Le corps de Margaret Watkins, membre du NCIS, disparue depuis l'attentat, est retrouvé dans une voiture, au fond de l'eau. Tout le monde est sous le choc car la victime était très appréciée. Lorsque l'autopsie révèle qu'elle a été tuée, toute l'équipe se mobilise pour trouver son assassin. Dans le même temps, les agents doivent subir une évaluation psychologique de la part du docteur Miles Wolf.