비행기 추락 사고로 어느 낯선 곳에 떨어진 잭은 다친 사람들을 도와 이리저리 바삐 움직이고, 케이트의 도움으로 자신의 상처를 꿰맨다. 잭과 케이트 외에도 쉐넌과 분, 마이클과 월트, 로크, 헐리와 클레어, 진과 선 등 많은 사람들이 생존해 있다. 잭과 케이트, 찰리는 무선 통신기로 구조 신호를 보내기 위해 비행기 조정석이 떨어진 곳으로 떠난다.

무선 통신기는 작동되지 않고, 소이어와 사이드는 추락 사고의 원인을 제공했다며 서로 싸운다. 잭이 파편을 맞은 사람을 구하는 동안 소이어와 사이드, 분과 쉐넌, 케이트, 찰리 일행은 산으로 올라가고, 가는 도중 북극곰을 만나자 소이어가 갖고 있던 총으로 쏘아 죽인다.

산에 갔던 사람들은 확실하지 않은 사실을 알려 공포를 조성하지 말고 비밀에 부치자고 합의한다. 총 때문에 서로 다투던 사람들은 케이트에게 총을 맡기기로 한다. 케이트는 잭에게만 이 사실을 얘기하고, 한편 잭은 우연히 혼수상태 빠진 보안관이 가지고 있던 케이트의 수배 전단을 보게 된다.

식량이 떨어지자 로크는 먹을 것을 찾아 캠프에 왔던 멧돼지들을 잡자고 제안한다. 케이트는 사이드가 만든 안테나를 달기 위해 멧돼지 사냥팀에 합류하고, 로크, 마이클과 함께 사냥을 떠난다.

잭은 물에 빠진 분을 구하지만, 분은 여자를 구하러 가는 자신을 왜 끌고 나왔냐며 오히려 화를 낸다. 헐리와 찰리는 얼마 남지 않은 물을 텐트에 넣어두기로 하고, 잭은 아버지의 환영을 쫒아서 숲으로 들어가버린다.

물을 받으러 계곡에 간 잭은 해변의 캠프를 동굴로 옮기는 게 좋겠다고 생각하고 사람들을 설득한다. 하지만 케이트는 해변에 남아 불을 피우며 구조를 기다려야 한다는 사이드의 의견에 따라 해변에 남기로 결정한다.

사이드와 케이트는 안테나를 달아 구조신호의 발신지를 찾으려 하고, 잭과 찰리는 동굴이 무너지는 바람에 찰리 혼자 탈출하고 잭은 안에 갇히고 만다. 찰리의 약을 보관하기로 한 로크는 세 번 약을 돌려달라고 말하면 돌려주겠다고 하며 본인의 의지로 약을 끊으라고 말한다.

소이어는 분이 쉐넌이 흡입기를 찾아 텐트를 뒤지자, 분을 흠씬 두들겨팬다. 사이드는 전쟁터에서의 고문 경력을 살려 소이어를 고문하고, 실수로 소이어의 손목 동맥을 건드리고 만다. 흡입기를 내놓는 대신 뭘 원하느냐는 사람들의 질문에 소이어는 케이트의 키스를 원한다고 한다.

사이드는 정글에서 다니엘 루소라는 불어 조난신호를 보냈던 여자에게 붙잡힌다. 다니엘은 사이드에게 알렉스가 어딨냐고 묻는다. 사이드는 학교 동창이었던 나디아를 고문하게 되면서 나디아와 점차 사랑에 빠지고, 나디아를 탈출시키려다 총상을 입은 사연을 다니엘에게 얘기한다.

한밤중에 클레어가 누군가 아기를 죽이려 바늘로 배를 찔렀다며 비명을 지르며 깨어난다. 아이를 임신한 클레어는 남자친구 토마스에게 버림받고 아이를 입양시킬 계획을 세우지만, 점성술사는 아이를 반드시 클레어 손으로 키워야 한다고 주장한다.

찰리와 클레어가 이든에게 납치된 사실을 알게 된 잭과 로크는 수색팀을 짠다. 로크와 분, 잭과 케이트는 양쪽으로 흩어져 정글로 들어가고, 나무에 매달려있는 찰리를 발견하고 숨을 쉬지 않는 찰리를 가까스로 살려낸다. 찰리는 아무것도 기억나지 않는다며 그들이 원하는 것은 클레어 뿐이었다고 말한다.

