituale dalle caverne indiane e assorbe dei superpoteri simili a quelli di Clark. Jeremiah è convinto di essere il predestinato descritto dai pittogrammi della profezia di Naman, "l'uomo caduto dalle stelle". Jeremiah decide di uccidere Lionel e Clark deve fermarlo senza rivelare la sua vera identità.

Clark è stanco di nascondersi e ha finalmente deciso di dire a Lana la verità. Nel frattempo un agente dell'FBI corrotto rapisce e tortura Pete per costringerlo a rivelare il segreto di Clark. Lex viene messo di fronte a un ultimatum dall'FBI: o consegna le prove contro Lionel o verrà incriminato a sua volta per ostacolo alla giustizia, per fortuna un aiuto inaspettato risolve la questione.

Kara, una bellissima ragazza che viene da Krypton, cerca di convincere Clark ad abbracciare il suo destino come figlio di Jor-El. Clark sente molto la mancanza del supporto di Pete, partito da Smallville insieme alla famiglia, specie adesso che Jonathan gli rivela il patto fatto con Jor-El. Il rapporto tra Clark, Lana e Lex subisce un'evoluzione inaspettata e a Clark non rimane che rivolgersi a Kara per un po' di conforto.

Clark ritorna a Smallville come Kal-El, figlio di Jor-El, intenzionato a compiere il suo destino e ruba un cristallo Kryptoniano che appartiene a Lex. Nel frattempo Lois Lane, la cugina di Chloe, arriva a Smallville per scoprire la verità sulla morte di Chloe. Lana ritorna dall'Europa mentre Jonathan è ancora ricoverato in ospedale, in coma. Lionel Luthor è finamente in prigione e sta imparando ad adattarsi alla sua nuova vita.

Dopo aver scoperto che il corpo di Chloe non è nella sua bara, Lois Lane e Clark intensificano le ricerche, ma il padre di Lois, il generale Lane gli intima di fermarsi. I due ragazzi sono convinti che il Generale sappia molto di più di quanto stia dicendo e scoprono che ha avuto dei contatti con Lex. Nel frattempo Jason, il nuovo ragazzo di Lana, arriva in città. Dalla galera Lionel invia un killer mutante sulle tracce di Chloe per accertarsi che stavolta muoia per davvero.

Abigail, una studentessa bruttina del liceo, si sottopone a una chirurgia plastica per diventare più bella ed essere più popolare. La madre, chirurgo plastico, l'accontenta e Abigail diventa bellissima. Purtroppo la bellezza ottenuta ha un prezzo altissimo da pagare e quando Lana scopre la verità, Abigail decide di eliminarla.

Clark decide, ancora una votla contro i desideri di suo padre, di entrare a far parte della squadra di football e quando il quaterback litiga con l'allenatore, Jason Teague, Clark prende il suo posto durante l'allenamento. Ben presto sia Clark che Chloe notano che i ragazzi della squadra si comportano in modo fin troppo ossequioso con le cheerleader: grazie a una bevanda a base di kryptonite le ragazze hanno il completo controllo dei giocatori e li usano come schiavetti, ma la situazione precipita quando anche Jason e Chloe ingeriscono il liquido...

Jonathan viene derubato da un ladro, Bart Allen, che ha il potere della supervelocità, perfino veloce perfino di Clark. Bart fa visita alla fattoria e lui e Clark diventano amici, ma Bart devia nuovamente dalla retta via quando vede un antico manoscritto nella villa di Lex. Clark scopre che il manoscritto è un'antica mappa che indica il luogo dove trovare un altro cristallo di Krypton e quindi parte all'inseguimento di Bart.

Lionel usa uno dei cristalli Kryptoniani per scambiare il suo corpo con quello di Lex. Ma Clark interferisce con il piano e Lionel finisce per entrare nel corpo di Clark invece. Con i suoi nuovi poteri Lionel si organizza per riconquistare il suo patrimonio; contemporaneamente il suo comportamento risulta odioso agli amici di Clark, i quali lo trattano con freddezza. Clark cerca di convincere i suoi genitori raccontandogli cosa è successo, e nel contempo deve evitare di fare una brutta fine per mano degli altri prigionieri.

