Sur P3R-233, Daniel Jackson découvre un miroir quantique. En le touchant, il reçoit une légère secousse. Voyant que tous ses coéquipiers ne sont plus là, il retourne sur Terre. Il découvre alors qu'il est dans une réalité alternative. Dans cette réalité, la Terre est sous l'emprise des Goa'uld qui s'apprêtent à envahir le SGC après avoir rayé de la carte plusieurs des grandes villes de la Terre.

L'équipe SG-1 est en mission sur Nasya, en espérant secourir les survivants d'une planète attaquée par les Goa'uld. Pendant le sauvetage, le Capitaine Samantha Carter qui tentait de ranimer un Nasyan mortellement blessé, est prise comme hôte par un Goa'uld qui se cachait dans le corps du Nasyan. Elle repart sur Terre avec ses coéquipiers qui ignorent qu'elle est devenue un Goa'uld. Sur Terre, la jeune amie de Carter, Cassandra, reconnaît le Goa'uld immédiatement (cf. Saison 1 - Cassandra). Cassandra le dit à O'Neill et Carter est emprisonnée dans une cellule. O'Neill tente de négocier avec le Goa'uld pour la vie de Carter. Le Goa'uld dit à Teal'c qu'il est Jolinar de Malkshur, un des Tok'ra, un groupe rebelle opposé aux méthodes sanguinaires des Grands Maîtres du système. Mais, il révèle aussi qu'il a été suivi par l'Ashrak, un Goa'uld assassin entraîné et envoyé par les Grands Maîtres. À moins qu'il ne soit arrêté, l'Ashrak tuera Jolinar, et le Capitaine Carter avec...

En explorant une planète apparemment insignifiante, O'Neill et ses compagnons sont abordés par un homme en lambeaux implorant de l'aider d'un poursuivant nommé Taldor. Ils essaient de le défendre, et découvrent que l'homme est un assassin en fuite. Taldor veut dire Justice et, en aidant l'homme, ils se sont faits complices de son crime. Bien qu'ils aient clamé leur innocence, l'équipe est envoyée à travers la Porte des Etoiles sur Hadante, un monde pénitentiaire où règnent la force brutale et la règle du pouvoir. Étrangement, la personne la plus puissante sur Hadante paraît être Linea, une femme qui terrorise les brutes de peur tel que Vindoor avec ses pouvoirs mystérieux. SG-1 conclut un marché avec Linea : si elle aide à trouver de l'énergie pour la Porte des Etoiles en utilisant la source de puissance de sa fusion froide, ils l'aideront à s'échapper avec eux.

SG-1 part sur P7J-989 où ils découvrent un beau jardin et un dôme rempli d'étranges machines, contenant chacunes une personne inconsciente. Alors qu'ils examinent les machines, ils sont piégés et deviennent inconscients. Ils se réveillent pour revivre des moments essentiels de leurs vies dans l'espoir de changer le futur. Teal'c rejoint O'Neill sur un champ de bataille où le Colonel avait perdu une patrouille... Un personnage étrange appelé Le Maître s'avance et leur explique; ils font partie d'un jeu qui nourrit des mémoires dans une réalité virtuelle qu'il a créée pour amuser 'ses résidents' des machines...

L'équipe SG-1 retourne sur Cimmeria après avoir appris que les Goa'uld ont envahi la planète. SG-1 se sent responsables depuis qu'ils ont détruit, lors de leur précédente visite, "le Marteau de Thor", l'instrument principal de défense de la planète contre les Goa'uld. L'équipe fait des découvertes remarquables sur la planète et Samantha Carter découvre qu'elle a le pouvoir d'utiliser l'appareil de ruban Goa'uld. Il devient bientôt évident que SG-1 aura besoin d'aide pour lutter face à la force massive de l'ennemi menée par le vicieux Goa'uld Heru-ur. Teal'c, O'Neill et Olaf partent en reconnaissance vers le camp Goa'uld et ne tardent pas à se retrouver face à face avec l'ennemi. Pendant ce temps, Daniel Jackson, Samantha et Gairwyn cherchent la Salle de la Puissance de Thor où ils croient pouvoir trouver des armes pour combattre les Goa'uld. Des surprises les attendent...