케이트와 소이어는 작은 폭포를 발견하고 물 속에 뛰어든다. 케이트는 자기 거라며 물속에서 은색 가방을 끌어올리지만, 소이어가 캐묻자 자기 가방이 아니라고 한다. 케이트는 잭에게 도움을 청해 죽은 연방 보안관 뒷주머니에서 열쇠를 꺼낸다. 사이드는 새넌에게 루소에게서 훔친 지도에 적힌 불어를 번역해 달라고 부탁한다.

분은 로크와 정글에서 발견한 쇳덩어리의 정체를 알아내기 위해 멧돼지 사냥도 그만두고 연구를 하고 있다. 로크는 분을 정글에 묶고 가버리고, 분은 살려달라고 소리치는 쉐넌을 구하기 위해 밧줄을 끊고 쉐넌을 구해 도망친다. 한편 선은 밭을 가꿔서 약초를 재배하고 과실수를 심는다. 부족한 위약품을 충당하고 식량난을 해결하기 위해서다.

마이클은 윌트가 로크와 붙어다니자 로크를 나무라고, 로크는 윌트에게 더이상 놀아줄 수 없다고 말한다. 섬에서 아들을 키우기 힘들다고 생각한 마이클은 뗏목을 만들 계획을 짠다. 한편 정글에 있던 분과 로크 앞에 클레어가 나타나고...

찰리와 진은 해변으로 가던 길에 이든의 공격을 받는다. 이든은 찰리에게 클레어를 데려오지 않으면 하나씩 죽이겠다고 협박한다. 해변에서 스티브가 이든에게 죽음을 당하자 잭은 로크와 분, 소이어, 찰리에게 총을 나눠주고, 이든을 생포할 계획을 짠다.

소이어는 멧돼지가 자기만 괴롭혔다고 생각하고 정글로 멧돼지를 잡으러 들어간다. 케이트는 소이어가 갖고 있는 권총을 회수하기 위해 소이어를 따라 정글로 들어간다. 소이어와 케이트는 진실게임을 하며 서로에 대해 조금씩 알아간다.

마이클은 뗏목에 불이 나자 진의 짓이라고 생각하고 진을 공격하고, 선은 마이클을 말리기 위해 진이 그런 게 아니라고 영어로 설명한다. 진은 지금까지 자신을 속여온 선에게 실망하고, 선은 처음부터 다시 시작하자고 애원한다.

마이클이 구조신호를 보내려면 배터리가 필요하다고 하자 잭은 사이드에게 루소의 거처를 묻는다. 헐리는 루소가 반복해 적어놓은 번호가 자신이 맞춘 로또 번호와 일치한다는 사실을 알고 경악한다. 헐리는 루소를 찾으러 정글로 들어가고, 잭과 사이드, 찰리도 헐리를 찾으러 뒤따라간다.

로크와 분은 해치를 열기 위해 갖은 방법을 다 동원하지만 열리지 않고, 로크는 다리가 말을 듣지 않자 괴로워한다. 로크는 꿈에서 경비행기가 추락하는 것을 보고 그곳으로 분을 데려가고, 분은 경비행기 무전으로 구조 신호를 보낸다. 예상치 않게 연락이 되자 분은 815기 생존자라고 알리지만, 그쪽에서는 자신들이 815기 생존자라고 말한다.

잭은 다리를 심하게 다친 분이 잠깐 의식이 돌아온 분은 비행기가 절벽 위에서 떨어졌다고 말하고, 잭은 로크가 거짓말을 했다는 것을 알게 된다. 잭은 문제는 피가 아니라 다리라는 것을 깨닫고 분의 다리를 자르려 하지만 분은 자신을 보내달라고 한다.

로크는 분의 장례식 때 나타나 자신의 잘못으로 분이 죽었다며 용서를 구한다. 쉐넌은 사이드에게 로크를 죽여달라고 하지만, 사이드는 로크의 말이 거짓이 아니란 걸 알고 돌아온다. 쉐넌은 잭의 가방 열쇠를 훔쳐 총을 꺼내 로크를 죽이러 가고, 잭과 케이트, 사이드는 쉐넌을 막는다.

