Un grupo de militares, científicos y civiles quedan atrapados en la nave lantiana Destiny, que esta a varios millones de años luz de la Tierra. Tras las heridas sufridas por el Coronel Young durante la huida, el Dr. Rush tratara de tomar el mando de la situación ayudado por el Teniente Scott y Eli Wallace.

Tras la llegada a la nave, el equipo descubre que el sistema de soporte de vida está defectuoso y que el oxígeno se acabará pronto. Entre todos deberán decidir cómo solventar los problemas que la defectuosa estructura de la nave está generando.

Scott, Eli, Rush y varios miembros del equipo viajarán a un planeta desértico para encontrar la sustancia necesaria para reparar el sistema de soporte de vida. Además, Chloe Armstrong tendrá la oportunidad de ver a su madre.

La tripulación de la Destiny utilizará las piedras de comunicación Antiguas para permitir a algunos miembros de la tripulación volver a la Tierra para llevar a cabo un arriesgado plan que podría llevar a la tripulación a casa.

Una noche, el Dr. Nicholas Rush tiene un extraño sueño que rápidamente asocia con la causa del ataque a la base Ícaro, e intenta demostrar que se trata de un recuerdo remanente de un antiguo intercambio con las piedras de telecomunicación. Debido a ello, se descubre que el coronel Telford fue descubierto durante una infiltración en la Alianza Lucian y que trabaja para ellos tras ser expuesto a una tecnología que controla su voluntad. Young y el general O'Neill trataran de deshacer el lavado de cerebro para que Telford pueda revelar los planes de la Alianza.

Tras un fallido intento de detener a la Alianza Lucian por parte del Comando Stargate en la Tierra, los mercenarios llegan a la Destiny donde todo el personal tendrá que estar preparado para hacerles frente. Durante el ataque, la Alianza tomará varios prisioneros entre ellos a la teniente Johansen (TJ). Eli y Chloe serán transportados accidentalmente a un remoto rincón de la nave, mientras que el coronel Young y Camile Wray negociarán la liberación de los prisioneros con la ayuda encubierta de Telford.