Im Stargate Center entdeckt Jonas zufällig eine Spur des verschollenen Daniel auf einem fremden Planeten. Das SG-1-Team bricht auf, um ihn nach Hause zu holen. Doch das Wiedersehen gestaltet sich schwierig. Daniel, der von Beduinen in der Nähe der Stadt der Verlorenen aufgelesen wurde, hat sein Gedächtnis verloren. Inzwischen findet das SG-1-Team heraus, dass die Stadt der Verlorenen für ihren Feind Anubis eine wichtige Rolle spielt.

Die Falle des SG-1-Teams hat nicht funktioniert: Anubis konnte entkommen und befindet sich mit Jonas’ als Gefangenem auf dem Weg zu dessen Heimatplaneten. Offenbar hat er es auf die explosiven Naquadah-Vorräte der Kelownaner abgesehen. Vertreter des Planeten bitten das Stargate-Team um Hilfe. Sie benötigen dringend ein spezielles Kristallgefäß, um ihr Naquadah sicher aufbewahren zu können.

Carter und Teal’c hoffen, dass die Alliierten des SG-1-Teams, die Asgard, das Wissen der Antiker aus O’Neills Gehirn löschen und ihn damit vor der ewigen Bewusstlosigkeit bewahren können. Bei dem Versuch, Kontakt zu ihnen aufzunehmen, wird Carter jedoch gefangen genommen. Dr. Weir und Daniel Jackson verhandeln währenddessen mit undurchsichtigen Fremden, die sich gerne mit ihnen gegen einen gemeinsamen Feind verbünden würden.

Teal’c kehrt ohne Sam zur Erde zurück, um O’Neill zu retten, bevor das Wissen der Antiker ihn tötet. Doch um eine Waffe zu bauen, die die Replikatoren vernichten kann, benötigt O’Neill genau dieses Wissen.

Die vermisste Sam erwacht unterdessen in Montana. Dort trifft sie auf ihren Freund Pete, glaubt aber, in einem Traum gefangen zu sein.

An Bord des Replikatorenschiffs muss Fifth mit ansehen, wie ein neuer Replikator mit Sams Aussehen geboren wird.

Jacob informiert O’Neill darüber, dass die Replikatoren immer mächtiger werden. Sie greifen immer mehr Goa’Uld-Systemlords an, und falls sie diese besiegen sollten, würden sie schon bald die ganze Galaxie beherrschen. Da die Jaffa die Replikatoren als Strafe für ihren Widerstand betrachten, schließen sich viele von ihnen wieder den Goa’Uld an, weil diese das kleinere Übel seien. Während Teal’C und Bra’Tac versuchen die Jaffa umzustimmen, arbeiten Sam und Thor an einer Waffe gegen den übermächtigen Feind. Da bittet Ba’Al überraschend das Stargate Center um Hilfe im Kampf gegen die Replikatoren.