케이트는 뗏목의 출발 시기가 다가오자 마이클을 찾아가 함께 떠나겠다고 한다. 마이클이 소이어 대신 바다나 보트에 대해 잘 알고 있는 케이트를 태우기로 하자, 소이어는 사람들에게 케이트가 죄수였다는 사실을 알린다.

마이클과 진, 소이어가 떠날 준비에 바쁜 사이, 루소가 해변으로 내려온다. 루소는 곧 다른 사람들이 올것이라며 경고한다. 로크는 루소에게 해치를 보여주며 해치를 열고 그 속에 숨겠다고 말한다. 잭과 사이드 등은 다이너마이트를 구하기 위해 루소와 함께 검은 바위를 찾으러 정글로 들어간다.

마이클과 월트, 진, 소이어는 순조롭에 향해를 계속한다. 사이드는 사람들을 이끌고 정글로 들어간다. 루소는 찰리에게 찾아가 사이드를 불러달라고 하고, 찰리가 사이드를 찾으러 간 사이 클레어의 아이를 데려가버린다. 사이드와 찰리는 루소를 찾으러 검은 연기가 피어오르는 장소를 향해 달려간다.

잭, 로크, 케이트, 헐리 일행은 다이너마이트로 해치 입구를 폭파시킨다. 그러나 잭은 시간 내에 캠프의 사람들을 모두 대피시킬 수 없다면서 해치를 포기 하자고 한다. 그러나 로크는 해치를 조사해 봐야겠다며 캠프를 떠난다.

해치 안에 들어갔던 로크와 케이트는 누군가에게 생포 당한다. 한편 마이클 일행은 정체 모를 사람들에게 월트를 빼앗기고 뗏목의 파편을 타고 표류하는 신세가 된다.

로크와 케이트는 뒤따라온 잭 덕분에 무사히 구출되고, 해치 안에서 생활하던 데스몬드를 만나게 된다. 그러나 이 와중에 데스몬드가 쏜 총 때문에 컴퓨터가 고장나게 된다.

해치의 식량을 책임지게 된 헐리는 찰리가 해치에 대해 아무리 물어도 잭의 요청대로 아무 말도 하지 않는다. 하지만 로크가 찰리에게 해치에 대해서 이야기해 주면서, 찰리의 원망을 사게 된다.

선은 결혼반지가 없어진 걸 알고 캠프의 이곳 저곳 반지를 찾아 헤맨다. 한편 아나 루시아 일행은 소이어와 마이클, 진을 앞세워 그들이 있던 캠프를 찾아가기로 결정한다.

사이드와 낭만적인 한때를 보내던 쉐넌은 또 다시 물에 흠뻑 젖은 월트를 목격하지만 사이드는 믿어 주지 않는다. 쉐넌은 자신을 믿어 주지 않는 사이드에게 실망하고 혼자 월트를 찾아 정글 속으로 나서는데...

비행기가 추락할 때, 꼬리 부분의 탑승자들 가운데 수많은 사람들이 목숨을 잃는다. 이 때 아나 루시아와 에코가 나서서 사람들을 돕는다. 그런데 한밤 중에 생존자 중 세 사람이 감쪽같이 사라지는 사건이 발생한다.

아나 루시아는 신디가 정체를 알 수 없는 그들에게 납치 당한 뒤 극도로 긴장한다. 그러던 중 갑자기 나타난 쉐넌을 총으로 쏘고 만다. 그리고 그녀는 쉐넌을 뒤쫓아 오던 사이드마저 나무에 묶어 버린다.

캠프에서는 쉐넌의 장례식이 열린다. 그러나 케이트는 잭에게 소이어를 간병하겠다고 말하고 소이어 옆을 지킨다. 한편 로크는 마이클과 에코에게 해치에 대한 필름을 보여주는데...

에코는 클레어에게 찰리가 성모상을 가지고 있다는 말을 듣는다. 에코는 찰리에게 성모상을 발견했던 곳으로 자신을 안내하라고 말한다. 한편 컴퓨터에 번호를 입력하려던 마이클은 화면을 통해 월트와 대화를 나누게 되는데...