Mikail Mxyzptlk, uno studente straniero in visita per uno "scambio alla pari", riesce a manovrare le persone facendogli eseguire i suoi desideri. Mikail usa il suo potere per sabotare le partite di football, inclusa quella dove Clark sta giocando da quaterback. Clark e Chloe scoprono il suo segreto ma Mikail minaccia di uccidere Chloe a meno che Clark non perda di proposito nella prossima partita. Il ragazzo è arrivato a Smallville tramite al LuthorCorp e Lex cerca di scoprire come Mikail riesce a ottenere tutto quello che vuole.

Lana trova un libro di magia che apparteneva ad una sua antenata del diciassettesimo secolo, Isabelle, una donna accusata di stregoneria. Leggendo il libro lo spririto di Isabelle s'impossessa del corpo di Lana e immediatamente ne approfitta per resuscitare gli spiriti di altre due streghe che s'impossessano di Chloe e Lois. Le tre streghe sono alla ricerca dei cristalli di Krypton e usano la loro magia per rendere Clark inerme rubandogli i poteri.

Lex è accusato di aver ucciso una giovane donna e Clark si reca in prigione da Lionel per chiederli aiuto. Nel frattempo Lana sogna la sua antenata e un'altra donna misteriosa, una sosia della madre di Jason, Genevieve, che arriva in città per fare visita a suo figlio e alla sua nuova fidanzata.

Un esperimento della LuthorCorp finisce male e la tossina sperimentale, che causa allucinazioni, viene rilasciata nell'atmosfera. Chloe, Clark, Lana e Jason vengon intossicati dalla tossina e cominciano ad avere allucinazioni che riguardano le loro peggiori paure. Lex è disperato e nell'ansia di trovare una cura ingerisce un pericoloso antidoto. Nel frattempo Lionel è rilasciato dalla prigione e la sua pena viene commutata grazie a un misterioso benefattore.

Alicia viene considerata guarita e rilasciata dall'ospedale, torna a Smallville per incontrarsi con Clark. La ragazza vorrebbe riprendere la storia con Clark dal punto in cui hanno dovuto interrompere, ma Clark è riluttante, così Alicia pensa bene di esporlo alla Kryptonite rossa. Sotto l'influenza della Kryptonite, Clark porta Alicia a Las Vegas per convolare a nozze. Nel frattempo Lana cerca di riconquisare Jason e tenta un approccio più diretto.

Un killer misterioso tenta di uccidere Lana e Jason e i sospetti cadono su Alicia. Anche Clark ha i suoi dubbi sull'innocenza di Alicia, la quale sentendosi tradita, si vendica facendo in modo da svelare i poteri di Clark di fronte ai suoi amici. Genevieve ritorna in città con un'offerta per Lex, il quale a sua volta propone un accordo a Jason.

Clark sta condiserando una carriera nel football e si reca a Metropolis accompagnato da Geoff, un ex residente di Smallville. Tornando a casa da una festa, Lois si libera di un ragazzo un po' troppo insistente e il giorno dopo la polizia l'arresta per avere causato una paralisi al ragazzo con cui si è scontrata la sera prima. Chloe paga la cauzione e insieme cercano di capire cos'è successo. Presto scoprono che alla festa era presente anch Geoff e grazie all'aiuto di Clark scoprono che Geoff è in grado di paralizzare le persone a piacimento. Nel frattempo Lex continua le sue indagini su Genevieve e Isabelle e scopre che Jason è a conoscenza di Isabelle da un bel po'. Lois viene espulsa dall'università e i Kent decidono di offrirle ospitalità.

Lois investe accidentalmente un cagnolino e lo porta alla fattoria per guarirlo, ma Clark si accorge che il cane non è normale. Indagando scopre che faceva parte di un esperimento della LuthorCorp e che dei criminali stanno usando gli animali "mutati" per effettuare delle rapine. Nel frattempo Lana si chiede quali siano i piani di Jason e sua madre, mentre Jason è costretto a chiedere dei chiarimenti a Genevieve.

Clark riceve un messaggio postumo dal Dottor Swann, deceduto da poco. In seguito al messaggio, Clark e Lana seguono Lex e Jason in China alla ricerca di un altro cristallo di Krypton. Lana viene catturata e torturata e questo causa la ricomparsa di Isabelle...