Le mentor de Teal'c, Bra'tac, arrive de façon inattendue à travers la Porte des Etoiles avec de mauvaises nouvelles : le Goa'uld Apophis a survécu à la destruction de son vaisseau et a à présent enlevé le fils de Teal'c, Rya'c. L'équipe SG-1 consent à accompagner Teal'c sur Chulak pour secourir Rya'c, mais à leur arrivée, ils trouvent que beaucoup de choses ont changé. Parce que Teal'c n'est pas revenu de la Terre, sa femme, Drey'auc, a supposé qu'il était mort et s'est remarié avec son vieil ami, Fro'tak. Le pire est que Rya'c a subi un lavage de cerveau par Apophis afin qu'il dénonce son père comme étant un traître; dès lors, les tentatives de SG-1 pour le secourir deviennent délicates. Fro'tak jaloux, tente de les livrer à Apophis...

En explorant la planète BP6-3Q1, l'équipe SG-1 est attaquée par des insectes géants. Ils réussissent à s'échapper à travers la Porte des Etoiles, mais pas avant que Teal'c ne soit piqué. A leur retour à la Base, une mutation étrange commence; le virus de l'insecte transforme l'ADN de Teal'c comme son propre ADN. La mutation intrigue le Dr Samantha Carter et le généticien Dr Richard Harlow; elle terrifie Teal'c qui fait promettre à O'Neill d'arrêter la mutation. Mais, l'état de Teal'c intéresse le Colonel Maybourne qui voit une possibilité de développement pour des armes biologiques avec le venin de l'insecte. Maybourne utilise son mandat présidentiel pour prendre en charge Teal'c mais le Jaffa s'échappe pendant son transfert, sans son symbiote...

Les Tok'ra ont réfléchi à la proposition de SG-1 pour une alliance contre les Goa'uld mais comme Garshaw l'a expliqué, les habitants de la terre ne leur apportent pas assez pour justifier une alliance. Et aussi, le fait qu'aucun d'entre eux ne soit volontaire pour être l'hôte de Selmak, un Tok'ra dont l'hôte se meurt, ne fait rien qui puisse établir une confiance mutuelle. Le Capitaine Samantha Carter a une idée : son père, le Général Jacob Carter est atteint d'un cancer en face terminale. S'il devient un hôte, il sauvera sa vie de même que celle de Selmak. Alors qu'elle repart à la Base avec O'Neill faire cette proposition au Général, les Goa'uld, avertis par un espion, lancent une attaque sur la planète des Tok'ra...

Alors que Selmak est en train de guérir Jacob Carter, la base des Tok'ra est en train d'être détruite par les Goa'Uld. Mais Selmak est trop faible pour partir tout de suite et il doit attendre encore un peu de temps avant de fuire. Pendant ce temps-là, les membres de la Tok'ra s'enfuissent par la Porte des étoiles et vont se réfugier sur nouvelle planète. Une fois Jacob et Selmak guéri, la Terre et les Tok'ra peuvent enfin signer une alliance contre les Goa'Uld.

L'équipe SG-11 n'est pas revenue de sa mission sur la planète PXY-887, où ils ont récemment découvert un élément, le Trinium, cent fois plus léger et plus fort que l'acier. En plus, les habitants de la planète ont tiré une flèche faite de Trinium à travers la Porte des Etoiles vers le SGC. Avec O'Neill à l'infirmerie, l'équipe SG-1 menée par le Capitaine Samantha Carter, part enquêter et négocier un traité minier avec les habitants. SG-1 est assommé à son arrivée et lorsqu'ils se réveillent, ils rencontrent Tonané, un Indien qui leur explique que l'équipe SG-11 a été enlevée par

Samantha Carter est promue major de l’armée de l’air. Au cours de la cérémonie officielle, le colonel O’Neill disparaît brutalement, alors qu’il s’apprêtait à faire un discours. Il s’avère qu’il a été « transporté » sur le vaisseau mère des Asgards, où il rencontre Thor…