Dopo la morte del direttore Shepard, Tony, Ziva e McGee sono stati rimpiazzati da un nuovo team, formato dagli agenti Lee, Keating e Langer. Vance incarica Gibbs di individuare una talpa nel nuovo team appena formato. Con l'aiuto dell'agente McGee, Gibbs è in grado di tracciare le chiamate tra Lee ed un sottufficiale defunto. Dopo una lunga verifica sulle telefonate dell'agente Lee, lei è però scagionata. Mentre Keating viene interrogato, dei colpi vengono sparati e l'agente Lee viene ritrovata con il corpo di Langer, che lei ha ucciso. Gibbs e Vance arrivano alla conclusione che Langer doveva essere la talpa. Alla fine dell'episodio McGee e Ziva si ricongiungono con Gibbs nel loro open-space, mentre l'agente Lee si avvia verso l'ascensore. Mentre sta per uscire di scena, la donna riceve un messaggio sul cellulare che dice: "Sospettano qualcosa?". La risposta è un semplice: "No". Tutto dunque lascia intendere che è lei la talpa e non il defunto Langer.