Acțiunea poveștii urmărește șase personaje din filmul de lung metraj și trei noi, create pentru serial. Intriga pricipală îl implică pe Apophis atacând Comandamentul Porții Stelare și pe soldații supraviețuitori din atac, care cred că el este Ra. (din filmul de lung metraj)

Colonelul O'Neill, care conduce noul SG-1, îl urmărește pe Apophis înapoi pe planeta Chulak pentru a o salva pe Sha're și Skaara și pentru a se împrieteni cu cineva din gărzile Jaffa a lui Apophis.

Jackson descoperă că soția sa s-a întors pe Abydos și că este însărcinată în luna a noua, purtând pe fiul lui Apophis. O'Neill trebuie să păzească secretul programului Porții Stelare să nu fie descoperit.

În timp ce căutau Orașul Pierdut al Anticilor pe o planetă îndepărtată, SG-1 este uimită să-l găsească pe Daniel Jackson în viață și în formă umană, dar deposedat de memoria lui. O'Neill îl convinge pe Daniel să se întoarcă cu ei, la Comandamentul Porții Stelare SGC, unde este reintegrat, pentru o misiune îndrăzneață de a distruge noua super-armă a lui Anubis!