Los NCIS investigan el brutal asesinato de un empleado temporal del cuerpo que fue despedido recientemente. Las evidencias revelan que estaba vendiendo información sobre la ubicación de unas pruebas muy valiosas que escondían en un almacén. Tan valiosos objetos pertenecen a Leona Phelps, la Bernie Madoff de la Marina, que permanece en prisión a la espera de un juicio. Phelps podría hacer un trato con los NCIS para que, a cambio de obtener un arresto domiciliario les dará el nombre del asesino al que buscan.

El equipo de Vance se encarga del asesinato del Coronel Yale Parks, cuyo cuerpo fue encontrado con múltiples heridas de hacha. Todo apunta a que el hijo drogadicto de Parks era el culpable, pero el chico mantiene su inocencia firmemente. Gibbs y su equipo usan múltiples métodos para interrogarlo hasta que finalmente Nick confiesa ser el autor del asesinato. Sin embargo, Gibbs pronto sospecha que quizá el chico no es el asesino.

Mientras está en marcha la investigación de la muerte del marinero Adan Balfour, la agente EJ Barrett, y Gibbs descubren que está conectado con el caso del asesinato del puerto, ya que la forma en la que se cometieron los dos asesinatos es la misma. Pero la tensión crece entre los dos agentes porque la investigación de EJ y Gibbs son completamente diferentes. Además, Ziva descubre que a su novio de la CIA le trasladan a Alejandría. Gibbs investigará el asesinato de dos mujeres esposas de infantes de la marina.

El NCIS debe investigar la muerte de Lauren Ross, un teniente hallado muerto con una fractura en el cuello. Tras ver el vídeo de vigilancia, todo indica que fue estrangulado por su compañero de trabajo, el teniente Eric Donner. Sin embargo, todo da un giro inesperado cuando este último también aparece muerto. El forense de NCIS determina que el fallecimiento se debe a un ataque al corazón y que se produjo antes del asesinato de Ross. Ducky finalmente descubre una sustancia en el oído de Donner que está vinculada a las máscaras de silicona que se utilizan en la CIA para las operaciones encubiertas.

Gibbs cuenta con la ayuda de su buen amigo Mike Franks para ayudarles a él y a su equipo a localizar de puerto en puerto al asesino, cuando es evidente que un miembro del equipo del NCIS es su próximo objetivo.

El equipo del NCIS está siguiendo la pista de un asesino de puerto en puerto. Durante la investigación, descubrirán importantes secretos que pondrán en riesgo hasta el propio equipo.

Tony es encontrado con sangre en la escena de un crimen. Él no recuerda nada y se convierte en sospechoso del asesinato de un miembro del NCIS.

El equipo del NCIS se encargará de investigar el caso del comandante de la Marina James Barnway, al que le encuentran con un disparo en el abdomen. El equipo del NCIS comprobará que el comandante se encontraba con una mujer rubia misteriosa. Para su sorpresa, la sospechosa es una exagente del NCIS: EJ Barret, que terminará por reincorporarse al equipo.