잭과 로크는 마이클에 의해서 무기 창고에 갇히는 신세가 된다. 마이클은 이들을 가둔 뒤 아들 월트를 찾아 정글로 떠난다. 그러나 다행히 이들은 잭의 진찰을 받기 위해 해치에 왔던 소이어와 케이트에 의해 구출된다. 잭과 로크, 소이어는 무기를 가지고 마이클을 찾아 나서는데...

클레어는 찰리가 가지고 있던 성모상에 마약이 들어 있었다는 사실을 알게 된다. 그리고 찰리에게 그를 더 이상 믿을 수 없다며 자신과 애런 곁을 떠나달라고 말한다. 그 후 찰리는 이상한 꿈을 꾸고 마치 몽유병 환자처럼 이상한 행동을 보인다.

잭과 아나 루시아는 사람들에게 군대를 결성하자고 말하지만, 별다른 호응을 얻지 못한다. 로크와 잭은 만일을 사태를 위해서 모든 총을 무기 창고에 보관하고 둘만이 금고 번호를 공유한다. 한편 텃밭에서 혼자 일하던 선은 정체를 알 수 없는 누군가에게 납치당할 위험에 빠지게 되는데...

루소는 사이드를 찾아와 자신이 쳐놓은 덫에 걸린 한 남자를 넘겨준다. 그녀는 사이드에게 그가 바로 정체를 알 수 없는 그들 중 한 사람이라고 말하고 사라진다. 사이드는 그를 해치로 데려오고, 그의 정체를 알아내기 위해서 고문을 시작하는데...

클레어는 한밤중에 갑자기 열이 펄펄 끓는 애런 때문에 어쩔 줄을 모른다. 로크가 잭을 부르러 간 사이에 어디선가 나타난 루소는 클레어에게 애런이 감염된 것 같다고 말하고는 사라진다.

사고를 당하고도 또 텃밭에 나가 일하는 선에게 화가 난 진은 밭을 엉망으로 만들고, 화가 난 선은 해변으로 달려가다 갑작스러운 현기증를 느낀다. 한편 로크는 아나 루시아를 찾아가 헨리에 대해 이야기하는데...

잭과 로크는 헨리가 아나 루시아에게 지도를 그려 줬다는 사실을 알고 깜짝 놀란다. 한편 사이드와 아나 루시아, 찰리는 헨리가 그려준 지도를 가지고 기구를 찾아 정글을 헤맨다.

리비와 많이 가까워진 헐리는 함께 운동도 하고 그동안 감춰 두고 줄곧 먹었던 식량에 대해서도 얘기한다. 그리고 자신이 식량을 숨겨둔 비밀 장소로 그녀를 안내하는데...

버나드는 사람들에게 비행기나 인공위성에서 볼 수 있도록 모래사장에 커다랗게 SOS를 써놓자고 제안한다. 그러나 사람들의 호응을 얻지 못하고 결국 혼자 남게 된다. 한편 정글로 자신들을 위협했던 정체를 알 수 없는 그들을 찾아 나섰던 잭과 케이트 앞에 갑자기 마이클이 나타난다.

헐리는 리비를 기쁘게 해주기 위해서 피크닉을 계획한다. 한편 잭과 로크는 마이클에게 정체를 알 수 없는 그들에 대해서 자세한 정보를 얻게 되는데...

마이클은 아나 루시아를 죽이고 계획에 없이 나타난 리비까지 얼떨결에 쏘고 만다. 그리고 잭 일행이 해치에 도착할 무렵, 마이클이 뛰쳐나오며 헨리가 자기를 쏘고 달아났다고 말한다.

마이클이 아나 루시아와 리비를 죽이면서까지 헨리 게일을 풀어줘야 했던 사연이 공개된다. 마이클은 월트를 찾아 나서지만 곧바로 그들에게 생포된다.

잭은 마이클이 그들에게 넘어갔다는 사실을 알면서도 함께 월트를 찾아 나선다. 한편 로크는 에코에게 해치의 컴퓨터 버튼을 더 이상 누르지 말라고 말하지만 오히려 그에게 내쫓기고 만다.

에코는 찰리의 도움으로 다이너마이트를 찾아 문을 부수고 해치 안으로 들어가려고 하지만 실패한다. 한편 마이클은 친구들을 그들에게 넘겨준 댓가로 월트와 함께 배를 타고 섬을 떠나고, 잭, 케이트, 소이어는 그들에게 끌려 가는데...