Lucy Lane, la sorella minore di Lois, arriva a Smallville e Clark la becca mentre sta cercando di rubare dei soldi dalla cassa del Talon. Parlando con la ragazza, Clark scopre che deve dei soldi a uno strozzino. Lex si offre di aiutarla, ma le cose non sono quelle che sembrano. Nel frattempo Lana e Jason trovano il loro appartamento per aria e il cristallo scomparso. Jason chiede spiegazioni a Lionel in merito, ma Lana è segretamente felice di poter tornare ad avere una vita normale.

Un'esplosione a base di Kryptonite nera divide Lex in due parti: la parte diabolica, Alexander, imprigiona Lex nei sotterranei del castello, e comincia a seminare il caos nella vita delle persone che gli sono vicino: ricatta Lana in cambio di favori sessuali, tormenta Lionel e tenta a più riprese di uccidere Clark e Chloe.

La candidata a titolo di Reginetta del Ballo scolastico di fine anno rimane coinvolta in un incidente stradale. Purtroppo l'auto finisce in un burrone ricoperto di frammenti di Kryptonite e mentre il suo corpo è in coma, in ospedale, il suo spirito s'impossessa del corpo di altre persone con l'intento di farsi incoronare Reginetta. Martha si comporta in modo assurdo, flirtando con suo figlio e chiedendogli di accompagnarlo al ballo, Lana cerca di uccidere l'ex fidanzato di Dawn, Chloe cerca di dare fuoco alla scuola la sera del ballo. Clark capisce che sua madre e le sue amiche sono possedute dallo spirito di Dawn e tenta in tutti i modi di rimediare ai disastri che sta provocando.

Un ragazzo col potere di causare amensia deruba il Talon e quando Clark lo insegue, perde la memoria. Chloe si occupa di lui e gli insegna a gestire i suoi poteri, assicurandosi che non sveli la sua vera natura per errore alle persone sbagliate. Mentre Chloe, Clark e Lois cercano di rintracciare Kevin, Clark approfitta della situazione e chiede a Lana di uscire insieme. Anche Lex coglie l'occasione al volo e cerca di farsi dire da Clark il segreto delle caverne indiane.

Lana e Clark scoprono un neonato in un cratere situato in un campo. Portano il piccolo alla fattoria ma dopo qualche ora il bambino si è trasformato in un ragazzino di 7 anni. I due chiedono aiuto a Lex per curarlo prima che muoia di vecchiaia nel giro di qualche giorno. Nel frattempo Genevieve sospetta che Lex sia in possesso del cristallo cinese e ordina a Lionel di recuperarlo.

Il fotografo della scuola ha il potere di pietrificare le persone e decide di organizzare un finto ballo scolastico con l'intento di fotografare, e pietrificare, i ragazzi. Mentre Clark cerca di fermarlo, i Teagues rapiscono i Luthor per torturarli e scoprire che fine ha fatto il cristallo. In realtà la vera autrice del furto è Lana stessa.

Dopo un incubo Clark sireca alle caverne per parlare con Jor-El il quale lo avverte di un imminente pericolo: i cristalli sono in mani umane e Clark deve riunirli prima che un'altra pioggia di meteoriti si abbatta sulla Terra, questa volta distruggendola. Lana chiede aiuto a Lex perchè è convinta di aver commesso un omicidio, Lex si offre di aiutarla ma in cambio vuole il cristallo. Nel frattempo Jason ritorna e minaccia i Kent con una pistola e chiede dove si trova Clark. Clark sta raccogliendo i cristalli; Lex mette Lana su un elicottero per portarla in salvo e poi si reca alle caverne indiane dove trova Chloe. Clark riesce a mettere i cristalli insieme all'ultimo momento, quando le meteore cominciano a bombardare Smallville. Dopo che ha riunito i cristalli, Clark si ritrova in un altro luogo della Terra, Lionel è sotto shock dopo che il suo cervello ha eseguito l'equivalente di un download kryptoniano e Lana, sopravvissuta alla caduta dell'elicottero, si trova di fronte alla versione gigante dell'astronave di Clark.