A murdered JAG officer teams up the JAG staff with agents of the Naval Criminal Investigative Services (NCIS).

NCIS Agent Gibbs continues his investigation on the terrorist, Amad Bin Atwa to avert another attack on a Navy ship. Harm is court-martialed for the murder of Lt. Singer.

El comandante de la Marina Ray Trapp muere en extrañas circunstancias durante una misión a bordo del Air Force One, en la que acompañaba al Presidente a Los Angeles para protegerle. Al haber formado parte del Cuerpo Naval, es tarea de los agentes del Departamento de Investigación Criminal de la Marina encargarse de realizar la pertinente investigación y aclarar si la causa de la muerte fue o no natural.

En este caso, contarán con la ayuda de la agente del Servicio Secreto, Kate Todd, que podría llegar a tener más relación con este equipo de investigación criminal de lo que ellos mismos piensan.

El cadáver de un comandante de la Armada, Brian Farell, aparece en la orilla de la Playa de Virginia del Norte. Cuando dos traficantes de droga aparecen en la misma zona al igual que Farell, comienzan las especulaciones sobre la conexión entre los tres asesinatos, especialmente al comprobar que los tres hombres han sido disparados sin piedad.Gibbs no está convencido de que haya relación entre las muertes y descubre que los traficantes llevaban consigo un fajo de billetes de 100 dólares falsificados, por lo que le pide a Kate que investigue entre sus contactos del Servicio Secreto y averigüe quién los pudo falsificar.

Un cazador encuentra un tanque con el cuerpo de un oficial de la Marina momificado y Gibbs, Tony y Kate acuden al lugar para comenzar la investigación. Pronto identifican el cadáver y descubren que es el teniente Schilz, acusado de haber robado 1,2 millones de dólares.

Ducky apunta al contrabando como posible causa de la muerte del oficial Khalil Said. El oficial tras haber ingerido esmeraldas y mientras conducía su coche. Todo apunta a que las piedras preciosas iban destinadas a la Bahía de Guantánamo, en Cuba.

La investigación llevada a cabo por el equipo de NCSI les guía a pensar que Paula Cassidy puede estar vinculada a la muerte del oficial, además descubren que la procedencia de las piedras es Afganistán y esto último tendrá graves consecuencias.

Una mujer sale de una tumba muy nerviosa y desorientada, después de que alguien haya intentado enterrarla viva. Kate conversará con la mujer que, además de estar horrorizada, sufre amnesia y no recuerda nada de lo que ocurrió. Sin embargo, está obsesionada con la posible colocación de una bomba en un barco.

Mientras, Gibbs, al hilo de la esta investigación, encontrará un nuevo cadáver en la habitación de un hotel. Se trata del cuerpo de un hombre al que le han golpeado la cabeza. El equipo de NCSI sabe que ambos sucesos están relacionados, pero debe averiguar aquello que los une.

Ducky y Gerald deben levantarse en mitad de la noche para practicar una autopsia. Cuando llegan al laboratorio y se disponen a inspeccionar el cadáver, entra en la habitación un hombre armado, que los retiene como rehenes. Cuando Gibbs acude, se da cuenta de que el secuestrador es el terrorista Ari. El equipo deberá trabajar duro para que nadie salga herido de esta terrible experiencia.

Gibbs sigue obsesionado con la persona que mantuvo secuestrada a Kate y continúa preguntando constantemente a Ducky y a Kate cada detalle que puedan recordar sobre el criminal. Lo que Gibs aún no sabe es que el terrorista tiene planeado derribar el helicóptero donde viaja el Presidente.

Un teleoperador relata al equipo de NCIS que, mientras el buscaba nuevos clientes y a través de una llamada telefónica, escucho un posible asesinato de un oficial. Gibbs junto con sus compañeros, trabajarán junto a otros funcionarios de Virginia locales, cuyo modo de trabajar es similar al suyo. Gracias al empleo de técnicas informáticas, Abby y McGee descubren que aquel “ataque” era una broma pesada, pero los descubrimientos posteriores darán un nuevo rumbo a la investigación.

El NCIS recibe una carta misteriosa sellada con un beso. Tony asumirá desde un principio que es para él, pero, al abrir el sobre, éste lanza un polvo extraño que hace que alguno de los agentes comience a padecer síntomas de alguna extraña enfermedad. Gibbs y todo su equipo se verán obligados a guardar cuarentena en la sala de autopsias del NCIS hasta que se analice e identifique el polvo misterioso. La apertura de una investigación tratará de desvelar el origen de la carta.

El equipo de NCIS investiga la muerte de Kate mientras Gibbs se emplea en poner fin al reinado de Ari en sus terroríficos montajes. Ziva se presenta como nuevo agente y compañero del equipo de investigación criminal. Por su parte, el director del equipo de NCSI ascenderá a Gibbs y él abandonará el cargo que hasta ahora había ostentado.

Gibbs sigue sufriendo los estragos que Ari ha provocado en el equipo de NCSI. El investigador no para de recordar todas las imágenes que rodearon la muerte de Kate, ya que piensa que ahí está la clave para detenerle Mientras, Ducky será engañado por el terrorista fuera de las horas de servicio. Gibbs, por otra parte, sigue investigando la conexión entre Ziva y Ari.

Gibbs resulta gravemente herido en una explosión terrorista. Todo su equipo recibe la noticia con sorpresa y preocupación, pero son conscientes de que deben dejar sus sentimientos a un lado para realizar una efectiva investigación. Mientras, Gibbs, durante su convalecencia, es presa de sus propios recuerdos del pasado que tanto tiempo le costó desechar de su memoria.

Gibbs sigue convaleciente tras ser víctima de un atentado terrorista. Su equipo, tras una ardua investigación, averigua que los terroristas planean un nuevo ataque, quizá de las mismas dimensiones del 11-S. Gibbs es el único que de verdad tiene información eficaz acerca del caso, pero tras la explosión sufre amnesia temporal de parte de sus recuerdos. El NCIS al completo trabajará para frenar los objetivos de los terroristas.

Cuando Ziva es testigo accidental de los asesinatos de un espía protegido por el FBI y de sus guardaespaldas, debe enfrentarse a la situación sin su principal apoyo, Gibbs, que está disfrutando de su retiro. Al enterarse de que el FBI la está buscando porque sospecha que está implicada en el crimen, la agente escapa. Mientras, el equipo NCIS, liderado ahora por Tony, debe probar que Ziva es inocente.

Tras el viaje de Jenny por Europa, todo el equipo de investigadores del NCIS es obligado a someterse a la prueba del polígrafo por una misión de seguridad nacional. Los secretos que guarda cada agente están a punto de ser desvelados. Mientras, Jeanne y Tony, ambos agentes desarmados, son retenidos y utilizados como rehenes por un traficante de droga sin escrúpulos.